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[期刊] 水产学报
[作者]
茅云翔 崔菁菁 孔凡娜
高分子量基因组文库是开展条斑紫菜基因组学研究的必备工具。构建了由23 040个Fosmid克隆组成的条斑紫菜孢子体无偏倚基因组文库。检测分析表明:文库克隆重组率为100%;插入DNA片段长度为28~40kb,平均长度为35kb,文库覆盖率约为条斑紫菜基因组的2.78倍;从超级池中筛查条斑紫菜18S rRNA、atpA、h2A、rbcL基因,至少能得到一个阳性克隆,印证了计算所推测的文库覆盖率;随机选取6个Fosmid克隆经100代传代后插入DNA片段未发生丢失或长度变化,表明克隆传代的稳定性。该文库的构建为开展条斑紫菜基因组特性分析和基因克隆奠定了基础。
[期刊] 水产学报
[作者]
李明辉 吴风瑞 熊传奇 曾圣 杨世杰 叶凯 蒋汶洮 孙运侣 黄宝锋 魏莹莹 焦静 顾源 王德寿
以pCC2FOS为载体构建尼罗罗非鱼Fosmid基因组文库,共挑选115 200个单菌落,保存在300块384孔样品板中,构建4 800个行池、7 200个列池、300个板池和25个超级池,形成微阵列,并对其进行复制备份。该文库插入片段平均长度约为40 kb,覆盖约罗非鱼基因组的3倍。连续传代实验研究表明,文库具有良好的稳定性。由于构建超级池-板池-行、列池三级池系统形成的微阵列,有助于快速、准确、有效地筛选目的基因,仅需77个PCR反应(超级池25+板池12+行池16+列池24)就能筛选到含有目的基因的一个单克隆,解决了普遍存在的文库筛选难题。通过文库尝试筛选18个与性别分化和生长相关基因,...
关键词：
尼罗罗非鱼 基因组文库 微阵列 基因筛选
[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘必谦 周湘池 王亚军 俞小燕
利用两种市售的DNA提取试剂盒对几种紫菜进行基因组DNA提取。该方法需要的组织量少 ,需时短 ,获得的基因组DNA纯度高 ,可被AFLP内切酶 ,特别是EcoRⅠ完全酶切 ,完全满足AFLP研究的需要。不同的DNA提取方法及提取出的基因组DNA的质量对酶切效果及以后的实验结果有影响。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李忆 蔡辉儒 蒲志刚 张敏 阎文昭
通过DNA提取方法对比,采用CTAB/LiCl法提取甘薯黑斑病菌基因组DNA,再利用限制性内切酶BamH I对纯化的甘薯黑斑病菌基因组DNA进行部分酶切,获得大小为15kb左右的DNA片段。将经BamHI酶切消化的Lambda DASH II载体臂与DNA片段相连,然后以大肠杆菌XL1BlueMRA(P2)为寄主细胞,在国内首次成功构建了甘薯黑斑病菌(Ceratocystis fimbriata)基因组文库,所构建基因文库效价为4.12×105pfu/mL。
关键词：
甘薯黑斑病菌 噬菌体 基因组文库
[期刊] 华北农学报
[作者]
李昂 吴志明 周志林 赵冬兰 张安 马代夫 李亚栋 唐君 曹清河
为挖掘有价值的基因资源,对甘薯近缘种I.trifida的基因组文库进行了研究。通过流式细胞法测定I.trifida(2x,编号DLP4597)基因组大小为531.699 Mb。以叶片为材料采用包埋法提取基因组DNA,通过物理剪切进行基因组DNA片段化并进行末端平滑化和磷酸化处理,脉冲场电泳回收33~48 kb的DNA片段,然后连接到Fosmid载体pCC1FOS(Epicentre)上,包装转化大肠杆菌EPI300,构建了I.trifida的基因组Fosmid文库,该文库包含101 952个单克隆,保存于1 062个96孔培养板中,平均插入片段35 kb,覆盖基因组约6.7倍,理论上任意片段筛...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
吕作舟 马爱民 杨新美
本文采用原生质体裂解法制备高分子量平菇总DNA。通过Sau 3A部分酶切和蔗糖密度梯度离心,获得15—26kb平菇总DNA酶切片段。并以Lambda的衍生物EMBL3为载体,酶连形成重组DNA。然后将其包装,转染受体菌LE392,在TB平板上获得2.5×10~4个重组子克隆。此重组子克隆群即构成中蔬10号平菇基因组文库。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李忆 蔡辉儒 张敏 蒲志刚 阎文昭
根据常规分离土传病菌的方法结合甘薯黑斑病菌的特性,对甘薯黑斑病菌进行分离。并用2种改良的DNA提取法提取基因组DNA与常用DNA提取法进行对比分析,结果表明,CTAB法所获得的甘薯黑斑菌DNA质量最高,用该提取方法获得的高质量DNA为构建黑斑病菌基因组文库构奠定了基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
易乐飞 王萍 周向红 刘楚吾
从网络共享的条斑紫菜(Porph yrayezoensis Ueda)表达序列标签(expressed sequencetag,EST)数据库检索出与拟南芥(Arabidopsis thaliana)半胱氨酸合成酶(cysteine synthase,CSase)基因高度相似的EST序列,构建EST叠连群(contig),并依据contig设计引物。提取条斑紫菜叶状体总RNA,采用RT-PCR方法,扩增得到了条斑紫菜半胱氨酸合成酶基因(PyCSase-B)的cDNA序列(GenBank accession:FJ232911)。该cDNA序列含有长1152nt的完整开放阅读框,编码产物(PyCS...
