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[期刊] 中国农业科学
[作者]
阮小蕾 刘丽芳 何云蔚 刘福秀 李华平
【目的】克隆在植物抗病虫过程中具有重要作用的核糖体失活蛋白新基因,为该类蛋白基因功能研究和有效利用创造条件。【方法】通过分析多种不同来源的植物核糖体失活蛋白的氨基酸序列,据其保守区域设计1对植物通用简并引物P1和P2,对药用植物望江南基因组进行PCR扩增,获得一种新的RIP基因片段。通过RACE法,获得了其全长cDNA序列-CassinⅠ。【结果】CassinⅠ基因全长为882bp,其推导的氨基酸序列与葫芦科两个代表核糖体失活蛋白β-luffin和Trichosanthin(TCS)的相似性分别为58.2%和34.7%,与GenBank中其它核糖体失活蛋白的序列无显著相似性。多重序列比对发现:...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
阮小蕾 刘丽芳 陈秀 何自福 李华平
通过分析多种不同来源的植物RIPs的氨基酸序列,据其保守区域设计1对植物通用简并引物P1、P2,对基因组进行PCR扩增,分别从海芋Araceae macrorrhiza、烟草Nicotiana tobaccum、剑麻Agavaccae aga-ve、望江南Cassia occidentalis、那坡指天蕉Musaspp.(BB)、邻水野蕉Musaspp.(AA)中获得1个基因片段。BLAST分析表明:它们推导的氨基酸序列只与多种不同来源的RIPs有相似性。其中,与葫芦科2个代表RIP相应区段的相似性最高,与-βluffin基因的相似性分别为97.2%、98.5%、97.9%、89.4%、97....
关键词：
核糖体失活蛋白 基因克隆 序列分析
[期刊] 林业科学
[作者]
袁红雨 马宁 杨会敏 庞秋芬 谢素霞 程琳
【目的】克隆茶树Ⅱ型核糖体失活蛋白基因CsRIP1和CsRIP2,探讨CsRIPs基因的组织表达特异性以及假眼小绿叶蝉和机械伤害处理对其表达的影响。【方法】Cs-Ev2(Gen Bank登录号:GH618807)为一受假眼小绿叶蝉取食诱导的茶树Ⅱ型核糖体失活蛋白基因的c DNA片段,利用RACE技术克隆该基因的全长c DNA,命名为CsRIP1(Gen Bank登录号:FJ648831)。利用RT-PCR技术从茶树子叶中分离出一个新的Ⅱ型核糖体失活蛋白基因的c DNA序列,命名为CsRIP2(Gen Bank登录号:GU951535)。利用PCR技术克隆CsRIPs的基因组序列。设计基因特异性...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
江红霞 李屹铮 张冉 王磊 张猛 于淼 乔志刚 李学军
为了阐明克氏原螯虾(Proambaus clarkii)核糖体蛋白S24(ribosomal protein S24,RPS24)基因序列特征及其在卵巢发育中的作用,本研究利用RACE方法克隆获得了克氏原螯虾RPS24(PcRPS24)基因全长cDNA序列,并利用实时荧光定量PCR(QPCR)方法对该基因的表达模式进行了分析。结果显示:PcRPS24 cDNA序列全长438 bp,编码136个氨基酸,并具有11个磷酸化位点和1个RPS24e标志序列;克氏原螯虾与八棘多刺鱼的RPS24氨基酸序列相似性最高,与昆虫纲动物在进化上的亲缘关系最近;PcRPS24基因表达量在克氏原螯虾发育过程中逐渐升高,在卵巢发育至Ⅰ期的成虾中达到最大值;在成虾的不同组织中,PcRPS24基因在肝胰腺和卵巢中的表达量较高;在Ⅰ-Ⅵ期的卵巢中,PcRPS24基因在Ⅰ期卵巢中的表达量最高。结果表明PcRPS24可能在克氏原螯虾早期卵巢发育中起重要作用。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
