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[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
周美丽 王立志 闫天海 杨营 徐琴 王继文 郭伟
为研究林麝粪便细菌的结构与组成,选取6只2~3岁的圈养条件相同且健康的公林麝,饲喂精粗比为2∶8的饲粮,收集其新鲜粪便,提取其总DNA,然后用16SrrNA细菌通用引物进行PCr扩增,并用IllumINA mISeq250Pe测序平台,对扩增子进行mISeq双端测序。结果显示:1)借助IllumINA mISeq250Pe测序平台对样品进行测序,共获得85 091条有效序列,5 133个有效OTu。2)所得OTu经物种注释被归类为23个门,其中厚壁菌门(FIrmICuTeS)(51.1%±19.9%)、拟杆菌门(BACTerOIDeTeS)(35.6%±15.5%)、变形菌门(PrOTeOBA...
关键词:
林麝 菌群结构 OTU稀释曲线 共享菌群
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李传海 尚健 聂文芳 李立峰 曹慧
[目的]研究家鸽粪便细菌群落组成与结构特征,明确鸽粪中病原微生物主要类群,探究鸽粪微生物多样性与环境风险之间的关系。[方法]以规模化养殖场家鸽粪便为试验材料,采用Illumina Mi Seq高通量测序方法分析了3个养殖场鸽粪(HP、WB和HH)细菌16S rDNA(V3V4)多样性及其环境意义。[结果]3个鸽粪样品共获得大约12万条有效序列,在Cutoff值为0.03水平上进行可操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)归类,HP、WB、HH分别有4 215、3 672
关键词:
鸽粪 高通量测序 细菌多样性 致病性细菌
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
康强 周鑫 罗燕 田青 程建国 赵位
【目的】探索从林麝粪便中提取基因组DNA并进行物种鉴定的可行性,为林麝野外调查工作以及分子粪便学在林麝保护中的应用提供科学依据。【方法】采集林麝粪便,采用改良的CTAB抽提基因组DNA;按常规PCR法对mTDNA D-looP区和CyT B基因进行扩增测序后,用DNAmAN 6.0软件进行系统发育分析;在不同温度存放不同时间,研究林麝粪便基因组DNA的提取与mTDNA D-looP区和CyT B基因PCR扩增的时效性。【结果】以提取的基因组DNA为模板进行PCR扩增均能特异性地扩增出mTDNA D-looP区和CyT B基因。系统发育分析结果表明:所扩增产物为林麝的mTDNA D-looP区和...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
吴占月 吴森
【目的】为探究补饲不同剂量双歧杆菌对欧拉羊生长性能及粪便微生物组成的影响。【方法】选取健康、体况一致的6月龄欧拉羊母羊30只随机分为对照组(CG组)、低剂量补饲组(BIFlow组)和高剂量补饲组(BIFhigh组),每组10个重复。对照组饲喂基础饲粮,BIFlow组和BIFhigh组分别在基础饲粮的基础上添加双歧杆菌5×10~(6)、5×10~(7 )cfu/g。补饲30 d后每组随机选择5只采集肠道粪便,进行16S rDNA测序和生物信息学分析。【结果】补饲双歧杆菌后,欧拉羊的平均日增重显著提高(P<0.05,下同),BIFhigh和BIFlow组的Chao1指数和Richness指数显著高于CG组。比较三组肠道微生物相对丰度差异显著OTUs发现,BIFlow组与CG组、BIFhigh组与CG组、BIFhigh组和BIFlow组之间丰度差异性OTUs分别为70、81和23种。对三组属水平肠道微生物中丰度差异显著的微生物进行数量统计发现,BIFhigh组与CG组之间Phocaeicola等7个属的细菌丰度显著上升,消化杆菌属(Peptacetobacter)等4个属的细菌丰度显著下降。BIFlow组与CG组之间冻丝菌属(Kineothrix)等6个属丰度显著上升;消化杆菌属等7个属的细菌丰度显著下降。BIFhigh和BIFlow两组肠道差异微生物主要表现为Mediterraneibacter、无杆菌属(Agathobacter)等2个属丰度显著上升。对照组与补饲组在细胞进程、细胞运动等功能方面有显著差异。【结论】补饲双歧杆菌后提高欧拉羊的平均日增重,改变肠道菌群Beta多样性,各组肠道微生物属水平等细菌丰度有显著差异,肠道微生物群落结构发生了改变,引起了微生物功能的变化。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
魏雨婷 周冉 刘宝庆 胡晓龙 刘树强 李林海 胡德夫
林麝饲养繁育承担着重建野生种群和保障麝香可持续利用的艰巨任务,然而其饲养种群长期受到健康状态不稳定和疾病高发的困扰,同时,受到濒危等级和试验样品的限制,迄今鲜有涉及林麝生理参数的文献。本研究于2014年7—8月分别采集陕西火烧店和四川米亚罗林麝饲养场的林麝粪样,采用酶联免疫法(ELISA)测定雌麝粪便中三碘甲腺原氨酸(T3)的含量,以探讨雌麝粪便T3值表达的生理状态及变化趋势。结果表明,陕西火烧店和四川米亚罗饲养场雌麝粪便T3在所研究的时段内不存在显著差异;两地雌麝粪便T3在3岁至5岁期间随着年龄的增长呈现逐渐上升的趋势,但在5岁之后随着年龄的增大而逐渐下降,这可能意味着雌麝在5岁左右达到生理...
