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[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘攀峰 杜红岩 乌云塔娜 杜兰英 孙志强
以杜仲叶片cDNA为模板,采用反转录RCR及RACE技术分离出HDR基因的cDNA克隆,命名为EuHDR。EuHDR基因cDNA全长1 653 bp,5’端非编码区长82 bp,3’端非编码区长188 bp,编码460个氨基酸,与喜树HDR基因序列相似性最高,达82%;推导EuHDR氨基酸序列中包含转运肽序列(A1-A33)及植物HDR蛋白多个保守的功能位点(A117,A208,A262,A345);EuHDR蛋白二级结构α-螺旋占35.65%,β-折叠占19.78%,螺环结构占44.57%;EuHDR蛋白三级结构为单体形式,呈不规则的三叶草形状;系统进化分析表明EuHDR蛋白与葡萄HDR蛋白...
关键词：
杜仲 HDR 基因 序列分析
[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘攀峰 杜红岩 乌云塔娜 黄海燕 朱高浦
以杜仲叶片cDNA为模板,采用反转录RCR及RACE技术分离出DXR基因cDNA全长。序列分析结果表明该基因序列全长1 814 bp,共编码478个氨基酸,推导的蛋白质分子量为51.71 kD,理论等电点5.79,命名为EuD-XR。推导的EuDXR蛋白质序列具有植物DXR酶的5个典型基序,并预测出26个潜在的功能位点。系统进化树分析表明EuDXR蛋白与玉米、水稻亲缘关系最近,其次为橡胶、拟南芥、烟草。
关键词：
杜仲 DXR 基因 序列分析
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
刘攀峰 乌云塔娜 杜兰英 吴敏 黄海燕 杜红岩
2-甲基-D-赤藓糖醇-2,4-环焦磷酸合酶(MDS)基因曾被认为是调控植物2-甲基-D-赤藓糖醇4-磷酸(MEP)途径的一个关键节点。为解析杜仲MDS基因序列信息和预测基因功能,以叶片cDNA为模板,采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)及cDNA末端快速扩增(RACE)技术分离出杜仲MDS基因的cDNA克隆,并通过一系列生物信息学方法进行序列分析。结果表明:EuMDS基因cDNA全长976 bp,5′端非编码区长119 bp,3′端非编码区长146bp,编码236个氨基酸。推导EuMDS氨基酸序列中包含转运肽序列(A1~A56)以及多个植物MDS蛋白保守的功能位点(A84,A87,A8...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
周凯 张成锋 王建新 李冰 朱健
采用同源克隆和末端快速扩增(RACE)方法克隆了建鲤(Cyprinus carpio var.jian)MHC classⅠ基因全长cD-NA并进行了序列分析。结果显示:实验得到了1914 bp的建鲤的MHC classⅠ全长cDNA序列;建鲤MHC classⅠ基因包括1044 bp的开放阅读框(ORF),118 bp的5'非编码区(UTR)以及752 bp的3'非编码区(UTR),含有保守的半胱氨酸残基,N-糖基化位点。氨基酸序列比对结果显示,建鲤MHC classⅠ与日本鲤的MHC classⅠ相似性最高,为66.0%;与虹鳟、大西洋鲑、青鳉、红鳍东方鲀的相似性分别为54.5%、57.9...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
刘凯 谭晓风 龙洪旭 陈鸿鹏 曾艳玲 张琳
