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[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘仁林 李江 王琅
认识穿孔板多样性与系统发育的联系,对了解植物导管解剖结构与系统发育的相互关系具有重要意义,可为植物系统分类提供有效的信息。通过对应分析杜鹃属轮叶组类群导管穿孔板多样性与ITS序列,得到如下结论:(1)应用分子标记与穿孔板多样性结合起来分析可以使穿孔板多样性变化与系统发育的联系更加明晰,分析表明穿孔板的多样性与系统发育有明显的联系。(2)穿孔板多样性与系统发育的联系主要表现为3个途径:即典型梯形穿孔板与系统发育有明显的联系;网状-梯形混合穿孔板对种以下等级的系统发育有明显的联系;穿孔板的面积变化与系统发育有明显的联系。(3)导管穿孔板多样性与分子标记的对应分析结果可为系统分类提供明晰、可信的证据...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李云 秦萌 徐春玲 李俊毅 刘淑婷 吴文佳 谢辉
为揭示传入中国的香蕉穿孔线虫群体间的遗传差异,分析其亲缘和进化关系,明确中国香蕉穿孔线虫的来源和传入途径,分别扩增了多雌繁殖群体和相应种群的单雌繁殖群体后代rDNA-ITS,对扩增产物进行测序,通过序列比对分析其遗传变异,并构建系统发育树研究其亲缘和进化关系。结果表明:供试香蕉穿孔线虫20个种群的rDNA-ITS序列大小为705713bp,序列同源性比较高,相似性在95%以上,序列变异率为07.5%;各群体ITS1和ITS2序列大小分别为273276bp和151152bp,各种群间的序列相似性分别达到98
关键词：
香蕉穿孔线虫 系统发育 ITS
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
纵丹 员涛 李佳蔓 周安佩 胡世俊 何承忠
采用选择性扩增片段多态性(AFLP)技术对马缨杜鹃5个不同完整性居群的遗传多样性进行检测和分析。结果表明:筛选出的7对引物组合共扩增出527条带,其中多态带382条,多态带百分率为72.49%;5个居群间的多态性百分率在52.23%~69.64%之间,居群平均多态性百分率为57.80%;Nei’s基因多样性变化范围在0.113 9~0.173 8之间,Shannon信息指数为0.186 8~0.277 7;居群间遗传分化系数Gst为0.168 8,表明83.12%遗传变异发生在居群内,居群间基因流为2.462 4,足以维持居群间现有的遗传结构;AMOVA分析结果表明,18.34%的遗传变异存在...
关键词：
马缨杜鹃 居群 AFLP标记 遗传多样性
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
王均伟 侯嫚嫚 黄利亚 张君 周海城 程艳霞
Ｂｅｔａ多样性是生物多样性的重要组成部分，对于研究生物多样性的形成机制具有重要意义。基于物种进化历史和功能性状的系统发育和功能性状Ｂｅｔａ多样性的研究，能够从不同的角度反映群落格局形成的生态学过程。本文以长白山阔叶红松林４０ ｈｍ２样地中４５种木本植物（ＤＢｈ≥１ ｃｍ）为研究对象，采集了最大树高、叶面积、比叶面积和叶氮含量４种功能性状，采用ＳｒｅｎＳｅｎ指数衡量功能性状与系统发育Ｂｅｔａ多样性在不同空间尺度（半径为１０、２０、２５、５０和７５ ｍ）的变化趋势，并通过比较系统发育和功能性状Ｂｅｔａ多样性格局与零模型的差异，进而推断潜在的生态过程。研究表明：１）长白山阔叶红松林系统发育和功能性．．．
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
李安定 张建利 谢元贵 龙秀琴