关键词:
林麝 粪便甲状腺激素 生理状态 指示作用
[期刊] 实验技术与管理
[作者]
张杰 张晓鹏 李鹏高 赵志强
分别将研磨、水煮两种预处理方法和改良CTAB法、试剂盒法两种提取方法进行组合,比较提取小鼠粪便细菌基因组DNA的效果。结果发现,研磨预处理过的样品提取到的细菌基因组DNA的浓度和纯度均高于水煮预处理过的样品,研磨结合改良CTAB法提取到的DNA完整性好于其他方法,研磨结合改良CTAB法是一种提取粪便细菌基因组DNA较为实用可靠的方法。
关键词:
粪便 细菌基因组DNA 提取方法
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
高华 秦清军 谷洁 李鸣雷 张亚健
以自行分离筛选的混合菌株作为除臭菌剂,进行鸡粪堆肥对比试验。结果表明,加入除臭菌剂的处理 比对照提早20d消除臭味,其0~10d的氨气释放平均浓度比加入发酵菌曲及对照处理的分别低21%和46%,同时硫化氢释放浓度在堆制过程中始终低于对照,达到了较好的除臭效果;除臭菌剂使堆料温度≥60℃的时间达到10d,在堆制各时期NH+4-N含量顺序为处理
关键词:
家禽粪便 除臭菌剂 无害化处理 堆肥
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
白瑞丹 蔡永华 郑程莉 程建国 付文龙 盛岩 孟秀祥
行为多样性可综合量化动物行为特征。根据林麝Moschus berezovskii摄食量和生理反应,泌香期划分为不同时期。为阐明圈养林麝泌香期行为多样性与泌香量的关系, 2016年5月1日至7月31日,综合采用焦点取样和所有事件记录法,对四川马尔康林麝繁育中心的57头雄性林麝进行了行为取样和记录,计算了行为多样性指数,并根据年龄将林麝分为亚成体、成体和老年麝,结合个体的摄食量计测,利用单因素方差分析和相关系数法,分析了林麝各泌香时期的行为多样性及与年龄和麝香分泌量的关系。结果表明:马尔康圈养林麝亚成体雄麝麝香分泌前的行为多样性指数(n=38)显著高于老年麝(n=14, P0.05);泌香后期老年麝行为多样性指数(n=49)显著低于亚成体(n=84, P0.05)。老年林麝的行为多样性指数在麝香分泌前期(n=14)及后期(n=49)均显著低于同期的亚成体行为多样性(n=38, n=84,P
关键词:
动物学 林麝 圈养 麝香分泌 行为多样性
[期刊] 海洋渔业
[作者]
刘欢 俞勇 廖丽 刘双 陈波
研究了南极长城湾潮间带海绵共附生可培养细菌多样性及其疑似新种应用有利于放线菌生长的选择性培养基ISP2从长城湾海绵动物组织中分离出120株细菌,基于这些菌株的16S rRNA基因序列开展系统发育分析。结果显示,所分离菌株隶属于三个细菌门五大类群的11个目、22个属,表明长城湾海绵共附生细菌的种属分布较广、多样性非常高。其中红球菌Rhodococcus属占优势,另外包含α-变形菌纲Puniceibacterium属、放线菌门Aeromicrobium属、β-变形菌纲Limnobacter属等罕见种属。16S
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈章 王强锋 陈强 刘轶豪 张凌子
【目的】为了揭示中江县丹参连作土壤的细菌多样性。【方法】在中江丹参GMP基地采取患病丹参根际与非根际土壤、正常生长丹参根际与非根际土壤,采用可培养和免培养技术细菌研究供试土壤的细菌类群变化。【结果】应用稀释分离法,从供试土壤中获得46株可培养细菌,16S rDNA-RFLP分析表明,在79%相似水平分为7个遗传群,对代表菌株16S rDNA进行序列分析,构建了系统发育树,供试菌株为芽孢杆菌属(Bacillus)、短杆菌属(Brevibacterium)、拜叶林克氏菌属(Beijerinckia)和假单胞菌属(Pseudomonas)。【结论】PCR-DGGE图谱聚类分析表明,丹参连作显著影响了土壤细菌类群,供试土壤细菌类群间存在着明显的遗传多样性;条带克隆测序表明绝大多数菌株属于未培养细菌。
关键词:
丹参 连作 微生物类群 PCR-DGGE
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
蓝柏成 刘君昂 肖柏 周国英
