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[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘攀峰 杜红岩 乌云塔娜 黄海燕 朱高浦
以杜仲叶片cDNA为模板,采用反转录RCR及RACE技术分离出DXR基因cDNA全长。序列分析结果表明该基因序列全长1 814 bp,共编码478个氨基酸,推导的蛋白质分子量为51.71 kD,理论等电点5.79,命名为EuD-XR。推导的EuDXR蛋白质序列具有植物DXR酶的5个典型基序,并预测出26个潜在的功能位点。系统进化树分析表明EuDXR蛋白与玉米、水稻亲缘关系最近,其次为橡胶、拟南芥、烟草。
关键词：
杜仲 DXR 基因 序列分析
[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘英冠 吴庆珂 何关顺 汪阳东 杨素素 陈益存 高暝
在转录组测序结果分析基础上,以山鸡椒c DNA为模板,克隆得到山鸡椒1-脱氧木酮糖-5-磷酸还原异构酶DXR基因c DNA全长,以山鸡椒基因组DNA为模板,设计引物、扩增拼接后获得山鸡椒DXR基因全长,命名为Lc DXR。序列分析表明,Lc DXR c DNA全长为1 501 bp,5’非编码区长34 bp,3’非编码区长53 bp,开放阅读框长1 413 bp,预测编码含有470个氨基酸残基的蛋白质,等电点为6.62,分子量为51.12 k D。Lc DXR基因全长为12 601bp,其中外显子12个,内含子11个。对来自10个种源的Lc DXR基因编码区单核苷酸变异位点进行分析表明:在c ...
关键词：
山鸡椒 DXR 基因克隆 SNPs
[期刊] 林业科学研究
[作者]
王毅 周旭 毕玮 杨宇明 李江 王娟
１－脱氧－Ｄ－木酮糖－５－磷酸合酶（ＤＸＳ）是甲基–Ｄ–赤藓醇–４–磷酸（ＭＥＰ）途径中的第一个酶，也是限速酶。本文根据思茅松（ＰｉｎｕＳ ｋＥＳｉｙａ ｖａｒ．ｌａｎｇｂｉａｎＥｎＳｉＳ（ａ．ＣｈＥｖ．）ｇａｕＳＳＥｎ）树皮转录组数据分析结果，获得思茅松ＤＸＳ基因片段，然后根据获得的基因片段设计特异引物，运用ｒＴ－ＰＣｒ和ｒａＣＥ技术从思茅松树皮中克隆得到完整的ＤＸＳ基因（Ｐｋ ＤＸＳ１）。Ｐｋ ＤＸＳ１基因的Ｃ Ｄｎａ全长序列２ ８８８ ｂＰ，含有１个２ ２２３ ｂＰ的开放阅读框（ＯｒＦ），编码７４０个氨基酸，该基因推断的蛋白与赤松（ＰｉｎｕＳ ＤＥｎＳｉＦｌＯｒａ ＳｉＥｂＯｌＤ＆ＺｕＣ．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张阳 李锐 杨千叶 赵琦
【目的】MEP途径是合成生物碱、萜类物质前体的重要途径之一,1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase (DXS)是MEP途径中的第1个限速酶。为了解卷叶贝母DXS的结构和功能特点,本研究利用分子生物学手段对其进行分析,以期为贝母生物碱合成途径研究打下基础。【方法】采用PCR技术克隆卷叶贝母FcDXS基因开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)序列,运用生物信息学方法对其进行序列分析,预测其潜在的功能。通过荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测FcDXS基因在野生状态(根、茎、叶、鳞茎)和组培诱导物(愈伤组织)中的表达情况。【结果】获得了2151 bp FcDXS基因ORF片段,编码716个氨基酸,并与NCBI公布的砂仁等植物DXS蛋白相似性达80%以上;在Fc DXS蛋白的二级、三级结构预测中,得出Fc DXS蛋白主要由α螺旋构成; qRTPCR检测结果表明FcDXS基因在野生状态下鳞茎表达量最高,激素诱导状态的愈伤组织表达量则是野生鳞茎的5倍。【结论】Fc DXS蛋白质特征区及同源性等生物信息学分析表明该蛋白的结构域较保守,结合荧光定量分析结果证明,Fc DXS是一个有生物学功能且受激素诱导表达的蛋白质。本研究为后续利用基因工程手段提高卷叶贝母生物碱含量奠定了理论基础。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
刘攀峰 乌云塔娜 杜兰英 吴敏 黄海燕 杜红岩
