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[期刊] 林业科学研究
[作者]
黄星瑞 杨洁 邹洁 文玺 胡传豪 张佑祥 黄兴龙
[目的 ]揭示杜仲梦尼夜蛾CD36家族同源基因神经元膜蛋白(SNMPs)和b族清道夫受体(SRb)的序列特征和组织分布情况。[方法 ]设计特异性引物克隆杜仲梦尼夜蛾SNMPs和SRb基因，对这些基因编码的蛋白进行同源建模；通过荧光定量PCR分析这些基因在不同组织的表达情况。[结果 ]在杜仲梦尼夜蛾中鉴定得到3个CD36家族同源基因（OsonSNMP1、OsonSNMP2和OsonSRb1）；这些基因编码的蛋白具有2个跨膜区域和1个细胞外结构域。空间结构预测发现，这些蛋白的胞外结构域包含1个主要由反向平行β-折叠构成的桶状核心和1个富含疏水性氨基酸残基的α-螺旋；荧光定量PCR结果表明，OsonSNMP1、OsonSNMP2和OsonSRb1均在触角中大量表达；OsonSNMP1在雄虫触角中的表达水平显著高于雌虫触角，OsonSNMP2在雌虫触角的表达水平显著高于其他组织，OsonSRb1在雄虫触角中大量表达外，还在雌雄虫的口器中大量表达。[结论 ]本研究发现OsonSNMP1、OsonSNMP2和OsonSRb1编码的蛋白具有与脊椎动物CD36家族受体类似的空间结构，与嗅觉器官高度关联的表达模式表明这些基因可能在杜仲梦尼夜蛾嗅觉系统中发挥了功能，以上结果为探究杜仲梦尼夜蛾CD36家族同源基因的嗅觉功能提供了数据。
[期刊] 林业科学
[作者]
孙志强 赵阳 马志刚 杜红岩 朱景乐 王浩 陈军华 傅建敏
【目的】对杜仲主要食叶害虫——杜仲梦尼夜蛾危害风险进行分级，为构建杜仲梦尼夜蛾预警技术提供依据，也为其他农林业食叶害虫危害等级划分及预警技术构建提供参考。【方法】借鉴我国民政行业推荐性标准《自然灾害风险分级方法》，以灵宝市的杜仲梦尼夜蛾－杜仲系统为研究对象，通过不同虫口密度导致的叶面积损失率和落果率为主要依据，以预期百叶虫口密度作为种群发生的可能性指标（Ｐ），以预期叶面积损失率范围、落果率范围以及预期发生面积率和管理成本增加率范围为依据，制定相应的风险等级分值（Ｃ）。运用归一化原理对量化估算的结果进行赋值，建立杜仲梦尼夜蛾危害的风险（Ｒ）分级矩阵。同时，通过对成虫数量进行监测并结合设立标准地进．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
常立 李周岐 李煜 魏军坤 王淑惠
【目的】克隆杜仲黄酮醇合成酶基因(Fls)全长,对其开放阅读框(ORF)进行原核表达分析。【方法】以杜仲叶片为材料提取总RNA,采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆杜仲Fls基因;Fls基因的ORF经限制性内切酶酶切,构建其原核表达载体pET-28a-Fls;最后利用IPTG诱导Fls基因在大肠杆菌BL21(DE3)中表达。【结果】获得了黄酮醇合成酶基因全长序列,长度为1 220bp,ORF为1 011bp,编码336个氨基酸;成功构建了原核表达载体pET-28a-Fls;利用IPTG诱导Fls在BL21(DE3)中表达,SDS-PAGE电泳结果显...