选择贵阳市乌当区典型杜鹃Rhododendron群落作为研究对象,采用标准样地调查法、群落数量分析法等方法,对其不同杜鹃群丛的植物组成、结构、重要值、α多样性分析进行分析。结果表明:①贵阳乌当杜鹃群落分为4种植物群丛,分别为Ⅰ:锈叶杜鹃Rhododendron siderophyllum+白栎Quercus fabrei群丛;Ⅱ:锈叶杜鹃+白栎+麻栎Quercus acutissima群丛;Ⅲ:锈叶杜鹃+麻栎群丛;Ⅳ:锈叶杜鹃+麻栎+藤黄Garcinia hanburyi群丛。②杜鹃群落主要以锈叶杜鹃为主,麻栎、白栎为辅的植物群落结构类型。③杜鹃群丛Margalef丰富度指数、Simpson多...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
彭黎明 蒋显锋
【目的】根系真菌能够显著影响植物的养分利用效率，继而影响植物的生长状态，针对广泛分布于中国云南、四川和西藏高海拔地区的红棕杜鹃，本研究开展了大理马耳山红棕杜鹃群落的根系真菌多样性研究，以期深入了解作为群落建群种或优势种的红棕杜鹃在高海拔区域的生态优势。【方法】本研究采集了大理马耳山30 m×30 m样方内的10株红棕杜鹃成年植株的须根，通过高通量测序检测样本内的真菌多样性。并基于操作分类单元(Operational taxonomic unit，OTU)实现真菌群落分类学注释，同时开展了根系真菌群落的多样性、功能型与关联网络分析。【结果】试验共获得有效序列587644条，132个OTU，分属于3门11纲22目37科42属。主要隶属于子囊菌门(73.71%)、担子菌门(17.81%)和球囊菌门(0.119%)；优势纲、目、科分别为锤舌菌纲(60.52%)、伞菌纲(17.77%)、座囊菌纲(5.87%)、柔膜菌目(58.02%)、伞菌目(13.94%)、煤炱目(5.79%)、水盘菌科(27.95%)、晶杯菌科(16.18%)、口蘑科(9.96%)；在属的水平上，瓶头霉属(27.95%)，小杯伞属(9.96%)和树粉孢属(6.56%)占比最高。通过FUNGuild软件解析出杜鹃根系真菌多种生态群，主要包括植物内生菌，排泄物腐生菌，木腐生菌，兰花根菌真菌等多种生态类型。总体而言，杜鹃花类菌根真菌(ERM)在红棕杜鹃根系真菌群落的组成中占比较少，多数为各种类型的腐生菌和其他多种营养型的真菌。【结论】与相同区域同海拔的其他杜鹃花属植物相比，大理马耳山红棕杜鹃根系的真菌群落表现出较高的多样性，但相比起低海拔地区其他杜鹃群落的根系真菌群落而言，试验区域的根系真菌多样性明显较低，符合高海拔地区真菌多样性降低的趋势。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
关统伟 赵辉平 骆玉林 向文良 车振明
应用纯培养手段和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析,对分离至杏鲍菇培养料中的可培养细菌多样性进行了研究。结果表明,获得的7株细菌可归为细菌域内的5个科(Thermaceae、Pseudonocardineae、Enterobacteriaceae、Paenibacillaceae和Bacillaceae)、7个属(Geobacillus、Bacillus、Brevibacillus、Enterobacter、Serratia、Thermus和Pseudomonas)。多数菌株属于Bacillus菌属(36.7%)和Thermus菌属(28.2%),它们是杏鲍菇菌袋培养料中的优势细菌类群...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘杰 汪玲玲 汪恩涛 李颖 陈文新
【目的】了解中国北方地区花生根瘤菌的多样性状况。【方法】采用16SrDNAPCR-RFLP、16S～23SIGSPCR-RFLP和16SrRNA基因的序列分析方法对分离自河北地区的58株花生根瘤菌以及Rhizobium、Agrobacterium、Sinorhizobium、Mesorhizobium和Bradyrhizobium的参比菌株进行系统发育多样性比较分析。【结果】16SrDNAPCR-RFLP方法在细菌属水平上聚群良好;而16S～23SIGSPCR-RFLP则适于属和种水平上的聚群。3种方法在系统发育上得到基本一致的结果。其中有38株花生根瘤菌是与Bradyrhizobium关系密...
