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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
高志红 章镇 韩振海 沈志军
以果梅品种小叶猪肝为试材 ,研究了果梅SSR技术中PCR反应体系的主要成分对SSR扩增结果的影响 ,并比较了采用聚丙稀酰胺凝胶及琼脂糖电泳检测扩增产物多态性的差异。结果表明 :在PCR反应体系中 ,Mg2 + 的最适浓度范围为1 89～ 2 83mmol·L-1;dNTP最适浓度为 0 2 4mmol·L-1;引物的最适浓度为 0 38μmol·L-1;Taq 聚合酶在 2 6 5 μL反应体系中宜加入 1U。利用此反应体系 ,对 2 4个果梅代表品种进行了SSR反应 ,用 8%的非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳检测 ,扩增产物在 10 0～ 2 0 0bp之间 ,不同品种间DNA谱带多态性丰...
关键词：
果梅 简单重复序列 反应体系 优化
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李银霞 李天红
以‘新大久保’桃为试材,利用正交设计直观分析法和2因素完全随机试验优化了桃SSR技术中PCR反应体系。试验结果表明,适宜桃遗传分析的SSR技术体系为:在25μL反应体系中Taq DNA聚合酶和DNA最适用量分别为1 U和50~100 ng;Mg2+、dNTP和引物最适终浓度分别为1.5~2.0 mmol/L、0.20~0.28 mmol/L和0.2~0.6μmol/L。利用30个桃品种验证此反应体系,变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果显示,扩增产物在100~300bp,多态性高,且反应体系的稳定性和可重复性好。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
张玉平 潘青华 金万梅 李少宁 许奕华 姜明 韩振海
本研究主要对树莓SSR-PCR体系进行优化,以‘来味里(Reveille)’红树莓为试材,利用L9(34)正交试验设计和两因素完全随机试验,研究各主要参数的适宜浓度,建立适合树莓SSR反应的最佳体系,并通过16个不同的树莓栽培品种对优化后的体系进行验证。结果表明:各影响因素中,引物浓度的变化对扩增结果的影响最大,优化后的最佳反应体系(25μL)中,Taq DNA聚合酶和DNA最适用量分别为1.0U和30ng;Mg2+、dNTP和引物最适浓度分别为1.5、0.2mmol/L和0.4μmol/L。利用优化后的反应体系和10对SSR引物对16个树莓品种进行PCR扩增,不同品种间扩增结果稳定,多态性位...
关键词：
树莓 SSR 体系优化 应用
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘海云 王敏 王继亮 程芳艳 杜维俊
以大豆为材料,研究了PCR反应体系的主要成分模板DNA浓度、dNTP浓度、引物浓度、Taq酶浓度及退火温度对大豆SSR扩增结果的影响,探索影响SSR扩增结果的各因素的最佳用量及引物的退火温度。结果表明:在试验设计范围内,DNA浓度和dNTP浓度对扩增影响较大,引物浓度在0.05~0.2μmol/L范围内对扩增影响较小,Taq酶浓度对扩增有一定影响,引物要有其扩增适宜的退火温度。确立了适合大豆SSR分子标记研究的优化体系。最终确定总反应体系为20μL,模板DNA 20 ng,dNTP 200μmol/L,引物0.15μmol/L,Taq酶0.5 U,10×Taq Buffer 1.5 mmol/...
