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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈欣雨 朱守玟 江转转
【目的】李属植物种类庞杂，其线粒体基因组相关研究较少。利用比较基因组学对李属植物线粒体基因组进行分析，旨在为李属植物系统发育、种群鉴定等研究提供参考。【方法】基于NCBI数据库已发布的7种李属植物线粒体基因组序列，利用生物信息学的方法，对其基因组的特征、组成，基因转移，遗传变异，系统发育等方面进行分析。【结果】7种李属植物的线粒体基因组序列长度为422 215(寒樱)～535 727 bp(梅),GC含量均约为45%,编码序列数量相近。跨膜结构域分析显示，线粒体基因组部分开放阅读框可能包含信号肽。DNA从叶绿体迁移至线粒体分析显示，tRNA基因比rRNA基因更为保守。7种李属植物线粒体基因组密码子偏好性不强，但共线性较高，大多数蛋白质编码基因在进化过程中受纯化选择。线粒体全基因组和单基因系统发育分析显示，寒樱与浙闽樱桃、梅与山杏的亲缘关系更近，李与光核桃的亲缘关系也较为接近，此结果与植物学分类标准存在一致性。【结论】李属线粒体基因组是其全基因组的重要组成部分，其序列较为保守，可用于物种鉴定、系统发育等方面的研究。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
韩利红 柯欣茹 秦相月 普琪 任怡园 刘潮
【目的】很多虫草属（Cordyceps）物种含有丰富的虫草素、多糖、喷司他丁等有效成分，具有重要的医疗保健功效和开发利用价值。研究虫草属线粒体基因组特征及系统发育，为虫草科真菌物种的起源与进化、资源保护和开发利用提供借鉴。【方法】基于9种虫草菌线粒体基因组序列，利用Mega、REPuter、MISA、mVISTA和PAML等生物信息学软件，对线粒体基因组特征、序列重复、结构变异、基因进化和系统发育进行分析。【结果】虫草属物种线粒体基因组大小差异明显，均含有15个蛋白编码基因、2个rRNA和至少25个tRNA；物种重复序列数目差异较大，多为正向重复和回文重复，SSR主要为二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复，且含有较高比例的A或T碱基；线粒体基因组结构高度相似，未发现基因重排现象，线粒体基因组大小和内含子长度呈线性正相关；基因rps3核苷酸变异程度较高，所有基因的dN/dS比率均小于1，nad5、rps3、cob、nad2和cox1等基因存在正选择位点；粗糙虫草和粉质虫草聚类关系较近，而细脚虫草、蝉棒束孢和蝉花虫草聚在一起。【结论】虫草属物种线粒体基因组结构保守，基因组大小主要受内含子影响，蛋白编码基因主要受纯化选择作用，部分基因在与宿主和环境互作过程中受到了轻微的选择作用。
关键词：
虫草属 线粒体基因组 进化 变异
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
朱雷宇 朱志煌 方民杰 朱陇强 林琪
综合分析对虾科(Penaeidae)21个物种线粒体基因组的全序列，发现其线粒体基因组的长度为15 893～16 071 bp, A+T含量为64.59%～70.61%。K_a/K_s分析表明，对虾科物种线粒体13个蛋白质编码基因(protein-coding genes, PCGs)中，atp8基因的K_a/K_s最高，表明在对虾科中atp8基因受到了较弱的选择压力；在差异位点的分析中，发现nd5和rrnL基因的差异位点比例较高，是理想的分子标记，可用于分析对虾不同群体之间的遗传多样性；在密码子的使用中，被编码的氨基酸均体现相似的偏好性。同时，采用ML(Maximum likelihood)和BI(Bayesian inference)方法构建系统发育树，结果显示，这两种方法构建的系统发育树拓扑结构完全一致，且同属物种也都归为一类或者单独归为一支。本研究为快速鉴定对虾科生物提供了可靠的分子标记，为分析对虾科物种遗传多样性提供理论依据。
关键词：
对虾科 线粒体基因组 结构特征 系统发育
[期刊] 中国水产科学
[作者]
朱雷宇 朱志煌 朱陇强 林琪
