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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
伍茜 杨威 赵位 程建国 罗燕 王印 杨泽晓 姚学萍
[目的]对分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌(PA)进行鉴定,并分析其致病和耐药机制,为林麝PA感染化脓性疾病的防控奠定基础。[方法]将病原菌分离纯化后,依次进行生化试验、16S rRNA序列分析、药敏试验和小鼠致病性试验,并通过全基因组测序,对分离菌株进行群体进化和物种分型分析以及基因功能注释。[结果]分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌经鉴定与PA相符,命名为FMDP001。药敏试验显示其对阿莫西林、头孢曲松、氨曲南、多粘菌素B和林可霉素耐药;对小鼠半数致死量为9.4×10~5 CFU/mL。全基因组序列分析显示该菌基因组大小为6 955 100 bp,序列类型为ST1249,与B136-33株同源性最高,且两菌株基因组平均核苷酸一致性(ANI)值达98.93%;全基因组中共有357个序列编码FMDP001与致病性相关的基因,根据功能分为黏附、铁摄取、胞外毒性蛋白和调控系统;84个序列编码耐药基因,其中多药耐药外排泵为主要成分。[结论]从林麝化脓肺脏中分离到1株致病性较强的PA,并获得ST1249型林麝源PA的全基因组序列,序列显示该菌携带大量药物外排泵及生物膜形成相关基因,决定其具有多重耐药特性,哌拉西林等可作为该类型PA感染的临床用药。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
邓英 李强 严立恒 张白玉 杨胡 付萍 孙珊珊 颜其贵
[目的]比较表型差异的林麝肺源铜绿假单胞菌ZP-1株(不产绿脓菌素)和BX-1株(产绿脓菌素)的毒力表达情况以及在小鼠急、慢性肺部感染时的致病性,为林麝化脓性肺炎的治疗与防控提供依据。[方法]比较ZP-1株和BX-1株的毒力因子表达差异,利用无创式气管插管滴注和制备琼脂糖包埋株的方法,建立ZP-1和BX-1株的小鼠急、慢性肺部感染模型,并检测小鼠急性、慢性感染肺脏残留铜绿假单胞菌数、白细胞总数和细胞因子含量,观察病理组织学变化。[结果]在体外培养条件下,ZP-1株的脓青素和胞外多糖表达量显著高于BX-1株(P0.05);BX-1株鼠李糖脂表达量显著高于ZP-1株(P
[期刊] 西南农业学报
[作者]
阎华 王会 汤尚文 于博 黄升谋 李云捷 吴进菊 李玉奇
【目的】本文分离和鉴定了湖北省汉川市同旺养殖场患病黄颡鱼的病原菌种类并分析其影响寄主抗菌肽基因表达的特点,能够为该病症预防和治疗提供研究基础。【方法】以患病黄颡鱼肝脏作为样本,使用划线培养的技术,分离得到病原菌PA-5。对病原菌进行革兰氏染色和显微镜观察,其形态为长棒状,革兰氏染色为阴性。再进行VITEK-32全自动微生物分析鉴定仪操作,该病原菌对D-葡糖酸、丙二酸和葡萄糖等反应灵敏,对黏菌素、七叶苷和阿拉伯糖等反应迟钝。采用多重PCR技术对该菌16SrRNA和gyrB基因序列分析后发现。【结果】该菌与铜绿假单胞菌的特征序列相似,亲缘关系较为接近,综合后鉴定该病原菌为铜绿假单胞菌。同时以该病原菌为样本,分析其感染黄颡鱼后,对寄主抗菌肽基因PC1/PC2/PC3的表达影响。在黄颡鱼的腹腔中注射3.0×10~(6 )cfu/mL铜绿假单胞菌PA-5,侵染完成后0～96 h分别解剖获取黄颡鱼的肝脏,肾脏以及表皮组织。然后利用Trizol试剂盒操作获取黄颡鱼总RNA,反转录合成cDNA后应用实时荧光定量PCR技术分析黄颡鱼抗菌肽基因PC1/PC2/PC3基因表达变化特点。铜绿假单胞菌PA-5侵染黄颡鱼后,寄主肝脏组织中的抗菌肽基因PC1/PC2/PC3相对表达量24,36 h较高,与对照组比较显著(P
