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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
李铁柱 杜红岩 刘慧敏 乌云塔娜 王淋 叶生晶
对杜仲幼果和成熟果实进行测序后,共获得了53 080 588个reads片段,包含了4 777 252 920个核苷酸序列信息,对reads进行拼接,共获得了921 902个Contig片段,序列信息达到了129 461 462 nt;在Contig数据的基础上,进一步采用over-lap的方法进行拼接,共获得了190 518个Scaffold片段,序列信息达到了67 868 367 nt;在Scaffold数据的基础上,进一步拼接,数据共获得了64 474个Unigene片段,序列信息达到了39 120 703 nt;Unigene和COG数据库进行比对表明,杜仲幼果和成熟果实转录组中的Un...
关键词：
杜仲 幼果 成熟果实 转录组 基因功能
[期刊] 华中师范大学学报(自然科学版)
[作者]
蒋向辉 苑静 王翔
青钱柳是一种民间常用中药,青钱柳叶中有多种生物活性的次生代谢物,如有机酸、黄酮类、皂苷类、铱类、精油、无机元素等,但对于青钱柳次生代谢产物合成的分子机制仍未见有报道.使用Illumina公司Hiseq 4000平台对青钱柳叶进行转录组测序,对reads进行拼接,得到50126个unigenes平均长度为1 247bp,有19 875 (39.65%)unigenes由NCBI非冗余数据库进行注释的,23 716 (47.31%)unigenes被注释到GO数据库,14 950个(29.82%)unigenes匹配到COG功能组.进一步的分析结果显示,6 012 (11.20%)个unigenes被富集到254个KEGG代谢通路,其中1 212个unigenes参与了次生代谢产物的生物合成,并且发现126个unigenes参与异戊二烯代谢,包括萜烯类、香茅醛、呋喃酮、苷的代谢途径.此外,总共检测到21 089个简单序列重复(SSRs).通过对老叶与嫩叶的转录组比较分析结果显示,在青钱柳不同生长发育时期的叶片中,基因表达上调占主异作用的过程主要涉及萜类和多肽的代谢、辅酶和维生素的代谢和氨基酸代谢,而基因表达下调占主异作用的过程主要涉及信号传输、类脂物代谢与能量代谢.该转录组数据可为青钱柳重要生物活性成分的生物合成和调控提供参考.
关键词：
青钱柳 转录组 功能注释
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨伟 龚荣高 石佳佳 赖静 廖明安 梁国鲁
【目的】分析低温胁迫下枇杷幼果的转录组,以探讨幼果冻害的分子基础,为深入鉴定枇杷果实生长发育、抗寒性基因和抗寒蛋白提供资料。【方法】以花后75d的"大五星"枇杷幼果为试材,研究低温胁迫(3℃条件下处理12h)下幼果转录组的De novo组装和功能注释,并对其进行生物学信息分析,探索基因表达差异。【结果】低温胁迫下枇杷幼果通过De novo组装产生116 723条contigs,并应用Illumina高能量测序技术得到64 814条unigenes,其中有42 830条被nr、KEGG、COG、GO注释。此外,组装和注释了4 017个枇杷幼果在低温胁迫下表达的差异基因。【结论】发现在枇杷低温耐性...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王妍 景岚 李鑫淳