综合分析了龙虾科(Palinuridae)13个物种线粒体基因组的全序列,发现其线粒体基因组的长度为15470～16105 bp, A+T含量为62.63%～67.11%。Ka/Ks分析表明,龙虾科中的10个龙虾属(Panulirus)物种线粒体13个蛋白质编码基因(protein-codinggenes,PCGs)的Ka/Ks<
关键词：
龙虾科 线粒体基因组 结构特征 系统发育
[期刊] 水产学报
[作者]
赖瑞芳 张秀杰 李艳和 吴俊颉 杨东辉 王卫民
基于GenBank中团头鲂线粒体基因组全序列和三角鲂、厚颌鲂、广东鲂的部分线粒体基因组序列,设计引物扩增出三角鲂、厚颌鲂和广东鲂3种鱼线粒体基因组全序列,同时对4种鲂属鱼类线粒体基因组全序列进行了比较分析。结果表明,4种鲂属鱼类线粒体基因组基因排列顺序完全相同,排列紧密,均包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区)。除ND6和8个tRNA在L链上编码外,其余的基因均在H链上编码。4种鲂属线粒体基因组13个蛋白质编码基因中,均呈现出较强的A+T偏向性和C碱基偏好。全序列比对结果显示,共有758个变异位点,其中非简约性信...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
张丽丽 程起群
为了解鳀科鱼类的线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息,以期为进化遗传学研究和分子标记的选取提供参考依据,对已知的10种鳀科鱼类的线粒体全基因组进行分析。结果显示:1)鳀科线粒体基因组全序列长度在16 660 bp到17 069 bp之间,基因组的结构和基因排列顺序与其它硬骨鱼类一致。2)比对后获得一致序列长度为15 704 bp(不含D-loop),其中变异位点5 570个,占所有位点数的35.5%。在编码基因中,序列变异程度和Kimura双参数遗传距离最大的是ND6基因(分别是47.5%和0.276),最小的是tRNA拼接序列(分别为18.7%和0.072)。3)基于Ka-Ks的Z检验和...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘晨阳 夏梦玉 翟卿 赵卓 李祥 杜红雨 刘晓光
【目的】了解锡金尾褐蚬蝶Abisara chela (de Nicéville， 1886)线粒体基因组特征，分析蚬蝶种间亲缘关系和蚬蝶的高级阶元分类地位。【方法】于西藏自治区野外采集蚬蝶成虫，形态鉴定后采用高通量测序获取所采集蚬蝶的线粒体基因组序列，并分析锡金尾褐蚬蝶线粒体基因组特征。分别采用贝叶斯法和最大似然法构建系统发育树。【结果】锡金尾褐蚬蝶（GenBank登录号：ON729301）线粒体基因组序列全长15 259 bp，包括37个基因：13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一段控制区，也被称为A+T富含区。锡金尾褐蚬蝶线粒体全基因组中A、T、G、C含量分别为39.9%、40.6%、7.8%和11.7%，有明显的AT偏向性。13个蛋白质编码基因中，相对同义密码子使用频率最高的是UUA，其RSCU值为5.08。22个tRNA二级结构中，除trnS1缺少DHU臂外，其他21个tRNA基因均为典型的三叶草结构。锡金尾褐蚬蝶线粒体基因组特征与目前已知大多数蝶类一致。在科级分类水平上，2种系统发育分析方法得到了相似的树拓扑结构：蚬蝶和灰蝶互为姐妹群。【结论】支持5科分类法；支持将蚬蝶和灰蝶并列为灰蝶科的亚科。认可将黄带褐蚬蝶(Abisara fylla)和白带褐蚬蝶(Abisara fylloides)归入古蚬蝶族的观点，系统发育分析结果显示锡金尾褐蚬蝶仍属于褐蚬蝶族。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
林兴雨 宋凡 赵特 李虎 宋南
