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[期刊] 水产学报
[作者]
王国栋 和四梅 张丽莉 王艺磊
抗细胞凋亡因子（ＤＡＤ１）是细胞凋亡的负调控因子。在杂色鲍转录组测序的基础上，通过ＲＡＣＥ的方法，获得了杂色鲍ＤＡＤ１基因的全长Ｃ ＤＮＡ，命名为ＨＤＤＡＤ１。该序列全长５５３ ｂｐ，开放阅读框３３９ ｂｐ，编码１１２个氨基酸。编码蛋白具有保守的ＤＡＤ功能域和３段跨膜区。实时定量ｐＣＲ结果表明，ＨＤＤＡＤ１在杂色鲍所检测组织中均有表达，消化道、鳃、血细胞、粘液腺和肾脏中表达量最高。同样，ＨＤＤＡＤ１在发育各阶段均有表达，幼虫阶段表达量最高，原肠胚次之，其他胚胎发育阶段和稚鲍表达量最低。ＨＤＤＡＤ１能够响应细菌感染、高温和缺氧应激。在弧菌注射１２ Ｈ后，表达量显著上升。当水温由最适的２５°Ｃ上升．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
张丽莉 和四梅 王国栋 王艺磊
为探讨Caspase募集功能域(CRAD)在鲍发育和应激中的作用,实验通过比对杂色鲍转录组序列和RACE扩增的方法,获得了杂色鲍一条含CRAD的基因全长c DNA,命名为Hd CRAD;采用实时定量PCR的方法获得了该基因在发育和应激中的表达谱。结果显示,Hd CRAD的c DNA全长1 371 bp,开放阅读框735 bp,编码244个氨基酸。编码蛋白具有保守的CRAD功能域。该基因在各检测组织中均可表达,在黏液腺中表达量最高;在发育各阶段也均有表达,面盘幼虫晚期表达量最高。在细菌感染、高温或缺氧应激处理后,血细胞的Hd CRAD表达水平均有显著性变化。在担轮幼虫时期,RNA干扰该基因会显著提高幼虫畸形率;幼虫的caspase-8和DAD1的表达水平会显著上升,而caspase-3的表达水平会下降。研究表明,该基因参与了鲍幼虫发育过程;在成体免疫、耐高温和抗低氧中发挥了一定作用。
[期刊] 水产学报
[作者]
黄贻涛 蔡秀红 张子平 王国栋 邹志华 王淑红 王艺磊
同种移植炎症因子AIF-1(allograft inflammatory factor 1,AIF-1)是一种由干扰素γ诱导的含有EF-hand结构域的钙离子结合蛋白,其功能主要是参与移植排斥、免疫炎症反应、自身炎性和非炎性的损伤等。首次克隆了杂色鲍AIF-1基因cDNA全序列,命名为HdAIF-1,其全长为942 bp,开放阅读框为456 bp,编码151个氨基酸。实时荧光定量PCR结果表明:HdAIF-1在杂色鲍各组织中均有表达,其中在血淋巴和鳃中表达量最高。高温应激下,HdAIF-1在鳃组织中各时相表达均显著上调,并在温度升至31℃时达到最高。而血淋巴和肝胰腺中HdAIF-1在高温应激前...
