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[期刊] 西南农业学报
[作者]
乔光 文晓鹏 丁贵杰
【目的】为探明GDSL家族脂肪酶的抗逆机理,【方法】在前期研究基础上,利用RACE技术克隆木豆GDSL脂肪酶基因,并通过荧光定量PCR技术检测其表达特性。【结果】获得1条木豆GDSL脂肪酶基因,命名为Cc GDSL1,该基因含开放阅读框全长1107 bp,编码369个氨基酸;经同源性分析,Cc GDSL1编码的氨基酸序列与豆科植物中GDSL脂肪酶具有较高的相似性。该基因在叶、茎和根中均表达,且叶和茎中表达量显著高于根;干旱胁迫能提高Cc GDSL1的表达量,随干旱的持续表现出先降后升随后趋于稳定的表达模式
关键词：
木豆 GDSL脂肪酶 克隆 表达
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
闫秀秀 范菠菠 张学峰 于卓 房永雨 吴婧 赵彦 马艳红
为挖掘蒙古冰草(Agropyron mongolicum)中的GDSL酯酶/脂肪酶基因，以干旱胁迫下蒙古冰草转录组测序得到的Unigenes为对象，利用生物信息学方法对蒙古冰草GDSL脂肪酶基因进行理化性质、亚细胞定位、同源性以及系统发育进化分析，同时对不同干旱处理条件下的GDSL脂肪酶基因进行表达分析。结果表明：蒙古冰草中52个GDSL脂肪酶基因，蛋白质分子量在6.80～44.77 kU,66～420个氨基酸，pI 4.27～9.42;52个蒙古冰草GDSL脂肪酶基因亚细胞定位预测显示细胞外基质、叶绿体、细胞核、细胞质、细胞膜、细胞壁均有分布；将其与13个已知具有抗旱功能的GDSL脂肪酶基因进行同源性对比及进化树构建，蒙古冰草GDSL脂肪酶基因与水稻、大麦、拟南芥、木豆、大豆、蜡梅、辣椒的GDSL脂肪酶基因均有较高相似性。在干旱处理0.5、1.0、2.0、3.0、5.0、7.0 d及复水1.0 d,与对照(CK)相比，14个基因呈显著下调表达，38个基因呈现为上调表达。对6个蒙古冰草GDSL脂肪酶蛋白跨膜及信号肽和磷酸化预测结果显示，DN26944＿c0＿g1属于跨膜蛋白；DN26944＿c0＿g1、DN14677＿c0＿g2、DN29240＿c0＿g2这3个蛋白均含有信号肽，推测其为外分泌蛋白。通过磷酸化位点分析发现DN26944＿c0＿g1、DN14677＿c0＿g2、DN29240＿c0＿g2、DN17531＿c0＿g6、DN29240＿c0＿g3、DN20405＿c0＿g1蛋白磷酸化程度总体不高，其中DN26944＿c0＿g1最高有34处磷酸位点，DN14677＿c0＿g2最低有7处磷酸位点。模拟干旱处理下蒙古冰草DN26944＿c0＿g1、DN14677＿c0＿g2、DN29240＿c0＿g2、DN17531＿c0＿g6、DN29240＿c0＿g3、DN20405＿c0＿g1这6个基因的表达量均显著高于对照组(CK),说明这6个酯酶/脂肪酶基因在蒙古冰草干旱胁迫中起正调控作用。
[期刊] 水产学报
[作者]
朱择敏 马冬梅 白俊杰 梁旭方
为促进肉食性鱼类人工配合饲料开发的理论基础研究,分析鱼类脂肪代谢的机制,实验克隆了大口黑鲈2个脂蛋白脂肪酶基因LPLtype1和LPLtype2的cDNA。序列分析表明,LPLtype1基因cDNA序列全长2 156 bp,编码516个氨基酸;LPLtype2基因cDNA序列全长1 710 bp,编码346个氨基酸。大口黑鲈LPLtype2与LPLtype1氨基酸序列之间的同源性为43.5%。系统进化分析表明,大口黑鲈LPLtype1和鳜LPL聚为一支,大口黑鲈LPLtype2和大麻哈鱼LPLtype2紧密聚为一支。预测分析发现,大口黑鲈LPLtype1和LPLtype2基因编码蛋白的活性中心...