测序、分析了白纹象沫蝉（半翅目：尖胸沫蝉科）的线粒体基因组，并基于沫蝉总科已有的线粒体基因组数据构建了系统发育关系。结果表明：白纹象沫蝉线粒体基因组全长为15 091 bp（GenBank序列号: OQ682615），包含37个基因（13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA基因和22个转运RNA基因）和一段非编码控制区；13个蛋白质编码基因的起始密码子均为ATN；3个蛋白质编码基因cox2、cox3和nad4以不完整的终止密码子T结尾，其余10个蛋白质编码基因以完整的终止密码子TAA或TAG结尾；除trnS1因缺少DHU臂而无法构成稳定的三叶草结构外，其余tRNA基因均能形成典型的三叶草结构；rrnL基因的全长为1 217bp，AT含量为80.7%；rrnS基因的全长为775bp，AT含量为80.5%。最大似然法和贝叶斯法构建的系统发育树基本一致，均显示尖胸沫蝉科为非单系群。本研究获得了象沫蝉属昆虫第一条线粒体基因组全序列，有利于进一步理解沫蝉总科的系统发育关系。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
林兴雨 席玉强 杨明生 宋南
测序、分析了福周艾蕈甲的线粒体基因组，并基于线粒体基因组数据，分别利用最大似然法和贝叶斯法重建了扁甲总科的系统发育树，内群包含扁甲总科的50种昆虫，外群为2种象甲总科昆虫。福周艾蕈甲的线粒体基因组包含37个基因[13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA(rRNA)基因和22个转运RNA(tRNA)基因]和1个非编码控制区；整个线粒体基因组全长为15 716 bp（GenBank序列号: OP354255）。13个蛋白质编码基因中除cox1和nad1的起始密码子为TTG外，其余以ATT、ATA或ATG为起始密码子；4个蛋白质编码基因cox1、cox3、nad5和nad4的终止密码子为T或TA，其余9个蛋白质编码基因的终止密码子为TAA或TAG。除trnS1因缺少DHU臂而无法构成稳定的三叶草结构外，其余tRNA基因均能形成典型的三叶草结构；trnS1的反密码子不是常见的GCU，而是UCU。rrnL基因的全长为1 281 bp，A+T含量为81.73%；rrnS基因的全长为761 bp，A+T含量为79.5%。两种系统发育分析方法构建的系统发育树基本一致：大蕈甲科为非单系群，其与原扁甲科有较近的亲缘关系；福周艾蕈甲与光亮艾蕈甲构成姐妹群。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
李根丽 王宇宸 刘鑫阳 尹晶 王灵敏 王有慧 和秋菊 易传辉
褐兜蝽是一种常见农林害虫，主要为害洋丝瓜和南瓜等葫芦科植物，常与药用昆虫九香虫混合发生。通过高通量测序技术，组装拼接获得褐兜蝽线粒体基因组全序列，对其进行分析并基于13个蛋白质编码基因构建系统发育树。结果表明：褐兜蝽线粒体基因组的序列全长为15792bp（GenBank登录号：MW899158），包含13个蛋白编码基因（PCGs）、22个tRNA、2个rRNA和D-loop区，核苷酸组成及基因排布序列与异翅亚目昆虫一致；线粒体全序列A+T含量为75.16%，G+C含量为24.84%；预测了22个tRNA的二级结构，除tRNA-Val缺失DHU臂外，其余均为典型的三叶草结构；系统发育分析表明兜蝽科与荔蝽科互为姐妹群关系，且兜蝽科下5个物种的系统发育关系为：（（褐兜蝽C. brunneus+九香虫C. chinensis）+（短角瓜蝽Megymenumbrevicorne +细角瓜蝽M. gracilicorne））+小皱蝽Cyclopelta parva。褐兜蝽与九香虫亲缘关系最近，与传统形态分类结果一致。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
贾永义 蒋文枰 顾志敏
采用已公布的鱼类线粒体基因组全序列,设计8对引物扩增、测定并注释温州光唇鱼(Acrossocheilus wenchowensis)线粒体基因组(GenBank登录号:KC_495074)。序列全长16 591 bp,包括13个蛋白质基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码区,各基因的位置及组成与已公布的鲤科鱼类一致;37个基因中,1个蛋白质编码基因(ND6)和8个tRNA基因(tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(UCN)、tRNAGlu和tRNAPro)由L链编码,其余的均由H链编码。A、T、G、C碱基组成分别为30....