为了解向日葵锈菌基因组中SNP所在基因功能及其致病性,使用SOAPsnp软件对向日葵锈菌330小种不同萌发阶段(0,4,8 h)的转录组测序结果拼接得到的59 409条Unigene序列进行SNP检测,计算其发生频率并对其进行Nr、Nt注释、GO分类、COG分类、KEGG代谢通路注释与PHI比对。结果发现,共有29 966个SNP位点分别分布在8 321条Unigene上,SNP发生的频率为1/2 764 bp,其中转换19 599个,颠换10 367个。在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达32.80%和32.60%。注释结果表明,分别有79.46%,43.00%的序列被注释到Nr、Nt数据库中,基因中涉及最多的为遗传信息过程通路,以翻译为主;最后将这些含SNP Unigene与病原菌寄主互作数据库PHI比对,共筛选到961条可能与向日葵锈菌致病性相关的含SNP的序列,因而认为,锈菌的致病性是由真菌细胞壁修饰蛋白和潜在的致病效应蛋白所致。结果可为以后进一步开发SNP遗传多态性、遗传图谱的构建提供理论依据,为研究向日葵锈菌毒力与功能奠定基础,并对向日葵的抗病育种研究具有重大意义。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘小红
以水杉原生种为材料，提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA，经m RNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程，再采用SMRT技术测定其全长转录本序列，运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析。结果显示：提取的总RNA符合建库要求；全长转录组测序共获得了包含5 914 711个亚读段(subreads)的14.0 Gb的数据，质量控制处理后包括236 130个全长非嵌合读段(reads)和97 626个一致性reads；转录本经去冗余处理后共获得61 057个全长一致性读段(unigenes)，其中有54 099个被成功注释到7个数据库中，注释比达88.60%；对水杉unigenes作CDS(coding sequence)长度分布及转录因子分析，其CDS长度范围为144～6477 nt，平均长度约为679 nt；共检测到2386个转录因子，这些转录因子可以归类为29个家族。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘小红
以水杉原生种为材料，提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA，经m RNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程，再采用SMRT技术测定其全长转录本序列，运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析。结果显示：提取的总RNA符合建库要求；全长转录组测序共获得了包含5 914 711个亚读段(subreads)的14.0 Gb的数据，质量控制处理后包括236 130个全长非嵌合读段(reads)和97 626个一致性reads；转录本经去冗余处理后共获得61 057个全长一致性读段(unigenes)，其中有54 099个被成功注释到7个数据库中，注释比达88.60%；对水杉unigenes作CDS(coding sequence)长度分布及转录因子分析，其CDS长度范围为144～6477 nt，平均长度约为679 nt；共检测到2386个转录因子，这些转录因子可以归类为29个家族。
[期刊] 中国林业科学研究院
[作者]
刘琦
