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[期刊] 水产学报
[作者]
李士恒 聂志娟 沈雷 邵乃麟 孙毅 徐钢春 徐跑
为探究定期添加EM对蟹鲈混养养殖水质和菌群结构的影响，实验对混养水体进行了Ⅰ期（4月10号）、Ⅱ期（4月20号）、Ⅲ期（4月30号）和Ⅳ期（5月10号）的监测，并通过水质理化指标、16S rRNA基因高通量测序技术分析了每个时期的水质和菌群结构。高通量测序结果显示实验期间水体主要优势菌门为变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、蓝细菌门，其中对照组蓝细菌门的相对丰度在Ⅲ、Ⅳ期显著高于实验组；实验组Ⅰ期最优势菌属为Limnohabitans（20.34%），其余时期皆为微小杆菌属（56.33%、38.11%、17.88%）；对照组Ⅰ期最优势菌属为红育菌属（10.37%），Ⅱ期为微小杆菌属（47.67%），Ⅲ期和Ⅳ期皆为分枝杆菌属，分别为36.01%和42.27%；Sobs和PD指数显示：实验样品在Ⅰ期、Ⅱ期差异不显著，但在Ⅲ期和Ⅳ期实验组显著高于对照组。相比于对照组，添加EM的实验组在整个监测期总氮（TN）显著降低，氨氮（NH_(4)~(＋)-N）在Ⅰ期差异不显著，在Ⅱ期、Ⅲ期和Ⅳ期显著降低。关联分析显示，总氮是对菌群群落影响程度最大的环境因子，其中添加EM实验组的优势菌属微小杆菌属与总磷（TP）呈正相关，与TN、NH_(4)~(＋)-N、NO_(3)~(-)-N、NO_(2)~(-)-N呈负相关，为池塘氨氮、总氮降解的益菌属；本研究表明蟹鲈混养模式下定期添加EM可以改善养殖水体水质，有效抑制蓝细菌，且显著优化菌群结构，具有显著的水体原位修复功能。实现了经济效应和生态效益的双赢，为形成典型池塘混养模式的水质原位生态调控技术奠定基础，促进我国水产养殖业的绿色生态可持续发展。
关键词：
EM 菌群结构 丰富度 原位修复
[期刊] 淡水渔业
[作者]
胡佳雯 聂志娟 郑兆伟 李士恒 孙毅 邵乃麟 徐钢春 徐跑
为探究定期添加有效微生物菌群(EM)对大口黑鲈(Micropterus salmoides)池塘养殖水质和菌群结构的影响。本研究在Ⅰ期(4月10号)、Ⅱ期(5月10号)、Ⅲ期(6月10号)和Ⅳ期(7月10号)对实验组(EL)和对照组(L)进行监测，并通过水质理化指标、16S rRNA基因高通量测序技术分析了每个时期的水质和菌群结构。结果显示：相比于对照组，实验组池塘中在Ⅲ期亚硝酸氮含量显著降低了0.18 mg/L;实验期水体主要优势菌门为拟杆菌、变形菌、放线菌、蓝细菌等，其中拟杆菌为实验组在Ⅲ期和Ⅳ期的丰度最高菌，丰度分别为42.07%、38.52%,而对照组在Ⅲ期和Ⅳ期丰度最高菌为放线菌，丰度分别为71.83%、31.37%;蓝细菌在实验组的养殖前期丰度较大，但在后期(Ⅲ期和Ⅳ期)丰度小于1%,而对照组在整个采样期，蓝细菌丰度都大于1%;在Ⅲ期和Ⅳ期，实验组水体中分支杆菌属相对丰度极显著低于对照组。pd指数显示，实验组在Ⅰ期(4月份)多样性pd指数显著低于对照组，而在Ⅲ期(7月份)的多样性pd指数及其显著高于对照组。PCoA和聚类结果显示，在养殖实验后期(Ⅲ期和Ⅳ期)实验组相比较于对照组，距离更近，样品间重叠，并聚为一类。分析表明，添加EM菌可以改善养殖水体水质，改变养殖水体的菌群结构，增加水体菌群多样性，减少病原菌的丰度，对蓝藻有一定的控制和抑制效应，养殖水体的微生态系统稳定性有所提高。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
唐永涛 赵良杰 杨洋 刘其根 凡迎春 吴杰洋