徐齐君 扎桑 王玉林 原红军 曾兴权 尼玛扎西
【目的】克隆青稞核糖体蛋白基因HbRPL19,分析其序列特征并在大肠杆菌中诱导目的蛋白,为后续的研究奠定基础。【方法】根据鉴定得到的青稞HbRPL19的序列设计了引物,从青稞叶片的c DNA中扩增得到目的片段,并对目的基因序列进行了测序鉴定和序列分析,同时构建了原核表达载体p ET28a-RPL19,转化入大肠杆菌BL21(DE3)后利用IPTG诱导外源蛋白质表达并检测。【结果】成功扩增出了青稞核糖体蛋白基因HbRPL19的CDS全长序列,大小为654 bp。根据生物信息学分析的结果,HbRPL19编码的蛋白质含有217个氨基酸,相对分子质量为24.47 KD,理论等电点(p I)为10.42,总平均亲水性(GRAVY)为-0.353,不稳定系数为53.46,存在典型的SH3-like结构域和核糖体蛋白L19结构域。系统进化分析表明,HbRPL19与小麦和山羊草的RPL19具有较近的亲缘关系。蛋白表达结果显示,重组蛋白主要以包涵体形式存在于沉淀中。【结论】获得了青稞抗寒相关基因HbRPL19的序列和蛋白。
[期刊] 水产学报
[作者]
谢潮添 张元 陈昌生 徐燕 纪德华
为了研究坛紫菜在高温胁迫条件下的分子应答机制,应用引物退火控制(ACP)技术对耐高温型纯系(Z-61)叶状体在高温胁迫条件下的差异表达基因进行筛选时,获得了一条核糖体蛋白S7基因的全长序列,命名为Phrps7(GenBank登录号:JF719273)。该基因序列全长702 bp,包含一个585 bp的开放阅读框,其编码195个氨基酸的核糖体S7蛋白(PhRPS7),蛋白分子式为C984H1604N294O283S2,由5条α螺旋,6个片层及6个环状连接组成,与多个物种的RPS7蛋白具有较高的序列一致性(>55%)。系统进化树分析表明,PhRPS7蛋白与真菌的亲缘关系较近,而与其它物种的亲缘关系...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
张安勉 杨玉菊 王凤 李国泽 赵平 丁勇
【目的】克隆樟叶越桔稳定内参基因60S核糖体蛋白L9基因全长cDNA和基因组DNA序列，并分析其序列特征及密码子偏好性，为樟叶越桔中其他功能基因研究与遗传工程操作提供参考。【方法】在樟叶越桔三代转录组数据库的基础上，筛选60S核糖体蛋白L9基因cDNA序列并设计特异性引物，以樟叶越桔嫩叶总RNA和总DNA分别为模板，应用PCR技术扩增目的基因全长cDNA和基因组DNA序列，并克隆、测序、进行序列分析。同时使用EMBOSS、Codon W软件分析目的基因的碱基含量、密码子适应指数（CAI）、相对密码子使用度（RSCU）、同义密码子第三位核苷酸的GC含量（GC_(S3)）、有效密码子数（ENC）。【结果】克隆获得樟叶越桔60S核糖体蛋白L9基因666 bp cDNA序列（NCBI:ON637115）和2 224 bp基因组DNA序列（NCBI:ON584188），将该基因命名为VdRPL9。VdRPL9基因含有2个内含子，分别为1 616 bp的intron1、144 bp的intron2。VdRPL9基因转录的mRNA分子中完整开放阅读框长585 bp，其翻译编码194个氨基酸残基构成VdRPL9蛋白。从动物、植物和真菌RPL9蛋白高同源性特点推测不同生物界的RPL9基因在进化上极度保守，具有共同的祖先。相比于RSCU聚类树，RPL9蛋白序列系统进化树更能真实展现物种之间的系统发育关系。VdRPL9基因偏好性强的密码子（RSCU> 1）共有25个、且多以CG结尾，CAI和ENC的值分别为0.29和51.8，故推测该基因表达水平偏低。【结论】本研究首次报道了樟叶越桔中内参基因VdRPL9基因序列及序列特征，并分析了VdRPL9基因的密码子特征。这为进一步研究VdRPL9基因功能、优化改造VdRPL9基因的密码子，提高其在樟叶越桔中的表达水平，探究其表达调控及作用机制奠定了基础。