关键词：
杜仲 基因克隆 Fls基因 原核表达
[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘攀峰 杜红岩 乌云塔娜 杜兰英 孙志强
以杜仲叶片cDNA为模板,采用反转录RCR及RACE技术分离出HDR基因的cDNA克隆,命名为EuHDR。EuHDR基因cDNA全长1 653 bp,5’端非编码区长82 bp,3’端非编码区长188 bp,编码460个氨基酸,与喜树HDR基因序列相似性最高,达82%;推导EuHDR氨基酸序列中包含转运肽序列(A1-A33)及植物HDR蛋白多个保守的功能位点(A117,A208,A262,A345);EuHDR蛋白二级结构α-螺旋占35.65%,β-折叠占19.78%,螺环结构占44.57%;EuHDR蛋白三级结构为单体形式,呈不规则的三叶草形状;系统进化分析表明EuHDR蛋白与葡萄HDR蛋白...
关键词：
杜仲 HDR 基因 序列分析
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
刘俊 李龙 陈玉龙 陈随清
【目的】Wuschel (WUS)相关的同源异型盒(Wuschel-related homeobox,WOX)转录因子家族在植物生长发育中发挥重要作用。本研究旨在探索WOX转录因子在杜仲Eucommia ulmoides中的分布及表达特征。【方法】以杜仲基因组数据库为基础，利用生物信息学方法对杜仲WOX家族进行全基因组鉴定；基于转录组数据分析EuWOXs在叶片发育及杜仲胶形成中的表达特征，通过实时荧光定量PCR (RT-qPCR)检测EuWOXs在‘紫叶’杜仲‘Ziye’叶片不同发育时期的表达模式。【结果】杜仲基因组中共鉴定出8条EuWOXs，分布于8条染色体；EuWOXs蛋白质长度为182～352个氨基酸，理论等电点为5.10～6.47，分子量为20.7～40.4 kDa；亚细胞定位预测EuWOXs均定位在细胞核中，均为亲水性蛋白。根据系统进化关系，杜仲WOX家族包括3个亚家族，分别含2、1和5个EuWOXs基因。EuWOXs均含有内含子，并包含多个基序，启动子中富含激素、胁迫和光周期响应元件。大部分EuWOXs在杜仲叶片中表达量较低，EuWOX13-1随叶片发育表达量逐渐降低，EuWOX13-2在生长叶中表达量最高。【结论】杜仲中有8个EuWOXs基因，EuWOX13-1和EuWOX13-2可能在杜仲叶片发育中发挥重要作用。图10表2参50
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李晓林 吴阳升 林嘉鹏 汪立芹 黄俊成 贾斌 CHEN Ying
【目的】血小板糖蛋白4基因(CD36)在模式动物中发挥着各种生物学功能,通过转录组数据分析,可能在绵羊卵泡发育中发挥重要作用。本研究获得了CD36基因及探究其在不同组织中表达情况,从而预测其在绵羊生长过程中可能发挥的生物学功能。【方法】实验采用PCR扩增方法获得阿勒泰羊TSP-1基因的CDS区全长,运用软件分析CD36基因的蛋白质序列及其功能区域,同时利用荧光定量PCR的方法检测5头1周岁阿勒泰羊7个组织及不同直径卵泡中的表达情况。【结果】CD36基因序列全长为1419 bp,共编码472个氨基酸,与预测序列相比完全一致。系统进化树分析表明绵羊与牛的遗传距离较近。CD36蛋白为脂溶性亲水蛋白,具有1个跨膜螺旋结构,在氨基酸1~20位存在以信号肽,存在8个N-糖基化和41个潜在的磷酸化位点,包括19个Ser,15个Thr和7个Tyr。检测不同组织和不同直径卵泡中CD36基因发现:CD36基因在绵羊7个组织中都有表达,心与肺和小卵泡中CD36表达量差异显著(P<0.05),在不同直径卵泡中总体表达量较低。【结论】CD36基因可能在绵羊卵泡发育中发挥重要作用。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
冯嘉颖 宋予震 束刚 朱晓彤 江青艳 高萍 徐平稳 王修启 冯定远
【目的】克隆鸡FAT/CD36 cDNA的全长序列并探讨FAT/CD36 mRNA的发育性表达。【方法】采用cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆鸡FAT/CD36 cDNA的全长序列。选用22、29、42和56日龄的黄羽肉鸡公鸡和母鸡各10羽,分离皮下脂肪和腹脂并称重,同时测定22和56日龄时胸肌和腿肌的脂肪含量。分别采集胸肌、腿肌、皮下脂肪和腹脂样品,采用实时荧光定量RT-PCR方法检测了FAT/CD36 mRNA的表达。【结果】鸡FAT/CD36 cDNA的序列全长为2243bp(GenBank:DQ323177),其中包括1416bp开放阅读框(ORF)。黄羽公鸡皮下脂肪和腹脂的沉积量...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
