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[期刊] 林业科学
[作者]
徐正康 戴晓港 陈赢男
【目的】分析望春玉兰基因组微卫星序列和分布特征，开发多态性高和稳定性好的SSR引物，并构建玉兰商业品种指纹图，为玉兰属植物群体遗传结构和遗传多样性研究提供分子标记资源，也为玉兰优良品种的遗传真实性鉴别和育种工作者知识产权保护提供技术支撑和科学依据。【方法】基于已公布的望春玉兰基因组序列信息，采用MISA软件对全基因组微卫星序列进行查找和分析，使用Primer Premier 5.0软件设计SSR引物。随机合成203对引物，利用6株不同望春玉兰的基因组DNA进行筛选，并进一步利用筛选出的多态性SSR引物构建26个玉兰商业品种的DNA指纹图谱。【结果】望春玉兰基因组中共检测出2 820 303个SSR位点，6碱基重复类型占比最高（62.13%），其次是2碱基（12.02%）和单碱基重复（9.98%）；共发现501种重复基序，其中出现频率高的基序为AAACCT/AGGTTT(16.46%)，其次是A/T(8.63%)和AG/CT(5.9%)。在随机合成的203对引物中，有94对（46.31%）能够对6株不同望春玉兰的基因组DNA进行有效扩增，有25对引物（12.32%）的扩增谱带清晰、易于判读、多态性高，多态信息量（PIC）在0.24～0.72之间。利用PIC值最高的前10对引物构建了26个玉兰商业品种的DNA指纹图谱数据库，共扩增出85种基因型，每对引物产生的基因型在4～18之间；引物鉴别力在0～13之间，最少采用3对引物即可将26个玉兰品种完全区分开。【结论】本研究在望春玉兰全基因组微卫星序列统计和分析的基础上，开发了10对条带清晰、多态性高、重复性好的SSR引物，并利用这些引物构建了26个玉兰商业品种的DNA指纹图谱，DNA指纹图比对结果显示本研究所涉及的26个玉兰品种不存在同种异名或异种同名现象。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
张雪云 张晓龙 李娜 孔青洋 于超 潘会堂 张启翔 罗乐
【目的】单叶蔷薇是蔷薇属唯一的单叶物种，目前已被列为国家二级濒危保护植物，开发高效的分子标记可以为单叶蔷薇居群遗传多样性分析、克隆生长格局等研究提供重要的数据支撑，为其居群遗传资源的保育提供理论指导。【方法】利用Krait v1.3软件对单叶蔷薇全基因组序列中1～6核苷酸重复的SSR位点进行搜索并分析其序列特征，进而采用Primer Premier3.0软件设计引物。选取16个单叶蔷薇样本通过琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳检验引物的有效性和多态性。最后用POPGENE32软件和PowerMarker3.25软件对高多态性引物扩增产物数据进行遗传参数分析，利用软件NTSYS-pc2.10对16个单叶蔷薇样本进行聚类分析。【结果】单叶蔷薇基因组序列上共识别出142 083个SSR位点，其中二核苷酸重复类型数目最多，占比46.95%。单核苷酸至六核苷酸重复型中占比最高的基序类型分别为A/T、AT/AT、AAG/CTT、AAAT/ATTT、AAAAT/ATTTT和AAAAAG/CTTTTT，充分表明A/T为优势碱基。单叶蔷薇基因组SSR序列长度变化范围为12～1 026 bp，不同的核苷酸重复类型均呈现长度越长数量越少的规律，区间长度为10～15 bp的SSR位点数量最多，占比47.42%。合成的140对引物中112对可以获得清晰的目的条带，引物有效率为80%；最后筛选出多态性高、稳定性好的14对引物在16份单叶蔷薇样本中检测到等位基因58个，PIC值在0.314 3～0.675 9之间，等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon信息指数（I）及PIC值平均分别为4.142 9、2.576 9、1.080 8和0.529 2。Pearson相关分析结果表明所筛选引物的PIC值与SSR长度间并无显著相关性。通过聚类分析发现，筛选出的14对引物能够将基于不同居群的单叶蔷薇进行较好地区分，遗传相似系数在0.45～0.86之间。【结论】利用单叶蔷薇全基因组大规模开发的SSR标记数量丰富且类型多样，筛选出的高多态性SSR位点将为后续单叶蔷薇居群遗传多样性研究发挥重要作用。