关键词：
温州光唇鱼 线粒体基因组 系统发育
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
杨文欣 贺俊芳 田莉莉 王伟 李敏 张斌
【目的】探究黄缘短头叶蝉(Iassus lateralis)的线粒体基因组结构及叶蝉亚科(Iassinae)的系统发育关系，为叶蝉的分类学、群体遗传学和进化学研究提供参考。【方法】通过高通量测序技术组装、拼接获得黄缘短头叶蝉线粒体基因组全序列，对其进行分析，并基于13个蛋白质编码基因(PCGs)和2个核糖体RNA基因(rRNAs)构建系统发育树。【结果】黄缘短头叶蝉线粒体基因组全长为15 153 bp(GenBank登录号：OQ991898.2),由37个编码基因和1个控制区组成，37个编码基因包括13个PCGs、22个转运RNA基因(tRNAs)和2个rRNAs;碱基组成呈现明显的A+T偏向性；PCGs以ATN或TTG作为起始密码子，以TAA、TAG或T作为终止密码子；13个PCGs编码3 624个氨基酸，其中，脯氨酸(Phe)的含量最多；22个tRNAs中，除trnS1缺失二氢尿嘧啶(DHU)臂外，其余均为典型的三叶草结构。系统发育分析表明，叶蝉亚科内的系统发育关系为：网脉叶蝉族(Krisinimi)单独聚为一支，短头叶蝉族(Iassini)、短板叶蝉族(Hyalojassini)和窄头叶蝉族(Batracomorphini)聚为一支。其中，黄缘短头叶蝉与褐盾短头叶蝉(I.dorsalis)聚为一支。【结论】叶蝉亚科内各族进化关系稳定，黄缘短头叶蝉的分类地位无较大变动，短板叶蝉族的分类地位需要用更多的样本数据进一步确定。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
王杰 贺文闯 向坤莉 武志强 顾翠花
系统发育研究是进化生物中的基本问题，也是其他众多生物学分支学科的基础问题，其核心在于研究不同生物类群间的亲缘关系与进化命运。利用分子数据研究生物之间的进化关系是系统发育研究的重要手段。随着测序技术的提升和测序成本的持续下降，系统发育研究由早期基于单基因或联合少数片段逐步发展到现阶段利用大规模基因组数据对个体、群体、物种以及更高水平的进化关系进行探讨。讨论了目前植物体内的3套基因组(叶绿体基因组、线粒体基因组与核基因组)在系统发育研究中的代表性成果，总结了植物不同基因组的特征及其在系统发育研究中的优势与局限，探讨了系统发育树构建的主要方法，并对未来研究进行了展望。目前，植物体内的3套基因组适用于不同阶元和类群的系统发育研究，不同基因组之间的遗传特性差异使其在系统发育研究中具备不同的优势和应用：(1)叶绿体基因组结构相对简单，序列保守，不易重组，单亲遗传，是广泛应用于系统发育学和进化生物学等研究领域的理想分子数据资源；(2)植物线粒体基因组序列进化速率较慢，目前仅适用于早期植物和大尺度水平的系统发育研究；(3)核基因组为双亲遗传，可综合揭示双亲谱系及系统网状进化关系，在系统发育研究中具有巨大的应用潜力。不同建树方法适用于不同特征的数据集，在建树过程中应采用合理的方法避免长枝吸引和不完全谱系分选带来的影响。未来核基因组将成为系统发育研究的主流方向，其双亲遗传特性能够为物种形成过程中的杂交和基因组渗入等事件提供充分的见解。随着越来越多的类群系统位置被确定，物种形成和进化过程中的杂交、回交等双亲遗传，以及核质互作、多倍化、功能适应和趋同进化等问题将会成为系统发育研究的重点。表1参78