关键词：
花生根瘤菌 系统发育多样性 河北
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杜周和 刘俊凤 刘彬斌 吴建梅 陈义安 张剑飞 鲁成
用生物信息学方法分析了家蚕α-淀粉酶基因的系统发育关系,发现Bmamy2是一个起源较早、变异丰富的基因。以之为标记基因,采用DNA序列分析法,对60个家蚕地方品种进行了遗传多样性检测,结果表明,Bmamy2基因组序列中碱基突变频率5.6%,单倍型多样度Hd=0.8294,核苷酸多样度π=0.02362±0.00122。Bmamy2是家蚕品种资源多样性分析中一个较好的标记基因。
关键词：
家蚕 淀粉酶基因 系统发育 遗传多样性
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
李启少 屈亚亚 辛雅萱 唐军荣 曹正英 余青富 辛培尧
【目的】樟科Lauraceae檬果樟属Caryodaphnopsis Airy Shaw植物种子含油量丰富，果实和木材极具开发潜力。由于该属亚洲类群种间差异小、种间关系混乱、现存标本量少，人们对该属植物了解甚少，极大地阻碍了檬果樟属物种的开发利用，因此，构建檬果樟属亚洲类群的系统发育关系迫在眉睫。【方法】为了深入了解檬果樟属亚洲类群，采用二代测序技术分别获得44个檬果樟属植物的核糖体基因组（nrG）序列构建高支持的系统发育关系，并综合系统发育结果与形态性状比较论证。【结果】使用nrDNA序列矩阵构建ML树和贝叶斯树，ML树和贝叶斯树的分组完全一致。对比ITS树发现除檬果樟和宽叶檬果樟外的系统发育结构基本一致，老挝檬果樟、缘毛檬果樟和河口檬果樟依然共同聚成在一个大分支下，且宽叶檬果樟和檬果樟2个物种也聚在一起。ITS序列和nrDNA序列树都表明：宽叶檬果樟和檬果樟亲缘关系较近；老挝檬果樟、河口檬果樟和缘毛檬果樟的亲缘关系较近，推测这2个物种之间可能发生过杂交或基因交流。综合形态性状辅助论证，将44个檬果樟属样本分为9组，依次为小花檬果樟C. henryi、赤毛檬果樟C. poilanei、二药室檬果樟C. bilocellata、麻栗坡檬果樟C. malipoensis、宽叶檬果樟C. latifolia、檬果樟C. tonkinensis、河口檬果樟C. hekouensis、缘毛檬果樟C. metallica和老挝檬果樟C. laotica。【结论】研究结果不仅揭示了檬果樟属亚洲类群的种间亲缘关系，还对檬果樟属系统发育关系和性状的研究具有重要的生态意义和经济意义。
[期刊] 林业科学
[作者]
刘潮 唐利洲 韩利红
【目的】四川山胡椒具有重要的药用价值，开展叶绿体基因组研究对山胡椒属物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护具有重要的理论和实践意义。【方法】基于Illumina HiSeq 2000高通量测序平台进行测序，从头组装了完整的四川山胡椒叶绿体基因组，并对其基因组结构、基因构成及序列重复和系统发育进行分析。【结果】四川山胡椒叶绿体基因组全长152 851 bp,呈典型的四分结构，共编码125个基因，其中蛋白编码基因81个，tRNA基因36个，rRNA基因8个；编码基因的鸟嘌呤和胞嘧啶碱基的出现频率GC3s为27.96%,21个最优密码子中有20个以A/U(T)结尾；27对长序列重复中，正向重复和回文重复分别占比44%和41%,长度为30 bp和33 bp的序列分别占44%和30%; 181个SSR位点中，A/T单碱基重复占68%,位于基因间区的占55%;鉴定了6个高变区(petA-psbJ、trnH-psbA、petK-psbI、ccsA-ndhD、rpl32-trnL和ycf1);系统发育分析显示，山胡椒属分为5个聚类组，四川山胡椒与黑壳楠亲缘关系最近。【结论】四川山胡椒叶绿体基因组结构保守，偏好以A或U(T)结尾的密码子；鉴定的高变区和SSR位点可作为山胡椒属物种鉴定的DNA条形码。研究结果可为山胡椒属分子标记开发、系统进化研究及优良品种选育提供参考。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
魏旭东 刘瑞林 李瑞哲 张卫忠 王启辉 赵海明 郭卫兴 许正全 尕藏当周 韩赟 雷初朝 马志杰