[期刊] 水产学报
[作者]
梅高尚 纪德华 李兵 徐燕 陈昌生 谢潮添
坛紫菜栽培中经常遭遇高温胁迫危害而产生烂菜现象,为研究坛紫菜在高温胁迫条件下的分子应答机制,分离并克隆高温胁迫应答的相关基因,应用引物退火控制(ACP)技术对耐高温型纯系Z-61叶状体在高温胁迫条件下的差异表达基因进行筛选时,获得一条在高温胁迫条件下表达水平显著降低的基因片段,通过5′-RACE技术获得了它的全长,命名为Phrps15a(GenBank登录号:JN991055.1)。该基因序列全长676 bp,包含一个390 bp的开放阅读框编码130个氨基酸的核糖体S15a蛋白(PhRPS15a),蛋白分子式为C664H1066N188O180S7,由3条螺旋、7个片层及8个环状连接组成,与...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
卫福磊 王朝溪 师园 王辰龙 史建全 祁洪芳 李长忠
青海湖裸鲤是青海湖及其周边流域唯一的经济鱼类,在鱼-鸟-草地生态系统中处于核心地位。核糖体蛋白S3a(RPS3a)是真核细胞中核糖体40S小亚基的组成成分,为一种多功能性蛋白。开展青海湖裸鲤高盐适应机理的研究,有助于揭示青海湖裸鲤的基本生命活动规律,为该鱼种的资源保护和人工增殖放流提供理论依据。我们通过RT-PCR和RACE技术,得到了青海湖裸鲤RPS3a的完整编码序列[KC818610.1]。通过实时荧光定量检测胚胎发育不同阶段和不同盐度胁迫条件下RPS3a表达水平的变化,显示其在盐度胁迫条件下和胚胎发育过程中表达水平逐步上升,初步表明RPS3a对于青海湖裸鲤胚胎发育和盐度适应性生理机制的变...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李屹铮 张帅帅 刘雪巍 张冉 林鑫辉 张猛 王磊 于淼 乔志刚 江红霞
为了探究日本沼虾(Macrobrachium nipponense)核糖体蛋白S3a(MnRPS3a)在其卵巢发育中的功能，利用cDNA末端快速扩增(RACE)-PCR技术获得了MnRPS3a基因的全长cDNA序列，并利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)和免疫荧光(IF)技术分别进行了该基因的表达模式和蛋白定位分析。结果显示，MnRPS3a基因cDNA全长902 bp,共编码266个氨基酸；MnRPS3a与墨吉对虾(Fenneropenaeus merguiensis)RPS3a氨基酸序列相似性最高，进化上的亲缘关系也最近；在不同组织中，MnRPS3a基因在肌肉中的表达量最高；在不同发育阶段卵巢中，MnRPS3a基因在Ⅰ期卵巢中的表达量最高；注射5-羟色胺(5-HT)能诱导日本沼虾卵巢MnRPS3a和卵黄蛋白原(Vg)基因表达升高，而注射多巴胺(DA)则抑制这2个基因表达。MnRPS3a蛋白主要定位于日本沼虾Ⅰ期和Ⅱ期卵巢的滤泡细胞、Ⅲ期和Ⅳ期卵巢卵母细胞的细胞质中。结果表明MnRPS3a可能在日本沼虾卵巢发育调控中发挥重要的作用。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
魏周玲 彭浩然 潘琪 张永至 蒲运丹 吴根土 青玲 孙现超
【目的】克隆获得苦瓜α-MC、商陆PAP,在烟草中异源表达观察两个蛋白在细胞中的定位情况。研究α-MC对烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)的抑制作用及其引起的抗性防御反应。【方法】根据已报道的商陆抗病毒蛋白PAP基因全序列和苦瓜素基因全序列,设计并合成扩增PAP和α-MC基因全长引物,通过RT-PCR及基因克隆方法,从苦瓜和商陆春叶克隆得到苦瓜α-MC、商陆PAP;用Wolf PSORT预测蛋白定位,将苦瓜α-MC、商陆PAP分别融合在GFP和Ds Red2的N端,构建融合蛋