【目的】降香黄檀是我国濒危树种,降香黄檀的高效培育一直是国内外研究的热点问题。本研究旨在为合理利用降香黄檀内生细菌资源提供科学依据,因此对降香黄檀内生细菌的群落结构及多样性进行探讨。【方法】采用高通量测序技术分析降香黄檀内生细菌的群落结构及多样性,同时测定并分析了降香黄檀心材边材的理化性质,包括含水率、p H值、灰分含量、热水抽提物含量、钙元素含量、钾元素含量和镁元素含量。【结果】经过测序共获得301 585条序列,有效序列平均长度为447.5 bp;得到4 678个OTUs,分属24门51纲104目200科329属。在门的水平上,心材优势菌为变形菌门和蓝细菌门,边材优势菌为变形菌门。在属的平上,心材优势菌为肠杆菌属,边材优势菌为肠杆菌属和不动杆菌属。丰度指数、香侬指数和辛普森指数的结果显示降香黄檀心材内生细菌的多样性大于边材。降香黄檀的内生细菌无论是数量还是多样性,在心材和边材上都存在差异。研究发现降香黄檀心材和边材灰分含量、热水提取物、pH值、Ca含量和K含量都存在明显差异。【结论】降香黄檀内生细菌的群落结构及多样性,心材均大于边材;引起降香黄檀内生细菌群落结构差异的主要木材环境因子有灰分含量、热水提取物、pH值、Ca含量和K含量;降香黄檀的各项理化性质中对其内生细菌群落结构影响较大的是含水率和pH值,其中pH值影响最大。
关键词:
降香黄檀 内生细菌 心材 边材
[期刊] 西南农业学报
[作者]
方扬 张小平 陈露遥 黄怀琼
通过对四川省重点推广的4个花生品种——天府11号、12号、13号和岳易各生育期、各部位内生细菌种群动态的系统研究,分离出内生细菌170株,其中放线菌15株;鉴定结果表明,天府系列花生内生细菌共16个属,其中芽孢杆菌属11个种,为花生内生细菌的优势种群。对链霉菌属放线菌进行了抗菌性检测,其中13株对枯草芽孢杆菌有拮抗作用,淡紫灰类群菌株11-02和13-10的抑菌效果最为显著。
关键词:
天府花生 内生细菌 种群多样性
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
金风杰 蒋德明 王亭芳 孙霏 常忠义 赵云龙 高红亮
【目的】研究南美白对虾养殖池一个养殖周期的底泥细菌多样性,为指导水产养殖提供参考。【方法】于2011年7-9月,采集上海市金山区水产养殖基地南美白对虾养殖池塘的底泥,提取底泥中细菌的总DNA,扩增细菌16SrDNA的V3可变区,采用DGGE指纹图谱技术以及基因测序技术,对该养殖周期的底泥细菌多样性进行研究。【结果】不同月份虾池底泥中存在一定数量的共有优势菌群,7月和8月的共有优势菌群分别为黄杆菌属和绿弯菌门细菌,8月和9月共有优势菌群为梭菌属细菌,7月份和9月份共有优势菌群为拟杆菌门细菌和硫酸盐还原菌;同时,7-9月底泥中还各自分布有除硫单胞菌属、蛭弧菌属、δ-变形菌门、酸杆菌门、厚壁菌门、聚...
[期刊] 水产学报
[作者]
周新倩 杨锐 吴小凯 黄艳花
为研究浙江近海浒苔Ulva spp.(EntEromorpha spp.)外生细菌多样性,采用传统的形态学和16s rDna测序分析的方法,从舟山朱家尖、宁海国华电厂和奉化南沙3个地区分离到可培养的浒苔外生细菌及其周围海水细菌65株。根据细菌菌落特征和革兰氏染色结果等将分离到的细菌分为26种表型。16s rDna序列测序比对发现:菌株与不动杆菌属(acinEtobactEr)、交替单胞菌属(altEromonas)、弧菌属(vibrio)、假交替单胞菌属(psEUDoaltEromonas)、微小杆菌属(ExigUobactEriUm)、芽孢杆菌属(bacillUs)、赤细菌属(Erythro...
关键词:
浒苔 16S rDNA 外生细菌 多样性
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张荣 孙广宇 张苗 章柱
苹果煤污病和蝇粪病症状复杂多样,症状类型是研究其病原多样性的基础。对采自陕西省苹果产区洛川、黄陵、乾县、永寿、彬县、礼泉、眉县、武功、杨凌等地果园中的苹果煤污病和蝇粪病,在体视镜和显微镜下病原菌菌体形态进行了观察、分类。结果表明,陕西主要苹果产区的苹果煤污病和蝇粪病的症状类型复杂,煤污病有4类(分枝类、煤烟类、刻点类和开裂类)9亚类(雪花状、树枝状、平滑煤烟状、粗糙煤烟状、亮刻点状、暗刻点状、底纹蜂巢刻点状、蜂巢状和条块状);蝇粪病有3类(棕点类、微点类和黑点类)。其中的雪花状、条块状、微点类和棕点类为新的类型。以上结果显示,我国苹果煤污病和蝇粪病病原菌菌体类型具有丰富的多样性,其中可能包括一...
关键词:
煤污病 蝇粪病 苹果 多样性
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