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
卢权威 郭官鹏 崔保安 陈红英 魏战勇 郭敬 吴宇阳 李坤 钞安军
【目的】对河南部分地区疑似猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)感染猪进行病毒分离鉴定,并对分离株的全基因组序列进行分析。【方法】对郑州、焦作两地疑似PCV2感染的猪淋巴结、脾脏和肺脏组织进行PCR检测,对检测为阳性的病料进行PCV2的分离,利用间接免疫荧光试验和PCR扩增进行初步鉴定。用PCR扩增PCV2全基因,经克隆、测序后,用MEGA5.1软件对克隆的序列与GenBank上获取的其他PCV2全基因组进行序列比对。【结果】分离到2株病毒,分别命名为ZHENGZ-12株和JIAOZ-12株。间接免疫荧光试验结果显示,感染病毒的细胞出现了特异的亮绿色荧光...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴向阳 程朝泽 吕高强 王心宇
【目的】从芝麻全基因组中分离鉴定水通道蛋白ＡＱＰ（ＡＱｕＡＰｏｒｉｎ）家族基因，并进行系统进化关系、连锁群定位、基因结构、跨膜结构域和亚细胞定位预测、保守性氨基酸残基以及青枯雷尔氏菌诱导表达分析，为芝麻ＡＱＰ的功能研究与利用奠定基础。【方法】通过生物信息学手段，结合芝麻基因组注释信息，鉴定芝麻ＡＱＰ家族成员序列信息，并用ｉｎｔｅｒＰｒｏ逐一进行验证。利用ＣｌｕｓｔＡｌＷ２对芝麻、拟南芥和水稻的ＡＱＰ以及马铃薯的ＸｉＰｓ进行多序列比对，用ＭｅＧＡ６．０构建进化树。通过ＭＡＰｉｎｓＰｅＣｔ和Ｇｅｎｅ ｓｔｒｕＣｔｕｒｅ ＤｉｓＰｌＡｙ ｓｅｒｖｅｒ ２．０进行连锁群定位和基因结构分析。采用Ｐｒｏｔ．．．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
吴美洲 陈芳洲 李中华 万胜锋 叶十一 何启盖
为研究猪流行性腹泻病毒（ＰＥＤＶ）变异株特性，通过细胞培养、细胞病变（ＣＰＥ）观察、ＲＴ－ＰＣＲ、间接免疫荧光实验和透射电镜观察分离鉴定１株ＰＥＤＶ变异株（ＣＨ／ＹＮＫＭ－８／２０１３株）并分析了全基因组序列。运用基因组分段扩增方法，测得该毒株的全基因组序列（ＧＥＮＢａＮＫ登录号为ＫＦ７６１６７５．１）。该毒株Ｓ基因Ｎ端比ＣＶ７７７毒株Ｓ基因的Ｎ端长９ＢＰ，包括１５ＢＰ的插入和６ＢＰ的缺失，表明ＣＨ／ＹＮＫＭ－８／２０１３为变异毒株。同源性分析显示，该毒株的基因组序列与我国广东２０１１年分离毒株ＬＣ的同源关系最近，相似性为９９．６％，与韩国毒株ＫＮＵ－１３０５和美国毒株ＵＳａ／ＭｉＮＮＥＳｏＴ．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
高芳銮 常飞 沈建国 谢联辉 詹家绥