王月圆 刘向敏 周明兵 汤定钦
生氰糖苷是由氰醇衍生物的羟基和D-葡萄糖缩合形成的糖苷,已在2 000多种植物中发现,分属于蕨类植物、裸子植物和被子植物的130个家族。生氰糖苷的主要生物学功能在于阻止食草动物和病原体对植物的侵害。通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(RACE)技术从小佛肚竹Bambusa ventricosa幼笋中克隆到CYP79家族同源基因的cDNA全长,命名为BvCYP79。BvCYP79共有1 913个碱基对,翻译起始点为193碱基处,终止子位于1 752 bp,包含1个1 559 bp的完整编码区,开放阅读框共编码519个氨基酸。具有PERF和SFSTGRRGCIA保守结...
[期刊] 华北农学报
[作者]
孙晓茜 戴洪义 张玉刚
基于笔者前期进行的柱型苹果转录组测序(RNA-seq)结果,采用RT-PCR方法,从柱型苹果花芽中克隆了MADS-box基因家族的2个同源基因,分别命名为MdSOCla和MdSOClb。分析结果表明,MdSOCla开放阅读框长度为708 bp,编码235个氨基酸,蛋白质分子量为26.95 kDa,等电点为9.13;MdSOClb开放阅读框长度为717 bp,编码238个氨基酸,蛋白质分子量为27.49 kDa,等电点为9.61。MdSOCla和MdSOClb的编码区碱基序列相似性为83.49%,氨基酸的相似性为73.72%。MdSOCla和MdSOClb的第1～75个氨基酸为高度保守的MADS...
[期刊] 水产学报
[作者]
张丽晗 罗智 有文静 李丹丹 吴坤 潘亚雄
实验采用RT-PCR和RACE克隆fzd2、fzd3a、fzd4和fzd10基因,其c DNA全长分别为2 176、3 243、2 509和3 021 bp,其中ORF长度分别为1 652、2 084、1 649和2 161 bp,编码551、695、550和586个氨基酸。氨基酸序列比对和系统树分析显示,4种基因十分保守,黄颡鱼与斑点叉尾鲖亲缘关系最近。组织表达分析显示,4种基因的m RNA在脑、脾脏、肾脏、鳃、心脏、肌肉、脂肪、肝脏及卵巢等组织中都有表达,而其表达量不尽相同。FZD家族基因对铜的响应研究表明,在暴露28 d时,fzd3a m RNA水平随着铜浓度的增加而增加,但是fzd2、fzd4和fzd10基因表达各个处理组无显著性差异;在56 d,fzd2m RNA水平在30μg Cu/L组最高,其他2个组差异不显著,fzd3a、fzd4和fzd10的基因表达在3个铜暴露组中均无显著差异,表明fzd家族这些基因的功能发生了分化,部分成员介导了铜影响黄颡鱼卵巢发育的调控。
关键词：
黄颡鱼 FZD 分子特征 组织表达 铜
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘卫平 韩玉珍 赵德刚
以杜仲一叶一心期幼叶为材料 ,提取总RNA ,采用RT -PCR技术分离得到 4 98bp核苷酸片段 ,此核苷酸片段与GenBank中的苹果树肉桂醇脱氢酶 (CAD)基因序列有 6 4 .1%的同源性 ,与桉树mRNACAD有 6 3.9%的同源性。所克隆的cDNA编码 16 5个氨基酸残基 ,其序列与苹果树CAD相应片段有 6 8.5 %的同源性 ,与桉树mRNACAD相应片段有 6 6 .1%的同源性。推测克隆的核苷酸片段为杜仲CAD的基因片段。
关键词：
杜仲 肉桂醇脱氢酶 木质素 序列分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
田甜 李鑫 郭长宁 侯茜 王冠华 于建光
【目的】克隆并鉴定金纹细蛾（Phyllonorycter ringoniella）细胞色素CYP6家族基因，并观察氯氟氰菊酯药剂处理后mRNA相对表达量的变化，为金纹细蛾细胞色素CYP6家族基因全长cDNA的获得，以及防止或延缓金纹细蛾抗药性的产生提供理论依据。【方法】以GenBank上公布的CYP6家族基因编码区序列为基础设计并合成简并引物；利用RTPCR扩增获得序列后在NCBI上进行Blastx对比，根据P450基因命名法进行命名并向GenBank提交序列获得登录号；利用点滴法和qRTPCR技术，将金纹细蛾3龄幼虫在氯氟氰菊酯（LC50=12.88 mg/L）条件下处理24 h后，观察其体...
