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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
秦晓艺 王杰
【目的】筛选出合适的内参基因,为分析不同贮藏时期杏鲍菇(Pleurotus eryngii)子实体中木质化相关基因的表达提供支持。【方法】以4℃低温贮藏0,3,6,9,12,15和18d的杏鲍菇子实体为材料,采用实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,RT-qPCR)技术,分析了β-actin、18SrRNA、β-tubulin、ELF和GAPDH 5个候选内参基因在不同贮藏时期杏鲍菇的表达情况;通过GeNorm和NormFinder 2种软件筛选出最稳定的内参基因;选取最佳内参基因,采用相对表达定量法对木质素合成途径中的关键酶,即苯丙氨酸转氨酶(Phenyl...
[期刊] 林业科学
[作者]
王金星 张利军 廖资亿 张运根 邱乾栋 孙鹏 孙宇涵 胡瑞阳 卢楠 李云
实时荧光定量PCR是由美国Applied Biosystems公司于1996年在传统的PCR技术基础上发展起来的一种新的核酸定量技术(Mackay,2004),具有定量准确、灵敏度高、特异性强、重复性好及高通量等优点(Huggett et al.,2005),已成为医学、农学、林学、微生物学等众多领域中进行基因表达和转录组分析的常用技术之一(Postollec et al.,
[期刊] 林业科学研究
[作者]
张颖 陈婉婷 陈冉红 帅鹏 李明
[目的]筛选适用于杉木不同组织荧光定量PCR分析的稳定内参基因,提高杉木实时荧光定量PCR试验准确性,为杉木体内各个基因表达分析提供合适内参基因。[方法]通过实时荧光定量PCR获取GAPDH、EF1α、18S rRNA、28S rRNA、UBQ、UBC与Actin 7个候选内参基因在杉木无性系的根、茎和叶中的溶解曲线与Ct值;利用软件geNorm、Normfinder和BestKeeper对候选内参基因的表达稳定性进行评价;通过分析2个纤维素合酶基因ClCesA1和ClCesA2在杉木不同组织部位的相对表达情况,对候选内参基因的稳定性进行验证。[结果]geNorm、Normfinder和BestKeeper分析结果均表明:在杉木根和茎中最稳定的内参基因是EF1α和Actin; geNorm、Normfinder结果显示杉木叶中稳定的内参基因是UBQ和EF1α, BestKeeper显示杉木叶中最稳定合适内参基因是EF1α和Actin。以Actin与EF1α作为内参基因,荧光定量PCR分析表明,ClCesA1和ClCesA2基因的相对表达量在杉木不同组织中均有所不同,ClCesA2的相对表达量在各个组织中均高于ClCesA1。以不同内参基因作为试验内参基因分析ClCesA1和ClCesA2的表达情况得到,ClCesA1和ClCesA2在各个组织中的相对表达量排序主要为茎>叶>根。[结论]7个候选内参基因中,杉木不同组织中稳定表达的为Actin与EF1α,适合作为表达分析的内参基因;28S rRNA的表达稳定性低,不适合作为杉木定量PCR分析的理想内参基因。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
谢丽源 郑林用 甘炳成 彭卫红 唐杰 黄忠乾 谭伟
本文以杏鲍菇为试验材料，以采后生理生化指标为考核指标，研究不同贮藏温度对杏鲍菇采后贮藏品质的影响。结果表明，低温有利于延缓杏鲍菇贮藏过程中的品质劣变及衰老进程。贮藏温度４℃明显抑制了杏鲍菇的开伞、失重、褐变程度、多酚氧化酶活性以及蛋白质、Ｖｃ、总糖的快速流失，丙二醛含量的快速增加，延缓了菇体的物质代谢，较好地保持了菇体的商业品质。由此可见，低温贮藏是有效的贮藏方式。
