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[期刊] 淡水渔业
[作者]
李强 刘至治 曾珍 潘连德 汪婉桐
为寻找松江鲈(Trachidermus fasciatus)鸭绿江种群(YL)、黄河种群(YR)和富春江种群(FR)间的分子标记,从120条10 bp随机引物中,筛选出多态性引物54条进行RAPD扩增。克隆获得了S2069680 bp、S2082331 bp、S2105782 bp与S2111400 bp等4个清晰的RAPD特异性标记,并成功将RAPD标记S2082331 bp与S2105782 bp转化成SCAR03260 bp和SCAR04710 bp的SCAR标记。经每群体30尾样本验证,发现SCAR03260 bp在YL、YR和FR种群中出现的频率依次为13.33%、93.33%、86...
[期刊] 水产学报
[作者]
邹曙明 李思发 蔡完其
从100个10bp寡核苷酸引物的扩增带中,筛选出了3个RAPD特异扩增带,即团头鲂“浦江1号”群体所具有的S37277bp、S112660bp带,以及对照群体所具有的S28946bp带。该3条RAPD特异扩增带经回收、克隆和测序,并根据部分序列信息分别设计了3对各20bp的正向引物和反向引物。用3对引物分别在“浦江1号”群体和对照群体中进行PCR扩增,分别产生了Sc1(248bp)、Sc2(540bp,460bp)和Sc3(320bp)4个SCAR扩增带。其中,Sc2(540bp,460bp)和Sc3(320bp)3个SCAR扩增带在“浦江1号”和对照群体中均呈阳性,不能有效地区分这2个群体;...
[期刊] 林业科学
[作者]
吴松权 管清杰 全雪丽 傅伟杰 吴基日
RAPD analysis was adopted to identify the Tricholoma matsutake and T. bakamatsutake. With the method of BSA, a polymorphic band of 870 bp linked to T. matsutake was amplified, and the SCAR marker was developed from the polymorphic band by cloning, sequencing and designing primers. The SCAR marker on...
关键词：
松茸 假松茸 RAPD SCAR
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
韦璐 宋佳坤 潘连德 张旭光 王晓杰 范纯新 郭弘艺
鱼类的侧线类型是由分类地位还是由环境的适应而定是进化形态学的关键问题之一。通过光镜和扫描电镜,首次描述和比较了同属鲉形目的褐菖鲉和松江鲈的侧线形态及其分布。研究结果显示,两种研究对象的侧线都仅具机械感觉系统,包括管道侧线和表面神经丘,但它们的形态及分布有差异。褐菖鲉头部管道属分枝型;松江鲈属简单型管道,比褐菖鲉有更多的表面神经丘。这两种鱼都属以管道为主,表面神经丘为辅助来感知水流动态的类型,但是,栖息在急流的褐菖鲉具有分枝型管道侧线和较少的表面神经丘分布;生活在缓流的松江鲈有简单型管道侧线和较多的表面神经丘分布,表明这些侧线的形态特征与不同栖息地水流环境关系密切。本文认为,分类地位接近的褐菖鲉...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
徐建荣 韩晓磊 郁建锋 鲍峰 许璞
利用ISSR分子标记技术对辽宁丹东和河北秦皇岛2个地区松江鲈(Trachidermus fasciatus)群体的遗传多样性进行了分析。结果显示:77个ISSR引物中有4个引物能扩增出清晰条带,4个引物对两个群体各24个样品扩增出27个位点。松江鲈丹东和秦皇岛两群体的多态位点比率均为44.44%,Shannon′s指数分别为0.2728、0.2836。Shannon′s指数和AMOVA分析均显示松江鲈的遗传变异主要来自于群体内个体间。松江鲈UPGMA系统树没有依据群体分别聚类,无明显遗传趋异。两个松江鲈野生群体的平均杂合度和多态位点与处于濒危状态的江豚类似,多态性位点比例低于濒危状态的平胸龟和...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘莹莹 于珊珊 柴迎梅 林啸鹏 祝茜
