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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
叶生晶 乌云塔娜 田大伦 许靖诗
杜仲富含萜类物质,MVA途径是萜类物质合成的重要途径之一。从杜仲果实转录组数据KEGG中杜仲MVA途径共被注释30条Unigene,根据NCBI中的BLAST比较,分别鉴定了乙酰COA酰基转移酶,羟甲基戊二酰辅酶a合成酶,羟甲基戊二酰辅酶a还原酶,甲羟戊酸激酶,磷酸甲羟戊酸激酶,二磷酸甲羟戊酸脱羧酶基因,被注释7条,3条,11条,2条,2条,5条。表达差异分析表明,以上基因中分别为5条,3条,4条,1条,5条为幼果和成熟果实差异表达基因。对差异表达基因序列进行软件设计、引物特异性分析和实验验证,最终筛选出10对适合杜仲MVA途径SYBR GreenI荧光定量PCR的引物,为MVA途径基因表达差...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
王淋 乌云塔娜 刘慧敏 叶生晶 杜红岩
杜仲幼果和成熟果转录组测序的基础上,分离鉴定了幼果和成熟果MVA途径ACOT、HMGS、HMGR基因全长cDNA序列,并对基因的核苷酸序列及其相应氨基酸序列的组成成分、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二、三级结构、分子系统进化等进行分析。EuACOT基因全长cDNA为1 248 bp,编码416个氨基酸,属于稳定疏水性蛋白,无明显的跨膜区,在进化上分属于不同的分类群,与烟草和番茄的ACOT蛋白间的亲缘关系最为接近;EuHMGS基因全长cDNA为1 356 bp,编码452个氨基酸,属于不稳定的疏水性蛋白,无明显的跨膜区,在进化上分属于不同的分类群,与茶树的HMGS蛋白间的亲缘关系最为接近;E...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王淋 乌云塔娜 叶生晶
【目的】杜仲橡胶是一种多萜类物质，而甲羟戊酸（ＭＶＡ）途径是合成萜类物质的重要途径之一。分析杜仲ＭＶＡ途径相关基因表达的差异，预测杜仲橡胶合成的主要上游途径。【方法】在杜仲幼果和叶片转录组测序的基础上，根据基因功能注释和表达分析，确定ＭＶＡ途径的系列基因，并对其进行表达差异分析。【结果】杜仲橡胶合成的ＭＶＡ途径共涉及２３条Ｕｎｉｇｅｎｅ，分别为３条ｅＵＡＣＯＴ、３条ｅＵＨＭｇＳ、８条ｅＵＨＭｇＲ、２条ｅＵＭＫ、１条ｅＵＰＭＫ和６条ｅＵＭＤＰ基因。根据转录组ＲＰＫＭ（ＲｅＡＤＳ ＰｅＲ ＫｉｌＯ ｂＡＳｅＳ ＰｅＲ ＭｉｌｌｉＯｎ ＲｅＡＤＳ）数据对基因表达差异进行分析，结果表明杜仲ＭＶＡ途径中．．．
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
刘慧敏 乌云塔娜 王淋 许靖诗 叶生晶
以杜仲果实和叶片转录组为基础,研究了MEP途径系列基因的表达差异,为杜仲基因的克隆、功能鉴定及重要成分的分子积累机理研究提供重要的依据。结果表明,杜仲转录组中共42条Unigene被MEP途径注释。DXS的DXS2和DXS3在幼果和叶片中表达量具有显著差异,且DXS2在幼果和叶片中的表达量最高;该酶在幼果和成熟果实中有7条Unigene被注释,其中DXS6在成熟果实中特异表达,的表达量具有显著差异。DXR在幼果和叶片中有4条Unigene被注释,其中DXR1、DXR2、DXR3的表达量具有显著差异;该酶在幼果和成熟果实中有3条Unigene被注释,其中DXR3在成熟果实中特异表达,3条Unig...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
王征 金晓玲 刘雪梅 伍江波
为探索杜仲成熟配器官发生途径,通过组织培养的方法,以杜仲成熟胚为外植体,研究了愈伤组织的诱导和增殖、不定芽的诱导和增殖、小苗生根以及生根苗的炼苗移栽等过程。结果表明:杜仲成熟胚具有直接器官发生途径和间接器官发生两种途径。直接器官发生途径的不定芽诱导培养基配方为MS+6-BA(0.5mg/L)+NAA(0.1mg/L),诱导率最高80%;间接器官发生途径的愈伤组织诱导培养基为MS+BA(2.0 mg/L)+NAA(2.5mg/L),诱导率为70%,从愈伤组织诱导丛生芽的培养基为MS+BA(1.0 mg/L)+NAA(0.05 mg/L),诱导率80%;生根培养基为1/2MS,生根率80%;移栽基...