为了研究混养三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)和鲢(Hypophthalmichthys molitrix)鳙(Aristichthys nobilis)对池塘养殖水体微生物群落结构的影响,分别在浙江海盐、江西九江、上海浦东开展了罗氏沼虾-三角帆蚌混养、草鱼—三角帆蚌混养、罗氏沼虾-三角帆蚌-鲢鳙鱼混养三组系列实验。利用DGGE技术对养殖水体的16S r DNA进行指纹图谱分析。三组实验共鉴定出57条不同条带,每组实验中混养三角帆蚌或鲢鳙实验组的平均条带数均高于单养水体水样平均条带数。Shannon多样性指数分析结果显示,各养殖水体混养三角帆蚌、鲢鳙后,多样性指数均有所增加。PC...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
夏耘 余德光 谢骏 王广军 郁二蒙
从鳜（Ｓｉｎｉｐｅｒｃａ ｃｈｕａｔＳｉ）出膜仔鱼阶段开始向养殖水体添加５×１０～７ｃＦｕ／Ｌ的嗜酸小球菌（ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕＳ ａｃｉｄｉＬａｃｔｉｃｉ），利用ｐｃｒ－ｄＧＧｅ技术对鳜受精卵、出膜仔鱼、仔稚鱼和其开口饵料白鲢仔稚鱼的肠道微生物群落结构组成和多样性进行了分析。ｄＧＧｅ图谱的条带克隆测序结果显示，组成鳜鱼苗各阶段的细菌主要隶属于α－变形菌纲（ａＬｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、β－变形菌纲（ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、γ－变形菌纲（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、异常球菌纲（ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）、黄杆菌纲（ＦＬａｖｏｂａｃｔｅｒｉａ）。其中黄杆菌属．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
宫晗 陈萍 秦桢 刘洋 高焕 李吉涛 李健 朱建新
为探究凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)工厂化循环水养殖系统的养殖水体水质情况以及微生物菌群的组成结构，本研究利用高通量测序技术和生物信息学分析手段，测定凡纳滨对虾工厂化循环水养殖过程一级移动床生物净化、二级固定床生物净化、养殖水体的水质指标、水体和生物净化载体以及对虾肠道微生物菌群的组成。结果显示，水体的氨氮(NH_(4)~(+)-N)和亚硝酸盐氮(NO_(2)~(–)-N)质量浓度显著降低，分别为0.85和0.21 mg/L。养殖系统水体、生物净化载体和虾肠道样品中共有的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)，此外，一级、二级生物净化系统水体中的放线菌门(Actinobacteria)为优势菌，生物净化载体中浮霉菌门(Planctomycetes)和硝化螺旋菌门(Nitrospirae)为优势菌；对虾肠道中的厚壁菌门(Firmicutes)为优势菌。另外，对虾养殖循环水系统中生物净化载体上的细菌物种含量比水样中的细菌物种少，但微生物多样性高于养殖水体，生物净化载体中微生物具有低丰度和高多样性的特点。综上所述，生物净化系统可有效地增加水体中促进氮、磷代谢的微生物菌群，调控养殖水体的水质指标，研究结果为凡纳滨对虾工厂化循环水养殖系统构建及水质调控提供理论依据。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
张凯军 姜鹏飞 王军 陈晓雯 王成辉
为探究不同温度下中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)肠道微生物与生长间的关系，通过16S rRNA高通量测序研究四个温度下（26 ℃、29 ℃、32 ℃、35 ℃）中华绒螯蟹的生长及肠道菌群的组成差异。结果表明：四个水温组的中华绒螯蟹蜕壳次数分别为2、2、2、1；成活率分别为82.81%、84.38%、87.50%、25.00%；平均蜕壳间隔随水温升高而逐渐缩短；蜕壳增重率随水温升高先升后降；四个水温组的肥满度不存在显著性差异（P > 0.05）。