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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
文亚峰 韩文军 周宏
杉木是我国南方重要的用材林树种,但其分子标记开发滞后于其他树种。文章利用种(属、科)间扩增法,从来源于黑松、日本柳杉等的21个叶绿体微卫星(SSR)位点中为杉木筛选适合的标记。结果表明:候选标记位点中有10个能够成功扩增,其中2个位点(CJCP1m_004和CJCP2m_002)具有多态性,其单倍型数量(A)分别为2和6,多样性指数(H)为0.233和0.733。多态性位点的单倍型序列分析结果表明,源于日本柳杉的CJCP2m_002在杉木中属高变异位点,其SSR重复单元类型为(AT)n··(T)n,不同于来源物种的重复单元类型(AT)n。筛选得到的叶绿体微卫星(SSR)标记在杉木分子遗传学研究...
[期刊] 林业科学
[作者]
陈伯望 洪菊生 施行博
对 5个杉木和 7个秃杉天然群体进行胚的叶绿体微卫星分析 ,每个群体分析了 1 2～ 36粒种子。试用了两种DNA提取方法 ,这两种方法获得的DNA数量和质量相仿 ,可以采用较为经济的方法。研究了各种DNA扩增条件并获得了合适的条件组合。应用Arlequin和PHYLIP软件分析了群体分子变异模式及群体遗传关系 ,结果表明叶绿体微卫星方法能够有效地分析出杉木和秃杉的群体以及树种内的变异情况 ,对于研究针叶树种的进化历史、基因保存策略和育种策略都具有特殊的意义
关键词：
杉木 秃杉 群体 叶绿体微卫星 聚类分析
[期刊] 林业科学
[作者]
黄武刚 程丽莉 周志军 刘建立
对24对cpSSR通用引物进行筛选,选用4对呈现多态性的引物对板栗的4个野生居群和9个地方品种群进行遗传分析。结果表明:4个位点在128个样本中扩增等位基因数(Na)平均为3,有效等位基因数(Ne)平均为1.635,期望杂合度(He)平均为0.381,各遗传参数值远低于核基因组对群体研究的相应值。4个等位基因共组合出8种单倍型,既有共享率超过57%的单倍型,也存在特异稀有单倍型,其中陕西汉中与安徽广德板栗天然野生居群,具有较高的单倍型多样性,分别为0.671和0.781,明显高于其他地区,显示两地是板栗的分布及遗传多样性中心。基于cpSSR数据,对板栗地方品种与天然野生居群间的遗传结构、关系及...
关键词：
板栗 叶绿体微卫星 单倍型 遗传差异
[期刊] 水产学报
[作者]
王沈同 沈玉帮 孟新展 王荣泉 李家乐
为探究经过2个选育世代后选育群体遗传多样性和遗传结构的变化,实验采用多重PCR技术对4个野生草鱼群体(邗江、九江、石首、吴江)和2个选育群体(F1和F2)进行了微卫星序列遗传变异分析。结果显示,6个草鱼群体遗传多样性水平较高,2个选育群体除了平均等位基因数外,其他遗传多样性参数均小于4个野生群体。哈迪—温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium)检测显示,在120个群体—位点组合中有62个位点显著偏离哈迪—温伯格平衡,62个群体—位点组合中只有11个组合其近交系数值为负值,其余的51个组合的Fis均为正值。6个草鱼群体AMOVA分析结果显示,3.75%的变异来自于群体间,96.25%的变异来自于群体内,整体的遗传分化指数值为0.038。进一步分析各个群体间Fst,只有石首群体与F1、F2群体之间的Fst大于0.05,处于中等分化,其余群体间分化程度较低,且F2群体与4个野生群体之间Fst比F1群体与4个野生群体之间的Fst大。奈氏标准遗传距离分析结果显示,2个选育群体与野生群体之间的遗传距离大于野生群体之间的遗传距离。基于Dn建立的UPGMA系统发育树得出了相同的结果,即2个选育群体与野生群体之间的亲缘关系比4个野生群体之间的亲缘关系要远。研究表明,经过2个世代选育后,相比4个野生群体,2个选育群体遗传多样性虽有部分下降,但仍处于较高的水平,2个选育群体的遗传结构已发生变化,但其遗传分化程度尚不明显。本研究结果为制定出更加完善有效的选育方案提供了重要参考。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
余成晨 张伟 徐晓雁 王荣泉 李家乐 沈玉帮
为了分析草鱼(Ctenopharyngodonidella)选育群体不同世代的遗传变异和遗传结构,本研究利用了已建立的一套标准微卫星标记对草鱼长江选育群体F0、F3、F4进行了遗传变异的评估,并与黑龙江选育群体和珠江选育群体进行了遗传变异的比较分析。实验结果表明长江选育群体的各世代均具有高度的遗传多样性(PIC>0.05),且长江选育群体的遗传多样性相对于黑龙江和珠江选育群体的遗传多样性水平更高(P<0.05)。遗传分化指数(Fst)分析结果表明,长江选育群体F0、F3、F4之间遗传分化的水平较低(0
