[目的 ]揭示杜仲种子内的微生物群落组成和多样性，丰富杜仲相关微生物资源。[方法 ]本研究采用传统培养法和高通量测序技术对杜仲种子内生微生物群落组成和多样性进行分析，同时基于FAPROTAX和FUNGuild数据库对其进行功能注释。[结果 ]从杜仲种子中共分离获得真菌40株（3门11属），优势属为曲霉属（Aspergillus）(30%)；细菌142株（1门6属），其中，土壤芽孢杆菌属（Solibacillus）(47.18%)为主要优势属。高通量测序获得141个真菌OTUs，隶属于6门101属；442个细菌OTUs，隶属于24门313属。在属水平，种子优势真菌属为Apiotrichum(31.28%)和德巴利氏酵母属（Debaryomyces）(26.07%)；优势细菌属主要为假单胞菌属（Pseudomonas）(16.66%)和乳杆菌属（Lactobacillus）(9.68%)。功能注释结果显示：真菌以降解有机物、促进宿主植物生长、促进宿主对土壤养分的吸收、改善土壤环境微生物群落结构以及致病菌群为主；细菌以化能异氧、有氧化能异养以及具有发酵和固氮作用的菌群为主。[结论 ]杜仲种子内携带多种有益功能菌和潜在致病菌，这些微生物对植物的生长发育具有重要影响。同时本研究还分离到多株有益功能菌，这将为后续人为调控种子微生物组以增强植物健康提供微生物资源。

为探究韭菜(Allium tuberosum Rottl. ex Spreng.)不同生态位微生物的分布情况，通过高通量测序技术，结合生信分析比较不同生态位的多样性差异，找出不同生态位的核心菌群；通过PICRUSt2对不同生态位微生物的功能进行预测。结果表明：韭菜根及根际土，即韭菜的地下部分，微生物群落的丰富度和多样性高于其他生态位，且主要的核心菌群为变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria);而地上部分如韭菜叶片中厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度更高。通过对不同生态位韭菜细菌代谢功能进行预测，发现在韭菜地上部位内生菌主要的代谢功能是通过各种有机系统进行一系列代谢活动，而地下部分的微生物主要是参与遗传信息的处理和细胞的基础活动，变形菌门多与细胞的基础生命活动有关，而地上所发挥作用的厚壁菌门和拟杆菌门可能参与韭菜机体的一系列代谢活动。该研究结果为不同品种韭菜内生菌研究提供理论基础。

【目的】在枫香根际接种植物促生微生物（PGPM），研究PGPM对土壤理化性质和枫香叶色的影响以及对枫香根际微生物群落组成结构和多样性特征的改变，探明外源PGPM对植物和土壤微生物的影响。【方法】以句容市句容林场长势一致的7年生枫香为对象，通过田间接种试验并利用Illumina MiSeq高通量测序技术研究接种黏质沙雷氏菌（NJ2D）、摩西斗管囊霉（BJ04）对枫香根际土壤理化性质、叶色参数及根际土壤微生物群落结构和多样性特征的影响。【结果】1）处理组的枫香根际土壤全氮、全磷、土壤有机质、有效磷含量、土壤含水率（%）和土壤pH较对照均显著提高（P <0.05）;2）单接种BJ04菌剂的枫香叶片中叶绿素a、叶绿素b、总叶绿素和类胡萝卜素含量均较对照显著提高（P <0.05），而双接种NJ2D+BJ04菌剂枫香叶片的花青素含量显著提高（P <0.05）;3）对照与处理组的枫香根际微生物多样性也存在显著差异（P <0.05），其中，单接种NJ2D、BJ04和双接种NJ2D+BJ04菌剂的枫香根际细菌的OTU（操作分类单元）数量较对照均显著增加（P <0.05），而丛枝菌根真菌（AMF）的OTU数量较对照均显著降低（P <0.05）;4）根际微生物高通量测序结果显示，放线菌门、变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门和芽单胞菌门为枫香根际土壤中主要优势细菌菌群；球囊霉属、根生囊霉属和Dominikia为枫香根际土壤中主要AMF的优势菌群。接种处理后，枫香根际的酸杆菌门、绿弯菌门和浮霉菌门的物种丰度较对照均显著减小（P <0.05），而变形菌门和放线菌门的物种丰度较对照则显著增加（P <0.05）。【结论】接种解磷菌、丛枝菌根真菌以及复合菌剂NJ2D+BJ04均可改善土壤微环境，并对枫香秋季叶色变化产生影响。