关键词：
杏鲍菇 贮藏温度 保鲜 品质
[期刊] 林业科学
[作者]
刘文哲 牛明月 李秀云 林二培 黄华宏 童再康
【目的】利用定量ＰＣＲ和表达分析软件研究候选内参基因在光皮桦不同组织中的表达稳定性，并通过目的基因的表达分析验证其可靠性，以获得可用于光皮桦定量ＰＣＲ的稳定内参基因。【方法】选取１６个常用的看家基因作为候选内参基因，设计引物，通过普通ＰＣＲ、溶解曲线及琼脂糖凝胶电泳验证引物的特异性；通过实时荧光定量ＰＣＲ及软件ｇｅ ＮｏＲｍ、ＮｏＲｍ ＦｉＮｄｅＲ和Ｂｅｓｔ ＫｅｅＰｅＲ分析候选内参基因在光皮桦１６个不同组织中的表达稳定性，根据分析结果筛选出最佳的内参基因和组合，并进一步通过２个目的基因ＣｓＬｄ和ＫｏＲ对内参基因的稳定性进行验证。【结果】ＰＣＲ和电泳结果显示，候选内参基因ＰＣＲ目的片段条带清晰．．．
关键词：
光皮桦 内参基因 实时荧光定量PCR
[期刊] 林业科学研究
[作者]
华雅洁 岳远征 杨秀莲 何卿
[目的]通过实时PCR(qRT-PCR)筛选海州常山叶片不同非生物胁迫条件下稳定的内参基因。[方法]利用已有的转录组数据，筛选出17个候选内参基因，在不同非生物胁迫（盐害、干旱和热害）下进行qRTPCR，通过利用GeNorm、NormFinder、BestKeeper及ReFinder软件分析筛选不同胁迫中最适的内参基因，选择CtNHX1基因，验证所筛选的内参基因的稳定性。[结果]RPL、AP-2盐害胁迫下最稳定，MDH、AP-2干旱胁迫下最稳定，UBCE2、ACT热害胁迫下最稳定；综合来看，非生物处理中，AP-2、UBCE2是最稳定的参考基因。[结论]AP-2、UBCE2可作为海州常山叶片非生物胁迫研究中基因定量使用的内参基因，为进一步开展海州常山分子机制研究、耐盐基因的开发利用奠定基础。
关键词：
海州常山 胁迫 内参基因 实时荧光PCR
[期刊] 林业科学
[作者]
成龙平 胡海涛 郭卫东 杨莉 王长春 杨玲
【目的】实时定量PCR结果的精确性在很大程度上取决于选择的内参基因的稳定性。通过评估候选管家基因的表达稳定性,筛选出用于牛奶子研究的最佳内参基因。【方法】设计简并引物从牛奶子中克隆12个潜在的内参基因片段,包括14-3-3、18S核糖体RNA(18SrRNA)、β-actin(Actin)、延长因子1-α(EF1-α)、真核起始因子4A(e IF4A)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)、RNA聚合酶-Ⅱ(RPⅡ)、60S核糖体蛋白(RPL7)、翻译延长因子2(TEF2)、泛素连接酶E2(UBCE)、泛素(UBQ)和泛素延伸蛋白5(UBQ5)。采集牛奶子5个不同器官(根、茎、叶、花和红果)、4...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
田平平 王杰 秦晓艺 李丹青
【目的】探讨采后不同处理方式对杏鲍菇贮藏品质及抗氧化酶系统的影响,为杏鲍菇贮藏保鲜技术的应用与发展提供理论指导。【方法】以新鲜采收的杏鲍菇为试验材料,分别采用0.03 mm的聚乙烯(PE)薄膜袋封口包装、0.05 mm的PE薄膜袋封口包装和1.5%壳聚糖涂膜3种处理,以0.05 mm PE保鲜袋不封口为对照,于4℃、相对湿度85%—95%的条件下贮藏,通过测定失重率、色差值、硬度、可溶性固形物(TSS)、还原糖及可溶性蛋白质含量等理化指标,以及过氧化物酶(POD)、超氧化物歧化酶(SOD)和过氧化氢酶(CAT)等3种抗氧化酶活性以及相对电导率、丙二醛(MDA)、超氧阴离子()、过氧化氢(H2O...