关键词：
单叶蔷薇 SSR 标记开发 多态性
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
强强 畅引东 孙瑛健 贾仡伟 张作刚
【目的】探究玉米大斑病菌（Exserohilum turcicum）基因组简单重复序列（SSR）位点信息特征，并筛选和验证多态性引物，为后续玉米大斑病菌遗传多样分析及遗传图谱的构建奠定基础。【方法】利用MISA软件对已有玉米大斑病菌基因组序列进行SSR位点检索；采用Primer 3.0设计SSR引物，通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对SSR引物多态性进行筛选和验证。【结果】玉米大斑病菌30条染色体基因组中共搜索到12 046个SSR位点，SSR位点平均密度为276.9个·Mb-1。其中：三核苷酸重复型SSR最多，占总SSR数量的31.38%；五核苷酸重复型SSR最少，占总SSR数量的2.10%。全基因组中共检测到203种碱基重复类型，其中，C/G重复类型最多，SSR位点数量为2 299个，占比19.09%，AC/GT次之（1 669个，占比13.86%）。SSR位点的重复次数主要集中在5～16次，占总SSR数量的91.38%；重复次数为10次的SSR位点数量最多，占总SSR数量的18.40%；SSR序列长度范围为10～300 bp，其中，10～20 bp占比最多，占总SSR数量的72.12%。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，从78对引物中筛选出25对扩增性好且多态性高的SSR引物。【结论】玉米大斑病菌基因组含有丰富的SSR位点，具有开发多态性SSR引物的潜力；筛选的25对扩增性好且多态性高的SSR引物可用于后续玉米大斑病菌的鉴定、遗传多样性分析及遗传图谱构建等研究。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
洪文娟 郝兆祥 刘康佳 罗华 毕润霞 苑兆和 宗世祥 王君
【目的】利用cDNA文库筛选的石榴SSR多态性标记数量有限,为进一步推动石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究,有必要系统开发高效稳定的分子标记位点。【方法】本研究根据已发表的石榴基因组测序数据利用MISA软件对1～6核苷酸重复的SSR位点进行了查找,分析了不同类型SSR位点的序列特征,进而设计引物并检测了引物的有效性和多态性。【结果】(1)石榴基因组中共检测到146 445个SSR位点,其中以单核苷酸重复型SSR最多(占51.95%),六核苷酸重复型最少(仅占0.38%);SSR序列以A/T碱基占主导,具有偏向性。(2)石榴基因组SSR序列长度变化范围为10～252 bp,平均长度15.48 bp。不同长度重复单元类型的SSR序列长度存在丰富变异,呈现随着重复次数增多,SSR序列丰度减少的趋势。(3)根据不同类型SSR位点设计并合成引物140对,其中119对在12份石榴种质中可扩增出有效条带,41对可产生多态性条带,PIC值在0.007～0.566之间;从中筛选出多态性较高、稳定性好的引物15对,共检测到等位基因44个,平均每个SSR位点检测到2.933 3个等位基因。【结论】利用石榴全基因组序列可实现SSR标记的大规模开发,并可鉴定出大量适用于石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究的SSR引物。相关研究为石榴的遗传育种研究提供了丰富的SSR序列信息和标记资源。
关键词：
