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[期刊] 中国水产科学
[作者]
黄贻涛 蔡秀红 张子平 王国栋 邹志华 王淑红 王艺磊
利用本实验室获得的杂色鲍(Haliotis diversicolor)转录组测序数据库,筛选出杂色鲍紫色酸性磷酸酯酶(Purple acid phosphatase,PAP)同源片段,进而克隆获得PAP的cDNA全序列,命名为HdPAP,并进行了HdPAP蛋白的结构分析和功能预测,同时利用实时定量PCR(qRT-PCR)技术分析HdPAP基因的组织表达谱和应激条件下的HdPAP表达变化。HdPAP基因cDNA全长1 215 bp,含有1个编码322个氨基酸的969 bp的开放阅读框。经Blast比对,与无脊椎动物半索动物门囊舌虫(Saccoglossus kowalevskii)的PAP氨基酸...
[期刊] 水产学报
[作者]
张鑫 黄贻涛 蔡秀红 张子平 王国栋 邹志华 王淑红 王艺磊
酪氨酸3-加单氧酶/色氨酸5-加单氧酶激活蛋白ζ(14-3-3ζ蛋白)是14-3-3蛋白家族的亚型之一。14-3-3蛋白是一种高度保守的酸性可溶性蛋白,它可以与激酶、磷酸酶等多种信号蛋白结合,并在信号转导和细胞凋亡等过程中发挥相应的作用。本实验通过SMART-RACE技术首次获得了杂色鲍14-3-3ζ基因的全长,并命名为Hd14-3-3ζ,其cDNA全长为3 010 bp,ORF为819 bp,共编码272个氨基酸。实时荧光定量PCR结果显示,Hd14-3-3ζ基因在杂色鲍各组织中均有表达,其中在肝胰腺和血细胞中的表达量相对较高。当处于缺氧环境下时,鳃组织中Hd14-3-3ζ的表达在4 h时存...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
张婷 丁贵杰 文晓鹏
［目的］研究马尾松紫色酸性磷酸酶基因功能及其对低磷胁迫的应答。［方法］采用ＲＡＣＥ法克隆马尾松紫色酸性磷酸酶（ＰＡＰｓ）家族成员Ｐｍ ＰＡＰ１，利用软件和数据库，对基因结构功能进行多重分析预测，检测其接种外生真菌及低磷胁迫下的表达模式。［结果］表明，Ｐｍ ＰＡＰ１基因Ｃ ＤＮＡ全长２ ５２０ ｂＰ，开放阅读框１ ８６９ ｂＰ，编码６２２个氨基酸残基，具紫色酸性磷酸酶保守结构域特征，属于高分子量ＰＡＰｓ。Ｐｍ ＰＡＰ１有信号肽，无跨膜区，推测定位于细胞质基质或细胞器基质中，它与莲（ＮＥｌｕｍｂｏ ＮｕＣｉｆＥＲＡ）、无油樟（ＡｍｂｏＲＥｌｌＡ ｔＲｉＣｈｏＰｏＤＡ）的亲缘关系最近，相似性分别达７．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
张丽莉 和四梅 王国栋 王艺磊
为探讨Caspase募集功能域(CRAD)在鲍发育和应激中的作用,实验通过比对杂色鲍转录组序列和RACE扩增的方法,获得了杂色鲍一条含CRAD的基因全长c DNA,命名为Hd CRAD;采用实时定量PCR的方法获得了该基因在发育和应激中的表达谱。结果显示,Hd CRAD的c DNA全长1 371 bp,开放阅读框735 bp,编码244个氨基酸。编码蛋白具有保守的CRAD功能域。该基因在各检测组织中均可表达,在黏液腺中表达量最高;在发育各阶段也均有表达,面盘幼虫晚期表达量最高。在细菌感染、高温或缺氧应激处理后,血细胞的Hd CRAD表达水平均有显著性变化。在担轮幼虫时期,RNA干扰该基因会显著提高幼虫畸形率;幼虫的caspase-8和DAD1的表达水平会显著上升,而caspase-3的表达水平会下降。研究表明,该基因参与了鲍幼虫发育过程;在成体免疫、耐高温和抗低氧中发挥了一定作用。