肠道菌群的测序结果表明：四个水温组分别获得了929、744、680、518个代表性的菌群运算分类单元（OTU）；α多样性结果显示肠道微生物丰度及多样性随水温升高而降低；β多样性结果显示四个水温组的肠道微生物菌群组成差异显著（P< 0.05）。在门水平，四个水温组的肠道优势菌群均为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidota）和变形菌门（Proteobacteria），三者占整个中华绒螯蟹肠道菌群的96.26%；26 ℃水温组的髌骨菌门（Patescibacteria）（0.92%）和疣微菌门（Verrucomicrobia）（0.35%）、29 ℃水温组的厚壁菌门（58.04%）和放线菌门（Actinobacteriota）（3.44%）、32 ℃水温组的拟杆菌门（41.84%）在各自肠道微生物中丰度显著高于其他水温组（P< 0.05）；在属水平，26℃水温组的芽孢杆菌属（Gemmobacter）（3.55%）、29 ℃水温组的柠檬酸杆菌属（Citrobacter）（3.56%）、32 ℃水温组的布拉格菌属（Pragia）（8.47%）、35 ℃水温组的假单胞菌属（Psuedomonas）（8.77%）在各自肠道微生物中丰度显著高于其他水温组（P< 0.05）。本研究结果综合表明：中华绒螯蟹在30 ℃左右时生长最好，肠道微生物多样性和丰度均随着水温的升高而下降，高温会导致弯曲杆菌（Campilobacterota）和疟疾杆菌属（Malaciobacter）等有害菌群增加，影响中华绒螯蟹的蜕壳和生长。
关键词：
中华绒螯蟹 温度 肠道微生物 生长
[期刊] 中国水产科学
[作者]
胡方正 孙大川 郭衍硕 姚妙兰 刘文畅 谭洪新
为了解硝化型和光合自养型生物絮团对于泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)的养殖效果,设置清水组(CW组)、硝化组(BFT组)和光合自养组(ABFT组)生物絮团养殖泥鳅45 d,比较泥鳅的生长和消化酶活性、两类絮团的营养组成情况,以及养殖水体和泥鳅肠道微生物的群落结构。结果显示,BFT组和ABFT组的饲料转化率、特定生长率和末均重没有显著性差异(P>0.05)。与CW组相比,两实验组的饲料转化率显著降低;BFT组的终末密度与CW组相比没有显著性差异(P>0.05)。与CW组相比,BFT组和ABFT组生物絮团可以提供(36.69±1.17)%和(40.20±1.05)%的粗蛋白;与BFT组相比,ABFT组的生物絮团粗脂肪含量显著提高(P<0.05),并且促进脂肪酸由饱和向不饱和转化。ABFT的泥鳅胰蛋白酶和脂肪酶的活性显著高于另外两组(P<0.05)。微生物群落分析表明,添加藻类对成熟生物絮团Alpha多样性指数、群落门水平和属水平没有显著影响。泥鳅摄食生物絮团会导致肠道菌群sobs指数显著降低。BFT组肠道的优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteriota)和绿弯菌门(Chloroflexi);ABFT组为变形菌门和蓝藻门(Cyanobacteria)。属水平上,ABFT组检测到高水平的气单胞菌属(Aeromonas)。本研究表明,硝化型和光合自养型生物絮团养殖均适合作为泥鳅绿色健康养殖的新模式。
[期刊] 水产学报
[作者]
郑佳佳 彭丽莎 张小平 孙健栋 傅罗琴 王一冰 胡彩虹 李卫芬
为研究草鱼养殖水体中添加复合益生菌水质调节剂对水体水质和菌群的调节作用,实验采用氮磷等指标监测水质,采用454焦磷酸盐测序方法分析菌群结构,结果显示,处理组的氨氮、亚硝酸盐氮和总氮浓度一直低于对照组,但差异不显著;处理组硝酸盐氮浓度低于对照组,且在18 d下降了56.59%;处理组的总无机氮含量低于对照组,且在15 d下降了28.75%。处理组正磷酸盐和总磷浓度略低于对照组,无显著差异。15 d水样的454焦磷酸盐测序结果与对照组相比,处理组菌群多样性更高,厚壁菌门和变形菌门分别减少了91.21%和21.75%,拟杆菌、放线菌和蓝细菌分别增加了288%、435%和848%。在变形菌门中,α-变...