关键词：
大豆 SSR 反应体系
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
闫丽君 王红霞 黄芳芳 何长青 梁艳 徐刚标
以伯乐树叶片为材料,利用单因素试验及正交试验对影响伯乐树SSR-PCR扩增的主要因素进行了优化。结果表明,伯乐树SSR-PCR最佳反应体系(20μL)为:Mg2+1.25 mmol/L,d NTP 0.2 mmol/L,Taq DNA聚合酶0.5U,引物0.3μmol/L,DNA 90 ng。这为利用SSR标记进一步开展伯乐树种群遗传多样性研究奠定了前期实验基础。
关键词：
伯乐树 SSR-PCR 体系优化
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
李显煌 高丽云 王娟 张贵良 唐军荣 叶鹏 雷瀚 辛培尧
以云南金花茶为试验材料,利用试剂盒法、SDS法及CTAB法3种方法提取其DNA,并对3种方法的提取结果进行比较;经初筛合成云南金花茶EST-SSR引物,并对影响SSR-PCR体系的Mg~(2+)、Taq DNA聚合酶、dNTP、引物及模板DNA这5个因素进行L_(16)(45~)正交实验,以期建立较为稳定的云南金花茶SSR-PCR体系。试验结果表明:试剂盒法提取得到的云南金花茶DNA质量最好且符合SSR分子标记试验。各因素对PCR扩增效果的影响程度为:Mg2+>引物> Taq DNA聚合酶> dNTP>模板DNA。试验最终确定的金花茶SSR-PCR最佳反应体系(20μL)为:2.0μL Taq Buffer、1.5μL Mg2+(25 mmol/L)、0.3μL dNTP(10 mmol/L)、0.2μL Taq DNA聚合酶(5 U/μL)、前后引物各0.4μL(10μmol/L)、0.5μL模板DNA(50 ng/μL)、14.7μL ddH_2O。建立和优化云南金花茶SSR反应体系,可为云南金花茶不同种群的遗传变异研究提供基础。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
任鹏鸿 韩睿 马胜超 李莉
本研究通过单因子优化试验和L16(45)正交试验设计的方法,对菊芋SSR-PCR反应体系进行优化。结果表明,20μl最佳反应体系:10×PCR扩增缓冲液,2.5 mmol/L Mg2+,0.20 mmol/L dNTPs,0.30μmol/L正反引物,0.2 U Taq DNA聚合酶和50 ng模板DNA。利用该优化体系,从100个SSR引物组合中筛选出12个清晰且多态性高的引物组合对3个品种的菊芋DNA序列进行扩增,得到58个位点,其中多态性位点39个,多态率为67.2%;建立3个菊芋品种分子识别卡,用2对引物组合的6个多态性位点即可将其分开。本研究为后续应用SSR分子标记技术对菊芋进行种质...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
王芳 廖柏勇 李培 刘明骞 李俊成 吴琳瑛 林玮 陈晓阳
［目的］借鉴以往楝属文献报道的ＳＳＲ引物，筛选高度多态性、稳定性高、重复性好的苦楝ＳＳＲ引物，为苦楝遗传图谱构建、ＱＴＬ定位和分子标记辅助选择育种等研究领域应用奠定基础。［方法］本研究采用单因素法和正交试验设计进行ＳＳＲ－ＰＣＲ反应体系优化，并利用该体系以８个不同种源的苦楝基因组ＤＮＡ为模板，从１３５对候选ＳＳＲ引物中进行引物筛选。［结果］苦楝ＳＳＲ－ＰＣＲ最优反应体系为：１．０μＬ ５０ Ｎｇ·μＬ～（－１）模板ＤＮＡ，１．２μＬ １００μｍｏＬ·Ｌ～（－１）引物，１．０μＬ １０ ｍｍｏＬ·Ｌ～（－１）Ｄ ＮＴＰＳ，０．８μＬ ２５ ｍｍｏＬ·Ｌ～（－１）ｍｇ～（２＋），０．１５μＬ ５ ．．．
关键词：
苦楝 SSR-PCR 体系优化 引物筛选
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
黄芳芳 何长青 闫丽君 汪灵丹 徐刚标
在单因素试验基础上,采用正交试验优化影响观光木SSR-PCR扩增的5种主要影响因素,获得最佳反应体系(10μL)为:Mg2+1.0 mmol,d NTP 0.20 mmol,引物0.25μmol,Taq DNA聚合酶0.75 U,模板DNA 60ng。利用优化SSR-PCR扩增体系,从12对引物中筛选出5对多态性高、重复性好的引物。这为进一步开展观光木种群遗传多样性研究奠定了前期实验基础。
关键词：
观光木 SSR 体系优化 引物筛选
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
柳晓磊 汤华 李东栋 王茜 周蓉 林艳青
为摸索适宜椰子的SSR反应体系,分析了PCR反应体系中的Mg2+浓度、引物浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶浓度、模板浓度以及退火温度对扩增结果的影响,建立了适合椰子的SSR反应体系。研究结果表明:在20μL反应体系中,Mg2+、引物和dNTP的最适浓度分别为2.5 mmol/L、0.3μmol/L、0.2 mmol/L;TaqDNA聚合酶的最佳使用量为1 U,模板DNA应加入50 ng,引物最佳退火温度比Tm值较小者低2~3℃。在参数优化的基础上,应用标记分析该反应体系对24个海南不同地区高种椰子样品进行SSR分析,不同样品间DNA谱带多态性丰富,本研究建立的分析体系将为今后椰子资源的S...