关键词：
杜仲 器官发生途径 诱导 增殖 生根
[期刊] 林业科学
[作者]
方林鑫 李志红 张守科 张威 舒金平 王浩杰
【目的】基于黄脊竹蝗若虫不同龄、成虫不同性别及不同组织筛选稳定表达的内参基因，为黄脊竹蝗后续转录调控研究提供参考。【方法】依据黄脊竹蝗转录组测序结果，以TUB、RPS27A、RPL10、AK、GAPDH、EF1A、RPS3、Actin和18S rRNA常用的9种昆虫内参基因作为候选，本地Blast后获得碱基序列并设计引物。利用GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件分析这9种内参基因的稳定性，筛选出在若虫不同龄、成虫不同性别与不同组织(触角、头、唇须、肌肉组织、精/卵巢)中表达量最为稳定的内参基因。【结果】9种候选内参基因在黄脊竹蝗体内均为首次验证并报道，且与其他昆虫相应基因同源性高(高于70%),差异值小；9种候选内参基因的引物均具有良好的扩增效率(均在90%～120%);在所有样品中，18S rRNA表达水平最高(C_t=10.78±2.58,P<0.05)。黄脊竹蝗不同龄若虫的内参基因稳定性分析时，3个软件排在前2位的内参基因均为RPS3与RPL10;基于不同组织分析时，GeNorm与BestKeeper软件表明RPL10是最合适内参基因，而NormFinder软件则表明GAPDH为最合适内参基因；在黄脊竹蝗成虫不同性别分析时，3种软件评估结果均表明GAPDH和RPL10为合适内参基因。【结论】筛选出RPL10为在不同条件下于黄脊竹蝗体内表达稳定并具有差异性的基因，可作为黄脊竹蝗转录组学及功能基因组学研究的内参基因。
[期刊] 林业科学
[作者]
刘文哲 牛明月 李秀云 林二培 黄华宏 童再康
【目的】利用定量ＰＣＲ和表达分析软件研究候选内参基因在光皮桦不同组织中的表达稳定性，并通过目的基因的表达分析验证其可靠性，以获得可用于光皮桦定量ＰＣＲ的稳定内参基因。【方法】选取１６个常用的看家基因作为候选内参基因，设计引物，通过普通ＰＣＲ、溶解曲线及琼脂糖凝胶电泳验证引物的特异性；通过实时荧光定量ＰＣＲ及软件ｇｅ ＮｏＲｍ、ＮｏＲｍ ＦｉＮｄｅＲ和Ｂｅｓｔ ＫｅｅＰｅＲ分析候选内参基因在光皮桦１６个不同组织中的表达稳定性，根据分析结果筛选出最佳的内参基因和组合，并进一步通过２个目的基因ＣｓＬｄ和ＫｏＲ对内参基因的稳定性进行验证。【结果】ＰＣＲ和电泳结果显示，候选内参基因ＰＣＲ目的片段条带清晰．．．
关键词：
光皮桦 内参基因 实时荧光定量PCR
[期刊] 中国林业科学研究院
[作者]
朱景乐
杜仲(Eucommia ulmoides Oliv.)属杜仲科,仅1属1种,是中国重要的名贵经济树种。‘红叶’杜仲(Eucommia ulmoides‘Hongye’)叶片红褐色,极具观赏价值,且药用价值突出,2009年通过河南省林木良种审定。目前对‘红叶’杜仲生理特征及呈色规律研究较少。本论文以‘红叶’杜仲、‘小叶’杜仲(Eucommia ulmoides‘Xiaoye’)以及‘密叶’杜仲(Eucommia ulmoides‘Miye’)三个品种苗期的叶片为研究材料,对其表型性状、微观构造、内部各活性成
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘超 师俊玲 周小娟 杨保伟 窦兴霞