林木为人们提供大量的生物质材料和能源,然而,林木的生长周期通常很长,且携带的基因组相对较大,使得在这些植物上直接进行分子生物学实验变得相对困难,杨树具有速生、容易扩繁、基因组相对较小、相对容易进行转基因研究等特征,成为木本植物研究的优良模式植物。此外,杨树在我国大部分国土均能种植,是现有人工林中适生范围最广和用途最广的林木,已成为我国人造板工业材和纸浆材的主要原料。深入了解杨树生物学过程能有效促进杨树育种与遗传改良。杨树(毛果杨)是林木中第一个被测序全基因组的物种,但是仍有大部分杨树基因缺乏功能注释,本研
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
杨晓慧 朱政财 徐放 王海华 李文业 杨振意 陈小金 朱报著
【目的】木棉是我国南方地区重要的观赏植物，研究不同时期花蕾和花朵的花瓣基因表达差异，揭示花色变异的遗传调控机制，为建立花色定向育种技术提供科学依据。【方法】以木棉不同发育时期深红色花和黄色花的花瓣为研究对象，利用Illumina HiSeqTM 4000开展转录组测序；分别采用DESeq2和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)数据库进行差异表达基因鉴定和通路富集分析。【结果】测序共获得75 190个单基因，4 772个单基因能被公共数据库注释；基因功能富集分析显示，基因主要富集在基本功能预测、信号转导机制和转录后修饰、蛋白折叠、分子伴侣等通路。共获得不同时期差异表达基因10 397个，显著富集在29个生物学通路，主要包括光合作用、代谢和植物激素信号转导通路等。其中，参与苯丙烷生物合成通路的差异表达基因有72个，参与类胡萝卜素、黄酮类生物合成通路和苯丙氨酸代谢通路的差异表达基因分别为25个，这些通路和基因均与花青素的生物合成相关；另有4个差异表达基因显著富集在甜菜碱的生物合成通路中。qRT-PCR数据验证了转录组数据的可靠性。【结论】（1）光合作用、代谢、植物激素信号转导、黄酮类生物合成、苯丙烷生物合成、苯丙氨酸代谢及能量代谢等通路相关基因可能参与花瓣的发育过程。（2）黄酮类生物合成通路相关基因在深红色花发育的花蕾中期与花朵期显著高表达，可能是花色呈现红色的主要原因。（3）类胡萝卜素生物合成通路的关键合成酶基因的部分家族成员在黄色花发育的花蕾期和花蕾中期显著高表达，可能是导致花色呈现黄色的主要原因。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王淋 乌云塔娜 叶生晶
【目的】杜仲橡胶是一种多萜类物质，而甲羟戊酸（ＭＶＡ）途径是合成萜类物质的重要途径之一。分析杜仲ＭＶＡ途径相关基因表达的差异，预测杜仲橡胶合成的主要上游途径。【方法】在杜仲幼果和叶片转录组测序的基础上，根据基因功能注释和表达分析，确定ＭＶＡ途径的系列基因，并对其进行表达差异分析。【结果】杜仲橡胶合成的ＭＶＡ途径共涉及２３条Ｕｎｉｇｅｎｅ，分别为３条ｅＵＡＣＯＴ、３条ｅＵＨＭｇＳ、８条ｅＵＨＭｇＲ、２条ｅＵＭＫ、１条ｅＵＰＭＫ和６条ｅＵＭＤＰ基因。根据转录组ＲＰＫＭ（ＲｅＡＤＳ ＰｅＲ ＫｉｌＯ ｂＡＳｅＳ ＰｅＲ ＭｉｌｌｉＯｎ ＲｅＡＤＳ）数据对基因表达差异进行分析，结果表明杜仲ＭＶＡ途径中．．．
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
王征 金晓玲 刘雪梅 伍江波
为探索杜仲成熟配器官发生途径,通过组织培养的方法,以杜仲成熟胚为外植体,研究了愈伤组织的诱导和增殖、不定芽的诱导和增殖、小苗生根以及生根苗的炼苗移栽等过程。结果表明:杜仲成熟胚具有直接器官发生途径和间接器官发生两种途径。直接器官发生途径的不定芽诱导培养基配方为MS+6-BA(0.5mg/L)+NAA(0.1mg/L),诱导率最高80%;间接器官发生途径的愈伤组织诱导培养基为MS+BA(2.0 mg/L)+NAA(2.5mg/L),诱导率为70%,从愈伤组织诱导丛生芽的培养基为MS+BA(1.0 mg/L)+NAA(0.05 mg/L),诱导率80%;生根培养基为1/2MS,生根率80%;移栽基...