关键词：
大口黑鲈 脂蛋白脂肪酶 组织表达 肝损伤
[期刊] 中国水产科学
[作者]
吴景 郑先虎 匡友谊 吕伟华 曹顶臣 冬方 孙效文
脂肪酸延长酶5(ELOVL5)是高不饱和脂肪酸(HUFA)合成的关键酶之一。为了研究鲤HUFA合成的能力和机制,本研究采用RT-PCR和RACE技术获得镜鲤ELOVL5全长c DNA序列。ELOVL5基因c DNA全长1 121 bp,开放阅读框为876 bp,编码291个氨基酸。序列分析显示,镜鲤ELOVL5氨基酸序列包含1个组氨酸簇(HXXHH),1个典型的内质网驻留信号,多个跨膜区域和多个保守区域(KXXEXXDT、QXXFLHXYHH、NXXXHXXMYXYY、TXXQXXQ),具有典型的脂肪酸延长酶的结构特征。氨基酸同源性分析结果显示,镜鲤ELOVL5基因与其他鱼类同源性为79.0%...
关键词：
脂肪酸延长酶5 镜鲤 基因克隆 表达分析
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨志刚 施秋燕 成永旭 姚琴琴 阙有清 杨青 徐蕾 柳梅梅 徐泽文
根据脂肪酸延长酶保守区序列设计引物，采用ＲＴ－ＰＣＲ和ＲＡＣＥ技术首次克隆得到中华绒螯蟹（ＥＲｉｏＣｈＥｉＲ ｓｉｎＥｎｓｉｓ）脂肪酸延长酶（ＥＬｏＶＬ）基因全长（ＧＥｎ ＢＡｎｋ登录号：ｋＲ００５６２８）。分析ＥＬｏＶＬ序列表明，该基因Ｃ ＤｎＡ全长２０８９ ＢＰ，开放阅读框（ｏＲＦ）长１０６５ ＢＰ（包含终止密码子），编码的３５４个氨基酸具有典型的延长酶特征：１个高度保守的氧化还原中心组氨酸簇ｈＶｉｈｈ，多个保守区和多个跨膜区（ｋＦＴＥＦＬＤＴ、ｎＴＦＶｈｉＶＭＹＶＹＹ、ＴｎＦＱＭｉ）。经氨基酸同源性和系统发育树分析，中华绒螯蟹ＥＬｏＶＬ预测氨基酸序列与顶切叶蚁（ＡＣＲｏＭＹＲＭＥｘ ＥＣ．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄兴琳 陆俊杏 廖冰楠 白辉扬 管丽 张涛
【目的】ω-3脂肪酸脱氢酶(ω-3 FAD)为植物脂肪酸生物合成途径中的关键酶,通过对油用牡丹‘凤丹’ω-3 FAD基因结构特征及其在不同组织中的表达模式进行分析,为研究FAD3在油用牡丹‘凤丹’脂肪酸形成过程中的调控提供理论基础。【方法】采用RACE和RT-PCR的方法克隆油用牡丹‘凤丹’ω-3 FAD基因,用Vector NTI Advance 11软件进行序列分析,BLAST进行同源性比较,并用MEGA7.0的邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统进化树,利用在线蛋白质分析工具Ex
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
于海峰 张旭婷 马艳红 李美娜 陈阜 李素萍 郭树春 张艳芳
为挖掘油用向日葵中的GDSL脂肪酶基因,本研究以油用向日葵转录组测序得到的Unigenes为对象,筛选GDSL脂酶/脂肪酶基因并对其理化性质和序列结构等特点进行生物信息学分析。结果表明:油用向日葵中筛选到7个GDSL脂酶/脂肪酶基因,编码的蛋白质为稳定存在的亲水性蛋白,由255~396个氨基酸组成,分子量介于28.75~42.61ku,等电点分布在4.91~8.89;除unigene 60916外,编码的蛋白质都含有较多的跨膜区域和较高的磷酸化程度;α-螺旋和无规则卷曲是主要的二级结构;进化树分析表明,这7个基因聚为三类,保守性较高,其中unigene 58624与AT4G01130.1在同一分支上高度保守,unigene 60916与AT1G74460.1相似度最高,含有多个α螺旋和β折叠,推测与种子的油脂代谢有关。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘丽 赵鹏 王丹 刘正杰 王玉美 华金平
【目的】克隆棉花脂肪酸合成碳链延长的3个重要基因,分析它们的基因表达及其对逆境胁迫的反应,为棉花高油分育种和抗逆育种提供候选基因。【方法】采用同源克隆的方法,克隆陆地棉脂肪酸合成碳链延长3个重要基因GhKAR、GhHAD和GhENR的cDNA全长;应用生物信息学方法,分析克隆基因编码蛋白的特性;通过RT-PCR,分析目标基因的组织表达特征、时空表达水平和非生物胁迫条件下的表达特性。【结果】GhKAR和GhENR属于NADB Rosemann超基因家族,GhHAD属于hotdog超基因家族;GhKAR、GhHAD和GhENR的cDNA全长分别为1 119、906和1 318 bp,分别编码283...
