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[期刊] 华北农学报
[作者]
张梅 王然 马春晖 段艳欣 李鼎立
以杜梨为试材,采用同源序列法和RACE技术对杜梨SAMDC基因进行了克隆,命名为PbSAMDC,GenBank登陆号为:JX624260。生物信息学分析表明,PbSAMDC基因全长1 683 bp,编码358个氨基酸,相对分子量为39.767 7kDa,等电点为4.96;其编码氨基酸同源性分析表明,PbSAMDC基因与MdSAMDC1同源性最高,达到96%,其次是葡萄、甜橙等,同时对该基因的生物活性等进行了讨论,研究对梨属植物SAMDC基因的逆境调控机制和抗逆基因工程育种具有重要意义。
关键词：
梨 S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶 生物信息学
[期刊] 华北农学报
[作者]
路玉兰 孙艳香 冯雪 赵学良
S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶(SAMDC;EC 4.1.1.50)是多胺合成过程中的限速酶。以日本百脉根EST序列为基础,通过设计特异引物进行RT-PCR扩增,获得了S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶编码cDNA,命名为LcSAMDC1。LcSAMDC1基因组序列全长2 626 bp,存在3个内含子;cDNA序列全长1 799 bp,存在3个植物SAMDC基因特征性ORF,其中tORF编码2个氨基酸残基,sORF编码55个氨基酸残基,mORF编码354个氨基酸残基;mORF编码产物推断的分子量为38.6 kDa,具有2个高度保守的功能结构域(酶原剪切位点和PEST结构域);半定量RT-PCR分析显示,LcSAM...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘金仙 阙友雄 郭晋隆 许莉萍 徐景升 陈如凯
【目的】克隆甘蔗(Saccharum officinarum)S-腺苷蛋氨酸脱羧酶(S-adenosylmethionine decarboxylase,SAMDC)基因,并进行序列特征、原核表达和不同逆境胁迫下表达特性分析。【方法】通过对甘蔗茎全长cDNA文库测序和分析,获得SAMDC基因cDNA全长,命名为Sc-SAMDC,并进行序列分析。随后将编码S-腺苷蛋氨酸脱羧酶的cDNA片段克隆到原核表达载体pET29a(+)中,构建融合表达质粒,转化至Esherichia coli BL21(DE3)中进行表达。最后利用定量PCR技术分析甘蔗幼苗中该基因在不同外源胁迫下的表达特性。【结果】序列分...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
杨硕知 刘球 吴际友 李志辉 程勇
以2年生红椿家系盆栽幼苗为实验材料,开展了外源多胺对红椿干旱胁迫下TcSAMDC基因表达的修复效应研究。实验设置了轻度、中度和重度3种干旱胁迫梯度,干旱结束后,喷施了1 mmol/L的外源腐胺(Put)、亚精胺(Spd)及精胺(Spm)溶液作为修复处理,旨在探索湖南本土珍贵树种红椿Toona ciliata在遭受季节性干旱胁迫后的生理变化以及有效修复措施。结果表明:1)成功克隆了红椿S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶(Tc SAMDC)基因片段,测序得到一条532碱基对的DNA。2)外源Put、Spd和Spm溶液对不同程度干旱胁迫下红椿Tc SAMDC基因表达的修复效果都非常显著(α=0.01)。3)3种外源多胺在不同程度干旱胁迫下对红椿叶片的Tc SAMDC基因表达表现出不同的修复调节作用,其中以外源Spd效果最佳。因此,人为施加外源多胺能在很大程度上影响红椿TcSAMDC基因的表达,进而影响植株的干旱修复能力。采用人工喷施外源多胺诱导Tc SAMDC基因表达,于对抗干旱胁迫具有极强的实际操作意义。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王金慧 丁燏 简纪常 吴灶和
S-腺苷同型半胱氨酸水解酶(S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase,SAHH)是一种细胞内广泛存在的酶,在调节生物体转甲基化反应中占据重要地位。本研究通过RT-PCR及RACE-PCR技术克隆了南极冰藻(Chlamydomonas sp.ICE-L)S-腺苷同型半胱氨酸水解酶全序列,命名为ICE-LSAHH。ICE-LSAHH全长1 844 bp,包括5′非编码区36 bp,3′非编码区344 bp,含有一个较长的poly(A)尾。开放阅读框1 461 bp,编码487个氨基酸。根据推导的氨基酸序列预测其分子量为53.0 kD,理论等电点为5.16。Signal...
[期刊] 林业科学
[作者]
巩琛锐 王璐 杜庆章 张德强
组合运用分子生物学及生物信息学方法,首次从毛白杨成熟木质部中分离出编码S-腺苷高半胱氨酸水解酶基因PtSAHHA的cDNA克隆。序列分析表明,毛白杨PtSAHHA cDNA片段全长为1 935 bp,其内部含有大小为1 458 bp的完整开放阅读框架,可编码含有485个氨基酸残基的蛋白质。组织特异性Realtime-PCR结果显示,PtSAHHA在木质部中表达丰度最高,在形成层和老叶中表达丰度中等,在嫩叶中表达丰度最低。在此基础上,组合利用MAGE5.0和DnaSP5软件对毛白杨自然群体中45株基因型个体的PtSAHHA序列进行对比和分析,共检测到166个单核苷酸多态性(SNP)位点,SNP频...