DGAT酶是催化TAG合成途径即Kennedy途径中唯一的限速酶。根据已报道油茶DGAT1基因部分cDNA序列设计引物,利用RT-PCR和RACE技术,对油茶DGAT1基因进行克隆及序列分析。结果表明:该基因序列全长为2 046 bp,包含1个完整的1 548 bp ORF及269 bp 5’UTR和229 bp 3’UTR,编码515个氨基酸;该基因被命名为co-dagt1。经过比对分析,发现油茶的DGAT1基因具有DGAT1基因特有的保守序列和相关特征,而且与其他植物的DGAT1基因具有较高的相似性,并对其蛋白质序列和理化性质进行了分析。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈建荣 郭清泉 张学文
目的试图分离和克隆苎麻内源咖啡酰辅酶A甲基转移酶基因。方法采用RACE技术克隆基因,对序列应用ClustaW1.82软件进行在线分析,将苎麻mRNA序列、mRNA编码区序列以及氨基酸序列与已报道的其它植物的相应序列进行多重序列排列比较并构建系统树。结果获得了苎麻CCoAOMTcDNA全长序列(GenBank注册号:AY651026);苎麻咖啡酰辅酶A甲基转移酶是氧甲基转移酶类;苎麻CCoAOMT基因mRNA序列与已报道的其他植物的相应序列不能聚为一类,其差异明显大于其它植物间的差异。苎麻CCoAOMT基因mRNA编码区序列与玉米(Zeamays:ZMA242980、ZMA242981)的同源性...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘卫平 韩玉珍 赵德刚
以杜仲一叶一心期幼叶为材料 ,提取总RNA ,采用RT -PCR技术分离得到 4 98bp核苷酸片段 ,此核苷酸片段与GenBank中的苹果树肉桂醇脱氢酶 (CAD)基因序列有 6 4 .1%的同源性 ,与桉树mRNACAD有 6 3.9%的同源性。所克隆的cDNA编码 16 5个氨基酸残基 ,其序列与苹果树CAD相应片段有 6 8.5 %的同源性 ,与桉树mRNACAD相应片段有 6 6 .1%的同源性。推测克隆的核苷酸片段为杜仲CAD的基因片段。
关键词：
杜仲 肉桂醇脱氢酶 木质素 序列分析
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
王淋 乌云塔娜 刘慧敏 叶生晶 杜红岩
杜仲幼果和成熟果转录组测序的基础上,分离鉴定了幼果和成熟果MVA途径ACOT、HMGS、HMGR基因全长cDNA序列,并对基因的核苷酸序列及其相应氨基酸序列的组成成分、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二、三级结构、分子系统进化等进行分析。EuACOT基因全长cDNA为1 248 bp,编码416个氨基酸,属于稳定疏水性蛋白,无明显的跨膜区,在进化上分属于不同的分类群,与烟草和番茄的ACOT蛋白间的亲缘关系最为接近;EuHMGS基因全长cDNA为1 356 bp,编码452个氨基酸,属于不稳定的疏水性蛋白,无明显的跨膜区,在进化上分属于不同的分类群,与茶树的HMGS蛋白间的亲缘关系最为接近;E...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王玉臣 谭玉梅 刘永翔 刘作易
为进一步研究谢瓦氏曲霉间型变种中flbA基因的结构及其与有性发育的关系,根据FlbA氨基酸的保守序列设计简并引物,利用RT-PCR、RACE方法从谢瓦氏曲霉间型变种的总RNA中扩增出flbA基因的cDNA序列。该序列全长3060 bp,包含2295bp的开放阅读框(Open reading frame,ORF),预测编码一个由764个氨基酸组成的蛋白,该蛋白分子量为83 181.19,理论等电点为6.31,为不稳定的亲水蛋白。序列同源性为:该基因与烟曲霉(Aspergillus fumigatus)的发育调控子flbA相似度,最高为77%,其编码的氨基酸含有一个RGS(Regulator of...