关键词：
草鱼 复合益生菌 水质 菌群结构
[期刊] 水产学报
[作者]
何润端 宁为民 温崇庆 闵冠杰 朱锋 王成桂 薛明
为探索糖蜜对凡纳滨对虾生长及其水体菌群的影响，本研究利用16S rDNA扩增子高通量测序技术，比较了添加糖蜜调节水体碳氮比的处理组(C/N = 16.0)与无添加的对照组(C/N = 8.5) 2种模式下第4、13和34天时水体菌群结构差异，并通过PICRUSt2对菌群功能进行预测。结果显示，糖蜜添加尽管对对虾体长和体质量无显著性影响，但可显著提高对虾存活率；第4天时水体菌群Shannon多样性与均匀度均显著上升，但第13与34天时均显著下降。添加糖蜜后，处理组α-变形菌纲和放线菌门丰度均极显著高于对照组，蓝细菌门和γ-变形菌纲丰度则显著低于对照组，β-变形菌纲丰度在第4和34天时也显著低于对照组，拟杆菌门丰度在第4和13天时分别显著高于和低于对照组。科水平上，处理组第4、13和34天时微杆菌科相对丰度均显著高于对照组，第4天时红杆菌科、黄杆菌科和海仙菌科丰度均极显著高于对照组，而德沃斯氏菌科、产碱菌科和束缚杆菌科丰度均极显著低于对照组，第13天时海仙菌科和环杆菌科丰度分别极显著高于和低于对照组，脱醌菌科丰度在第34天时显著高于对照组。添加糖蜜后处理组芽殖杆菌属和脱醌菌属等优势属的丰度显著高于对照组，而海仙菌属等丰度则显著下降。菌群功能预测结果显示，第34天时，丰度前20的代谢功能项在处理组的富集程度均明显优于对照组，尤其糖酵解/糖异生等8项属于碳水化合物代谢或能量代谢的功能均高度富集。以上结果表明，糖蜜添加可显著影响凡纳滨对虾养殖水体优势菌群相对丰度，优化水体菌群结构，并增强其碳水化合物和能量代谢通路功能，从而提高对虾存活率。本研究为糖蜜作为有机碳源应用于对虾生物絮团养殖提供了理论依据。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
祁宏伟 仲伟光 王玉婷 赵玉民
牛的瘤胃中富含各种微生物,微生物与瘤胃之间互生互利,对于牛的生长发育具有重要作用。本研究对牛瘤胃中常见的微生物菌群及其变化特征进行了综述,对影响牛瘤胃中微生物菌群变化的因素进行分析,以期为牛的生长发育、疾病防控和质量安全提供科学有效的指导。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李志斐 王广军 余德光 卢炳国 谢骏 郁二蒙 夏耘 种香玉
为探讨生物絮团对养殖水体水质和微生物代谢功能的影响,采用水质分析和Biolog-ECO技术,分析了葡萄糖强化养殖水体培育生物絮团的过程中水质指标和微生物碳代谢变化特征。结果显示:(1)成熟的生物絮团有效降低了养殖水体氨氮、亚硝酸盐氮、硝酸盐氮水平,并显著提高了养殖水体的总固体悬浮物(TSS)含量。(2)对照组和生物絮团组水体微生物样品平均颜色变化率(average well color development,AWCD)在培养108 h后趋于稳定,生物絮团组AWCD高出对照组18%;同时生物絮团系统水体微生物提高了对聚合物类和碳水化合物类的代谢强度;对比2组水体微生物代谢多样性指数发现,生物絮...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
毛玉泽 颜婷茹 朱玲 蒋增杰 王巍 方建光
采用PCR-DGGE分子指纹图谱技术研究了2007年夏季桑沟湾不同养殖区水体微生物群落结构特征。DGGE指纹图谱分析表明,不同站位之间既存在共同图谱,又具有各自的特征谱带,总体上可分为4个区,湾外区、湾口区,湾中区和湾底区,分别与非养殖区、海带养殖区、综合养殖区、贝类单养与网箱养殖区行相对应;扇贝养殖区和牡蛎养殖区微生物相似性最高为94%,贝类单养与网箱养殖区和非养殖区相似性最低为41%,仅在网箱区发现对含氮污染物有去除作用的玫瑰杆菌属(Roseobacter)。17个站位表层水样共获得30个优势菌群,选择比较明显的12条带进行回收、扩增和测序,与GenBank中已经登录的细菌种群的同源性进行...
