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[期刊] 林业科学
[作者]
余仲东 陈祖静 曹支敏 任争争 冯世强 张瑶琦
【目的】分析松杨栅锈菌小种无毒基因型性状分离规律和其无毒基因序列与欧美小种无毒基因序列的差异和系统学关系。【方法】以秦岭厚畛子落叶松上松杨栅锈菌2号小种HZ3542的性子器为雄性亲本,与秦岭火地塘落叶松上2号小种HF2369性子器为雌性亲本进行人工有性杂交,初步获得F1代锈孢子堆。通过对太白杨离体叶片接种反应型统计,分析松杨栅锈菌2号生理小种无毒基因型,并根据亚麻锈菌无毒基因Avr L567(accession:AAS66952)设计和筛选引物,利用同源扩增技术,对松杨栅锈菌无毒基因片段进行PCR扩增,经
[期刊] 中国农业科学
[作者]
余仲东 刘小勇 曹支敏
目的比较和分析中国松杨栅锈菌与国外该菌在ITS序列上的差异和中国该菌种内群体分化状况。方法对来自中国不同地域的松杨栅锈菌的5个生理小种11个菌系核糖体ITS序列和微卫星序列多态性进行了研究。结果中国菌系同英国菌系ITS序列同源性高(99.8%),同法国、加拿大、德国的菌系同源性略低(99.5%),中国菌系间ITS序列完全相同。ISSR标记表明,供试的11个菌系可区分为西部、北方两大菌群。小种C2同C4、C1、C3小种遗传多样性差异显著,其余小种间无显著差异。小种分化与遗传分化不一定相符,C2小种在遗传上表现单一。结论该菌ITS序列高度保守,不适合种下阶元划分,各菌系ITS序列无显著差异。ISS...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
余仲东 张振 曹轩峰 曹支敏
【目的】根据RAPD分析结果,对松杨栅锈菌西部和北方两大地理相关菌群RAPD扩增特异性DNA片段进行SCAR标记转换。【方法】经pGEM-T载体克隆和测序、Seqman整合后,用Primerselct分别设计了两地理菌群的简并引物对(西部菌群简并引物对PNW0118-382-F:GAATCGGCCACAAAACTATC,PNW0118-382-R:GAATCGGCCATGACTTGAGC,北方菌群简并引物对PNW0118-400-F:GAATCGGCCACAAAACTATC,PNW0118-400-R:GAATCGGCCATGACTTGAGCTGC)。【结果】经PCR条件优化成功获得两大地理菌...
关键词：
松杨栅锈菌 DNA SCAR标记
[期刊] 中国农业科学
[作者]
任世龙 白辉 王永芳 全建章 董志平 李志勇 邢继红
【目的】鉴定不同地区谷瘟病菌(Magnaporthe oryzae)所含无毒基因的类型,确定无毒基因在菌株中的分布及变异情况,为深入研究谷瘟病菌无毒基因变异机制提供参考。【方法】从中国北方谷子主产区不同区域内采集并分离76个谷瘟病菌的单孢菌株,提取其基因组DNA,根据目前已成功克隆的稻瘟病菌的7个无毒基因的核苷酸序列设计特异性引物,进行PCR扩增及电泳检测,并对部分菌株的无毒基因进行测序分析。【结果】在76个谷瘟病菌中,无毒基因ACE1、Avr-pita、Avr1-CO39和Avr Piz-t的扩增率为1
关键词：
谷子 谷瘟病菌 无毒基因 变异
[期刊] 林业科学
[作者]
田呈明 康振生 李振岐 赵彦修 张慧
用随机扩增多态性DNA(RandomamplifiedpolymorphicDNA ,RAPD)技术对来自陕西及青海的 7个地区的 1 3个落叶松—杨栅锈菌 (Melampsoralarici populinaKleb.)的分离物进行了基因组DNA多态性分析。 1 3个 1 0 -核苷酸随机引物 (Operon公司 )对 1 3个菌株共扩增出 81条RAPD带 ,其中 69个DNA片断呈现多态性 ,占总扩增片断的 85.2 %。供试菌株的相似系数在 0 .60 8～ 1 .0 0 0之间 ,各菌株之间的差异在 0～3 3 1 %之间 ,并建立了聚类树状图。 1 3个菌株在相似性 76.1 %...
关键词：
杨树 落叶松-杨栅锈菌 RAPD 致病性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王世维 郑文静 赵家铭 魏松红 王妍 赵宝海 刘志恒
【目的】鉴定稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)的无毒基因型,了解无毒基因在不同地区流行菌株中的分布情况,为品种布局提供参考。【方法】根据已经克隆且与稻瘟病菌致病性相关的6个无毒基因序列设计引物,选取辽宁省稻瘟病常发区的26株稻瘟病菌单孢菌株,提取各菌株DNA样本作为模板,进行PCR扩增。通过琼脂糖凝胶电泳及PCR产物测序,对6个无毒基因PCR产物进行碱基和氨基酸序列的分析比较。对琼脂糖凝胶电泳未出条带的,设计不同引物进行验证性试验。【结果】在PCR产物电泳检测中,Avr1-CO39、Avr-pia和Avr-pii没有产物条带,对这3个无毒基因设计验证引物,其PCR产物电泳检测仍没...