[期刊] 水产学报
[作者]
周志雄 刘波 宫杰 白玉麟 阳俊逸 徐鹏
为了细致探究东方鲀属内系统发育关系，本研究首次基于群体尺度对东方鲀属物种进行系统发育分析。利用线粒体基因组，在包含10个种的124尾东方鲀中，挖掘了1 488个单核苷酸多态性（SNP）位点和4个插入缺失（INDEL），使用这些遗传变异位点进行了系统发育及群体遗传学分析。发现网纹东方鲀与铅点东方鲀可能是同种异名，且二者形成的姊妹群位于东方鲀属基部；暗纹东方鲀与红鳍东方鲀、菊黄东方鲀与双斑东方鲀各自亲缘关系较近。此外，实验发现了4尾可疑的双斑东方鲀和菊黄东方鲀杂交个体，以及2尾可疑的横纹东方鲀杂交个体。遗传多样性方面，弓斑东方鲀遗传多样性最低。此外，实验在10种东方鲀中共找到595个种间特异性SNP位点。Ka/Ks分析表明，nd6基因的Ka/Ks最高（平均为1.19），说明在东方鲀属中nd6可能经历了正选择，而ATP合成酶基因可能在东方鲀适应淡水环境中受到选择。研究表明，东方鲀属内系统发育关系较为复杂，且在野生环境下东方鲀物种间广泛存在自然杂交现象，该研究为东方鲀物种快速鉴定提供可靠的分子标记，加速东方鲀属系统发育研究进展，并为东方鲀野生种质资源保护提供了理论依据。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
宁子君 刘玉萍 张书飞 高天翔 杨天燕
本研究采用高通量测序技术获得了艾氏蛇鳗(Ophichthusevermanni)线粒体基因组全序列,并对其结构和特征进行了分析。结果表明,艾氏蛇鳗线粒体基因组全长17759bp,包含了13个蛋白编码基因(PCGs)、22个转运RNA基因(tRNA)、2个核糖体RNA基因(rRNA)、2个控制区(D-loop)和1个轻链复制起始区(O_L)。线粒体DNA全序列的碱基组成分别为A (31.27%)、G (16.19%)、C (26.22%)和T (26.32%),其中A+T含量(57.59%)大于G+C含量(42.41%),呈现出明显的A+T偏好性。与大多数硬骨鱼类不同,艾氏蛇鳗线粒体基因组中发生了基因重排现象,ND6基因和tRNA-Glu移到了tRNA-Thr和tRNA-Pro之间,且ND6基因上游还存在另一个高度同源的D-loop区。tRNA-Gln (Q)、tRNA-Ala (A)、tRNA-Asn (N)、tRNA-Cys (C)、tRNA-Tyr (Y)、tRNA-Ser~(UCA)(S1)、tRNA-Glu (E)、tRNA-Pro (P)和ND6 9个基因位于L链,其余基因均位于H链。除tRNA-Ser (AGC)外,其余21个tRNA均为典型的三叶草二级结构。分别采用邻接法和最大似然法,基于12个蛋白编码基因(ND6除外)构建了蛇鳗科鱼类系统发育关系树。结果显示艾氏蛇鳗与短尾蛇鳗(O.brevicaudatus)和食蟹豆齿蛇鳗(Pisodonophiscancrivorus)的亲缘关系较近,蛇鳗属是蛇鳗科鱼类中分化较晚的一个类群。研究结果丰富了蛇鳗科鱼类线粒体基因组数据库,也为该类群鱼类的系统分类研究提供了参考资料。
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