[期刊] 华北农学报
[作者]
梁计峻 林亚秋 俞雨阳 王永 朱江江
旨在获得山羊肉毒碱棕榈酰基转移酶Ⅰ肝脏亚型CPT1A(Carnitine palmitoyltransferase 1A,CPT1A)基因序列,分析其生物学特征,阐明其组织及细胞分化时序表达规律,同时揭示CPT1A基因在背最长肌、股二头肌、臂三头肌中与肌内脂肪含量(IMF)的关系。选取7只1周岁健康简州大耳羊为试验动物,屠宰后迅速采集心、肝、脾、肺、肾、背最长肌、股二头肌、臂三头肌、皮下脂肪和腹间脂肪组织样品,利用TRIzol法提取总RNA。采用RT-PCR法克隆山羊CPT1A基因,进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR技术检测CPT1A基因在不同组织中的表达水平以及CPT1A在山羊前体脂肪细胞分化过程中的时序表达。使用皮尔逊相关系数进行CPT1A基因表达量与IMF含量相关性分析。通过克隆得到CPT1A基因序列(MH345735)为2 380 bp,包含CDS全长2 319 bp,5′UTR 38 bp和3′UTR 23 bp,编码773个氨基酸。组织表达结果显示,CPT1A在简州大耳羊肝脏和肾脏中的表达水平极显著高于其他组织(P
[期刊] 水产学报
[作者]
廖玉英 叶超霞 尹嘉琪 吴映霞 王安利
为深入了解心型脂肪酸结合蛋白(heart-type fatty acid-binding protein,H-FABP)的结构与功能,采用RACE技术克隆得到暗纹东方鲀H-FABP的全长cDNA序列,共772 bp,开放阅读框为402 bp,编码133个氨基酸。生物信息学分析表明,暗纹东方鲀H-FABP基因具有一个脂质转运蛋白家族保守结构域和多个蛋白激酶磷酸化位点。NJ法系统进化分析显示,暗纹东方鲀与红鳍东方鲀亲缘关系最近,其次是鲈形目。经荧光定量PCR检测,H-FABP基因在暗纹东方鲀所有被检测的组织中都有表达,其中肝脏中的表达量最高,其次为肌肉和心脏,预示H-FABP主要参与脂肪酸氧化分解...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
胡廷章 杨俊年 王兆丹 陈再刚
利用RT-PCR方法从番茄中克隆了TomloxD的cDNA。采用生物信息学,ChloroP,SMART方法对TomloxD分析与研究,结果表明,TomloxD基因编码是一个由908个氨基酸残基组成的蛋白,蛋白分子量为102.31 kD。在蛋白的N-端有77个氨基酸组成的叶绿体信号肽。TomloxD是一种植物脂肪氧化酶,具有两个保守结构域:在靠近N-端区域有PLAT/LH2结构域,在C-端有pfam:lipoxygenase结构域。TomloxD蛋白与大豆LOX3蛋白三维结构高度重叠。TomloxD与来自马铃薯、烟草、油橄榄、拟南芥和玉米的脂肪氧化酶的一致性分别为96%、90%、82%、72%和...