2-甲基-D-赤藓糖醇-2,4-环焦磷酸合酶(MDS)基因曾被认为是调控植物2-甲基-D-赤藓糖醇4-磷酸(MEP)途径的一个关键节点。为解析杜仲MDS基因序列信息和预测基因功能,以叶片cDNA为模板,采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)及cDNA末端快速扩增(RACE)技术分离出杜仲MDS基因的cDNA克隆,并通过一系列生物信息学方法进行序列分析。结果表明:EuMDS基因cDNA全长976 bp,5′端非编码区长119 bp,3′端非编码区长146bp,编码236个氨基酸。推导EuMDS氨基酸序列中包含转运肽序列(A1~A56)以及多个植物MDS蛋白保守的功能位点(A84,A87,A8...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘攀峰 杜红岩 乌云塔娜 杜兰英 孙志强
以杜仲叶片cDNA为模板,采用反转录RCR及RACE技术分离出HDR基因的cDNA克隆,命名为EuHDR。EuHDR基因cDNA全长1 653 bp,5’端非编码区长82 bp,3’端非编码区长188 bp,编码460个氨基酸,与喜树HDR基因序列相似性最高,达82%;推导EuHDR氨基酸序列中包含转运肽序列(A1-A33)及植物HDR蛋白多个保守的功能位点(A117,A208,A262,A345);EuHDR蛋白二级结构α-螺旋占35.65%,β-折叠占19.78%,螺环结构占44.57%;EuHDR蛋白三级结构为单体形式,呈不规则的三叶草形状;系统进化分析表明EuHDR蛋白与葡萄HDR蛋白...
关键词：
杜仲 HDR 基因 序列分析
[期刊] 林业科学研究
[作者]
范正琪 李纪元 田敏 李辛雷 陈东亮 卢孟柱
应用RT-PCR和RACE法从麻疯树总RNA中分离出pepc基因全长cDNA,长度为3 142 bp,阅读框2 898 bp,编码965个氨基酸,在GenBank中登录,序列号为EU069413。它的氨基酸序列与蓖麻、陆地棉、橙、大豆、花生、烟草、油菜、拟南芥的氨基酸同源性分别为94.94%、92.46%、90.60%、90.50%、90.50%、88.33%、84.61%、82.44%。该基因编码了pepc基因家族中的pepc1,蛋白属于C3型PEPC。推测了pepc编码蛋白分子量为110.6 kD,并对其稳定性、二级结构、疏水性等特性进行了分析,最后确定了该蛋白的功能位点和结构域。
关键词：
麻疯树 pepc基因 克隆
[期刊] 水产学报
[作者]
尚常花 朱顺妮 袁振宏 吕鹏梅 王忠铭
1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶(Rubisco)是光合作用中的一个关键酶,其小亚基rbcS具有调控羧化反应催化效率和影响该酶对二氧化碳/氧气底物特异性的功能。从巴夫杜氏藻中克隆rbcS基因及其5′-上游序列,并对基因及5′-上游序列进行了分析。根据已知rbcS基因保守核苷酸序列设计引物,分别克隆到1 841 bp的DNA和380 bp的cDNA序列。以此为基础,使用染色体步移(Genome walking)和cDNA末端快速扩增(RACE)技术,获得了799bp的5′端DNA序列和500 bp的3′端cDNA序列。序列分析发现,巴夫杜氏藻rbcS DNA全长为2 031 bp(不包括476...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘卫平 韩玉珍 赵德刚
以杜仲一叶一心期幼叶为材料 ,提取总RNA ,采用RT -PCR技术分离得到 4 98bp核苷酸片段 ,此核苷酸片段与GenBank中的苹果树肉桂醇脱氢酶 (CAD)基因序列有 6 4 .1%的同源性 ,与桉树mRNACAD有 6 3.9%的同源性。所克隆的cDNA编码 16 5个氨基酸残基 ,其序列与苹果树CAD相应片段有 6 8.5 %的同源性 ,与桉树mRNACAD相应片段有 6 6 .1%的同源性。推测克隆的核苷酸片段为杜仲CAD的基因片段。
关键词：
杜仲 肉桂醇脱氢酶 木质素 序列分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
肖妮娜 马锋旺 张军科 梁东