石榴 基因组 SSR 标记开发 多态性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
徐静静 王晓鸣 段灿星 武小菲 朱振东
【目的】开发大豆疫霉基因组SSR标记,为从分子水平深入研究大豆疫霉及其近缘种提供一种理想的分子标记。【方法】用FPCR软件从大豆疫霉全基因组序列中查询SSRs,选择合适的SSR序列用Primer5.0软件设计引物。【结果】从发现的1234个含有2～4个碱基重复单元的完全SSRs中选出260段设计引物,经10个大豆疫霉分离物基因组DNA检测,有213对(81.9%)扩增出SSR特征条带,其中114(53.5%)对引物扩增出多态性。通用性检测表明,14.6%～28.6%引物分别在选择的8个疫霉种中有效扩增。基于10个SSR标记数据进行聚类分析,结果表明表明这些标记可以完全区分大豆疫霉及其它疫霉。【...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
关玲 章镇 王新卫 薛华柏 刘艳红 王三红 乔玉山
【目的】通过对‘金冠’苹果基因组SSR位点的统计分析,为蔷薇科果树应用SSR分子标记进行高通量的遗传分析提供理论与实践基础。【方法】运用NCBI数据库中‘金冠’苹果基因组数据,分析其SSR位点分布情况,并根据SSR位点的搜索结果,设计68对引物(每条染色体设计4对),利用苹果品种对所设计引物进行应用性验证并利用梨杂交群体进行通用性检测。【结果】苹果基因组中SSR序列主要是完全重复型,17条染色体共存在163 426个SSR位点,平均每隔3.22 kb存在1个。单核苷酸至三核苷酸重复基序在染色体水平上分布较均匀,而四核苷酸至六核苷酸重复基序的分布差异较大。单核苷酸与二核苷酸重复基序所占比例最大,...
关键词：
苹果 基因组 SSR 应用
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李海梅 沈佳 赵娟 娄群峰 李季 陈劲枫
[目的]基于黄瓜线粒体父系遗传特性,研究线粒体基因组SSR(mitochondria genome simple sequence repeat,mt SSR)标记技术在黄瓜杂交种纯度鉴定上的可行性。[方法]根据黄瓜线粒体基因组序列开发特异性标记,选用不同生态型的黄瓜品种对标记进行筛选,利用多态性引物对人为掺假的黄瓜F1种子进行纯度检测。[结果]从72对标记中,共筛选出4对在30份黄瓜品种呈现出多态性的引物,其中mt SSR4引物扩增出102和107 bp的多态性片段;mt SSR10引物扩增出196、224和242 bp的多态性片段;mt SSR29引物扩增出226、239和280 bp的多...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
刘果 谢耀坚 张党权 谷振军
林木SSR标记的引物筛选工作量大,十分费时且消耗大量实验材料。采用基因组DNA混合池技术,将研究对象的若干个基因组DNA样品等量混合后,作为单一模板进行SSR的PCR扩增,能显著降低实验的工作量和成本。以选择的150对EST-SSR引物为对象,对6个桉树基因组DNA样品进行等量混合,进行PCR扩增筛选引物,结果表明,与常规筛选方法相比,基因组DNA混合池方法大幅度缩短了实验周期,显著减少了基因组DNA的消耗,可用于大量林木SSR引物的快速高效筛选。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
童海浪 张华健 李健 邓红达 韩志强