为研究白介素15(Interleukin-15, IL-15)在松江鲈(Trachidermus fasciatus Heckel)先天免疫中的功能,本研究利用RACE技术克隆得到松江鲈IL-15基因(命名为TfIL-15)的全长cDNA序列,其长度为1140 bp,包括5’-非编码区(5’-UTR) 165 bp、开放阅读框(ORF) 522 bp和3’UTR 453 bp。在5’UTR区域,存在4个读码框外的AUG翻译起始位点。基因ORF编码173个氨基酸(aa),其中,前59 aa为信号肽序列。成熟肽全长为114 aa,预测分子量为12.975 kDa,理论等电点为5.15。同源比对发现,鱼类IL-15变异程度较高,TfIL-15与其他鱼类IL-15同源性在23%～61%之间。多序列比对和三维结构构建结果显示,TfIL-15具有典型4个α螺旋二级结构,形成二硫键的4个半胱氨酸高度保守。q RT-PCR分析表明,TfIL-15广泛表达于松江鲈各组织中。腹腔注射脂多糖(Lipopolysaccharides, LPS)后,TfIL-15 mRNA在血液、皮肤、肝脏和脾脏中均上调表达。在皮肤和血液中,刺激后2 h表达量迅速上调至最高峰,分别为对照组的74倍和41倍。脾脏和肝脏在刺激后12 h分别达到对照组的3倍和18倍。肝脏中,刺激后96 h,表达量再次上调至对照组的86倍。上述结果表明,TfIL-15可能参与了松江鲈抵抗外界刺激的先天免疫过程。另外,通过构建TfIL-15成熟肽的原核表达载体,成功获得重组蛋白,为进一步研究Tf IL-15蛋白的功能奠定了基础。
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
高风英 叶星 卢迈新 黄樟翰 张庭
应用RAPD技术对3个奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)群体(奥利亚罗非鱼83系、新引进的红色奥利亚罗非鱼与奥利亚罗非鱼02系)进行遗传多样性分析。根据扩增结果统计获得群体内和群体间的遗传距离:奥利亚罗非鱼83系、红色奥利亚罗非鱼、奥利亚罗非鱼02系群体内的遗传距离分别为0.021 0,0.090 3和0.014 9;群体间的遗传距离以奥利亚罗非鱼83系与红色奥利亚罗非鱼群体间的最大,为0.135 1,奥利亚罗非鱼83系与奥利亚罗非鱼02系的遗传距离最小,为0.061 0,红色奥利亚罗非鱼与奥利亚罗非鱼02系群体间的遗传距离为0.121 8。利用MEGA3.1软件进行聚类分析...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
余仲东 张振 曹轩峰 曹支敏
【目的】根据RAPD分析结果,对松杨栅锈菌西部和北方两大地理相关菌群RAPD扩增特异性DNA片段进行SCAR标记转换。【方法】经pGEM-T载体克隆和测序、Seqman整合后,用Primerselct分别设计了两地理菌群的简并引物对(西部菌群简并引物对PNW0118-382-F:GAATCGGCCACAAAACTATC,PNW0118-382-R:GAATCGGCCATGACTTGAGC,北方菌群简并引物对PNW0118-400-F:GAATCGGCCACAAAACTATC,PNW0118-400-R:GAATCGGCCATGACTTGAGCTGC)。【结果】经PCR条件优化成功获得两大地理菌...
关键词：
松杨栅锈菌 DNA SCAR标记
[期刊] 林业科学
[作者]
陈凤毛 叶建仁 吴小芹 黄麟 谈家金
将松材线虫RAPD特异片段OPM05-X2100进行分离、回收,与载体pGEM-TVector连接,转化大肠杆菌并培养,对目标克隆测序。根据测序结果,用Oligo5.0软件设计引物,正向引物为M05F2(5'-CGGGT CATGG CTGGA GGTAT CGT-3'),反向引物为M05R1(5'-TGGCT CAATG GCAAA TCCTT CGTA-3'),成功地将松材线虫特异片段OPM05-X2100通过引物对M05F2/R1转化为SCAR-M05-X600。运用SCAR标记引物M05F2/R对枯死松树体内分离的92份线虫样本的DNA进行标记,并对单条线虫经简易方法提取的DNA进行...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孟凡娟 许向阳 李景富 黄凤兰
【目的】寻找与番茄抗叶霉病基因Cf6连锁的分子标记。【方法】以番茄抗叶霉病和感叶霉病亲本组合(03036×03748)的F2分离群体为研究材料,采用BSA法和RAPD技术筛选与抗病基因连锁的分子标记。【结果】经F2单株分析,在后代群体中扩增出了两条长约500bp的特异片段,该特异标记与叶霉病抗性基因Cf6紧密连锁,遗传距离为8.7cm。测序结果显示,目标片段的大小分别为619bp和559bp,并将该标记转换为SCAR标记。【结论】SCAR标记,可用于番茄叶霉病抗性分子标记辅助育种。
[期刊] 林业科学
[作者]
赵静媛 陈素梅 陈发棣
In this study,PCR product amplified with a RAPD marker A10_555 which is linked to gene controlling creeping habit of ground-cover chrysanthemum(Dendranthema grandiflorum) was recovered,and subsequently subcloned and sequenced. A pair of 18-base specific primers was designed based on the obtained seq...