[期刊] 水产学报
[作者]
易乐飞 刘楚吾 王萍 周向红
泛素蛋白酶体系统(ubiquitin-proteasomes system,UPS)是真核生物重要的翻译后修饰系统,参与了许多重要的生理反应,同时也参与了蛋白质的质量控制和细胞的稳态维持,因此研究条斑紫菜UPS有助于阐明条斑紫菜在逆境胁迫下通过UPS降解异常蛋白和调节蛋白的生物学活性。泛素结合酶(ubiquitin-conjugating enzyme,E2)是UPS的重要组成部分。根据电子克隆结果指导RT-PCR实验,成功克隆了条斑紫菜泛素结合酶基因(PyE2)的cDNA序列(GenBank accession:FJ232910)。该cDNA序列含有长444 nt的完整ORF,编码蛋白(Py...
关键词：
条斑紫菜 泛素结合酶 克隆 生物信息学
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
曹殿嘉 严兴洪
为寻找适宜的条斑紫菜（ＰｙｒｏＰｉａ ｙｅｚｏｅｎｓｉｓ）品系间种质分子标记鉴定法，利用４种基因条码（ｒＵＢｉｓＣｏ ｓＰａＣｅｒ、ＵＰａ、Ｃｏｘ２－３和ｉＴｓ－５．８ｓ）对产自中国和日本的６个条斑紫菜品系的亲缘关系进行了分析研究。结果显示，在６个条斑紫菜品系中，上述４种基因条码的序列同源性较高，同源性为９７．８％–１００％，其中，ｒＵＢｉｓＣｏ ｓＰａＣｅｒ序列的同源性为１００％。ＵＰａ序列的同源性分析结果显示，在中国产的Ｌｓ、Ｂ４、ＨＴ和ＴＭ１８品系中，该序列完全相同，但与日本产的ＧＴ和ｒｏｓ－２两个品系的序列有差异，该序列的同源性为９９．２％。在６个品系中，Ｃｏｘ２－３和ｉＴｓ－５．８ｓ．．．
关键词：
条斑紫菜 基因条码 品系 种质鉴定
[期刊] 水产学报
[作者]
周向红 李信书 王萍 阎斌伦 滕亚娟 易乐飞
为了研究HSP90在条斑紫菜胁迫耐受中的作用,克隆了条斑紫菜HSP90基因(命名为PyHSP90),采用定量RT-PCR研究了其表达规律。PyHSP90基因包含一个长2274nt的完整开放阅读框,编码757个氨基酸。PyHSP90蛋白定位于细胞质中,具有HSP90蛋白家族的特征序列和保守结构域,与多种生物的HSP90具有较高的序列一致性。在进化树上条斑紫菜等红藻的HSP90与隐藻的亲缘关系最近,与绿藻和陆生植物亲缘关系较远。低温和高温胁迫都能显著性地诱导条斑紫菜叶状体PyHSP90基因的表达,而且表达量与胁迫程度成正相关;低盐胁迫下PyHSP90基因表达上调;而失水胁迫下PyHSP90基因表达...