[期刊] 华北农学报
[作者]
李明轩 刘颖 杨柏明 张帆 宋嘉欣 粟柴静 张卫华 吴颖
谷氨酸脱羧酶(GAD)是催化谷氨酸脱羧的裂解酶，对GABA合成通路起关键作用，并对植物抵御非生物胁迫有重要调控作用。前期通过代谢组和转录组关联分析筛选得到3个西瓜GAD基因家族成员(Cla97C01G007270、Cla97C01G007290和Cla97C04G079700)。在此基础上克隆了3个西瓜GAD家族基因，分别命名为ClGAD1、ClGAD2和ClGAD3,并对其进行生物信息学及表达模式分析。结果显示，ClGAD1、ClGAD2和ClGAD3的CDS分别为1 524,1 497,1 497 bp,其编码的氨基酸数量分别为507,498,498。3个蛋白均为亲水性蛋白；亚细胞定位于线粒体中；具有高度的保守性，保守结构域为谷氨酸脱羧酶；其启动子区域含有大量CAAT-box和TATA-box,以及与逆境胁迫相关的MYB、MYC等相应元件。3个GAD蛋白的二级结构均以α-螺旋、无规卷曲为主；三级结构均为同源六聚体结构。系统进化树显示，GAD基因家族成员与苦瓜、拟南芥的GAD亲缘关系最近。qRT-PCR分析显示，ClGAD1和ClGAD2在茎中表达量最高，而ClGAD3在花中表达量最高。ClGAD1、ClGAD2、ClGAD3分别在盐胁迫12,24,48 h表达量最高；冷和干旱胁迫下3个GAD基因的表达模式较为相似，均在胁迫早期发生大量表达，且ClGAD3在非生物胁迫下的表达量均高于其他2个家族成员。获得了西瓜3个GAD基因的cDNA全长，并对其进行生物信息学和表达模式分析，为丰富西瓜抗非生物胁迫基因资源提供了试验依据。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
史晓丽 张莹雪 孟宪红 孔杰 栾生 罗坤 曹宝祥 曹家旺 陈宝龙
本研究采用RACE技术克隆获得中国对虾甘氨酸脱羧酶(FcGLDC)基因的全长cDNA及DNA序列并对其进行生物信息学分析。结果表明,FcGLDC基因的cDNA全长为3481 bp,其中ORF为2829 bp,5′UTR长17 bp,3′UTR长86 bp。完整的阅读框编码942个氨基酸,分子量为104.66 kDa,预测的理论等电点为6.51。Fc GLDC基因DNA序列全长共4964 bp,包含12个外显子和11个内含子。同源性及系统进化分析表明,FcGLDC基因与节肢动物的GLDC基因聚为一类,氨基酸
[期刊] 中国农业科学
[作者]
金晓霞 秦智伟 周秀艳 武涛
【目的】克隆黄瓜S-腺苷-L-高半胱氨酸水解酶基因的cDNA,并进行生物信息学和表达分析,为研究该基因的功能奠定基础。【方法】通过对乙烯利诱导黄瓜茎尖SSH文库的筛选,采用RT-PCR和电子克隆技术,获得黄瓜CsSAHH基因的cDNA全长序列(NCBI编号:HQ444960,CsSAHH)。运用半定量RT-PCR,分析CsSAHH基因在乙烯利诱导后的茎尖和雌雄花不同部位的表达。通过生物信息学方法预测CsSAHH基因的蛋白结构。【结果】黄瓜CsSAHH基因的cDNA全长1 545 bp,编码485个氨基酸,其理论上的等电点pI=5.66,分子量MW=53.1 kD。CsSAHH基因在黄瓜茎尖受乙...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
薛学东 袁德军 林开春
以高产S-腺苷甲硫氨酸的菌株Saccharomyces cerevisiaeB9对培养基和发酵条件进行了优化研究。通过单因素水平测试和正交水平测试,确定了发酵培养基的最佳配方组合为:蔗糖8%、NH4Cl 0.5%、NH4H2PO40.2%、酵母提取物1.2%、MgSO4.7H2O 0.01%、KH2PO40.6%、L-甲硫氨酸1.2%,与原始发酵培养基相比,S-腺苷甲硫氨酸从1.16 g/L提高到3.35 g/L,菌体干重从16.18 g/L提高到18.25 g/L。在此基础上,对发酵条件进行优化,结果发现:初始pH5,培养温度30℃,摇床转速180 r/min为最佳培养条件。此时,菌体干重达...