关键词：
杜仲 器官发生途径 诱导 增殖 生根
[期刊] 林业科学
[作者]
黄海燕 杜红岩 乌云塔娜 刘攀峰
简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),又称微卫星,是广泛存在于真核和原核生物基因组中的1～6个核苷酸串联重复单元,研究发现基因组中平均每50kb就有1个SSR(Morgante et al.,1993;Kalia et al.,2011),SSR标记主要包括基因组SSR和表达序列标签SSR(EST-SSR)。SSR标记具
关键词：
杜仲 转录组 SSR 引物
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
陈思弘 周志刚
为了能深入地了解缺刻缘绿藻花生四烯酸(ArA)和脂质的代谢过程,利用Roche 454 GS FLX测序仪对该藻转录组进行高通量的焦磷酸测序。得到高质量读序(read)382 468条,占原始读序的97.14%,平均每条读序长322 bp,总大小达123 Mb。经CAP3软件拼接得到22 714条重叠群、25 621条singleton。将这些序列与公共数据库进行同源性搜索、比较、基因功能注释和分类。基于转录组中所注释的基因构建缺刻缘绿藻脂质代谢途径:脂肪酸是在叶绿体内从头合成,然后游离脂肪酸进入胞质,由内质网进行三酰甘油的合成,最后可能在油体蛋白作用下形成油滴并储在于细胞中。ArA自油酸是开...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
杜红岩 杜兰英 李芳东
采用选择典型样株和随机取样的方法对杜仲果实含胶率的年变化及逐年变化特点和规律进行了研究。结果表明,杜仲果实内含胶特性的年变化特点可以划分为两个阶段:在果实基本停止生长以前,果皮和果实含胶率变化与果实的生长发育密切相关,果皮和果实含胶率随着果实的生长而迅速提高;在果实基本停止生长以后,含胶率提高缓慢。不同树龄杜仲果皮和果实的含胶率比较稳定。采用高接换雌建园和嫁接苗建园两种方式建立杜仲高产胶果园都具有十分明显的增产效果。
关键词：
杜仲果实 杜仲胶 形成积累 变化规律
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
冯延芝 李芳东 魏琦琦 莫文娟 王璐 黄地歌 傅建敏
对杜仲（Ｅｕｃｏｍｍｉａ ｕｌｍｏｉｄＥｓ）国审良种‘华仲６号’和‘华仲１０号’花后７０和１６０ｄ的种仁共４个样本进行转录组测序，对测序数据进行组装和功能注释分类，并对转录组获得的单基因簇（ｕｎｉｇＥｎＥ）进行微卫星特征分析。利用新一代高通量测序技术ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉｓＥｑ～（Ｔｍ）２０００对杜仲样品进行转录组测序，采用软件ＴｒｉｎｉＴｙ进行组装；利用ＢｌａｓＴ软件将ｕｎｉｇＥｎＥ序列分别与ｎｒ、ｇｏ、ｃｏｇ和ＫＥｇｇ等数据库比对分析；利用ｍｉｓａ软件对转录组的９６ ４６９条ｕｎｉｇＥｎＥｓ进行ｓｓｒ搜索。结果表明：转录组测序分析，共得到７２ ７９１ ３９９个高质量的序列读取片段（ｃｌＥａ．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
姚运法 练冬梅 林碧珍 赖正锋 洪建基
【目的】探索外源硒对冰菜转录组相应机制影响及相关功能基因挖掘。【方法】利用高通量测序技术,构建冰菜硒响应转录组数据库。【结果】硒处理对冰菜植物激素信号转导途径影响:除油菜素类固醇外,其它7个激素代谢途径均产生重要影响。硒处理浓度的增加,能够促进生长素信号转导,激活下游基因表达;细胞分裂素信号转导途径中,AHP对硒处理敏感,A-ARR受硒处理呈显著上调作用,但均对硒浓度变化不敏感;硒处理浓度增加,使得赤霉素信号转导下游TF得到激活;脱落酸信号转导途径中,低硒处理(10 mmol/L)导致SnRK2表达量显著降低,抑制气孔关闭,导致冰菜易脱水;硒处理(100 mmol/L)SnRK2蛋白表达量显著恢复;乙烯信号转导途径中ETR和ERF1/2表达量随着硒处理浓度的提高而降低;硒处理(10 mmol/L)促进茉莉酸信号途径中JAZ和MYC2表达量上调,调节硒对冰菜的逆境胁迫,硒处理(10 mmol/L)对JAZ和MYC2表达量影响不显著;水杨酸信号转导途径中TGA和PR-1在硒处理(10 mmol/L)表达量无上下调表达,硒处理(100 mmol/L)TGA表达量下调,PR-1表达量上调,激活冰菜硒响应能力。经实时定量PCR分析,7个DEGs相对表达量与转录组表达谱分析趋势完全一致。【结论】本研究为冰菜硒关键基因挖掘和遗传育种奠定了一定基础。
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