关键词：
地被菊 株型匍匐性 SCAR标记
[期刊] 海洋渔业
[作者]
贾昌锋 高海霞 祝茜 张雷
采用表达序列标签(EST)和cDNA末端快速扩增技术(RACE)从松江鲈(Trachidermus fasciatus)体内克隆出一个热休克同源蛋白70(即TfHsc70)。其全长2 138 bp,理论分子量为71.1 kDa,等电点为5.27,并由一个1 947 bp的开放阅读框(ORF)、一个78 bp的5′端未翻译区(UTR)和一个95 bp的3′端带有终止密码子(TAA)的UTR组成。通过与多种鱼类、两栖类和爬行类等动物的热休克同源蛋白70(HSC70)对比发现,其具有88.89%～97.09%的相似性。实时荧光定量PCR (quantitative real-time PCR, qRT-PCR)显示,TfHsc70 mRNA在松江鲈的血液、心脏、肝脏、胃、肠、脾脏、肾脏、大脑、鳃中均有表达,但在皮肤中几乎未检测出。使用脂多糖(LPS)刺激发现,皮肤、血液和肝脏中TfHsc70的表达量在2 h时明显增加,鳃和脾脏中略微上调,而在大脑中呈现先减少再增加的趋势。基于对TfHsc70的蛋白序列以及TfHsc70 mRNA的表达分析,表明TfHsc70是热休克蛋白HSP70家族成员,它可能参与了松江鲈的先天免疫。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
邝杰华 马骞 毛非凡 李昂 刘新富 周启苓 庄志猛
为了探究小分子热休克蛋白基因HSPB1、HSPB7和HSPB11在松江鲈(Trachidermus fasciatus)应对低盐胁迫过程中的调节作用,本研究基于前期转录组数据,获取3个目标基因的序列信息并进行了系统进化分析,利用实时荧光定量PCR技术检测了3个基因在两种低盐胁迫处理下不同时间点(0 h、12 h、24 h和48 h)在鳃、肠、肾和肝组织中的表达水平。系统进化分析结果表明, HSPB1、HSPB7和HSPB11基因分别聚类形成独立分支;在各基因分支中,松江鲈与已报道的鲈形目、鲤形目和鳉形目等鱼种共同聚为硬骨鱼类分支。在两种低盐胁迫处理下, 3个基因在鳃组织中的表达量均在12h显著升高,而在肠、肾和肝组织中的表达量则呈现不同的变化趋势。肠组织中,HSPB7和HSPB11在盐度渐变低盐胁迫(盐度变化速率1.1/h)下表达量均显著升高, HSPB1表达量在48 h显著降低;盐度骤变低盐胁迫(盐度变化速率27/h)下HSPB1和HSPB7表达量在24 h显著升高, HSPB11表达量显著降低。肾组织中,HSPB1、HSPB7和HSPB11表达量均仅在盐度渐变低盐胁迫24h显著升高;盐度骤变低盐胁迫下HSPB1表达量显著降低, HSPB7和HSPB11表达量则显著升高。肝组织中, HSPB7无表达; HSPB1表达量在盐度渐变低盐胁迫下无显著变化,但在盐度骤变低盐胁迫下则显著升高;HSPB11表达量在两种处理下均显著升高。本研究比较分析了HSPB1、HSPB7和HSPB11基因在松江鲈应对不同低盐胁迫时表达变化规律的异同,相关结果为探讨小分子热休克蛋白在鱼类应激调节过程中的作用及洄游性鱼类适应盐度变化的分子调控机制提供了理论依据。
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