【目的】研究海南滨海木麻黄林地土壤微生物群落组成和酶活性随林龄的变化规律,探讨木麻黄成熟林林地地力衰退的原因。【方法】在位于海南省海口市海滨的木麻黄幼龄林(5年生)、中龄林(15年生)和成熟林(30年生)中各设置3个10m×10m的样方,采用"S"形5点混合取样法取5~20cm土层土样,提取土壤宏基因组DNA对土壤细菌、真菌的菌属组成、相对丰度和多样性进行分析,测定土壤酶活性并对酶活性与土壤理化性质的关系进行通径分析,同时对土壤微生物与土壤酶活性和理化性质的关系进行典范对应分析(CCA)。【结果】(1)中龄林土壤细菌和真菌群落的物种组成最丰富且均匀程度高。各林龄林地土壤细菌均以酸杆菌_Gp1占优势,中龄林土壤中特有菌属鞘氨醇杆菌属也为优势菌属。各林龄土壤真菌以发菌科中一种尚未分类的菌属占优势,其在成熟林中相对丰度最高。(2)随林龄增加,土壤蔗糖酶和脲酶活性逐渐升高,而过氧化氢酶、过氧化物酶活性逐渐降低,多酚氧化酶和酸性磷酸酶活性呈先降低后升高的趋势。通径分析表明,土壤呼吸作用、pH值及全钾、全磷、有机质含量是影响土壤酶活性的直接因素。(3)CCA分析表明,铵态氮对细菌群落的影响程度最大,而土壤体积质量对真菌群落的影响程度最大。多酚氧化酶活性与分枝杆菌属相关性最大,而酸性磷酸酶、过氧化物酶、过氧化氢酶活性与土壤真菌相关菌属相关性最大。土壤优势菌属中鞘氨醇杆菌属与有机质、硝态氮含量最相关,发菌科中一种尚未分类的真菌与过氧化氢酶活性、pH最相关。【结论】成熟林中微生物群落丰富度和均匀程度降低以及氧化还原酶类活性随林龄增长而逐渐降低,是木麻黄成熟林林地地力衰退的一个重要原因。

本研究旨在探讨食性对鱼类肠道菌群组成和多样性的影响，并预测特定菌群对不同营养素的潜在功能。实验采用高通量16S rRNA基因测序技术，提取获得滇池高背鲫(Carassius auratus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鳜鱼(Siniperca chuatsi)、昆明裂腹鱼(Shizothorax grahami) 4种不同食性鱼类的肠道内容物，12个样品的16S rRNA，构建文库并测序，分析这4种鱼类肠道微生物的菌落组成和多样性。结果显示，鱼类肠道菌群多样性受到食性的显著影响(P<0.05)，综合表现为杂食性(滇池高倍鲫) > 草食性(草鱼) > 滤食性(昆明裂腹鱼) > 肉食性(鳜鱼)。4种鱼类具有一些相同的优势菌群：变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)。然而，优势菌群在属水平上存在一定差异，如不动杆菌属(Acinetobacter)为鳜鱼的优势菌群，拟杆菌属(Bacteroides)为草鱼的优势菌群等。功能预测发现，鳜鱼肠道中以革兰氏阴性菌为主；草鱼抗病潜力略高于其他3种鱼类；约氏不动杆菌(A.＿ johnsonii)、鲁氏不动杆菌(A. lwoffii)和施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)可能有助于宿主对蛋白质的消化，而拟杆菌属中的某些菌群可能有助于宿主消化纤维素。综上所述，食性是影响鱼类肠道菌群组成和多样性差异化的主要因素之一，分析食性与肠道优势菌群之间的关联，探讨特异菌群的功能，可为研究鱼类营养代谢的微生物效应奠定理论基础。

