【目的】对1株疑似肺炎克雷伯氏菌进行分离鉴定及全基因测序分析,并对发现的新基因kp05372编码产物进行生物信息学分析。【方法】采用传统的细菌鉴定方法和分子生物学方法,分别对采自麝粪便的1株病原菌的生理生化特征及16SrRNA序列进行测定;以小鼠感染试验和半数致死量(LD50)测试该病原菌的致病性;用全基因组测序方法对病原菌基因组进行测序分析,并对发现的新基因编码产物进行生物信息学分析。【结果】经生理生化试验和16SrRNA序列分析发现,分离菌株为肺炎克雷伯氏菌,命名为GPKP,其对小鼠致死的LD50为6

从6尾患肠道胀气的病鳗腹水和肝脏病灶中分离、筛选出一株致病菌EP4,通过细菌形态学、生理生化测定及ATB Expression半自动细菌鉴定仪鉴定均符合肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)特性。以细菌16S rRNA基因通用引物进行PCR扩增,得到EP4的部分16S rRNA基因序列,长约1 502 bp。将所测序列与GenBank中序列进行BLAST比对并构建系统进化树,结果表明其与肺炎克雷伯氏菌[DQ444287]的同源性最高(98.9%)。人工感染证明该菌株具有较强的致病力(致死率达70%),30种药物筛选结果显示,EP4对菌必治(头孢三嗪)、先锋V、头孢克洛、氧氟...

为探究噬菌体作为新型生物抗菌剂防控肺炎克雷伯菌引起的奶牛乳房炎和乳制品及其加工过程污染，以及对生物被膜清除的能力，以ATCC 700603为宿主菌从某牛场水样中分离得到1株肺炎克雷伯菌噬菌体vB＿KpnM-YP11，并通过透射电镜观察噬菌体形态特征；通过双层平板法测定噬菌体宿主谱；通过最佳感染复数、一步生长曲线、温度和pH稳定性测定噬菌体生物学特性；通过全基因组测序分析基因组的结构特征、比较其进化关系；通过结晶紫染色法和平板计数法测定噬菌体对生物被膜的抑制和清除效果；通过牛奶试验分析该噬菌体对牛奶中肺炎克雷伯菌的抑菌效果。结果表明：1）从牛场水样中分离获得肺炎克雷伯菌噬菌体vB＿KpnM-YP11，能形成清晰透亮噬菌斑，透射电镜观察vB＿KpnM-YP11具有肌尾噬菌体的典型结构。2）测定噬菌体宿主谱，表明vB＿KpnM-YP11能够裂解18/34株牛源肺炎克雷伯菌。3）生物学特性结果表明vB＿KpnM-YP11最佳感染复数为0.1,vB＿KpnM-YP11感染宿主菌潜伏期为30 min，爆发期为50～90 min,110 min后进入平台期，平均裂解量为69PFU/cell，在pH(3～11)和温度（4～60℃）范围内活性稳定。4)vB＿KpnM-YP11基因组全长166 607 bp,GC含量为39.52%，注释结果显示共有276个ORF和15个tRNA，不含耐药基因及毒力基因。5)vB＿KpnM-YP11最佳感染复数为0.1时，具有显著抑制肺炎克雷伯菌生物被膜的形成能力。vB＿KpnM-YP11效价为10～8 PFU/mL,10～9 PFU/mL能有效清除肺炎克雷伯菌生物被膜。在室温条件下，12 h内vB＿KpnM-YP11使牛奶中细菌浓度下降98%。综上，本研究分离获得噬菌体vB＿KpnM-YP11潜伏期短、裂解效率高，不仅能抑制和清除生物被膜，同时对牛奶中肺炎克雷伯菌也有显著的抑菌效果，具有作为肺炎克雷伯菌生物抗菌剂的应用潜力。

通过提取猪传染性胸膜肺炎放线杆菌ApxⅠA基因组DNA,运用PCR方法扩增ApxⅠA基因片段,并采用TA克隆技术获得pMD18–T–ApxⅠA重组质粒,进行生物信息学分析。结果表明:成功获得长度为1 209 bp的ApxⅠA基因;ApxⅠA蛋白的理化性质稳定;ApxⅠA蛋白有磷酸化位点,但无糖基化位点;信号肽预测ApxⅠA蛋白无信号肽;ApxⅠA蛋白为亲水性蛋白,无跨膜结构;预测二级结构主要由无规则卷曲构成,占50.62%,α–螺旋占25.56%,β–折叠占23.82%,三级结构主要由无规则卷曲和β–折叠构成。