关键词：
杏鲍菇 采后处理 贮藏品质 抗氧化酶系统
[期刊] 中国农业科学
[作者]
彭馥芝 冉茂良 翁波 李智 董莲花 陈斌
【目的】采用实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)对基因表达进行分析时,选择适当的内参基因是获得准确分析结果的关键。在猪睾丸分子生物学研究中,表达稳定的蛋白编码内参基因和micro RNA(miRNA)内参基因均有哪些目前尚不清楚。本研究旨在筛选出合适的内参基因,为准确定量不同时期猪睾丸组织中目的基因的表达提供可靠依据。【方法】选用8个不同发育时期(E 90、D 1、D 30、D 60、D 90、D 120、D 150、DM)的猪睾丸组织为材料,采用Trizol裂解法提取各样品的总RNA,利用Nan D
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
曾璟 王平 孙吉康 杨岚鹏 周韬 荣健
为筛选适用于Pb与Cd胁迫下旱柳实时荧光定量PCR的内参基因,应用荧光定量PCR技术分析UBQ1、TUB6、Actin、EF1α、18SRNA、GAPDH、TUA8和UBQ2这8个内参基因在旱柳根部的表达情况。通过Normfinder、ge Norm和Best Keeper3个软件进行综合分析,发现在Pb与Cd胁迫下表达较为稳定的内参基因均为EF1α、GAPDH和Actin,差别是在Pb胁迫下的旱柳根组织中最为稳定的内参基因是EF1α,而在Cd胁迫下的旱柳根组织应最稳定的内参基因为GAPDH。该研究结果可
关键词：
铅 镉 实时荧光定量PCR 内参基因
[期刊] 草业科学
[作者]
胡宁宁 郭慧琴 李西良 孔令琪 武自念 张继泽 常春 万东莉 臧辉 任卫波
为筛选羊草(Leymus chinensis)不同组织实时定量PCR(qRT-PCR)试验体系中的最佳内参基因,以羊草叶、茎、根、穗为研究材料,利用qRT-PCR技术分析TUA、TUB、18SrRNA、EF-1α、APRT、CYP、Actin和CBP20共8个常用候选管家基因的表达情况,并使用geNorm和NormFinder软件进行综合评价,以期筛选出羊草不同组织中最稳定的内参基因。结果表明,8个候选内参基因在羊草不同组织表达稳定性不同,其中,叶片中稳定性较高的内参基因是Actin;茎中稳定性较高的内参
关键词：
羊草 qRT-PCR 内参基因 组织
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
梁蕤 徐雷锋 毕蒙蒙 王静 唐玉超 郝泽慧 刘一洁 杨盼盼 明军 杜方
为筛选柠檬色百合(Lilium leichtlinii)实时荧光定量PCR稳定的内参基因，以柠檬色百合不同发育时期花被片、根、茎、叶和鳞片为试验材料，测定比较总类胡萝卜素含量；使用RT-PCR和荧光定量PCR检测9个候选内参基因(AP4、Actin、β-TUB、CYP、eIF、GAPDH、RH2、UBC和18S)特异性及表达水平，利用geNorm、NormFinder、Bestkeeper、ΔC_T程序和RefFinder网站综合评估候选内参基因表达稳定性；选用八氢番茄红素酶基因PSY对内参基因稳定性进行验证，最终确定合适且稳定的内参基因。结果表明：1)柠檬色百合花被片发育过程中Actin和AP4为9个候选内参基因中最稳定的内参基因，UBC为最不稳定的内参基因。2)柠檬色百合不同器官间eIF和AP4为候选内参基因中最稳定的内参基因，18S为最不稳定的内参基因。3)在柠檬色百合花被片发育过程和不同器官间，以筛选出最稳定的内参基因为参照计算所得PSY基因表达情况与实际测得总类胡萝卜素含量变化趋势一致；以筛选出最不稳定的内参基因作为参照计算所得PSY基因表达情况与总类胡萝卜素含量变化趋势不同甚至相反。研究表明在试验中不能随意使用内参基因，需要在使用前对其进行筛选、评价和验证，同时研究结果为柠檬色百合花被片发育过程和不同器官间基因表达分析提供了稳定的内参基因。