[期刊] 华北农学报
[作者]
宋平丽 李刚 许建锋 马青翠 亓宝秀 张玉星
为明确杜梨赤霉素受体GID1(Gibberellin insensitive dwarf 1)的生物学功能,以杜梨为试材,通过同源克隆方法得到PbGID1s基因,利用生物信息学分析软件构建基因结构并设计靶位点;利用酶切-连接方法将带有靶点的sgRNA表达盒构建至CRISPR/Cas9表达载体上;通过农杆菌介导方法,将CRISPR/Cas9表达载体转化至杜梨子叶中。结果表明,在杜梨基因组中克隆得到4个PbGID1s,分别命名为PbGID1b-1、PbGID1b-2、PbGID1c-1、PbGID1c-2,基因结构分析显示该家族基因均由2个外显子和1个内含子组成;氨基酸序列比对发现PbGID1s均具有GID1家族所特有的HGG和GXSXG保守结构域;将含有5个靶位点的sgRNA表达盒成功构建至pYLCRISPR/Cas9P_(35S)-N植物表达载体上,可同时对该家族4个基因进行编辑;杜梨遗传转化试验结果表明,共计浸染595粒杜梨子叶,获得抗性芽176个,阳性植株33株,转化效率达到5.55%。成功构建了可以同时靶向杜梨PbGID1s家族基因的CRISPR/Cas9载体,通过农杆菌介导,成功将该载体转化至杜梨子叶,并获得阳性植株,为杜梨遗传转化和基因编辑创建矮生突变体研究提供了重要参考。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王更先 司马杨虎 张升祥 徐世清
利用生物信息学、RT-PCR和RACE等方法克隆了家蚕6个Osiris基因家族的成员,依次命名为BmOsiris7、BmOsiris9、BmOsiris18、BmOsiris19、BmOsiris20和BmOsiris21。序列分析表明,BmOsiris基因的序列ORF长度在723~882之间,所编码的氨基酸分子量大小也很接近,在26~31 kDa之间。pI分析表明,BmOsiris21为9.10,其余在6.41~8.66之间。SMART在线保守区域预测发现,该蛋白家族属于跨膜蛋白,都含有Osiris家族特有的DUF1676保守区域,支持了克隆的所有基因序列属于Osiris基因家族的推测。Os...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
陈鸿鹏 朱凤云 吴志华 谢耀坚
甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)是高等植物糖酵解和糖异生反应中的关键酶,是维持生命活动能量形成的最基本酶之一,它氧化甘油醛-3-磷酸生成1,3-二磷酸甘油酸,由此为糖酵解过程提供产生ATP的底物[1-4]。此外,由于该酶基因为管家基因,几乎在所有组织中都高水平表达,在同种细胞或组织中的蛋白质表达量较为恒定,故被广泛用作实时荧光定量PCR的内参基因[5-9]。近年来,随着研究
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