裙带菜(Undaria pinnatifida)是一种重要的大型褐藻，具有较高的经济和食用价值。藻类的附生微生物既能通过代谢产物调控宿主藻类的生长发育，特定条件下又可能导致病害。了解裙带菜附生微生物群落组成对研究裙带菜与附生微生物间的相互作用、种质资源的有效保存以及防治藻类病害等有重要意义。现有研究大多集中在海带和紫菜，关于裙带菜的附生微生物，特别是不同生活史的对比研究还很少。本研究通过16S rRNA基因高通量测序发现，裙带菜配子体和孢子体的附生细菌群落组成有明显差异。配子体中变形菌门(Proteobacteria) (66.67%)为第一优势菌门，其次为拟杆菌门(Bacteroidetes) (13.48%)和蓝细菌门(Cyanobacteria) (11.13%)，α-变形菌纲(Alphaproteobacteria) (34.58%)为第一优势菌纲，其次为γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)(31.01%)；而孢子体中蓝细菌门 (95.67%)占绝对优势，其次为放线菌门(Actinobacteria) (1.65%)和厚壁菌门(Firmicutes) (1.48%)。裙带菜样品经18S rRNA基因高通量测序检测出链形植物(Streptophyta)、纤毛虫门(Intramacronucleata)、担子菌门(Basidiomycota)、顶复亚门(Apicomplexa)、节肢动物门(Arthropoda)、硅藻门(Bacillariophyta)、脊索动物门(Chordata)、腹毛动物门(Gastrotricha)、子囊菌门(Ascomycota)和毛霉菌门(Mucoromycota)，其中担子菌门、子囊菌门和毛霉菌门属于真菌。

养殖水体中的微生物群落结构及功能组成对养殖生态系统具有重要作用。为了全面系统评估中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)养殖中后期水体微生物群落结构和功能组成，于2022年6―10月逐月监测上海市崇明区中华绒螯蟹养殖池塘内水质指标，同时基于宏基因组学技术分析了养殖期内水体中微生物物种组成及功能结构特征，并探讨了二者与环境因子的关系。结果显示，该养殖池塘在养殖中后期主要超标水质指标为pH、高锰酸盐指数、总磷和总氮。在养殖期水体中，6―8月的微生物群落多样性以及7―8月的微物群落丰富度处于较高水平，优势门为细菌中的变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、蓝细菌门(Cyanobacteria)和病毒中的尾噬菌体门(Uroviricota)，而在属水平上，丰度占比前10的优势属在多组之间均存在显著差异，如7月蓝藻门微囊藻属(Microcystis)细菌和8―10月的有尾噬菌体目(unclassified＿o＿Caudovirales)病毒丰度明显高于其他月份。微生物的主要功能为代谢功能包括能量代谢、全局和概览图、氨基酸代谢等，不同月份的功能组成存在显著差异，尤其是6―7月代谢途径丰度明显高于8―10月，而优势细菌变形菌门、放线菌门和拟杆菌门是上述功能的主要贡献者。环境因子对微生物群落结构和功能组成的影响趋势一致，叶绿素a和pH是影响最显著的环境因子，溶解氧、总磷的影响作用稍弱。在养殖水体中，丰度占比较大的致病菌为肠道沙门氏菌(Salmonella enterica)、爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)。研究结果可为中华绒螯蟹养殖池塘水体微生物群落结构和功能组成研究提供基础数据，并可为养殖水质调控及生态系统构建提供理论依据。

【目的】探究西藏不同产地湿生扁蕾根际土壤微生物群落组成特征，揭示根际土壤核心微生物菌群与根际土壤微生物群落的相互作用，以及影响微生物群落组成的环境因素。【方法】采用Illumina MiSeq高通量测序技术和生物信息学方法对西藏林芝市巴宜区（BY）、察隅县（CY）和工布江达县（GB）湿生扁蕾根际土壤微生物群落组成，及其与土壤理化因子间的相关性进行分析。【结果】湿生扁蕾根际土壤共获得4738个细菌OTUs和3600个真菌OTUs，BY样品根际土壤细菌和真菌丰富度指数最高，CY样品根际土壤细菌和真菌多样性指数最高；不同产地湿生扁蕾根际土壤细菌和真菌群落结构组成存在差异；根际土壤核心细菌菌群有322个属，核心真菌菌群有175个属；根际土壤细菌和真菌互作网络均具有模块化结构且以协同作用为主，核心微生物菌群相对分散，变形菌门、放线菌门、子囊菌门和担子菌门是根际土壤微生物的关键类群；相关性分析表明，核心微生物菌群的改变与土壤理化因子间存在不同程度的相关性；pH、总钾、总磷、总氮、速效钾和速效氮含量与根际土壤微生物群落结构组成显著正相关，总钾、总磷和总氮是影响根际土壤微生物α多样性的关键因子。【结论】不同产地湿生扁蕾根际土壤细菌和真菌群落组成及多样性存在一定的差异，根际土壤微生物菌群的改变与土壤理化因子间存在不同程度的相关性。本研究为湿生扁蕾人工种植及益生微生物菌群的筛选提供了理论依据。