【目的】由于草甘膦在农业生产中的广泛使用,抗草甘膦转基因作物的研究一直是转基因作物研究的热点,其中草甘膦抗性功能新基因的挖掘是核心问题。自然界中微生物种类繁多,基因资源丰富,论文拟从广东地区农田土壤中筛选和鉴定出高抗草甘膦菌株,克隆其草甘膦靶标酶基因并进行抗性水平验证,以期获得高抗草甘膦新基因资源用于抗草甘膦转基因作物的研究。【方法】用含有浓度梯度草甘膦的选择培养基从备选土壤中筛选出具有高抗草甘膦特性的菌株;通过显微观察、革兰氏染色以及16S rDNA序列分析结果对菌株种类进行鉴定;利用RT-PCR技术克隆该菌株的草甘膦靶标酶基因aroAS001,并通过序列比对和系统发育树分析aroAS001...

[目的] 通过分析212株奶牛乳房炎源肺炎克雷伯菌分离株的耐药特性和超广谱 β-内酰胺酶(ESBLs)产生情况，以了解该类致病菌对新型抗生素的耐药现状，防范其对公共卫生安全产生的潜在威胁，为防控肺炎克雷伯菌引起的奶牛乳房炎提供参考。[方法]通过对分离株的细菌形态学观察、khe基因PCR检测和16S rRNA序列测定筛选并鉴定了肺炎克雷伯菌株，利用K-B琼脂平板扩散法和微量肉汤稀释法评估了肺炎克雷伯分离株的耐药性。[结果]结果显示：肺炎克雷伯菌耐药率由高到低依次为头孢吡肟占5.7% 、环丙沙星占4.7% 、头孢他啶占4.2% 、美罗培南占2.8%、厄他培南占0.5% 、亚胺培南和替加环素占0%。在替加环素中敏的菌株中均检测到ramR基因，但未发现tetX和ramA基因编码。在喹诺酮类抗生素耐受的菌株中，有2株检测到qnrA基因，6株检测到qnrB基因，23株检测到qnrS基因，未发现qnrD基因编码。在β内酰胺类抗生素耐受的菌株中，SHV-1、SHV-11、SHV-34、SHV-76、SHV-171、TEM-1、CTX-M-3、CTX-M-14、CTX-M-15、CTX-M-27、CTX-M-55、CTX-M-244、ACT-6、ACT-31、DHA-1、CMY-174、CMY-81和LEN-5检出率分别是6.56%、9.84%、1.64%、3.28%、1.64%、27.87%、8.2%、1.64%、3.28%、1.64%、9.84%、4.92%、3.28%、1.64%、9.84%、1.64%、1.64%和1.64%，未检测到上述耐药基因的突变体。[结论]本试验分离的肺炎克雷伯菌对新型头孢类抗生素产生耐药性，部分菌株具有多重耐药性，甚至对碳青霉烯类抗生素产生耐药。该结果提示我们需防范新型抗生素耐药菌株的产生和传播，以免引起公共卫生安全危害的发生，对防控肺炎克雷伯菌引起的奶牛乳房炎提出了新要求。

为筛选出联合抗生素对肺炎克雷伯氏菌具有协同抗菌作用的天然产物。采用药敏纸片法测定肺炎克雷伯氏菌对8种抗生素的耐药性，采用微量肉汤稀释法测定抗生素和3种天然产物的最小抑菌浓度，应用棋盘法分别测定花青素和咖啡酸与抗生素联用对肺炎克雷伯氏菌的抗菌活性，并通过生长曲线评估咖啡酸与抗生素联用的协同抑菌作用。结果表明，肺炎克雷伯氏菌对8种抗生素均耐药，抗生素的MIC值为16->512 μg/mL。花青素和咖啡酸具有较好的抗菌活性，MIC值分别为25 μg/mL和1875 μg/mL，肉桂醛无抗菌作用，MIC>250 μg/mL。花青素与头孢他啶和克林霉素联用对肺炎克雷伯氏菌具有协同抗菌作用，2种抗生素的MIC值降低了4倍，咖啡酸与8种抗生素存在协同作用，抗生素的MIC值降低了8～>4096倍。抗生素与咖啡酸联用的协同抗菌效果优于其与花青素的组合，且咖啡酸与磺胺甲恶唑和氯霉素联合使用能持续抑菌至少24 h。本研究首次报道了咖啡酸与抗生素联用对多重耐药肺炎克雷伯氏菌具有显著协同抗菌作用，表明联合疗法是消减细菌耐药性的一种有效策略。