[期刊] 林业科学
[作者]
张新叶 张亚东 彭婵 宋丛文 杨彦伶
微卫星(microsatellite)又称简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),是指以少数几个核苷酸为单位,多次串联重复的DNA序列,其普遍存在于真核生物及一些原核生物基因组中。基因组序列中微卫星重复序列变异最快,在群体间和不同个体间通常表现出很高的序列多态性,且呈共显性遗
关键词：
水杉 基因组 微卫星 标记开发
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘慧 吴志昊 李桢 朱香萍 尤锋 宋宗诚 李军 胡金伟
采用微卫星遗传标记技术对三倍体牙鲆群体及二倍体对照群体进行比较分析。取2012年冷休克诱导和培育至11月龄的三倍体及同期二倍体对照牙鲆个体各32尾,通过高盐法提取肌肉组织总DNA;利用筛选得到的21对微卫星引物进行PCR扩增,并经14%聚丙烯酰胺凝胶电泳分型后,进行人工判读和分析。结果显示,21个微卫星位点均为多态,二倍体和三倍体群体的平均等位基因数(A)、基因型总数、平均有效等位基因数(ae)、平均观测杂合度(HO)和平均期望杂合度(HE)分别为5.6和5.0、190和142、3.7和2.8、0.613和0.868、0.681和0.629。二倍体和三倍体群体的多态信息含量(PIC)分别为0....
[期刊] 水产学报
[作者]
蔡明夷 刘贤德 武祥伟 黄铭垚 王志勇
参照大黄鱼雌核发育诱导程序,应用冷休克抑制大黄鱼(♀)与黄姑鱼(♂)杂交受精卵的第二极体排出,培育了两个异源三倍体家系(PPN1和PPN2)。异源三倍体家系的受精率、孵化率略低于大黄鱼自繁二倍体对照家系(PP),而初孵仔鱼畸形率略高于PP家系。倍性分析显示,异源三倍体家系初孵仔鱼细胞DNA含量约为大黄鱼自繁对照家系的初孵仔鱼细胞DNA含量的1.46倍,且三倍体率达到100%。5个微卫星标记分析结果表明,父本杂合基因在异源三倍体中分离,后代分别得到父本两个等位基因中的一个,分离比符合孟德尔式遗传预期;由于基因的第二次分离被阻断,母本基因在异源三倍体中的传递表现出半四分子的特点,其中部分个体同时保...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
马春艳 马洪雨 马凌波 杨柯
利用8个微卫星标记对引进的SPF凡纳滨对虾G0和两个养殖群体(G1,G2)进行遗传多样性分析。8个座位共获得64个等位基因,位点的等位基因数在5~l3之间。多态信息含量PIC在0.405 2~0.869 3之间,其中有6个位点为高度多态位点,适合于多态性分析。8个座位丢失的和新产生的等位基因共30个,占总数的47%。3个群体的平均观测杂合度分别为0.193 8、0.196 1、0.232 5,说明3个群体的遗传多样性较低。对近交系数Fis分析显示3个群体中存在近交,通过对哈迪温伯格平衡检验,显示所有座位均显著偏离平衡,存在杂合子缺失。通过配对Fst和Ne i遗传距离分析,显示3个群体之间有明显...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
孙少华 桑润滋 师守堃 贾青 李运起 田树军 李雪梅
利用6个微卫星位点分析了8个肉牛杂交亲本群体的遗传结构和遗传变异,结果表明:8个肉牛群体平均多态信息含量和平均杂合度较高.其范围分别为0.57～0.71和0.59～0.73。以海伏特牛和利木赞牛与三个母牛种群(FN,ZH,FU)间遗传距离为最大。由邻结法绘制的系统聚类图能清晰、客观地反映8个肉牛群体的地理分布、遗传分化特点,以及亲缘关系远近程度。这些研究为肉牛的杂交改良奠定了基础。
关键词：
肉牛 微卫星 DNA 群体遗传变异
[期刊] 水产学报
[作者]
胡雪松 李池陶 马波 石连玉
利用10个多态微卫星标记对我国北方不同地区3个德国镜鲤(Cyprinus carpioL.mirror)群体(绥化,BL;哈尔滨,BZ;天津,TJ)的遗传多样性及群体间的亲缘关系进行研究。结果显示,3个养殖群体在10个位点上表现出较高的多态性,其中9个位点表现为高度多态(PIC>0.5);平均杂合度为0.629 3;10个位点共检测出144个等位基因;BL与TJ群体的总体变异水平高于BZ群体。Nei氏DA遗传距离分析显示,BL与TJ群体的遗传距离最近,而与BZ群体的遗传距离最远;群体间遗传分化微弱(Fst=0.031 5),群体内变异占总变异的96.85%,3个群体各自特有的等位基因频率普遍较...