关键词：
微生物群落结构 DGGE 桑沟湾 养殖区
[期刊] 淡水渔业
[作者]
赵翔刚 罗衡 刘其根 赵良杰 蔡林荣 戴亮亮 张真
为了研究养殖沙塘鳢(Odontobutis obscurus)对稻田水体及底泥的微生物群落结构及多样性的影响,2015年于浙江海盐江南四阡现代农业公司进行了沙塘鳢的稻田养殖实验,利用DGGE(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)技术对养殖过程中的稻田水体及底泥中细菌的16S r DNA片段进行指纹图谱分析。DGGE条带测序分析结果显示:稻田水体及底泥共检测到包括α-变形菌亚门(Alphaproteobacteria)、β-变形菌亚门(Betaproteobact
[期刊] 海洋渔业
[作者]
孙真 刘一萌 高鹏程 周凯 么宗利 来琦芳
为了解凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)可能的微生物致病原因，通过对养殖水体环境细菌16S rRNA基因进行高通量测序和生物信息学分析，研究比较了健康虾塘(HSP)、少量死虾塘(MinUH)和大量死虾塘(MajUH)水体细菌群落组成。结果表明，MajUH氨氮、亚硝酸盐、细菌总数均显著高于其他组(P<0.05),HSP细菌群落香农指数显著高于MajUH(P<0.05)。养殖水体中优势菌门为变形菌门、蓝藻门、放线菌门、拟杆菌门、绿菌门，其丰度在3类虾塘中有很大差异，其中，蓝藻门在HSP、MinUH、MajUH的丰度分别为6.17%、5.94%、46.85%。对虾的大量死亡伴随着细菌群落的变化，RDA分析表明，细菌群落的分布主要由亚硝酸盐氮和氧化还原电位决定。通过文献检索和方差分析对HSP与MajUH进行比较后发现，当微生物群落多样性下降时，其对高pH的抑制和调控作用将会减弱，从而影响对虾健康状况。此外，研究还确定了24个可区分健康和大量死亡虾塘主要细菌指示物，明确了水体细菌群落结构作为虾类健康状态指示指标的可行性。研究结果可为凡纳滨对虾养殖过程中的病害防治及新微生物资源开发提供基础数据。
[期刊] 水产学报
[作者]
刘梅 练青平 倪蒙 郭爱环 原居林
为探究养殖过程中池塘内循环流水养殖模式(inner-pond raceway aquaculture, IPRA)对大口黑鲈生长性能、抗氧化酶、消化酶、消化道组织结构及菌落结构的影响。实验将池塘内循环流水养殖的4条水槽设置为流水组2条和对照组2条,进行为期153 d的养殖实验,分别在养殖中期和末期测量大口黑鲈相关生长、生化指标及观察组织形态结构,并采用Illumina Miseq测序平台对消化道中的微生物进行分析。结果显示,(1)养殖中期,流水组的增重率、特定生长率和肥满度低于对照静水组;至养殖末期,流水组的增重率、特定生长率和肥满度持续下降,但成活率一直高于静水组。(2)养殖中期,流水组肝脏SOD和CAT显著高于静水组,流水组MDA显著低于静水组,流水组消化酶活性显著高于静水组;至养殖末期,抗氧化酶和消化酶均不同程度下降,但流水组SOD仍显著高于静水组,MDA显著低于静水组。(3)流水组大口黑鲈肠绒毛高度及密度均明显高于静水组,且养殖中期分泌消化酶较多,运动加强了肠道消化吸收功能。(4)养殖中期,流水养殖使大口黑鲈肠胃菌群的物种多样性和均匀度明显增高,至养殖末期,流水组的肠胃多样性和均匀度指数不断下降;养殖中期流水组和静水组胃分别为柔膜菌门和蓝细菌,静水组肠主要优势菌依次为变形菌门和厚壁菌门,流水组肠主要优势菌依次为厚壁菌门和变形菌门;至养殖后期时,流水组和静水组胃肠优势菌群均为柔膜菌门;而养殖水体的优势菌为变形菌门和放线菌门。研究表明,IPRA模式下的持续运动会降低其生长指标,但能够提高其成活率,增强其免疫和消化能力,改善肠胃菌群结构,尤其是处于生长期效果更明显,而至养殖末期运动状态可能会打破肠道菌群平衡,引发疾病,应加强养殖管理。
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