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张荣 崔晓艳 孙广宇 康振生
采用nested-PCR技术对小麦蓝矮病植原体核糖体蛋白基因片段进行扩增,并对扩增片段进行了序列测定及分析。结果表明,nested-PCR扩增得到约1.2kb的特异片段,经核苷酸序列测定获得小麦蓝矮病植原体核糖体蛋白基因序列(1136bp);小麦蓝矮病植原体(WBD)与16Sr组中的各亚组代表植原体亲缘关系均达到96%以上,其中与三叶草变叶病植原体(CPh株系)亲缘关系最近,核苷酸同源性为99.7%,归为翠菊植原体(CandidatusPhytoplasmaasteris)16Sr-C亚组,该结果与以前报道的利用16SrDNA的分组结果一致,从亚组水平上进一步确定了小麦蓝矮病植原体的分类地位。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
贾若南 林枫 许强华
为研究斑马鱼核糖体蛋白应对低氧胁迫的生物学功能，对低氧胁迫和常氧条件下斑马鱼（Danio rerio）鳃组织进行转录组分析，利用高通量测序检测了低氧胁迫与常氧条件下斑马鱼鳃转录组中核糖体蛋白家族基因的表达差异。结果表明：在两个不同浓度的低氧胁迫下，斑马鱼鳃组织中60个核糖体蛋白基因的表达量显著上调。其中大亚基核糖体蛋白基因35个，小亚基核糖体蛋白基因25个。在低氧胁迫下斑马鱼鳃中显著差异表达基因GO富集的前15条通路中，均包括核糖体蛋白基因，且其中的5条通路与核糖体蛋白组装合成相关。在富集到“translation”GO通路中，富集到44个核糖体蛋白基因。另外，利用前期筛选出的低氧条件下斑马鱼鳃中显著低表达的2个miRNAs，针对低氧下表达量显著上调的60个核糖体蛋白基因进行靶基因预测，结果表明：斑马鱼miR-455-3p可以同时靶向核糖体蛋白基因rpl13和rplp1来调控斑马鱼对低氧环境的适应。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
罗淋淋 蔡紫玲 林同
【目的】研究不同类型农药胁迫下松墨天牛核糖体蛋白基因表达的变化，为靶标防治松树重要害虫松墨天牛提供理论依据和参考。【方法】从构建的松墨天牛ｃＤＮＡ文库中获得表达序列标签（ＥＳＴ），用ＢｌＡＳＴ程序从ＧＥＮＢＡＮｋ数据库中查找同源序列，克隆得到松墨天牛的一个核糖体蛋白基因；用实时荧光定量ＰｃＲ（ＲＴ－ｑＰｃＲ）检测１１种农药胁迫下该基因的表达。【结果】从松墨天牛ｃＤＮＡ文库中获得１条ＥＳＴ序列与昆虫核糖体蛋白Ｓ１５Ａ（ＲＰＳ１５Ａ）同源的基因，命名为ＭＡＲＰＳ１５Ａ。ＭＡＲＰＳ１５ＡｃＤＮＡ长５０４ＢＰ，含有５′、３′非编码区和长３９３ＢＰ的开放阅读框，编码１３０个氨基酸，预测的蛋白质分子质量为．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
严海燕 宗成志 马国华 单世华
已知与编码核糖体蛋白L41(RPL41)的CD399094相似的基因序列在黄曲霉敏感品种发育中种皮中上调表达。从花生黄曲霉抗性品种J11中克隆了相似基因。通过分析比较来自开放数据库中黄曲霉抗性和敏感品种花生发育中种子表达的RPL41序列,并对黄曲霉抗性和敏感品种果实不同发育时期和部位及叶片用荧光定量PCR做进一步的分析,研究在不同花生品种中核糖体蛋白L41与黄曲霉抗性的关系。结果表明,发育中种子表达的RPL41在抗性品种中多于敏感品种,而且多出的EST序列与在敏感品种中表达的不同,可能是特异地在抗性品种中表达。RPL41在抗性品种中发育中果实的果荚和子叶以及叶片上调表达,可能与该特定类型的RP...
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