[期刊] 华北农学报
[作者]
高璐瑶 曹嘉健 王春华 武涛 杜亚琳
GDSL脂解酶是影响角质层发育的重要基因，克隆黄瓜GDSL脂解酶基因，并分析其表达模式，旨在为黄瓜角质层发育及黄瓜果实光泽的研究奠定基础。根据黄瓜基因组数据库中的参考序列，对黄瓜GDSL脂解酶基因进行克隆，并进行生物信息学分析。利用qRT-PCR技术明确该基因在黄瓜各组织部位中的表达情况。以6份光泽性不同的黄瓜为材料，对该基因序列进行克隆，以明确该基因在不同光泽性黄瓜中的作用。对黄瓜GDSL脂解酶基因启动子进行克隆并分析其作用元件。参照黄瓜基因组数据库设计扩增引物进行PCR扩增，获得CsGDSL基因，CDS长度1 059 bp,编码352个氨基酸，二级结构以无规卷曲(45.45%)与α-螺旋(33.24%)为主；该基因在进化过程中较为保守，与甜瓜CmGDSL亲缘关系最为紧密；在黄瓜花后3 d的子房中表达量较开花0 d的子房高；在6个品种中CsGDSL基因CDS序列保守；CsGDSL基因与逆境胁迫、激素及光等具有响应。获得了CsGDSL脂解酶基因，明确了其在黄瓜不同组织部位中的表达情况，该基因在不同材料中较为保守，由此推测，黄瓜CsGDSL可能影响黄瓜果皮光泽。
关键词：
黄瓜 角质层 GDSL基因 脂解酶
[期刊] 中国水产科学
[作者]
许友卿 郑一民 丁兆坤
为了研究海水鱼合成高度不饱和脂肪酸(Highly unsaturated fatty acids,HUFAs)的关键酶,本研究克隆了军曹鱼(Rachycentron canadum)的△6脂肪酸去饱和酶的部分cDNA序列。根据GenBank已公布的其他鱼类的△6脂肪酸去饱和酶cDNA序列进行分析,设计了一对用于PCR扩增军曹鱼的△6脂肪酸去饱和酶基因保守序列的引物;然后以军曹鱼肝总RNA为模板,通过RT-PCR的方法扩增出一段长度为743bp的片段,该片段经纯化后,连接至pMD18-T载体上进行测序。结果显示,该片段与欧洲狼鲈(Dicentrarchus labrax)△6脂肪酸去饱和酶基因的...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
姚琴琴 杨志刚 郭子好 成永旭 王瑶 施秋燕 刘启彬 何杰 杨筱珍
根据中华绒螯蟹FAD9基因cDNA序列(Accession Number:JQ693685)设计引物,扩增得到中华绒螯蟹FAD9基因的开放阅读框(ORF),用原核表达载体p Cold-TF DNA成功构建重组表达载体p Cold-fad9,将p Cold-fad9转入大肠杆菌BL21(DE3)p Lys S,在异丙-D-硫代半乳糖苷(IPTG)的诱导下进行表达。SDS-PAGE分析表明,诱导后出现的特异性蛋白条带,大小与预期理论值(95.10 k D)相符。当IPTG浓度为0.3 mmol/L时,在15℃条件下诱导20 h,重组蛋白的表达量最高。目的蛋白主要存在于上清溶液中,为可溶性表达。利用...
[期刊] 华北农学报
[作者]
李雅轩 李蕊 孟凡臣 蔡明华 胡英考
以拟南芥吡哆醛激酶基因(PK)的蛋白质序列为信息探针,对大豆(Glycine max)EST数据库进行同源搜索和序列拼接,获得了全长为1 102 bp的大豆吡哆醛激酶基因的cDNA序列,经RT-PCR克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆序列一致(GenBank登录号为DQ006813)。该cDNA序列的开放阅读框(ORF)位于第119~1 045位,推测编码308个氨基酸。采用半定量RT-PCR方法研究了该基因的组织特异性表达情况和对强光逆境的反应,结果表明该基因在大豆根茎叶中都有表达,对强光逆境不敏感。将大豆PK基因编码的蛋白序列与马铃薯(Solanum tuberosum,AAY8518...
关键词：
大豆 电子克隆 吡哆醛激酶
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