关键词：
德国镜鲤 微卫星 遗传变异
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王军 吴惠仙 杨新鑫 马玉清 钱龙 李思发 王成辉
本研究应用18个微卫星分子标记,对白斑狗鱼(Esox lucius L.)3个中国新疆群体(乌伦古湖、吉力湖和6号湖)和1个匈牙利巴拉顿湖群体的遗传结构进行了分析。结果表明,3个中国白斑狗鱼群体的平均等位基因丰富度(AR)、平均观测杂合度(HO)和平均期望杂合度(HE)均显著低于匈牙利巴拉顿湖群体(P<0.05),而匈牙利群体的平均近交系数(FIS)高于中国群体;经SMM和TPM模型检测,匈牙利白斑狗鱼群体存在显著的遗传瓶颈信号(P<0.001);AMOVA和群体两两比较的FST值表明,中国与匈牙利白斑狗鱼的遗传分化十分显著(P<0.01);NJ树、主成分分析(PCA)进一步证实中国白斑狗鱼与...
关键词：
白斑狗鱼 微卫星 遗传结构 瓶颈效应
[期刊] 海洋渔业
[作者]
刘连为 陈新军 许强华 傅建军
利用微卫星标记分析阿根廷滑柔鱼(Illex argentinus)冬生群体与秋生群体的遗传变异性,并检验冬生群体在时间上的遗传差异。结果表明,7个位点平均等位基因数为23.14,平均有效等位基因数为10.43,各位点均为高度多态性位点(PIC=0.590～0.931)。3个群体显示出较高的遗传多样性水平(Ho=0.796～0.904)。两两群体间的Fst值以及AMOVA分析表明,群体遗传分化不显著(Fst=0.008 3,P>0.05);阿根廷滑柔鱼冬生与秋生2个群体间及冬生群体在时间上的遗传差异不显著。基于Nei’s遗传距离构建的UPGMA聚类树显示,冬生群体2个群体聚在一起。阿根廷滑柔鱼为...
[期刊] 水产学报
[作者]
谭杰 孙慧玲 刘萍 杨爱国 燕敬平 刘志鸿 周丽青
运用微卫星DNA技术对仿刺参烟台群体、威海群体、大连群体的3个野生群各20个个体进行了遗传分析。对9个基因位点进行了扩增,共获得了59个等位基因。评估了9对微卫星引物的多态信息含量(PIC),范围在0.5129~0.8794之间。结果表明:3个野生群体的平均杂合度观测值分别为0.6416、0.6595、0.5824,平均杂合度期望值分别为0.7641、0.7161、0.7364;在Hardy-Weinberg平衡条件下,进行了P检验,发现3个群体均有位点发生了显著偏离;对3个群体进行了配对Fst值计算,发现3个群体之间遗传分化较弱。从变异贡献率来看,95.68%的变异来自个体之间,4.32%的...
关键词：
仿刺参 地理群体 遗传变异 微卫星DNA
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
高玉时 钱勇 屠云洁 陈国宏 李慧芳 陈宽维 顾荣
利用20个微卫星标记和6对AFLP引物组合对19个地方鸡种进行了遗传检测,并根据两种标记 分析的遗传距离进行了聚类分析。结果发现,19个地方鸡种在20个微卫星位点上的平均杂合度为0．582 4- 0．743 2,平均多态信息含量为0．523 8-0．702 3;6对AFLP引物组合在19个地方鸡种中共检测到294条多态性 条带,平均每个引物组合产生49条,同时在每个品种群体中还检测到了数量不等的特异性条带;19个地方鸡种两 种标记分析的聚类结果具有较大的一致性,并与所保存地方鸡种的地理分布、现实状况相吻合。这表明同时应用微 卫星和AFLP指纹分析我国地方鸡种的遗传多态性和品种间的亲缘关系,其结...
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地方鸡种 微卫星 AFLP 遗传特性
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