关键词：
辽宁省 稻瘟病菌 无毒基因
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张梦珂 杜柏槐 陈绍红 刘铀
【目的】本文研究了广东猪圆环病毒2型(PCV2)基因的遗传变异。【方法】采集来自不同猪场疑似PMWS的组织样品15份,用PK-15细胞增殖病毒,并进行间接免疫荧光试验鉴定,采用PCR方法扩增PCV2全基因组序列,分析其核苷酸和氨基酸序列的变异情况。【结果】GD-1和GD-2属于PCV2d亚型,其基因组由1767个核苷酸组成;GD-3,GD-4和GD-5属于PCV2a亚型,基因组由1768个核苷酸组成。5个分离株的核苷酸序列同源性为95.0%~99.9%;PCV2分离株ORF1的核苷酸和氨基酸序列高度保守,其同源性分别为96.8%~100%和99.4%~100%;GD-1和GD-2由702个核苷酸组成,编码233个氨基酸,GD-3、GD-4和GD-5由705个核苷酸组成编码234个氨基酸,5个分离株ORF2的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.9%~99.9%和88.0%~100%。【结论】广东省确实存在PCV2,但可能存在由PCV2b到PCV2d的变异。因此,有必要进一步研究PCV2基因变异对其致病性与Cap蛋白抗原性的影响,为培育和筛选更为有效的疫苗株奠定基础。
关键词：
猪圆环病毒2型 全基因组 序列分析
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
侯丽冰 贺伟 刘小勇 杨佐忠
首次对我国松干锈菌的核糖体DNA中的内转录间隔区 (ITS)序列进行了测定 ,并与得到普遍承认的国外柱锈菌属其它种的ITS进行了比较 .运用PAUP和TREECON软件进行系统发育分析并得到了一致的结果 :我国Cron artiumflaccidum和C .quercuum的菌株各自分别形成一个分支 ,而C .ribicola按锈孢子寄主分成了红松和华山松两个分支 ,红松上和华山松上的C .ribicola相互间遗传距离很大 ,分别和其它的种平行 ,该结果显示了原来被鉴定为C .ribicola的我国特有的华山松疱锈菌 ,可能是一个不同于C .ribicola的独立的种 .
关键词：
松干锈菌 柱锈菌属 ITS
[期刊] 中国农业科学
[作者]
汪文娟 苏菁 杨健源 韦小燕 陈凯玲 陈珍 陈深 朱小源
【目的】分析源于广8 A杂交稻组合的稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)无毒基因型,为华南不同主栽抗病水稻品种的合理布局提供参考依据。【方法】利用抗稻瘟病单基因系,对稻瘟病菌单孢分离菌株进行致病型测定;并根据已克隆的且与稻瘟病菌致病性相关的8个无毒基因功能性分子标记进行分离菌株的无毒基因型分析。选取分离自广8 A杂交稻组合的27个稻瘟病菌单孢菌株,提取各菌株的菌丝体DNA作为模板,进行PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳检测。并对其中的7个稻瘟病菌菌株进行相应无毒基因全长或CDS区域的PCR产物测序,将测序序列与相应无毒菌株的无毒基因序列进行比较分析。【结果】所测定的菌株对其中的5个单基因系IRBLkh-K3(Pikh)、IRBLb-B(Pib)、IRBLz5-CA(Pi2)、NIL-e1(Pi50)和IRBL9-W(Pi9)表现高的无毒性频率(>85%),所有菌株对单基因系IRBL9-W(Pi9)和NIL-e1(Pi50)都表现无毒;这些菌株对其中的7个单基因系表现较低的无毒性频率(
[期刊] 中国水产科学
[作者]
方兵 李槿年 汪天杰 余为一 祖国掌
根据气单胞菌主要黏附素基因(ahal)、溶血素基因(hly)和细胞兴奋性肠毒素基因(alt)完整开放阅读框(ORF)设计3对特异性引物,对6株气单胞菌安徽分离株进行ahal、hly和alt基因的PCR扩增、克隆和测序。测序结果显示,安徽分离株ahal、hly和alt基因的ORF大小分别为1 056~1 068 bp1、482 bp和1 104~1 107 bp,各编码351~355、493和367~368个氨基酸。序列分析显示:(1)属于alt+ahal+hly+毒力基因型的3个安徽分离株间aha1核苷酸序列和推测的氨基酸序列同源性均很高,分别为98.8%~99.3%和97%~97.6%,且与...