[期刊] 水产学报
[作者]
黄贻涛 蔡秀红 张子平 王国栋 邹志华 王淑红 王艺磊
同种移植炎症因子AIF-1(allograft inflammatory factor 1,AIF-1)是一种由干扰素γ诱导的含有EF-hand结构域的钙离子结合蛋白,其功能主要是参与移植排斥、免疫炎症反应、自身炎性和非炎性的损伤等。首次克隆了杂色鲍AIF-1基因cDNA全序列,命名为HdAIF-1,其全长为942 bp,开放阅读框为456 bp,编码151个氨基酸。实时荧光定量PCR结果表明:HdAIF-1在杂色鲍各组织中均有表达,其中在血淋巴和鳃中表达量最高。高温应激下,HdAIF-1在鳃组织中各时相表达均显著上调,并在温度升至31℃时达到最高。而血淋巴和肝胰腺中HdAIF-1在高温应激前...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李睿 安建平 由春香 王小非 郝玉金
【目的】克隆苹果紫色酸性磷酸酶相关基因MdPAP10,研究其组织表达模式和低磷响应,并进一步研究MdPAP10在低磷条件下的功能,为深入研究MdPAP10在果树中参与紫色酸性磷酸酶分泌和影响磷吸收的分子机理奠定基础。【方法】本研究以‘嘎啦’苹果(Malus×domestica‘Royal Gala’)为试材,利用同源序列比对和PCR技术,克隆苹果紫色酸性磷酸酶相关基因MdPAP10。通过NCBI分析MdPAP10的蛋白质结构并获得白梨、桃和草莓等10个物种的PAP10氨基酸序列,利用MEGA5.0构建系统
[期刊] 水产学报
[作者]
王国栋 和四梅 张丽莉 王艺磊
抗细胞凋亡因子（ＤＡＤ１）是细胞凋亡的负调控因子。在杂色鲍转录组测序的基础上，通过ＲＡＣＥ的方法，获得了杂色鲍ＤＡＤ１基因的全长Ｃ ＤＮＡ，命名为ＨＤＤＡＤ１。该序列全长５５３ ｂｐ，开放阅读框３３９ ｂｐ，编码１１２个氨基酸。编码蛋白具有保守的ＤＡＤ功能域和３段跨膜区。实时定量ｐＣＲ结果表明，ＨＤＤＡＤ１在杂色鲍所检测组织中均有表达，消化道、鳃、血细胞、粘液腺和肾脏中表达量最高。同样，ＨＤＤＡＤ１在发育各阶段均有表达，幼虫阶段表达量最高，原肠胚次之，其他胚胎发育阶段和稚鲍表达量最低。ＨＤＤＡＤ１能够响应细菌感染、高温和缺氧应激。在弧菌注射１２ Ｈ后，表达量显著上升。当水温由最适的２５°Ｃ上升．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
侯立江 牛娜 马守才 王强 宋亚珍 张改生 王军卫
通过对双角山羊草紫色酸性磷酸酶PAP1基因的核酸和氨基酸序列进行相关生物信息学分析,旨在进一步利用基因工程手段将Ae Bi PAP1基因转入到小麦中,为获得耐低磷胁迫能力增强的小麦品种提供种质基因。以双角山羊草叶片为材料,根据小麦中的PAP1基因和二穗短柄草的PAP1基因设计兼并引物,采用同源克隆的方法,获得了双角山羊草紫色酸性磷酸酶PAP1基因的c DNA序列,并将其命名为Ae Bi PAP1,该双角山羊草紫色酸性磷酸酶PAP1基因长1.124 kb,共编码335个氨基酸,相应的氨基酸分子量为38.131 k Da,等电点为5.77。与小麦中的PAP1基因相比,双角山羊草PAP1的c DNA...