[期刊] 水产学报
[作者]
张鑫 黄贻涛 蔡秀红 张子平 王国栋 邹志华 王淑红 王艺磊
酪氨酸3-加单氧酶/色氨酸5-加单氧酶激活蛋白ζ(14-3-3ζ蛋白)是14-3-3蛋白家族的亚型之一。14-3-3蛋白是一种高度保守的酸性可溶性蛋白,它可以与激酶、磷酸酶等多种信号蛋白结合,并在信号转导和细胞凋亡等过程中发挥相应的作用。本实验通过SMART-RACE技术首次获得了杂色鲍14-3-3ζ基因的全长,并命名为Hd14-3-3ζ,其cDNA全长为3 010 bp,ORF为819 bp,共编码272个氨基酸。实时荧光定量PCR结果显示,Hd14-3-3ζ基因在杂色鲍各组织中均有表达,其中在肝胰腺和血细胞中的表达量相对较高。当处于缺氧环境下时,鳃组织中Hd14-3-3ζ的表达在4 h时存...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
段亚飞 刘萍 李吉涛 李健 高保全 陈萍
取健康脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)成体,体长(5.81±0.32)cm,体质量(1.18±0.35)g。根据本实验室已构建的脊尾白虾血细胞全长cDNA文库进行EST测序分析,获得脊尾白虾抗细胞凋亡因子DAD1基因的cDNA全长并命名为EcDAD1基因。该序列全长645 bp,包括5′非编码区184 bp,开放阅读框345 bp和3′非编码区116 bp,共编码114个氨基酸,预测分子量为12.85 kD,理论等电点为8.75。同源性分析表明,脊尾白虾抗细胞凋亡因子EcDAD1氨基酸序列与其他物种DAD1有高度同源性,与斑节对虾(Penaeus monodon)的相...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张艳艳 刘小林 黄海洪 钱昭英 王宪宗 相建海 李义军
【目的】研究凡纳滨对虾Crustin-like基因(即CL基因)的结构和功能,探明CL基因是否参与副溶血弧菌侵染条件下的免疫应答,为进一步研究凡纳滨对虾的免疫机制和抗病育种奠定基础。【方法】采用RT-PCR技术克隆凡纳滨对虾CL基因;用DNAstar、Clustalx、MEGA 5.0、PROSITE、TMpred和SignalP软件,分析CL基因序列及其蛋白结构,并预测蛋白功能;利用副溶血弧菌进行攻毒试验和实时定量PCR,检测CL基因在病原侵染条件下的表达情况。【结果】克隆获得了凡纳滨对虾CL基因(登录号:JQ824114)的cDNA,全长为501bp,含有33bp的5′非翻译区(1～33b...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
黄贻涛 蔡秀红 张子平 王国栋 邹志华 王淑红 王艺磊
利用本实验室获得的杂色鲍(Haliotis diversicolor)转录组测序数据库,筛选出杂色鲍紫色酸性磷酸酯酶(Purple acid phosphatase,PAP)同源片段,进而克隆获得PAP的cDNA全序列,命名为HdPAP,并进行了HdPAP蛋白的结构分析和功能预测,同时利用实时定量PCR(qRT-PCR)技术分析HdPAP基因的组织表达谱和应激条件下的HdPAP表达变化。HdPAP基因cDNA全长1 215 bp,含有1个编码322个氨基酸的969 bp的开放阅读框。经Blast比对,与无脊椎动物半索动物门囊舌虫(Saccoglossus kowalevskii)的PAP氨基酸...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
谭颜廷 葛建龙 廖梅杰 荣小军 王锦锦 李彬 赵岩峰 王印庚 王璐
硫酸软骨素在生物体应对病毒和细菌感染中起着重要作用,为研究硫酸软骨素合酶1(chondroitinsulfate synthase-1, ChSy-1)在仿刺参(Apostichopus japonicus)受到灿烂弧菌(Vibrio splendidus)感染后的作用,本研究开展了仿刺参ChSy-1基因(AjChSy-1)全长序列克隆和结构及系统进化分析,并采用荧光定量PCR技术测定了该基因在刺参不同组织中的表达差异及灿烂弧菌感染下的表达模式。结果显示,AjChSy-1基因cDNA全长为2756bp,其中,5′-UTR长度为194 bp, 3′-UTR为228 bp, ORF为2334 bp,编码777个氨基酸。