[期刊] 水产学报
[作者]
宋珊珊 丁洪昌 严兴洪
本实验以条斑紫菜转录组测序筛选得到的差异性表达基因（Contig-21827）序列为基础，采用RT-PCR技术克隆得到了条斑紫菜单孢子形成相关基因PyMFG的完整开放阅读框。对其进行序列分析发现，PyMFG基因的ORF全长为1 224 bp，编码一个包含407个氨基酸的多肽片段，其分子量为46.24 ku，等电点为9.08。结构域分析结果显示，该蛋白含有保守的TEA结构域和YAP结构域，属于TEA-ATTS超家族结构域。通过多序列比对和系统进化分析发现，该蛋白与真菌分生孢子形成蛋白聚为一个大的分支，亲缘关系较近。此外，不同品系间的单孢子放散能力和qRT-PCR分析结果显示，PyMFG基因在PY26W和PY26W’ 品系中的表达趋势与宏观统计结果高度一致，在PY26R和PY26R’ 品系中的表达则与统计结果存在差异。由此推断，父本（PY26W）/偏父本品系（PY26W’）中调控单孢子形成、放散的相关基因种类和具体分子机制与母本（PY26R）/偏母本品系（PY26R’）存在差异，因而导致单孢子的宏观统计结果与荧光定量结果存在差异。
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨亮亮 孙效文
纯化镜鲤体组织的高分子量基因组DNA,经限制性内切酶Sau3A Ⅰ部分消化后,10％-40％蔗糖密度梯度离心分离并回收9—23kb的DNA片段。以λDASHⅡ为克隆载体,与9—23kb的DNA片段进行连接和包装,构建了镜鲤的基因组DNA文库。随机选取5个独立的噬菌斑,提取DNA后用EcoR Ⅰ与BamH Ⅰ进行酶切分析,证明克隆插入率为100％。经测定,该文库的滴度是108pfu/mL,根据公式N=ln(1-P)/In(1-f),99％的镜鲤基因组包含在该基因组文库中。以鲤IGF-Ⅱ基因探针对该基因组文库进行Southem杂交,筛选到相关的阳性克隆,证明这是一个较为完整的镜鲤基因组DNA文库。
关键词：
镜鲤 基因组 DNA文库
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李杰 牟宗娟 杨慧超 茅云翔 阎永伟 莫照兰
绿斑病(Green spot disease)是一种常见的海区栽培条斑紫菜(Pyropia yezoensis)病害,在整个紫菜栽培期间都可能发生,以每年11～12月份最为严重,主要出现在幼叶期和成叶期。首先,在叶状体上出现红色或淡红色小斑,而后逐渐转变为绿色,病斑继续扩展,在叶状体表面形成若干孔洞,后期几乎整个藻体变绿。本研究对日照地区患绿斑病的条斑紫菜进行病原菌分离纯化,得到5株优势菌(编号为Y1～Y5),人工回感实验结果显示,Y1可以引起健康条斑紫菜发生绿斑病。对Y1进行了生理生化检测、16S rRNA、dnaA和dnaN基因序列分析,确定病原菌为海洋假交替单胞菌(Pseudoalteromonas marina)。对绿斑病的发病进程进行了观察,并检测了培养温度、海水比重和养殖密度等环境因子对绿斑病发生的影响,结果显示,高温和高密度养殖会加速绿斑病病情的发展,海水比重为1.022时,绿斑病发病较严重。本研究确定了一株引起条斑紫菜绿斑病的病原菌,并分析了部分理化因子对感染的影响,为条斑紫菜绿斑病的防控提供了基础数据。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
段嘉 程功 胡永飞 李晶 律娜 朱宝利
利用宏基因组学方法,以人肠道微生物样品为原材料,构建了1个约30 000个克隆的fosmid文库。以三丁酸甘油酯为底物,通过功能筛选,获得1个酯解酶阳性克隆。对该阳性克隆构建亚克隆,挑选具有酯解酶活性的阳性亚克隆进行测序分析,最终获得1个肠道微生物来源的酯解酶基因(GenBank登录号:JQ972699)。结果表明,文库克隆的平均插入片段约为40kb,没有重复插入片段克隆。获得的酯解酶基因推演蛋白与Pyramidobacterpiscolens W5455的patatin样磷脂酶同源性最高,氨基酸一致性为95%。生物信息学分析结果表明该基因可能通过Vd型分泌方式进行分泌并发挥功能。本研究是通过...
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