【目的】从全线粒体基因组水平探究柴达木牛的母系遗传多样性、群体结构及与其他黄牛品种间的遗传关系。【方法】采用全基因组重测序技术对60头柴达木牛进行重测序,获取每个个体的线粒体全基因组全序列,并从Gen Bank下载已公布的我国5个北方黄牛品种(即蒙古牛、西藏牛、哈萨克牛、延边牛和安西牛)和2个国外培育品种(荷斯坦牛和日本和牛)的共129条线粒体全基因组相应序列进行综合分析,以揭示柴达木牛线粒体基因组遗传变异,明确其母系遗传多样性水平、群体遗传结构组成、母系遗传背景及与我国北方部分地方黄牛品种、国外培育品种间的遗传关系。【结果】(1)60头柴达木牛线粒体全基因组序列比对分析共发现346个多态位点,其中单一多态位点51个,简约信息位点295个;根据序列间核苷酸变异共确定37种单倍型(H1～H37)。遗传多样性分析显示,柴达木牛线粒体基因组单倍型多样度为(0.981 0±0.006 0),核苷酸多样度为(0.003 3±0.000 2),提示其拥有丰富的母系遗传多样性。(2)系统发育分析表明,柴达木牛拥有普通牛和瘤牛2大母系支系,且以普通牛T支系为主,拥有T1、T2、T3、T4、I1和I2共6种亚单倍型组,提示柴达木牛拥有普通牛和瘤牛血统,有两个母系起源。(3)群体遗传分化分析表明,柴达木牛与蒙古牛、西藏牛、哈萨克牛、延边牛、日本和牛遗传分化程度均很弱,而与安西牛、荷斯坦牛达到中等遗传分化程度。(4)聚类分析显示,柴达木牛与蒙古牛聚类关系最近,与西藏牛、哈萨克牛、安西牛、延边牛聚类关系相对较近,与日本和牛、荷斯坦牛聚类关系较远,其聚类结果与分化程度基本一致。【结论】柴达木牛拥有丰富的母系遗传多样性,由普通牛和瘤牛两个母系支系组成,含有T1、T2、T3、T4、I1和I2共6种亚单倍型组,推测其有2个母系起源。柴达木牛与蒙古牛亲缘关系最近,与西藏牛、哈萨克牛、延边牛、安西牛遗传关系较近,而与日本和牛、荷斯坦牛遗传关系较远。
[期刊] 水产学报
[作者]
赖瑞芳 张秀杰 李艳和 吴俊颉 杨东辉 王卫民
基于GenBank中团头鲂线粒体基因组全序列和三角鲂、厚颌鲂、广东鲂的部分线粒体基因组序列,设计引物扩增出三角鲂、厚颌鲂和广东鲂3种鱼线粒体基因组全序列,同时对4种鲂属鱼类线粒体基因组全序列进行了比较分析。结果表明,4种鲂属鱼类线粒体基因组基因排列顺序完全相同,排列紧密,均包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区)。除ND6和8个tRNA在L链上编码外,其余的基因均在H链上编码。4种鲂属线粒体基因组13个蛋白质编码基因中,均呈现出较强的A+T偏向性和C碱基偏好。全序列比对结果显示,共有758个变异位点,其中非简约性信...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
韩利红 柯欣茹 秦相月 普琪 任怡园 刘潮
【目的】很多虫草属（Cordyceps）物种含有丰富的虫草素、多糖、喷司他丁等有效成分，具有重要的医疗保健功效和开发利用价值。研究虫草属线粒体基因组特征及系统发育，为虫草科真菌物种的起源与进化、资源保护和开发利用提供借鉴。【方法】基于9种虫草菌线粒体基因组序列，利用Mega、REPuter、MISA、mVISTA和PAML等生物信息学软件，对线粒体基因组特征、序列重复、结构变异、基因进化和系统发育进行分析。【结果】虫草属物种线粒体基因组大小差异明显，均含有15个蛋白编码基因、2个rRNA和至少25个tRNA；物种重复序列数目差异较大，多为正向重复和回文重复，SSR主要为二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复，且含有较高比例的A或T碱基；线粒体基因组结构高度相似，未发现基因重排现象，线粒体基因组大小和内含子长度呈线性正相关；基因rps3核苷酸变异程度较高，所有基因的dN/dS比率均小于1，nad5、rps3、cob、nad2和cox1等基因存在正选择位点；粗糙虫草和粉质虫草聚类关系较近，而细脚虫草、蝉棒束孢和蝉花虫草聚在一起。【结论】虫草属物种线粒体基因组结构保守，基因组大小主要受内含子影响，蛋白编码基因主要受纯化选择作用，部分基因在与宿主和环境互作过程中受到了轻微的选择作用。
关键词：
虫草属 线粒体基因组 进化 变异
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈欣雨 朱守玟 江转转
【目的】李属植物种类庞杂，其线粒体基因组相关研究较少。利用比较基因组学对李属植物线粒体基因组进行分析，旨在为李属植物系统发育、种群鉴定等研究提供参考。【方法】基于NCBI数据库已发布的7种李属植物线粒体基因组序列，利用生物信息学的方法，对其基因组的特征、组成，基因转移，遗传变异，系统发育等方面进行分析。【结果】7种李属植物的线粒体基因组序列长度为422 215(寒樱)～535 727 bp(梅),GC含量均约为45%,编码序列数量相近。跨膜结构域分析显示，线粒体基因组部分开放阅读框可能包含信号肽。DNA从叶绿体迁移至线粒体分析显示，tRNA基因比rRNA基因更为保守。7种李属植物线粒体基因组密码子偏好性不强，但共线性较高，大多数蛋白质编码基因在进化过程中受纯化选择。线粒体全基因组和单基因系统发育分析显示，寒樱与浙闽樱桃、梅与山杏的亲缘关系更近，李与光核桃的亲缘关系也较为接近，此结果与植物学分类标准存在一致性。【结论】李属线粒体基因组是其全基因组的重要组成部分，其序列较为保守，可用于物种鉴定、系统发育等方面的研究。
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