【目的】传统的油茶育种工作效率低、周期长，分子标记辅助育种已成为推动油茶遗传改良的必要方法，对油茶基因组SSR位点进行整体统计分析，为提高油茶的选育效果、缩短选育周期提供了一条有效途径。通过对四倍体油茶基因组SSR位点进行搜索，统计分析其基因组SSR序列的分布模式及特征，获得优质、有价值的SSR分子标记位点，为进一步开展油茶品种的遗传分析、分子标记辅助育种、指纹鉴定等研究工作提供便利条件。【方法】本研究基于已获得的四倍体油茶全基因组数据，使用MISA软件全面搜索基因组中1～6核苷酸各重复类型的SSR位点，统计分析其分布模式及特征，通过Primer3.0软件进行批量SSR引物设计。【结果】在全长为11 069 152 038 bp的四倍体油茶全基因组中共搜索到不同类型SSR位点6 254 681个，一共鉴定出463个不同重复基元，平均1.77 kb出现一个SSR位点；出现频率最高的是单核苷酸重复类型SSR位点，占比62.08%，六核苷酸重复类型SSR位点数量最少，仅占比0.46%；在四倍体油茶基因组SSR序列中A、T碱基占据绝对优势，而G、C含量较少，具有碱基偏好性。四倍体油茶基因组各类型SSR序列的整体长度区间为10～187 bp，平均长度15.57 bp；除单核苷酸重复类型，长度≥20 bp的SSR序列占全部SSR序列的15.75%，其中二、三、四核苷酸三种重复类型SSR长度变异程度显著高于五、六核苷酸重复类型，因此，二、三、四核苷酸重复类型为设计SSR引物的主要标记来源；基于四倍体油茶基因组SSR位点数据，共开发引物1 358 248对。【结论】本研究首次对四倍体油茶全基因组中SSR位点的分布模式与特征进行整体统计分析，并批量开发SSR引物，为油茶分子标记辅助育种提供参考。
关键词：
四倍体油茶 基因组 SSR 核苷酸
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李淑斌 周宁宁 王其刚 陈敏 周青 蹇洪英 晏慧君 邱显钦 张颢 王书芳 唐开学
研究根据草莓基因组和月季基因组的同线性关系，高通量开发月季ＳＳＲ共显性标记。利用ＭＩＳＡ软件对总长２０６．８Ｍｂ的草莓基因组序列进行扫描，共识别４９ ０２９个ＳＳＲ位点，平均每４．２ ｋｂ包含１个ＳＳＲ位点。利用ｐＲＩＭｅＲ３软件成功对２１ ２８８个ＳＳＲ位点设计引物。利用中国古老月季品种‘月月粉’（ＲｏＳＡ ｃｈＩｎｅｎＳＩＳ‘ｏｌｄ ｂｌｕＳｈ’）和园艺品种‘无刺光叶蔷薇’（ＲｏＳＡ ｗＩｃｈｕＲＩＡｎＡ‘ｂＡＳｙｅ’Ｓ ｔｈｏＲｎｌｅＳＳ’），随机选取３００对ＳＳＲ引物进行ｐｃＲ扩增，４０对引物获得清晰条带，扩增率为１３．３％，发现其中８个可转移的ＳＳＲ位点位于草莓基因组第六染色体６３ ．．．
关键词：
草莓属 月季 基因组同线性 SSR开发
[期刊] 林业科学研究
[作者]
吴敏 杜红岩 乌云塔娜 刘攀峰 荆腾
为全面解读杜仲的遗传背景,本研究在基因组测序(数据未公布)的基础上,通过MISA软件搜索杜仲基因组(26 947/854 758 160 bp)中的完整型(1 7核苷酸重复)及复合型SSR序列,共查找出25 694个Scaffolds含有488592个SSR位点,占总Scaffolds的95.3%。从SSR位点分布密度上讲,平均每1 749 bp出现1个微卫星,其中单核苷酸重复单元的SSR含量最多,约占总数的54.34%,其次为二核苷酸(20.47%),而复合模式、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸和七核苷酸重复分别占20.29%、23.89%、0.77%、0.13%、0.10%和0.01...
关键词：
杜仲 基因组 SSR 标记开发 多态性
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
李响 杨楠 赵凯歌 陈玉星 唐锐君 陈龙清
从蜡梅转录组数据库组装的83 257个Unigene中分析得到11 868个1~6核苷酸重复的EST-SSR候选位点。在所有序列中,10 284个序列存在EST-SSR位点,SSR的发生频率为12.35%,转录组序列中平均每5 kb长度就有1个SSR位点分布,1 370个Unigene含有2个以上的SSR位点,634个位点以复合的重复形式出现。其中2核苷酸重复和3核苷酸数量最多,分别占总数的44.81%和26.20%。重复基元类型共206种,其中最多的类型为2核苷酸重复AGCT,占总数的39.85%,其次为3核苷酸重复AAGCTT,占总数的11.54%。针对所有EST-SSR位点共过滤出7...