采用组织分离法,从萝卜根部中分离到的菌株YN201309。经形态,生理生化及16S rRNA基因序列鉴定为产酸克雷伯氏菌(Klebsiella oxytoca)。平板试验表明,该菌株具有固氮功能;盆栽试验和田间试验结果表明,产酸克雷伯氏菌YN201309能明显促进白菜、油菜和玉米的生长。盆栽试验40 d后,浸种处理的白菜平均株高提高19.61%~33.00%,浇灌处理的玉米平均株高提高12.07%~20.74%。田间试验60 d后,以浓度108CFU/mL拌种油菜的株高增加了14.41%,根长增加了7.28%,以浓度108CFU/mL浇灌油菜的株高增加了8.34%,根长增加了4.28%。

【目的】本研究建立了林麝标记辅助选择技术体系,为林麝的品系选育提供理论依据。【方法】通过基因克隆研究林麝胰岛素样生长因子(IGF-1)的基本功能和蛋白质结构,采用PCR-SSCP技术检测IGF-1基因在林麝中的多态性,分析其与产仔数的关联效应。【结果】①IGF-1基因序列全长465 bp,编码153个氨基酸残基,经生物信息学分析,发现该蛋白含有15个磷酸化位点,是一个分泌性蛋白,大部分位于细胞膜上,含有Insulin家族典型的保守结构功能域;②本试验设计IGF-1基因的PCR-SSCP扩增片段长度均为300 bp左右,引物扩增片段用10%的聚丙烯酰胺凝胶进行检测,发现扩增片段没有特异性条带。为证明PCR-SSCP扩增结果,选择其中一条引物对所得的毛发样品进行扩增,测序发现所有PCR产物的序列完全一致,没有多态性。【结论】研究表明不能选择IGF-1基因作为林麝的分子遗传标记,但为林麝产香性能的分子遗传标记选育提供了基本思路。

肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae）是一种臭名昭著的机会致病菌，尤以高毒力肺炎克雷伯菌（Hypervirulent K. pneumoniae, hvKp）为重。幸运的是，多数hvKp对抗生素敏感。然而，近年来，多药耐药hvKp(multidrug-resistant hvKp, MDR-hvKp)引发病症的报告剧增，威胁着全世界人民的健康和安全。本研究报告了一例感染了不携带rmpA和rmpA2的MDR-hvKp的92岁慢性阻塞性肺疾病患者的病例。患者在住院后第8天去世。对患者痰液中分离得到的肺炎克雷伯菌21072329进行表型实验和全基因组测序，结果显示，21072329属于ST11-KL47 MDR-hvkp，该菌株对大蜡螟具有较高的致死率。同时，21072329有着较强的粘性，难以将其完全离心。21072329携带ESBL(extended spectrum beta-lactamase)基因（bla_(CTX-M-65), bla_(SHV-158),和bla_(TEM-1)）和碳青霉烯酶基因(bla_(KPC-2))，其对碳青霉烯类抗生素和第三代、第四代头孢菌素耐受。21072329虽具有hvKp的特征，但在其基因组中未发现rmpA和rmpA2。此外，它只携带了一种铁载体耶尔森菌素(yersinabactin)。这表明可能存在其他促进hvKp形成的高毒力因子。MDR-hvKp已经给全球医疗保健带来了巨大负担，携带未知高毒力因子的肺炎克雷伯菌则带来了新的威胁，因此迫切需要进行预防和深入研究。

从湖南省内送检的疑似患多发性浆膜炎与关节炎的猪病料中分离到12株细菌,细菌学试验证明12株细菌均符合副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPS)形态、培养和生化特性.根据HPS16SrRNA序列设计引物对12株细菌进行PCR扩增,均得到预期目的条带,将扩增片段测序并运用DNAStar软件与GenBank中不同血清型HPS基因序列进行比对,表明其与Genbank中已公布的不同血清型HPS菌株16SrRNA序列的同源性为90.4%～99.9%,其中与血清5型同源性最高,对所测序列与参考序列进行遗传进化树分析,结果表明其中11株属于血清5型HPS.