于2008年6至10月逐月调查研究了新型复合池塘循环水养殖系统各塘水体理化和微生物分子特征。通过提取水样中细菌总DNA,扩增其16SrDNA基因V3区,再经DGGE分析获得图谱,选择其中主要的13条特征条带进行克隆测序。研究结果表现为,随水流方向(P1→P5),各循环塘溶氧(DO)和透明度(SD)依次呈明显下降趋势,而NH4+-N、TP和CODMn水平呈明显上升趋势;与对照塘相比,循环塘DO和SD升高,CODMn和营养盐水平降低。DGGE图谱分析显示,各养殖塘微生物种类丰富,循环塘与对照塘的群落结构存在明显差异,且差异主要表现在较弱的条带上;13条特征条带的测序结果表明,池塘优势菌群分属4个门...

分析不同品种牛的瘤胃微生物群落结构的差异,构建了1个鲁西肉牛瘤胃细菌16S rDNA文库,并从公共数据库中搜集来自荷斯坦奶牛、晋南牛、牦牛、黄牛和Hanwoo的9个16S rDNA文库,对序列多样性和文库组成等进行比较分析。结果发现:鲁西肉牛瘤胃细菌16S rDNA文库共有122个克隆,可分为109个操作分类单元。文库中91%的克隆来自未培养细菌,拟杆菌(Bacteroidales)和梭菌(Clostridiales)是其中的优势菌群。文库的定性和定量比较表明饲喂不同日粮的5个荷斯坦奶牛16S rDNA文库组成类似,而与鲁西肉牛等亚洲品种的文库存在显著差异。结果表明,牛的品种是瘤胃细菌群落差异...

为研究高粱、玉米残体腐解特征及腐解进程中秸秆腐解微生物群落功能多样性的变化，设置残体类型(高粱茎叶、玉米茎叶、高粱根系、玉米根系)、土壤类型(潮褐土、黄壤土)、氮处理(调节碳氮比、不调节)3个变量，通过2次试验分析不同腐解条件下残体的腐解特征(干物质降解率、碳矿化特征、纤维素、半纤维素和木质素的降解率),并使用BIOLOG-ECO板分析秸秆腐解微生物群落代谢多样性。结果表明，高粱、玉米残体腐解速率均表现出前期快后期慢的特征，表明在相同土壤和氮处理条件下，残体干物质降解率及碳矿化速率表现为高粱茎叶>玉米茎叶>高粱根系>玉米根系；由第2次试验可知，潮褐土条件下腐解60 d,高粱茎叶+N处理、玉米茎叶+N处理的干物质降解率分别为55.50%,48.00%,而高粱根系+N处理和玉米根系+N处理的干物质降解率分别为31.25%,16.75%。在相同土壤和氮处理条件下，同一作物根系的半纤维素、纤维素的降解率低于茎叶，腐解90 d,潮褐土条件下高粱根系+N处理对半纤维素、纤维素降解率分别比高粱茎叶+N处理降低了23.70,18.80百分点。对秸秆腐解微生物代谢多样性的分析表明，腐解30 d秸秆腐解微生物代谢活性最高，腐解90 d微生物代谢活性最低；与30 d相比，在腐解第1天，秸秆腐解微生物群落对胺类、酚酸类代谢能力较低，第90天秸秆腐解微生物群落对碳水化合物、氨基酸类、多聚物类代谢能力均明显降低。由此可见，在该试验条件下，高粱残体比玉米残体更易腐解，调节碳氮比可在一定程度上加速残体腐解，秸秆腐解30 d微生物代谢多样性最高。

【目的】本文探讨了尖裸鲤因水霉菌病变死亡后的微生物群落结构变化特征。【方法】采用Illumina-Miseq高通量测序技术对尖裸鲤健康个体和因水霉菌病变死亡个体的表皮皮肤粘液及肠道内容物的微生物多样性进行分析。【结果】尖裸鲤因水霉菌病变死亡后其表皮皮肤和肠道中细菌群落多样性减少,而其真菌多样性增加。尖裸鲤病变死亡后其表皮皮肤粘液中Pseudomonas sp.、Vagococcus sp.、Providencia sp.、Morganella sp.、Pleosporales、Mucorales、Trem