[期刊] 华北农学报
[作者]
胡小利 马庆 包海柱 范瑞 孙希利 马蓉
为建立食用向日葵分子标记反应体系,以食用向日葵四叶期叶片为DNA模板提取材料,采用单因素试验和正交试验设计,对SSR-PCR反应体系中的6因素(10×PCR Buffer、Mg2+、d NTPs、引物、Taq DNA聚合酶和DNA模板)在5水平上进行正交优化试验,并比较了不同浓度Mg2+、Taq DNA聚合酶、模板DNA对扩增效果的影响,结果表明,各因素水平变化对反应体系的影响为Mg2+>Taq DNA聚合酶(引物)>DNA模板>10×PCR Buffer>d NTPs。最终建立食用向日葵SSR-PCR最佳反应体系为:在总体系为20μL的SSR-PCR反应体系中包括10×PCR Buffer ...
关键词：
食用向日葵 SSR-PCR 体系优化
[期刊] 林业科学
[作者]
杜娟 南宫自艳 周国娜 高宝嘉
我国于1979年首次在辽宁省丹东市发现美国白蛾(Hyphantria cunea)后,害虫扩散蔓延到山东、陕西、河北、天津和上海。美国白蛾繁殖量大,寄主植物种类繁多,扩散速度快,暴发时常食尽叶片。近
关键词：
美国白蛾 SSR 反应体系
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
陈争 姜小凤 童再康
为获得稳定的聚合酶链式反应(PCR)产物,采用正交设计L25(56)对光皮桦Betula luminifera表达序列标签-简单重复序列聚合酶链式反应(EST-SSR PCR)反应体系中的5个因素:DNA模板浓度,引物浓度,镁离子(Mg2+)浓度,三磷酸碱基脱氧核苷酸(dNTPs)浓度和DNA聚合酶量进行优化,每个因素设计5个水平。优化试验结果表明:光皮桦EST-SSR最佳PCR反应体系:4.0 mg.L-1DNA模板,0.500μmol.L-1引物,1.250 mmol.L-1Mg2+,0.250mmol.L-1dNTPs,0.072 5×16.67 mkat.L-1rTaq酶。通过梯度PC...
[期刊] 华北农学报
[作者]
白锦荣 潘会堂 张启翔
采用L16(54)正交设计和二因素完全随机试验,分析了月季SSR-PCR反应体系的主要成分TaqDNA聚合酶、样本浓度、Mg2+浓度d、NTP浓度以及引物浓度对扩增结果的影响,建立了适合月季的SSR反应体系。研究结果表明:在20μL反应体系中,TaqDNA聚合酶宜加入1.5 U,样本最适宜浓度为30~40 ng,Mg2+的最适浓度为1~1.5 mmol/L,dNTP最适浓度为0.2 mmol/L,单引物的最适浓度均为1μmol/L。用建成的反应体系对19对引物筛选,对12个月季品种扩增,3%的琼脂糖凝胶电泳检测,品种间DNA谱带多态性丰富,证明该体系稳定可靠。
关键词：
月季 SSR 正交试验 反应体系
[期刊] 林业科学研究
[作者]
贾波 徐海滨 徐阳 龙晓飞 陈金慧 施季森
鹅掌楸属(Liriodendron L),是木兰科(Magnoliaceae)植物,属古老属种之一。由于第三纪晚期气候剧变和更新世冰川作用,到目前为止仅剩中国马褂木(L.chinense(Hemsl.)Sarg.)和北美鹅掌楸(L.tulipifera L.)两个残遗种[1]。鹅掌楸属植物在植物系统学中有特殊地位,以及具有原始的花结构等,这使得它们成为研究植物进化、开花植物历史进程、群体结构以及交配系统等的理想材料[2-4]。此外,鹅掌楸植物具有重要的经济价值和生态价值[5]。除为生产提供优质木材外,还具较强抗性[6-7],内含丰富的医用化合物[8-9]以及生物质燃料的生[10-12]
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