关键词：
双角山羊草 紫色酸性磷酸酶 耐低磷基因
[期刊] 华北农学报
[作者]
李辉 温春秀 刘灵娣 温赛群 唐映红 姜涛
为了研究甲羟戊酸-5-磷酸激酶(PMK)在紫苏萜类物质生物合成代谢通路中的重要作用，对紫苏转录组数据进行分析，挖掘出紫苏PMK基因参考序列，采用基因克隆技术从紫苏中克隆了PMK基因，利用生物信息学和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)的方法对紫苏PMK基因进行了分析。结果表明，紫苏PMK基因开放阅读框(ORF)全长为1 524 bp,编码507个氨基酸。生物信息学分析显示，PfPMK的分子质量为54.73 ku,等电点为5.20,为亲水蛋白；紫苏PfPMK氨基酸与SmPMK、SsPMK、SbPMK和PvPMK同源性较高，说明紫苏PfPMK蛋白在进化过程中保守性较强。亲缘关系分析显示，PfPMK与丹参和一串红的PMK亲缘关系很近，在线软件WoLF-PSORT预测PfPMK蛋白可能定位于质膜或内质网膜上。qRT-PCR结果表明，PfPMK基因在紫苏根、茎、叶中均有表达，在根中的表达量高于在叶和茎中的表达量；紫苏不同生长发育时期的qRT-PCR分析显示，PfPMK基因在9月中下旬表达量较高。首次从紫苏中克隆出PfPMK基因，生物信息学分析该基因属于甲羟戊酸-5-磷酸激酶基因，参与了紫苏萜类物质的生物合成。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
舒东膂 李建挥 禹霖 柏文富 杨扬 胡景堃 严佳文
【目的】克隆华中樱磷酸甲羟戊酸激酶基因PcoPMK的cDNA序列，分析该基因在华中樱‘YS01’不同发育阶段花瓣中的表达情况及其编码蛋白质的结构特征和理化性质，为进一步研究PcoPMK基因在华中樱萜烯类物质合成途径中的功能提供参考。【方法】参照近缘物种的PMK同源基因cDNA保守序列设计特异性引物，应用RT-PCR技术扩增PcoPMK基因的cDNA序列，并进行克隆测序，同时应用定量RT-PCR技术分析该基因在‘YS01’不同发育阶段花瓣中的表达情况。应用ORF Finder在线工具预测基因的开放阅读框及编码的蛋白质序列；分别应用ExPASy、SOPMA、Swiss model和CDD在线工具分析蛋白质的理化性质、二级、三级结构和功能结构域；分别应用DeepTMHMM、SINALP 4.0 Server和PredictProtein在线程序预测蛋白质的跨膜结构、信号肽和亚细胞定位；应用MEGA7.0软件构建基因的系统进化树。【结果】华中樱PcoPMK基因开放阅读框序列大小为1 530 bp，编码509个氨基酸，GenBank登录号为OR373074。编码蛋白质的相对分子量为55.199 kD，理论等电点为5.68，属于亲水性的稳定蛋白，定位于细胞质。PcoPMK蛋白与扁桃、烟草和拟南芥等代表性物种PMK同源蛋白的序列相似度较高，含有3个典型且保守的蛋白结构功能域和1个ATP结合位点，无跨膜螺旋和信号肽，属于非分泌蛋白。PcoPMK基因在华中樱‘YS01’盛开期花瓣中的相对表达量显著高于花蕾期和半开期（P <0.05），与同时期花瓣中萜烯类香气物质的含量变化规律一致。【结论】本研究成功克隆了华中樱PcoPMK基因，初步推测其可能在花瓣萜烯类物质合成途径中发挥重要作用，为进一步研究该基因的生物学功能提供了参考。
[期刊] 水产学报
[作者]
巩杰 叶海辉 于坤 黄辉洋 李少菁
葡萄糖调节蛋白78(glucose regulated protein 78 ku,GRP78)是热休克蛋白70家族成员之一,在调节蛋白质折叠和维持内质网稳态过程中起着分子伴侣作用。采用RT-PCR、RACE等技术,首次从拟穴青蟹获得了GRP78的cDNA全长序列。该序列全长2 284 bp,开放阅读框(ORF)为1 962 bp,编码653个氨基酸残基。同源分析显示,该基因编码的蛋白含有HSP70家族的签名序列,C末端为内质网蛋白滞留信号KDEL,与其他物种具有很高相似性。实时荧光定量PCR结果表明,GRP78基因在拟穴青蟹多个组织中均有表达。第一期仔蟹在不同的温度和盐度下暴露12 h后,G...