AjChSy-1基因编码的蛋白含有糖基转移酶保守性DXD基序、β3-糖基转移酶基序及β4-糖基转移酶基序等结构。刺参基因组比对发现在chr13染色体上存在2个AjChSy-1基因拷贝。系统进化分析表明,刺参AjChSy-1编码蛋白与玉足海参(Holothurialeucospilota)和棘冠海星(Acanthaster planci)的蛋白亲缘关系较近,与斑马鱼(Danio rerio)、智人(Homo sapiens)等脊椎动物的蛋白亲缘关系较远。荧光定量PCR显示, AjChSy-1基因具有广泛的组织表达特性,其中,体腔细胞中表达量最高,体壁、性腺(雄性和雌性)和纵肌次之。在响应灿烂弧菌侵染过程中,随灿烂弧菌侵染时间增加,体壁中AjChSy-1表达量呈现先上升后下降的趋势,在第3、6、9天分别为对照组的1.79、2.06、3.12倍,对发病期抗病群体和易感群体中该基因的检测结果表明,易感群体体壁该基因表达量显著低于抗病群体(P<0.05),表达量降低11.4%。推测该基因可能在刺参应对灿烂弧菌中发挥免疫防御作用,相关研究结果为解析刺参AjChSy-1基因功能以及抗病分子调控机制提供了参考数据。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
蒋泓 周天鸿 洪亚辉 唐冬生 萧浪涛
采用RT-PCR方法从超级稻幼苗中扩增DAD1基因的cDNA,并克隆测序,核酸序列表明该基因编码区为342bp,编码114个氨基酸残基.与GenBank发表的序列(XM_472334)相比,有3处碱基不同,分别为105bp处的C(GenBank的为T),148bp处的A(G),149bp处的C(T).将该基因分别正向和反向插入CaMV35S启动子后,构建了基因在植物中的正义、反义表达载体.
关键词：
DAD1基因 表达载体 载体构建 超级稻
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
鹿游 马超 孟冬 李天忠
为明确miRNA沉默靶基因的调控机理,克隆AGO1蛋白基因并了解其作为沉默复合物核心成员在miRNA沉默通路中的作用,本研究在分析‘金冠’苹果基因组的基础上,以‘金冠’叶片cDNA为模板,克隆获得了3 234bp AGO1基因全长,蛋白分子质量为119ku,等电点为9.41,包含2个保守的AGO蛋白特征结构域:PAZ和Piwi区,命名为MdAGO1。苹果‘金冠’不同组织MdAGO1基因及13种与发育相关miRNA实时定量PCR分析结果表明:1)MdAGO1在花和果实中表达量均高于叶片;2)miRNA在果实和花中表达量均较高,叶片相对较低。MdAGO1与13种发育相关miRNA表达一致,在苹果中...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
姚佳俊 李忠 梁宏伟 罗相忠 王丹 邹桂伟
为了解c型溶菌酶基因与长丰鲫(Chang Feng Carassius auratus)的抗菌效应关系,本研究利用同源克隆方法获得长丰鲫c型溶菌酶基因cDNA全长序列。结果显示:c型溶菌酶基因全长698 bp,包括5'端非翻译区60 bp,3'端非翻译区200 bp,开放阅读框438 bp,编码145个氨基酸。长丰鲫c型溶菌酶基因在肾脏组织中表达量最大,在脾脏、肠道、心脏和脑中大量表达,在肝脏和鳃中表达量相对较低,在皮肤和肌肉中几乎不表达。长丰鲫在感染迟钝爱德华氏菌、嗜水气单胞菌和金黄色葡萄球菌后,在肝脏
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
庞欢瑛 薛丽丽 简纪常 蔡双虎 鲁义善 吴灶和
根据已发表的溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)血红素结合蛋白(Periplasmic Hemin-Binding Protein,HutB)基因序列设计引物,PCR扩增溶藻弧菌HY9901株的hutB基因,序列分析结果显示该基因全长870 bp,共编码289个氨基酸,分子量约为30.59 ku,PI为6.45。细胞定位、SignalP4.0、TMHMM Server 2.0和SoftB erry-Psite预测结果显示,hutB位于外周质中,存在信号肽切割位点,没有跨膜结构域,氨基酸序列含有1个cA MP和cG MP的蛋白激酶磷酸化位点,4个蛋白激酶C磷酸化位点等多个活性位点...