关键词：
气单胞菌 安徽分离株 毒力基因 序列分析
[期刊] 林业科学研究
[作者]
蓝燕 农花萍 彭子嘉 陆颖 李坤蓬 徐勇 余仲东
[目的 ]为实现北美栅锈菌和松杨栅锈菌快速有效的鉴别及鉴定。[方法 ]本研究根据两种锈菌的28SrDNA基因序列设计若干组LAMP引物。经筛选得到的引物以北美栅锈菌、松杨栅锈菌、图拉斯叉钩丝壳菌、芍药白粉菌、梨胶锈菌、羊肚菌、金针菇的基因组DNA为模板进行LAMP反应并完成特异性检测；首先建立初始LAMP反应体系，再进一步优化LAMP反应体系的组分和反应条件，加入羟基萘酚蓝实现可视化检测；最后确定检测体系灵敏度。[结果 ]表明，筛选出的引物具有特异性；25μL北美栅锈菌LAMP检测体系最佳Mg2+浓度为6 mmol·L~(-1)，最佳内外引物比例为8:1，最佳dNTPs浓度为1.2 mmol·L~(-1)；同样地，25μL松杨栅锈菌LAMP检测体系最佳Mg2+浓度为4 mmol·L~(-1)，最佳内外引物比例为6:1，最佳dNTPs浓度为1 mmol·L~(-1)。加入160μM羟基萘酚蓝（HNB）可清晰地指示反应结果，两种检测体系在61℃条件下，分别反应30 min和40 min可实现目视判断结果，且灵敏度分别可达34 fg·μL~(-1)和60 fg·μL~(-1)。[结论 ]通过建立两种锈菌的可视化LAMP-HNB检测体系可实现对北美栅锈菌和松杨栅锈菌进行区分及鉴定，为快速鉴定和区分重要杨树锈病提供了技术支撑和实践参考。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
向卫军 杨涛涛 李润成 余兴龙
为探寻湖南汨罗地区猪场蚊子携带乙型脑炎病毒(JEV)的情况,对该地区3个猪场蚊子开展JEV的病原学调查研究。从该地区3个种猪场采集约3 900只蚊子,用RT–PCR方法扩增JEV NS5基因,结果从40份样品中检出17份样品呈阳性。将阳性样品研磨液接种BHK–21细胞分离病毒,经3次传代后获得了1株JEV,将新分离株命名为HNML1株。根据JEV的E基因序列设计1对引物,用RT–PCR方法扩增HNML1株的E基因,并进行序列测定和同源性分析,结果表明,该E基因的核苷酸序列与减毒活疫苗株SA14–14–2相
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
卢权威 郭官鹏 崔保安 陈红英 魏战勇 郭敬 吴宇阳 李坤 钞安军
【目的】对河南部分地区疑似猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)感染猪进行病毒分离鉴定,并对分离株的全基因组序列进行分析。【方法】对郑州、焦作两地疑似PCV2感染的猪淋巴结、脾脏和肺脏组织进行PCR检测,对检测为阳性的病料进行PCV2的分离,利用间接免疫荧光试验和PCR扩增进行初步鉴定。用PCR扩增PCV2全基因,经克隆、测序后,用MEGA5.1软件对克隆的序列与GenBank上获取的其他PCV2全基因组进行序列比对。【结果】分离到2株病毒,分别命名为ZHENGZ-12株和JIAOZ-12株。间接免疫荧光试验结果显示,感染病毒的细胞出现了特异的亮绿色荧光...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王希军 胡北侠 黄艳艳 李建亮 姜宁朋 张秀美
通过病毒形态观察、血凝特性试验、病毒干扰实验、动物回归实验等分离鉴定了1株鸡肾型传染性支气管炎病毒,命名为LY07。利用RT-PCR技术对分离毒株的N基因进行了扩增,经克隆、序列测定和分析比较,结果表明,N基因全长为1230 bp,编码1条409个氨基酸组成的多肽;其核苷酸与H52、M41和BJ等毒株的同源性为84.4%~89.7%,氨基酸同源性为86.1%~91.0%;LY07株与LX4、BJ和GDS14株关系较近,与其余鸡传染性支气管炎病毒株的亲缘关系均较远,是1株新的肾型IBV毒株。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
郑敏 黄梅清 车勇良 邵良平 陈少莺
根据已发表的猪圆环病毒2型(PCV2)基因序列,分段设计2对PCV2特异性引物,用PCR方法扩增近年从福建省部分发病猪场分离鉴定的7株PCV2的全基因序列并进行比对分析.结果表明:7株PCV2基因组全长1767 bp,与GenBank上发表的17株PCV2参考毒株的同源性为94.7%-99.5%;7株PCV2分离株之间的全基因同源性高达98.4%-99.5%;7株PCV2 ORF2编码蛋白均具有很强的亲水性和抗原性,其核苷酸及推导的氨基酸同源性高达98.9%-99.7%和97.9%-99.6%,与参考毒株的同源性分别为91.1%-99.7%和85%-100%,存在一定的差异.可见,7株PCV2...
关键词：
猪圆环病毒Ⅱ型 全基因组序列 比较
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