关键词：
S-腺苷甲硫氨酸 发酵 优化
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
万荣娥 王启明 张喜团 熊善柏
以45株酵母菌株作为出发菌株,筛选出2株高产SAM(S-腺苷甲硫氨酸)的酿酒酵母菌株(A12A、A18A),以该2株酿酒酵母菌株为对象,研究发酵温度、发酵液初始pH值、摇床转速以及发酵时间对菌体产量和SAM产量的影响,并优化发酵工艺条件,以提高SAM的产量。结果表明:发酵温度、发酵液初始pH值、摇床转速和发酵时间对菌体产量和SAM产量均有显著影响。经正交试验优化,2株酿酒酵母菌株产SAM的最佳发酵条件为25℃、发酵液初始pH值5.0、摇床转速225 r/min、发酵时间108 h,在该发酵条件下,酿酒酵母菌株A18A产SAM最高量达2.54 g/L,较优化前提高1.17倍。
关键词：
酿酒酵母 S-腺苷甲硫氨酸 发酵工艺
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
洪艳云 黄志刚 易图永
南荻是一种高木质纤维素含量的禾本科多年生草本植物,但其中的高木质素含量严重制约了它作为能源植物的开发利用。采用RT-PCR及RACE方法从南荻中分离到G木质素单体形成的关键酶CCoAOMT家族的一个基因,将该基因序列递交到GenBank,登录号为JF965572。该基因全长工1206bp,含有一个786bp的阅读框,编码一个261aa的蛋白,分子量约为29kD。通过NCBI在线比对发现该基因的预测蛋白与同为禾本科玉米的CCoAOMT酶蛋白有很高的同源性,最高达到94.0%;氨基酸序列多重比较的结果表明,该基因编码肽链含有CCoAOMT类基因全部的保守序列元件;系统进化树分析表明,该基因与玉米的...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
张伟 方梅霞 聂庆华 张细权
利用生物信息学和比较基因组学方法,对猪TDRP1基因的结构、表达及功能进行分析,结果表明:(1)电子克隆获得猪TDRP1基因cDNA部分序列共776bp,包括119bp的5′UTR、561bp的编码区和96bp的3′UTR,共编码合成187个氨基酸多肽;(2)猪TDRP1基因CDS序列与人、小鼠和大鼠的同源性分别为85%、76.1%、77.1%.编码合成的猪TDRP1蛋白与人、小鼠、大鼠之间的同源性分别为82.5%、71.1%和70.1%;(3)猪TDRP1蛋白的相对分子质量为20489.8,不含信号肽,为1个可溶性蛋白,同时也是1个非分泌性蛋白,存在4个二级结构区段;(4)基于cDNA及ES...
关键词：
猪 TDRP1基因 电子克隆 生物信息学
[期刊] 淡水渔业
[作者]
俞兆曦 连总强 吴旭东 杨忠礼 李力 张锋 肖伟 赛清云
为研究兰州鲇（ＳｉｌｕｒｕＳ ｌａｎｚｈｏｕｅｎＳｉＳ）生长性状相关基因，运用ｒＴ－ＰＣｒ、Ｔａ克隆和核酸测序等技术对兰州鲇ＭｙｏＤ基因的ＣＤＳ区及全基因进行克隆和生物信息学分析。获得兰州鲇ＭｙｏＤ基因的完整ＣＤＳ区序列８１０ ｂＰ（Ｇｅｎ ｂａｎｋ登录号：ｋＴ２７７５５１）及ＭｙｏＤ基因全序列１ ２１０ ｂＰ（Ｇｅｎ ｂａｎｋ登录号：ｋＴ３３９１７５），包括部分５＇端６３ ｂＰ和３＇端５８ ｂＰ；ｏｒＦ区含有３个外显子和２个内含子，外显子长度分别为５１０ ｂＰ、８０ ｂＰ和２２０ ｂＰ，内含子长度分别为１５６ ｂＰ和１２３ ｂＰ，编码２６９个氨基酸残基组成的可溶酸性蛋白质；预测亚细胞定位Ｍｙ．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
张梅娟 徐红红 马天意 钱朋智 沙伟
水通道蛋白是一类较小的跨膜蛋白质,在植物抵御非生物胁迫过程中具有非常重要的作用。为了研究砂藓水通道蛋白基因的生物学功能,利用干旱处理转录组测序获得的序列信息,克隆获得1个水通道蛋白家族中质膜内在蛋白基因序列,命名为RcPIP2。生物信息学结果显示,RcPIP2基因全长序列为1 267 bp,包含807 bp的开放阅读框,编码含有268个氨基酸残基的蛋白质。该蛋白质分子质量预测为28.3 ku,理论等电点为6.64,为疏水性较强的稳定性蛋白;无信号肽,为非分泌型蛋白;含有6个跨膜结构域。保守结构域分析发现,RcPIP2具有膜内在蛋白(MIP)家族信号序列、高等植物高度保守序列HINPAVTFG和2个天门冬酰胺-脯氨酸-丙氨酸(NPA)基序。二级结构包括α螺旋(37.31%)、β折叠(20.9%)、无规则卷曲(38.43%)。三级结构预测发现,RcPIP2蛋白质的立体结构为典型的四聚体形式,由4个圆筒状亚基和中间的孔道构成。系统进化树分析表明,RcPIP2与小立碗藓中的PIP2蛋白质亲缘关系较近,聚为一类。由此推测,RcPIP2基因为水通道蛋白家族成员。
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