【目的】马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)是马铃薯病毒科(Potyviridae)马铃薯Y病毒属(Potyvirus)代表成员,是马铃薯和烟草生产中分布最为广泛并造成严重经济损失的病毒之一。研究旨在揭示PVY榆林分离物ShX14的全基因组特征,并准确判断其株系分子类型。【方法】根据已经报道的PVY不同基因保守区设计11对简并引物,采用片段重叠法从感染PVY的马铃薯病叶中扩增、克隆获得榆林分离物ShX14的全长序列,并对其序列特征、重组位点、系统发育关系等进行分析。同时,应用系统发育与性状关联分析(phylogeny-trait association analysis)评估P...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王小非 刘鑫 苏玲 孙永江 张世忠 郝玉金 由春香
【目的】从番茄全基因组中鉴定LBD基因,并进行基因进化、基因结构、染色体定位以及组织表达和诱导表达分析,为番茄LBD基因的功能研究与利用奠定基础。【方法】利用番茄基因组数据库,通过生物信息学手段,鉴定番茄LBD家族成员;采用MEGA5软件进行系统进化树分析;通过perl程序、MapDRAW及GSDS工具进行基因结构及染色体定位分析;利用已有的番茄芯片数据进行组织表达谱和基因表达响应分析。【结果】系统分析鉴定了46个番茄LBD家族基因,根据基因结构及系统进化分析将其分成class I与class II两类,细分为5个亚家族(Ia、Ib、Ic、Id与II)。基因定位表明,12条染色体中的10条均有...
关键词：
番茄 LBD基因家族 系统进化 基因表达
[期刊] 西南农业学报
[作者]
龙苏 梁静真 韩书煜 范华龙 牛志伟 邓小红 胡大胜 黄钧
探明广西桂林市全州县禾花鲤暴发性死亡的病原菌及其药敏特性，为有效防控禾花鲤暴发性死亡现象提供依据。按常规方法进行病原菌的分离，人工感染试验确定病原菌，分别以ＡＰＩ ２０ＮＥ和１６Ｓ ｒｒＮＡ基因序列分析对病原菌进行生化鉴定和分子鉴定，Ｋ－Ｂ纸片扩散法进行药敏试验。结果表明，从患病禾花鲤中分离到１株优势菌株ＴＨ４，该菌株对禾花鲤的平均致死率为８０．００％，是引起禾花鲤暴发性死亡的病原菌；ＡＰＩ ２０ＮＥ和１６Ｓ ｒｒＮＡ鉴定结果，ＴＨ４为铜绿假单胞菌（ＰＳＥｕｄｏｍｏＮＡＳ ＡＥｒｕｇＩＮｏＳＡ），与标准株ＰＳＥｕｄｏｍｏＮＡＳ ＡＥｒｕｇＩＮｏＳＡ ＰＡ９４（Ｋｍ０１３８１５）的亲缘关系最近，．．．
关键词：
禾花鲤 铜绿假单胞菌 病原分离与鉴定
[期刊] 华北农学报
[作者]
徐品三 孙冰轮 姜旭 李焕改
根据GenBank上已登录的百合斑驳病毒(LMoV)基因组序列设计7对交叉重叠的引物,利用RT-PCR技术对铁炮百合白天堂进行检测,并经克隆测序获得百合斑驳病毒大连分离物(LMoV-DL)基因组全序列。序列分析表明:LMoV基因组由长度为9 648 bp的线状单链正义RNA组成,包括一个poly(A)尾巴,编码一个由3 096个氨基酸组成的分子量为351 kDa的多聚蛋白。同时多聚蛋白系统发育分析说明LMoV隶属于Potyvirus属一个较大的分支,在进化关系上与BYMV和ClYVV最近。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
郑敏 黄梅清 车勇良 邵良平 陈少莺
根据已发表的猪圆环病毒2型(PCV2)基因序列,分段设计2对PCV2特异性引物,用PCR方法扩增近年从福建省部分发病猪场分离鉴定的7株PCV2的全基因序列并进行比对分析.结果表明:7株PCV2基因组全长1767 bp,与GenBank上发表的17株PCV2参考毒株的同源性为94.7%-99.5%;7株PCV2分离株之间的全基因同源性高达98.4%-99.5%;7株PCV2 ORF2编码蛋白均具有很强的亲水性和抗原性,其核苷酸及推导的氨基酸同源性高达98.9%-99.7%和97.9%-99.6%,与参考毒株的同源性分别为91.1%-99.7%和85%-100%,存在一定的差异.可见,7株PCV2...