为克隆和研究软腐病菌Dickeya dadantii的信号分子合成酶基因expI,从Dickeya属模式菌DSM–18020的基因组中扩增获得了基因expI。生物信息学分析显示,该基因全长639 bp,与Dickeya dadantii 3937的N–酰基高丝氨酸内酯(N–acyl–homoserine lactone,AHLs)合成酶基因同源性达99%;DSM–18020 expI编码的蛋白质相对分子质量为24 704,理论等电点为5.85,整个肽链中均匀分布疏水氨基酸,且比亲水性氨基酸多,没有信号肽存

[目的]对分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌(PA)进行鉴定,并分析其致病和耐药机制,为林麝PA感染化脓性疾病的防控奠定基础。[方法]将病原菌分离纯化后,依次进行生化试验、16S rRNA序列分析、药敏试验和小鼠致病性试验,并通过全基因组测序,对分离菌株进行群体进化和物种分型分析以及基因功能注释。[结果]分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌经鉴定与PA相符,命名为FMDP001。药敏试验显示其对阿莫西林、头孢曲松、氨曲南、多粘菌素B和林可霉素耐药;对小鼠半数致死量为9.4×10~5 CFU/mL。全基因组序列分析显示该菌基因组大小为6 955 100 bp,序列类型为ST1249,与B136-33株同源性最高,且两菌株基因组平均核苷酸一致性(ANI)值达98.93%;全基因组中共有357个序列编码FMDP001与致病性相关的基因,根据功能分为黏附、铁摄取、胞外毒性蛋白和调控系统;84个序列编码耐药基因,其中多药耐药外排泵为主要成分。[结论]从林麝化脓肺脏中分离到1株致病性较强的PA,并获得ST1249型林麝源PA的全基因组序列,序列显示该菌携带大量药物外排泵及生物膜形成相关基因,决定其具有多重耐药特性,哌拉西林等可作为该类型PA感染的临床用药。

【目的】对梨Puc ACO、Puc ACS基因家族进行生物信息学分析,为进一步研究Puc ACO、Puc ACS基因家族在梨生长发育过程中的功能奠定基础。【方法】在‘中矮1号’基因组中鉴定出梨Puc ACO、Puc ACS基因家族,利用Ex PASy、Plant-m PLo、Net Phos等软件分析Puc ACO、Puc ACS蛋白的理化性质,使用TBtools分析Puc ACO、Puc ACS基因家族的基因结构、构建进化树及共线性分析,使用Swiss-Model、I-TASSER、ROBETTA预测Puc ACS、Puc ACO蛋白的3D模型,并使用SAVEs6.0对其进行质量评估,再使用VMD对Puc ACO、Puc ACS蛋白的三级结构进行美化。【结果】共鉴定出8个梨Puc ACO基因和8个梨Puc ACS基因,其中梨Puc ACO基因编码蛋白长度为226～322个氨基酸,核苷酸序列一致性及氨基酸序列同源性分别为38.05%～99.78%和29.39%～99.70%,相对分子质量为25.75～36.54 ku,等电点为5.07～5.84;所有Puc ACO基因编码的蛋白质均为亲水性蛋白质,部分为不稳定蛋白,亚细胞均位于细胞质中,脂肪系数为76.13～89.25,热稳定性比较好。梨Puc ACS基因编码的蛋白长度为432～794个氨基酸,核苷酸序列一致性及氨基酸序列同源性分别为31.79%～100%和30.00%～100%,相对分子质量为48.41～89.77 ku,等电点为5.48～8.41;不稳定系数均大于40,为不稳定蛋白质;Puc ACS2位于细胞质中,其余均位于叶绿体中;脂肪系数为77.17～84.40,热稳定性较好,均为亲水性蛋白质。Puc ACS和Puc ACO蛋白生物学功能主要以丝氨酸磷酸化修饰为主,均不含信号肽位点,无跨膜结构,且不含GPI锚定蛋白位点。二级结构预测结果表明,Puc ACS、Puc ACO蛋白质结构均以α-螺旋和无规则卷曲为主,Puc ACS中包含多个保守的脯氨酸,Puc ACO中包含多个保守的组氨酸。梨Puc ACS基因家族分为3类,Puc ACO基因家族可以分为2类,Puc ACS、Puc ACO家族各成员的基因结构和保守基序差异较小,内含子数量和所包含的基序大致相同。梨Puc ACS、Puc ACO基因家族启动子顺式作用元件分析结果表明,该启动子中存在多种与植物生长调控、植物激素调节、逆境诱导等相关的作用元件。拟南芥与梨共存在24对共线性关系,其中Puc ACS家族与拟南芥构建了16对共线性关系,Puc ACO家族与拟南芥构建了8对共线性关系。梨物种内部的共线性分析结果表明,Puc ACO家族之间存在3对共线性关系,Puc ACS家族之间存在4对共线性关系。【结论】鉴定出8个梨Puc ACS基因和8个梨Puc ACO基因,其生物信息学分析结果丰富了梨Puc ACS和Puc ACO基因的分子生物学理论。