[期刊] 草业科学
[作者]
李苏涛 李妍 张磊 陈思齐 韩雪林 张娟 苏德伟 罗海凌 周晶
以巨菌草(Pennisetum giganteum)的叶片、茎、根为试验材料，通过分析8个基因18s rRNA、Actin、GAPDH、ACTB、EF-1α、UBQ、CYP、TUB在正常生长、干旱以及盐碱胁迫下荧光定量PCR中稳定性表达情况，筛选巨菌草的稳定内参基因。利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件计算内参基因的表达稳定值并进行排序，最终通过赋值法综合排序确定稳定内参基因。结果表明，内参基因的稳定性在不同处理下存在差异。其中，ACTB稳定性好，为本研究筛选出巨菌草的内参基因。本研究筛选出的内参基因，为后续巨菌草功能基因表达分析奠定了基础。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
付建新 张超 王艺光 赵宏波
为了筛选桂花Ｏｓｍａｎｔｈｕｓ ｆｒａｇｒａｎｓ不同组织基因表达分析中适合的内参基因，以桂花‘堰虹桂’Ｏ．ｆｒａｇｒａｎｓ‘ＹａｎｈＯｎｇｇｕｉ’花蕾、盛开花序、嫩叶、成熟叶和１年生茎等５个不同组织为材料，利用实时荧光定量聚合酶链式反应（ｑｒｔ－ＰＣｒ）检测７个候选内参基因的表达水平，并利用ｇｅｎＯｒｍ，ｎＯｒｍｆｉｎｄｅｒ和ＢｅｓｔＫｅｅＰｅｒ软件对各候选内参基因的表达稳定性进行评价，最后利用桂花不同组织中ＯｆＣｒｔｉｓＯ１基因相对表达水平验证筛选的内参基因的可靠性。结果表明：综合３个软件的评价排序，确定不同组织中最佳内参基因为Ｏｆｒａｎ１和ＯｆｕＢＣ２，而Ｏｆ１８ｓ是最差内参基因。ＯｆＣｒ．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
林俊彬 严俊杰 韩星 赵金 甘颖 苗人云 冯仁才 李斐 赖学飞 仝宗军 甘炳成
【目的】通过分析20份杏鲍菇菌株的遗传多样性和菌丝、子实体的性状，为新型分子标记在杏鲍菇资源保护利用方面提供一定的基础，也为后续主要性状基因的准确定位、杂交育种、表型预测提供理论依据。【方法】以20株全国不同地区收集到的杏鲍菇菌株作为试验菌株，对其进行全基因组重测序，将分析得到的SNP位点作为标记进行遗传多样性分析，并测定其菌丝在PDA培养皿上的生长速度、产量、子实体长度、菌盖直径、菌柄长度、菌柄直径、子实体硬度、子实体脆度、子实体咀嚼性和子实体胶着性，随后对10项性状指标进行主成分分析，将各项性状指标与遗传多样性结果进行联合分析，评价二者的相关性。【结果】当遗传距离大于0.08时，20份杏鲍菇菌株分为6个类群，每个类群的菌株的性状与其他类群相比均有一定的差异且类群内菌株性状比较接近。其中类群Ⅴ所含菌株数量最多，包含13份菌株，且各项性状指标最为突出；其次是类群Ⅱ包含3份菌株，其余几个类群都只包含1个菌株，不同类群之间性状均有差异，类群内差异很小。【结论】国内不同地区的杏鲍菇菌株在遗传多样性、菌丝生长速度、子实体性状和质构方面均有差异，其中各项性状比较优异且均衡的杏鲍菇菌株聚类在类群Ⅴ，说明杏鲍菇中SNP标记与子实体性状有很强的相关性。在育种实践中，可以通过SNP标记预测菌株的性状，以遗传距离比较远、个别性状比较突出的菌株作为亲本进行杂交育种，大大减少育种周期，提高育种效率与精度。
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