【目的】分离筛选杜仲(Eucommia ul moides Oliv.)树皮中产松脂醇二葡萄糖苷(Pinoresinol diglu-coside,PDG)的内生真菌,为PDG的生产提供参考。【方法】采用表面灭菌法分离杜仲内生真菌,摇瓶培养分析各菌株产PDG的能力,结合形态学特征和rDNA内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS)序列分析对高产菌株进行鉴定,研究培养温度、pH对其生长的影响及其对不同碳源和氮源的利用情况。【结果】共分离得到18株内生真菌,有3株具有产PDG能力,其中以菌株XP-8的PDG产量最高(11.65 mg/L),分类鉴定确定该菌株为拟...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
付建新 张超 王艺光 赵宏波
为了筛选桂花Ｏｓｍａｎｔｈｕｓ ｆｒａｇｒａｎｓ不同组织基因表达分析中适合的内参基因，以桂花‘堰虹桂’Ｏ．ｆｒａｇｒａｎｓ‘ＹａｎｈＯｎｇｇｕｉ’花蕾、盛开花序、嫩叶、成熟叶和１年生茎等５个不同组织为材料，利用实时荧光定量聚合酶链式反应（ｑｒｔ－ＰＣｒ）检测７个候选内参基因的表达水平，并利用ｇｅｎＯｒｍ，ｎＯｒｍｆｉｎｄｅｒ和ＢｅｓｔＫｅｅＰｅｒ软件对各候选内参基因的表达稳定性进行评价，最后利用桂花不同组织中ＯｆＣｒｔｉｓＯ１基因相对表达水平验证筛选的内参基因的可靠性。结果表明：综合３个软件的评价排序，确定不同组织中最佳内参基因为Ｏｆｒａｎ１和ＯｆｕＢＣ２，而Ｏｆ１８ｓ是最差内参基因。ＯｆＣｒ．．．
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
刘俊 李龙 陈玉龙 陈随清
【目的】Wuschel (WUS)相关的同源异型盒(Wuschel-related homeobox,WOX)转录因子家族在植物生长发育中发挥重要作用。本研究旨在探索WOX转录因子在杜仲Eucommia ulmoides中的分布及表达特征。【方法】以杜仲基因组数据库为基础，利用生物信息学方法对杜仲WOX家族进行全基因组鉴定；基于转录组数据分析EuWOXs在叶片发育及杜仲胶形成中的表达特征，通过实时荧光定量PCR (RT-qPCR)检测EuWOXs在‘紫叶’杜仲‘Ziye’叶片不同发育时期的表达模式。【结果】杜仲基因组中共鉴定出8条EuWOXs，分布于8条染色体；EuWOXs蛋白质长度为182～352个氨基酸，理论等电点为5.10～6.47，分子量为20.7～40.4 kDa；亚细胞定位预测EuWOXs均定位在细胞核中，均为亲水性蛋白。根据系统进化关系，杜仲WOX家族包括3个亚家族，分别含2、1和5个EuWOXs基因。EuWOXs均含有内含子，并包含多个基序，启动子中富含激素、胁迫和光周期响应元件。大部分EuWOXs在杜仲叶片中表达量较低，EuWOX13-1随叶片发育表达量逐渐降低，EuWOX13-2在生长叶中表达量最高。【结论】杜仲中有8个EuWOXs基因，EuWOX13-1和EuWOX13-2可能在杜仲叶片发育中发挥重要作用。图10表2参50
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
曾璟 王平 孙吉康 杨岚鹏 周韬 荣健
为筛选适用于Pb与Cd胁迫下旱柳实时荧光定量PCR的内参基因,应用荧光定量PCR技术分析UBQ1、TUB6、Actin、EF1α、18SRNA、GAPDH、TUA8和UBQ2这8个内参基因在旱柳根部的表达情况。通过Normfinder、ge Norm和Best Keeper3个软件进行综合分析,发现在Pb与Cd胁迫下表达较为稳定的内参基因均为EF1α、GAPDH和Actin,差别是在Pb胁迫下的旱柳根组织中最为稳定的内参基因是EF1α,而在Cd胁迫下的旱柳根组织应最稳定的内参基因为GAPDH。该研究结果可