关键词：
溶藻弧菌 hutB基因 血红素摄取
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
龙丽君 马英姿 曾慧杰 李昌珠 张岗 刘思思 李依民
【目的】克隆灰毡毛忍冬MADS-box家族基因SOC1(SUPPRESSOR OF OVEREXPRESSION OF CO 1)，对其进行生物信息学和表达模式分析，为探究灰毡毛忍冬花冠不开放机制奠定理论基础。【方法】基于花蕾型灰毡毛忍冬转录组数据，筛选到开花调控基因LmSOC1的Unigene序列并克隆全长cDNA序列，通过生物信息学分析和实时荧光定量PCR技术分析编码蛋白特性和不同品种中LmSOC1基因的表达特异性，最后将LmSOC1基因插入到原核表达质粒载体pTOPO-D1中，并在表达宿主BL21(DE3)中进行蛋白表达。【结果】LmSOC1基因包含645 bp的ORF区，LmSOC1蛋白不含信号肽、无跨膜区，为稳定的亲水性蛋白。系统进化树分析表明，LmSOC1蛋白与黄花蒿、榴莲、可可等的SOC1蛋白亲缘关系更近。实时荧光定量PCR分析表明，在2个花蕾型灰毡毛忍冬品种的花蕾和叶片中均检测到LmSOC1基因的表达，而叶片中表达量明显高于花蕾。同时，在早期花蕾中LmSOC1基因的表达量高于晚期花蕾，在‘金翠蕾’品种中这一表达差异极显著（P <0.01）。最后成功在大肠杆菌BL21(DE3)中表达出重组蛋白。【结论】通过对LmSOC1基因的克隆和表达分析发现，该基因可能在灰毡毛忍冬花器官发育过程中发挥重要作用，为进一步研究该基因在植物花发育中的生物学功能奠定了基础。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
孙迎坤 李纪元 殷恒福 范正琪 周兴文
为研究A功能基因在山茶花重瓣形成过程中所发挥的功能,利用同源克隆和RACE扩增方法,从重瓣山茶花品种‘金盘荔枝’发育早期的花芽中获得了山茶花AP基因全长cDNA,命名为CjAPL1,GenBank登录号JX657332。该基因全长1 149 bp,其中,开放阅读框(ORF)长度为741 bp,5’非编码区长度206 bp,3’非编码区长度202 bp。经氨基酸序列分析表明:CjAPL1基因编码一条含有246个氨基酸的蛋白质,与猕猴桃、八仙花等植物的Ap1蛋白同源性均在75%以上。Rea-time PCR结果显示,CjAPL1基因在‘金盘荔枝’不同发育时期花芽中的表达量为:花芽发育早III期>花...
[期刊] 水产学报
[作者]
郑宗林 张进 徐靖琳 刘伟 于文博 方媛林 张景森 段聪 周朝伟
为探究稀有鮈鲫MHC Ⅱβ基因的分子特征及其表达特点，采用PCR扩增技术获得了稀有鮈鲫（Gobiocypris rarus）MHC Ⅱβ cDNA序列810 bp，包括开放阅读框（ORF）759 bp，编码252个氨基酸。生物信息分析表明，MHC Ⅱβ氨基酸序列存在4个保守的半胱氨酸残基和GXXGXXXGXXXXXXG结构，与其他亲缘鱼类的一致性为51.78%～80.56%，其编码的蛋白质分子包括1个信号肽、1个MHC Ⅱβ（β-1）结构域、1个IGc1（β-2）结构域和1个跨膜螺旋区域。实时荧光定量PCR（qRT-PCR）结果表明，MHC Ⅱβ在脾脏表达量最高，头肾、鳃、皮肤表达量较高。人工感染鲁氏耶尔森菌后，6 h时头肾表达呈极显著上调，肝脏在12 h开始出现极显著上调，皮肤在24 h和48 h表达极显著，鳃在6～24 h表达极显著，脾脏则是在6 h出现极显著下调，于96 h接近对照组表达水平。初步研究表明，MHC Ⅱβ在鱼类抵御细菌感染的免疫反应中发挥着重要作用，为进一步揭示稀有鮈鲫MHC家族的功能提供了参考依据。
关键词：
稀有鮈鲫 MHCⅡβ 细菌感染 基因表达
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