关键词：
猪圆环病毒Ⅱ型 全基因组序列 比较
[期刊] 水产学报
[作者]
王超杰 黎洁 王旭 王至诚 王卫民 罗毅
皮特不动杆菌作为一种新兴的鱼源致病菌，为了对该菌的致病机理进行深入研究并给该菌引起的鱼类疾病防治提供技术储备，本研究选取皮特不动杆菌菌株Ap-W20进行了全基因组测序，并对其毒力特征进行了分析。结果发现，Ap-W20全基因组序列总长为4 399 705 bp，GC含量为38.78%，共预测到4 230个编码序列(CDS)，存在4个质粒，GenBank数据库登录号为CP027658–CP027662。ANI分析结果证实Ap-W20属于皮特不动杆菌，且Ap-W20与已知人源皮特不动杆菌AP＿882(96.69%)和环境源皮特不动杆菌PHEA-2(96.55%)相似度较高。Ap-W20与AP＿882、PHEA-2的比较基因组学分析发现，Ap-W20中的基因岛、前噬菌体和质粒数量最多，这很可能与它们各自的分离环境和致病力有关。通过与毒力因子数据库(VFDB)数据库比对，在Ap-W20全基因组中预测到286个毒力基因，主要与黏附和抗吞噬等有关。Ap-W20中还存在I、II和VI型分泌系统、多套双组分调控系统以及细菌素合成基因簇等，表明鱼源皮特不动杆菌可能存在复杂的致病机制。本研究对鱼源皮特不动杆菌全基因组进行了毒力特征分析，为该菌引起的鱼类疾病防治奠定了基础。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
赵位 王吴优 程建国 田青 罗燕
【目的】对1株疑似肺炎克雷伯氏菌进行分离鉴定及全基因测序分析,并对发现的新基因kp05372编码产物进行生物信息学分析。【方法】采用传统的细菌鉴定方法和分子生物学方法,分别对采自麝粪便的1株病原菌的生理生化特征及16SrRNA序列进行测定;以小鼠感染试验和半数致死量(LD50)测试该病原菌的致病性;用全基因组测序方法对病原菌基因组进行测序分析,并对发现的新基因编码产物进行生物信息学分析。【结果】经生理生化试验和16SrRNA序列分析发现,分离菌株为肺炎克雷伯氏菌,命名为GPKP,其对小鼠致死的LD50为6
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
肖璐 邬旭龙 王印 姚学萍 杨泽晓 胡凌 林星宇 任梅渗 曾相杰 罗忠永
【目的】了解当前支气管败血波氏杆菌（ＢＢ）地方菌株皮肤坏死毒素（ＤＮＴ）基因的变异特点。【方法】利用分离培养、ＰＣＲ及１６ＳＲＲＮＡ扩增片段同源性分析，对采自四川遂宁某规模化猪场有明显萎缩性鼻炎症状的鼻拭子进行病原分离鉴定，并对分离株的ＤＮＴ基因进行克隆和序列分析，对其抗原域、氨基酸二级结构、特定区域位于蛋白质表面可能性等参数进行预测，分析其Ｂ细胞抗原表位。【结果】成功分离得到一株支气管败血波氏杆菌，命名为支气管败血波氏杆菌ＳＣ－ＳＮ株。分离株ＤＮＴ基因序列全长４ ３５７ＢＰ，与其他１１株菌ＤＮＴ基因的核苷酸序列同源性为９３．１％～１００．０％，但由于其３５６位插入碱基Ａ，使得该序列仅编码１ ．．．
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