L-半乳糖脱氢酶(L-Galactose dehydrogenase,GalDH)是维生素C合成的L-半乳糖途径中,催化L-半乳糖生成L-半乳糖内酯的关键酶。根据GenBank中登录的的GalDH cDNA序列设计1对扩增引物,以嘎拉苹果叶片为材料,采用RT-PCR法扩增出GalDH cDNA全长。将获得的基因片段克隆到pMD18-T载体上,转入大肠杆菌DH5α筛选阳性克隆,经酶切和PCR鉴定,并对插入片段进行序列分析,结果表明,本试验获得的cDNA片段长为1 111 bp,是苹果GalDH cDNA全长。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
朱凤云 陈鸿鹏 谭晓风 刘凯 王建勇
为深入了解脂氧合酶基因在油茶果实成熟过程中的功能及其对油茶油脂品质的影响,本研究以油茶种子的转录组数据库中的脂氧合酶基因(lipoxygenase,LOX)的部分cDNA序列为基础,采用RT-PCR和RACE技术从油茶种子中克隆到此基因的全长cDNA,并其进行了序列分析。该基因全长cDNA为2 698 bp,包括5’非编码区161 bp、3'非编码区131 bp以及一个长2 406 bp的编码区和16 bp的polyA尾巴。该基因编码蛋白质的分子量约为91.65 kDa,等电点为5.255。同时该蛋白二级结构以α-螺旋为主,具有跨膜结构,主要分布在细胞内的叶绿体和细胞质中。经过比对分析,发现油...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
翟国会 阮小蕾 吴丽婷 谭小勇 李华平
【目的】克隆植物中主要的防卫基因β-1,3-葡聚糖酶基因,为该基因功能研究和有效利用提供理论依据。【方法】通过分析芭蕉科植物的β-1,3-葡聚糖酶基因,据其保守区域设计一对简并引物,通过RACE法从野生指天蕉中克隆得到一个β-1,3-葡聚糖酶基因的全长cDNA——glu。【结果】glu全长为1 114 bp,其推导的氨基酸序列与GenBank中其它来源的β-1,3-葡聚糖酶蛋白序列的相似性为54%—71%。其中,与芭蕉科植物Grand Nain的β-1,3-葡聚糖酶蛋白序列的相似性最高(71%)。【结论】在芭蕉类作物中克隆了一个新的β-1,3-葡聚糖酶基因,为进一步研究该基因的功能并应用于作物...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
刘凯 谭晓风 龙洪旭 陈鸿鹏 曾艳玲 张琳
DGAT酶是催化TAG合成途径即Kennedy途径中唯一的限速酶。根据已报道油茶DGAT1基因部分cDNA序列设计引物,利用RT-PCR和RACE技术,对油茶DGAT1基因进行克隆及序列分析。结果表明:该基因序列全长为2 046 bp,包含1个完整的1 548 bp ORF及269 bp 5’UTR和229 bp 3’UTR,编码515个氨基酸;该基因被命名为co-dagt1。经过比对分析,发现油茶的DGAT1基因具有DGAT1基因特有的保守序列和相关特征,而且与其他植物的DGAT1基因具有较高的相似性,并对其蛋白质序列和理化性质进行了分析。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
龙洪旭 谭晓风 张琳 曾艳玲 李泽 王哲
桐油是制备生物柴油的优势原料。delta 8脱饱和酶基因与植物膜脂、鞘磷脂的生物合成及细胞信号传递途径有关。通过简并PCR扩增、3’RACE、5’RACE及编码区扩增获得了油桐delta 8脱饱和酶的全长c DNA序列。该基因全长1 787 bp,ORF的长度为1 344 bp,编码447个氨基酸。经过网上比对分析,发现油桐delta 8脱饱和酶与其它植物的此基因具有较高同源性,其中与蓖麻脂肪酸去饱和酶相似度达83%。研究结果为揭示油桐油脂合成途径及分子定向育种奠定基础。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
龙洪旭 谭晓风 张琳 曾艳玲 李泽 王哲
桐油是制备生物柴油的优势原料。ｄｅｌｔａ ８脱饱和酶基因与植物膜脂、鞘磷脂的生物合成及细胞信号传递途径有关。通过简并ＰＣＲ扩增、３’ＲａＣｅ、５’ＲａＣｅ及编码区扩增获得了油桐ｄｅｌｔａ ８脱饱和酶的全长Ｃ ｄＮａ序列。该基因全长１ ７８７ ｂＰ，ＯＲＦ的长度为１ ３４４ ｂＰ，编码４４７个氨基酸。经过网上比对分析，发现油桐ｄｅｌｔａ ８脱饱和酶与其它植物的此基因具有较高同源性，其中与蓖麻脂肪酸去饱和酶相似度达８３％。研究结果为揭示油桐油脂合成途径及分子定向育种奠定基础。
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