[期刊] 水产学报
[作者]
史健志 徐燕 纪德华 陈昌生 谢潮添
6-磷酸海藻糖合成酶(TPS)是植物海藻糖合成的关键酶,在植物逆境胁迫应答中发挥着重要的作用。实验以坛紫菜转录组测序获得的unigene序列为基础,采用RACE技术克隆获得坛紫菜的3条TPS基因序列:Ph TPS1,Ph TPS2-1和Ph TPS2-2。序列分析结果表明,Ph TPS1(收录号:KM580358)序列全长3 557 bp,包含一个3 462 bp的开放阅读框,所编码的多肽包含1 153个氨基酸,分子量为124.2 ku,等电点为6.73,属于TPSⅠ亚家族;Ph TPS2-1(收录号:KM519457)序列全长4 264 bp,包含一个4 044 bp的开放阅读框,所编码的多...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
胡朝阳 周友凤 龚一富 金思 王何瑜 赵群芬
【目的】从紫色马铃薯中克隆CHS的cDNA全长序列,并分析其组织表达水平以及诱导剂处理后基因的表达与花青素含量积累之间的关系。【方法】采用RT-PCR和RACE方法克隆紫色马铃薯CHS的cDNA全长序列,通过在线软件进行核苷酸序列和氨基酸序列分析,半定量RT-PCR检测StCHS在紫色马铃薯组织中的表达特异性以及蔗糖和赤霉素处理后StCHS的表达。采用分光光度计法测定紫色马铃薯花青素含量。【结果】克隆获得紫色马铃薯CHS的cDNA全长1 490 bp,包含1 170 bp的ORF,该基因编码389个氨基酸。推测StCHS蛋白含有Cys164、Phe215、His303和Asn3364个活性位点...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
朱凌威 张朝阳 刘钊 李良玉 唐洪 赵仲孟 陈雨薇 武佳韵 黄小丽 杨世勇
热休克蛋白70(Heat Shock Protein 70, HSP70)与生物体抗逆抗胁迫能力密切相关，其在生物体内发挥着十分重要的作用。本研究以杂交黄颡鱼(黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco ♀ × 瓦氏黄颡鱼Pelteobagrus vachelli ♂)为对象，得到735 bp的HSP70 cDNA核心序列，并进行了生物信息学分析；运用实时荧光定量PCR方法检测HSP70基因mRNA在不同组织中的相对表达量。结果显示，HSP70基因在肝脏、鳃、脑、肌肉4个组织中均有表达，其中，正常条件下，在肝脏的表达量显著高于在脑、鳃和肌肉的表达量(P<0.05)，表明鳃为杂交黄颡鱼温度应激的敏感组织，可能是作为呼吸代谢重要器官的鳃在温度急剧变化情况下的一种机体保护策略。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李慧峰 冉昆 程来亮 王海波 何平 常源升 李林光
【目的】克隆苹果（Ｍａｌｕｓ×ｄｏＭｅｓｔｉｃａ Ｂｏｒｋｈ．）多个代谢途径中的关键酶磷酸烯醇式丙酮酸羧化激酶（ｐｈｏｓｐｈｏｅｎｏｌｐｙｒｕｖａｔｅ ｃａｒＢｏｘｙｋｉｎａｓｅ，ｐｅｐｃｋ）基因Ｍｄｐｃｋｓ，研究其在不同组织器官及不同胁迫处理条件下的表达特性，为解析该基因在多个代谢途径中的功能奠定基础。【方法】利用同源比对和ｒｔ－ｐｃｒ技术，克隆获得Ｍｄｐｃｋ１和Ｍｄｐｃｋ２全长ｃｄｎａ序列并进行生物信息学分析；克隆Ｍｄｐｃｋｓ的启动子序列，利用ｐｌａｎｔｃａｒｅ软件在线分析启动子上的顺式作用元件；采用实时荧光定量ｐｃｒ（ｑ ｒｔ－ｐｃｒ）检测Ｍｄｐｃｋｓ在不同组织中的表达以及在水杨酸（ｓａ．．．
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