[期刊] 草业科学
[作者]
张婷婷 张鹤山 宋康杰 赵泽宇 许本波 刘洋
本研究旨在了解白三叶(Trifolium repens) SSR位点信息和序列特征,开发多态性SSR引物,区分20份白三叶材料。对白三叶不同颜色的花瓣进行转录组(RNA-seq)测序,并根据转录组测序结果中的SSR位点批量设计引物,随机选择60对引物进行多态性验证,选择多态性高的引物指纹图谱构建。结果表明,白三叶转录组中含有SSR位点的序列有24 960个,出现频率为13.25%,平均约5.29 kb出现1个SSR位点;白三叶转录组SSR重复碱基类型有6种,其中三碱基重复占比最高(33.70%),其次为双碱基(28.26%)和单碱基重复(25.02%),其他碱基重复类型较低,仅占总SSR的9.01%。A/T (24.85%)、AG/CT (16.48%)和AAG/CTT (8.89%)分别为单碱基到三碱基的优势重复单元;单碱基至六碱基各基元重复次数集中在4～21次,占总数量的98.11%;序列长度变化在12～35 bp,占总数的96.43%;根据SSR位点序列设计出18 594对引物,占总SSR的74.50%;60对随机引物中能扩增出条带的有52对,多态性引物17对,分别占86.7%和32.7%;以多态性较高的5对引物构建的白三叶指纹图谱,能够有效地将20个不同白三叶品种区分开。本研究中白三叶转录组SSR位点分布频率高,类型丰富,具有较高的多态性,在白三叶遗传多样性分析、分子标记辅助育种和指纹图谱构建中具有较大的应用潜力。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
余兴华 杨艳梅 李玉祥 陶永宏 孟凡来 滕娟
【目的】为解决八角（Illicium verum）缺乏的SSR分子标记，以八角转录组数据为基础，开发EST-SSR分子标记，揭示其在转录组序列中的分布类型及特征，为八角分子生物学研究奠定基础。【方法】应用SSR搜索程序从八角转录组数据中筛选SSR位点，并对SSR重复基序种类、数量、分布特征等进行统计分析。应用在线设计软件对SSR引物进行设计，采用毛细管电泳的方法检测并确定引物多态性，应用筛选到的多态性引物分析不同八角种质间的遗传关系。【结果】从44267条Unigenes中获得8210个SSR位点，含一个EST-SSR 位点的占比为11.11%，含2个或2个以上EST-SSR 位点的占比为3.13%，复合SSR位点的占比为2.09%。SSR 发生频率为14.24%，平均每5.37 kb出现一个SSR。在检索出的SSR位点中，二核、三核苷酸是主要重复类型，二核苷酸重复中以AG/CT占比最高，为46.03%，三核苷酸重复中以GAA/CTT占比最高，为16.58%，四、五、六核苷酸的重复类型及占比相对较少。SSR重复单元的重复次数为4～40次，其中5次重复数最多，占比22.58%，再者为6次重复，占比19.83%；微卫星的长度分布为12～80 bp，其中12～15 bp的最多，占比37.39%。随机挑选的100对引物中扩增筛选出16对多态性较高的引物，其Na为3～8、Ho为0.13～0.88、He为0.54～0.88、Ne为2.03～5.82、I为0.83～1.84、引物多态性信息量指数为0.43～0.81，平均值为0.63，表明所开发的EST-SSR位点具有较高的多态性，遗传关系指出不同八角种质间具有不同的亲缘关系。【结论】基于八角转录组序列开发EST-SSR标记是可行的，其引物具有特异性好、多态性高等优点，开发的SSR标记能为八角遗传多样性分析、功能基因挖掘、遗传连锁图谱构建等提供依据。
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