关键词：
铅 镉 实时荧光定量PCR 内参基因
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
梁蕤 徐雷锋 毕蒙蒙 王静 唐玉超 郝泽慧 刘一洁 杨盼盼 明军 杜方
为筛选柠檬色百合(Lilium leichtlinii)实时荧光定量PCR稳定的内参基因，以柠檬色百合不同发育时期花被片、根、茎、叶和鳞片为试验材料，测定比较总类胡萝卜素含量；使用RT-PCR和荧光定量PCR检测9个候选内参基因(AP4、Actin、β-TUB、CYP、eIF、GAPDH、RH2、UBC和18S)特异性及表达水平，利用geNorm、NormFinder、Bestkeeper、ΔC_T程序和RefFinder网站综合评估候选内参基因表达稳定性；选用八氢番茄红素酶基因PSY对内参基因稳定性进行验证，最终确定合适且稳定的内参基因。结果表明：1)柠檬色百合花被片发育过程中Actin和AP4为9个候选内参基因中最稳定的内参基因，UBC为最不稳定的内参基因。2)柠檬色百合不同器官间eIF和AP4为候选内参基因中最稳定的内参基因，18S为最不稳定的内参基因。3)在柠檬色百合花被片发育过程和不同器官间，以筛选出最稳定的内参基因为参照计算所得PSY基因表达情况与实际测得总类胡萝卜素含量变化趋势一致；以筛选出最不稳定的内参基因作为参照计算所得PSY基因表达情况与总类胡萝卜素含量变化趋势不同甚至相反。研究表明在试验中不能随意使用内参基因，需要在使用前对其进行筛选、评价和验证，同时研究结果为柠檬色百合花被片发育过程和不同器官间基因表达分析提供了稳定的内参基因。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘伟灿 王骐 周永刚 邓宇 赵利旦 王兴超 靳京 董园园 王南 王法微 陈欢 李晓薇 李海燕
【目的】通过分析大豆中候选内参基因的稳定性，筛选大豆干旱胁迫处理条件下适合成熟ｍｉＲＮＡ、前体ｍｉＲＮＡ及靶基因ｍＲＮＡ荧光定量ＰＣＲ的内参基因。【方法】以干旱胁迫处理后的大豆根和叶片为材料，选择了５个成熟ｍｉＲＮＡｓ和５个传统的看家基因作为候选内参基因，利用ＧｅＮｏＲｍ和ＮｏＲｍＦｉＮｄｅＲ程序对１０个候选内参基因的稳定性进行评价。【结果】在干旱胁迫下，大豆根、叶片中，成熟ｍｉＲＮＡ定量最合适的单个内参基因分别为ｍｉＲ１５６Ａ、ｍｉＲ１６７Ａ，最合适的内参基因组合分别为ｍｉＲ１５２０ｄ与ｍｉＲ１５６Ａ、ｍｉＲ１５２０ｄ与ｍｉＲ１６７Ａ。前体ｍｉＲＮＡ和靶基因ｍＲＮＡ定量最合适的单个内参基因分．．．
[期刊] 草业科学
[作者]
李苏涛 李妍 张磊 陈思齐 韩雪林 张娟 苏德伟 罗海凌 周晶
以巨菌草(Pennisetum giganteum)的叶片、茎、根为试验材料，通过分析8个基因18s rRNA、Actin、GAPDH、ACTB、EF-1α、UBQ、CYP、TUB在正常生长、干旱以及盐碱胁迫下荧光定量PCR中稳定性表达情况，筛选巨菌草的稳定内参基因。利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件计算内参基因的表达稳定值并进行排序，最终通过赋值法综合排序确定稳定内参基因。结果表明，内参基因的稳定性在不同处理下存在差异。其中，ACTB稳定性好，为本研究筛选出巨菌草的内参基因。本研究筛选出的内参基因，为后续巨菌草功能基因表达分析奠定了基础。
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