[期刊] 水产学报
[作者]
吴雪峰 赵金良
Pepsinogen is one kind of gastric digestive proteinases belonging to a family of aspartic proteinases,which is synthesized in the gastric mucosa of vertebrates and converted to pepsins in the acidic environment of gastric juice.The mandarin fish(Siniperca chuatsi) is a typical carnivorous fish which...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨文 沈文 郭海英 陈冬梅 陈凯丽 孙延鸣
【目的】克隆巴什拜羊杀菌/通透性增强蛋白(BPI)的cDNA序列,为研究该蛋白的结构和功能奠定基础。【方法】采集巴什拜羊外周血液,从中分离得到中性粒细胞后提取RNA。根据GenBank中牛BPI基因的cDNA序列设计兼并引物,用RT-PCR方法扩增巴什拜羊BPI基因部分序列,再根据已知的巴什拜羊BPI基因部分序列设计RACE引物,分别扩增出5′和3′端目的片段,分别回收克隆的目的基因片段,再与pMD18-T载体连接,分别转化到大肠杆菌DH5α中,筛选阳性克隆,将重组菌测序后进行拼接,获得巴什拜羊BPI基因全长cDNA序列,并对序列进行分析。【结果】克隆的巴什拜羊BPI基因cDNA序列全长1 9...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
朱凤云 陈鸿鹏 谭晓风 刘凯 王建勇
为深入了解脂氧合酶基因在油茶果实成熟过程中的功能及其对油茶油脂品质的影响,本研究以油茶种子的转录组数据库中的脂氧合酶基因(lipoxygenase,LOX)的部分cDNA序列为基础,采用RT-PCR和RACE技术从油茶种子中克隆到此基因的全长cDNA,并其进行了序列分析。该基因全长cDNA为2 698 bp,包括5’非编码区161 bp、3'非编码区131 bp以及一个长2 406 bp的编码区和16 bp的polyA尾巴。该基因编码蛋白质的分子量约为91.65 kDa,等电点为5.255。同时该蛋白二级结构以α-螺旋为主,具有跨膜结构,主要分布在细胞内的叶绿体和细胞质中。经过比对分析,发现油...
[期刊] 林业科学
[作者]
谭晓风 陈鸿鹏 张党权 曾艳玲 李魏 蒋瑶 谢禄山 胡孝义 胡芳名
FAD2基因控制油酸转化为亚油酸,是油茶油脂合成代谢的关键酶基因。在构建的油茶EST文库基础上,采用5′RACE和交错延伸PCR技术获得了油茶FAD2基因的全长cDNA克隆。该基因序列长1682bp,开放阅读框为1149bp,编码382个氨基酸,并且具有FAD2特有的保守序列和相关特征。经过比对分析,发现油茶的FAD2基因与其他植物的FAD2基因具有较高的相似性。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘珊 李冰 张成锋 魏可鹏 朱健
为了解Na+-K+-ATPase α1基因的分子结构及其在建鲤盐度调控过程中起到的作用,采用同源克隆和末端快速扩增(RACE)的方法分离克隆了建鲤(Cyprinus carpio var.jian)Na+-K+-ATPase α1基因全长cDNA,得到3 397 bp的全长cDNA,包括3 081 bp的开放阅读框(ORF),232 bp的5-末端非编码区(UTR)以及219 bp的3-末端非编码区(UTR)。对推测的该基因氨基酸序列进行同源性比对和系统分析显示:建鲤与其他鱼类该基因的氨基酸序列相似度为90.22%~95.52%,与斑马鱼(Danio rerio)相似度最高(95.52%),与...
[期刊] 水产学报
[作者]
应成琦 尹顺吉 林森杰 沈轶 何培民
对缘管浒苔光合作用第一关键酶Rubisco大亚基基因(rbcL)全长cDNA序列进行了克隆分离。首先应用RT-PCR方法获得了rbcL大片段cDNA序列,序列长度为1101bp,并进行了测序分析。然后分别应用5′RACE方法和3′RACE方法获得2个克隆序列,其序列长度分别为371bp和579bp,并进行了测序分析。在此基础上,将3个片段序列进行拼接,获得了Rubisco大亚基全长cDNA序列(1472bp),其中包括1425bp的编码区序列及47bp的前导序列(NCBI登录号:DQ813496),并推断出蛋白质序列(474个氨基酸)。对序列进行了相关生物信息分析和同源性比对,结果显示与已克隆...
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