[目的]探究嫁接对番茄植株根际微生物群落组成的影响，旨在揭示嫁接提高番茄植株抗性的机制并为构建解决番茄连作障碍体系提供参考。[方法]基于高通量测序技术，以番茄品种新砧1号和宝砧1号为砧木，桃太郎品种为接穗进行以下处理：新砧1号实生植株（简称：新砧）；新砧1号×桃太郎嫁接植株；（简称：桃太郎/新砧）；宝砧1号实生植株；（简称：宝砧）；宝砧1号×桃太郎嫁接植株；（简称：桃太郎/宝砧）；桃太郎实生植株。（简称：桃太郎）。采集番茄实生与嫁接处理植株根际土壤，比较分析番茄各处理根际土壤细菌和真菌的群落组成。[结果]与新砧、宝砧、桃太郎处理植株相比，桃太郎/新砧和桃太郎/宝砧处理植株细菌和真菌群落在不同分类水平上可操作分类单元(OTU)数量均发生明显变化。与砧木和接穗实生植株相比，番茄嫁接植株根际土壤中拥有更丰富的微生物OTU和特有OTU数量。番茄实生与嫁接植株间在根际土壤细菌和真菌多样性与丰富度上无显著差异（P>0.05）。在门分类水平上，在桃太郎/新砧处理植株根际土壤中，放线菌门和厚壁菌门细菌丰度占比均高于新砧和桃太郎处理植株；在桃太郎/宝砧处理植株中，绿弯菌门、酸杆菌门、芽单胞菌门细菌丰度占比均高于宝砧和桃太郎处理植株。在属分类水平上，与新砧和桃太郎处理植株相比，桃太郎/新砧处理植株根际土壤中鞘氨醇单胞菌属、芽孢杆菌属、链霉菌属、unclassified＿f＿＿Micrococcaceae、norank＿f＿＿norank＿o＿＿Gaiellales细菌属丰度占比增加；与桃太郎处理植株相比，桃太郎/新砧处理植株根际土壤中增加特有优势菌属栖大理石菌属。与宝砧和桃太郎处理植株相比，桃太郎/宝砧处理植株根际土壤中，norank＿f＿＿norank＿o＿＿norank＿c＿＿Subgroup＿6、类诺卡氏菌、norank＿f＿＿norank＿o＿＿norank＿c＿＿Gitt-GS-136、norank＿f＿＿norank＿o＿＿norank＿c＿＿KD4-96、norank＿f＿＿JG30-KF-CM45属细菌丰度占比增加，同时增加特有优势菌属norank＿f＿＿norank＿o＿＿norank＿c＿＿JG30-KF-CM66菌属。在真菌门分类水平上，与番茄实生植株相比，嫁接植株根际土壤中油壶菌门真菌丰度占比提升，而子囊菌门真菌丰度占比下降。此外，桃太郎/新砧嫁接植株根际土壤中unclassified＿k＿＿Fungi菌门丰度占比增加，而桃太郎/宝砧嫁接植株根际土壤中unclassified＿k＿＿Fungi菌门丰度占比减少。在属分类水平上，与对应实生植株相比，桃太郎/新砧处理植株根际土壤中，根囊壶菌属、unclassified＿k＿＿Fungi、分枝孢子霉属真菌的丰度占比增加，桃太郎/新砧处理植株根际土壤中还缺失木霉属、曲霉菌属、unclassified＿o＿＿Eurotiales、unclassified＿o＿＿Sordariales等菌属，但与新砧处理植株相比，增加了镰刀菌属；在桃太郎/宝砧处理植株根际土壤中，根囊壶菌属、青霉属丰度占比增加，而分枝孢子霉属、木霉属、曲霉菌属、镰刀菌属、unclassified＿o＿＿Eurotiales、蛛网霉属等菌属缺失。[结论]与实生植株相比，嫁接不仅改变了番茄植株根际土壤微生物群落丰度占比，还改变了根际土壤微生物的群落组成。番茄嫁接植株根际土壤微生物群落组成的改良是嫁接植株抗性增强的重要原因之一。

对松树枯萎病枝条内的寄生虫和微生物群落进行分离研究,结果发现枯萎松枝条内有大量的寄生虫和微生物,主要是线虫、原虫、真菌和细菌。经形态观察,线虫为松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus(Ste iner and Bührer)N ikle)、拟松材线虫(B.mucronatusM am iya and Enda)和小杆线虫(Rhabditidasp.);原虫为一种纤毛虫(Param oeciumsp.);真菌是长喙壳孢(CeratocystisE ll.etHals);细菌主要是假单胞杆菌(Pseudomanussp.)和芽孢杆菌(Bacillussp.)。