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[期刊] 华北农学报
[作者]
白锦荣 潘会堂 张启翔
采用L16(54)正交设计和二因素完全随机试验,分析了月季SSR-PCR反应体系的主要成分TaqDNA聚合酶、样本浓度、Mg2+浓度d、NTP浓度以及引物浓度对扩增结果的影响,建立了适合月季的SSR反应体系。研究结果表明:在20μL反应体系中,TaqDNA聚合酶宜加入1.5 U,样本最适宜浓度为30~40 ng,Mg2+的最适浓度为1~1.5 mmol/L,dNTP最适浓度为0.2 mmol/L,单引物的最适浓度均为1μmol/L。用建成的反应体系对19对引物筛选,对12个月季品种扩增,3%的琼脂糖凝胶电泳检测,品种间DNA谱带多态性丰富,证明该体系稳定可靠。
关键词：
月季 SSR 正交试验 反应体系
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
李显煌 高丽云 王娟 张贵良 唐军荣 叶鹏 雷瀚 辛培尧
以云南金花茶为试验材料,利用试剂盒法、SDS法及CTAB法3种方法提取其DNA,并对3种方法的提取结果进行比较;经初筛合成云南金花茶EST-SSR引物,并对影响SSR-PCR体系的Mg~(2+)、Taq DNA聚合酶、dNTP、引物及模板DNA这5个因素进行L_(16)(45~)正交实验,以期建立较为稳定的云南金花茶SSR-PCR体系。试验结果表明:试剂盒法提取得到的云南金花茶DNA质量最好且符合SSR分子标记试验。各因素对PCR扩增效果的影响程度为:Mg2+>引物> Taq DNA聚合酶> dNTP>模板DNA。试验最终确定的金花茶SSR-PCR最佳反应体系(20μL)为:2.0μL Taq Buffer、1.5μL Mg2+(25 mmol/L)、0.3μL dNTP(10 mmol/L)、0.2μL Taq DNA聚合酶(5 U/μL)、前后引物各0.4μL(10μmol/L)、0.5μL模板DNA(50 ng/μL)、14.7μL ddH_2O。建立和优化云南金花茶SSR反应体系,可为云南金花茶不同种群的遗传变异研究提供基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
贾新平 孙晓波 梁丽建 邓衍明 苏家乐 周建涛
为了建立适合绣球的ＳＳＲ－ＰＣＲ反应体系，采用正交设计Ｌ２５（５６）对影响ＳＳＲ－ＰＣＲ反应体系的５个主要因素（Ｍｇ２＋、ｄ ＮＴＰＳ、引物、ｄＮＡ模板和ＴＡｑ聚合酶）在５个水平上进行优化，筛选出每个因素的最佳水平，建立适合绣球的ＳＳＲ－ＰＣＲ反应体系。结果表明，２０μＬ的ＳＳＲ－ＰＣＲ反应体系中，ｄＮＡ模板用量为６０ Ｎｇ，Ｍｇ２＋浓度为１．５ ＭＭｏＬ／Ｌ，ｄ ＮＴＰＳ浓度为０．３ ＭＭｏＬ／Ｌ，引物浓度为０．４μＭｏＬ／Ｌ，ＴＡｑ聚合酶用量为０．８ Ｕ。扩增程序为：９４℃预变性５ ＭｉＮ；９４℃变性１ ＭｉＮ，最佳温度退火４０ Ｓ，７２℃１ ＭｉＮ，３３个循环；７２℃延伸１０ ＭｉＮ，４．．．
关键词：
绣球 SSR-PCR 正交设计 反应体系
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张冬梅 杨娅 沈熙环 茹广欣
油松是我国特有的重要乡土针叶树种,开发合适的油松PCR-SSR引物并建立优化的反应体系,是开展油松天然群体和种子园人工群体遗传研究的基础.该研究以油松总DNA为材料,分析了Taq聚合酶、样本浓度、Mg2+浓度、dNTP浓度以及引物浓度对PCR-SSR扩增结果的影响,筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SSR引物12对,建立了稳定的、可重复的油松PCR-SSR最佳反应体系及PCR扩增参数.研究结果表明:在15μL SSR-PCR反应体系中,样本最适宜浓度为30 ng,Mg2+的最适浓度为0.25 mmol/L,dNTP最适浓度为0.2 mmol/L,单引物的最适浓度均为250 nmol/L;Taq聚...
关键词：
油松 SSR标记 引物 反应体系 优化
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
闫丽君 王红霞 黄芳芳 何长青 梁艳 徐刚标
以伯乐树叶片为材料,利用单因素试验及正交试验对影响伯乐树SSR-PCR扩增的主要因素进行了优化。结果表明,伯乐树SSR-PCR最佳反应体系(20μL)为:Mg2+1.25 mmol/L,d NTP 0.2 mmol/L,Taq DNA聚合酶0.5U,引物0.3μmol/L,DNA 90 ng。这为利用SSR标记进一步开展伯乐树种群遗传多样性研究奠定了前期实验基础。
关键词：
伯乐树 SSR-PCR 体系优化
[期刊] 西南农业学报
[作者]
任鹏鸿 韩睿 马胜超 李莉
本研究通过单因子优化试验和L16(45)正交试验设计的方法,对菊芋SSR-PCR反应体系进行优化。结果表明,20μl最佳反应体系:10×PCR扩增缓冲液,2.5 mmol/L Mg2+,0.20 mmol/L dNTPs,0.30μmol/L正反引物,0.2 U Taq DNA聚合酶和50 ng模板DNA。利用该优化体系,从100个SSR引物组合中筛选出12个清晰且多态性高的引物组合对3个品种的菊芋DNA序列进行扩增,得到58个位点,其中多态性位点39个,多态率为67.2%;建立3个菊芋品种分子识别卡,用2对引物组合的6个多态性位点即可将其分开。本研究为后续应用SSR分子标记技术对菊芋进行种质...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
王芳 廖柏勇 李培 刘明骞 李俊成 吴琳瑛 林玮 陈晓阳
［目的］借鉴以往楝属文献报道的ＳＳＲ引物，筛选高度多态性、稳定性高、重复性好的苦楝ＳＳＲ引物，为苦楝遗传图谱构建、ＱＴＬ定位和分子标记辅助选择育种等研究领域应用奠定基础。［方法］本研究采用单因素法和正交试验设计进行ＳＳＲ－ＰＣＲ反应体系优化，并利用该体系以８个不同种源的苦楝基因组ＤＮＡ为模板，从１３５对候选ＳＳＲ引物中进行引物筛选。［结果］苦楝ＳＳＲ－ＰＣＲ最优反应体系为：１．０μＬ ５０ Ｎｇ·μＬ～（－１）模板ＤＮＡ，１．２μＬ １００μｍｏＬ·Ｌ～（－１）引物，１．０μＬ １０ ｍｍｏＬ·Ｌ～（－１）Ｄ ＮＴＰＳ，０．８μＬ ２５ ｍｍｏＬ·Ｌ～（－１）ｍｇ～（２＋），０．１５μＬ ５ ．．．
关键词：
苦楝 SSR-PCR 体系优化 引物筛选
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
黄芳芳 何长青 闫丽君 汪灵丹 徐刚标
在单因素试验基础上,采用正交试验优化影响观光木SSR-PCR扩增的5种主要影响因素,获得最佳反应体系(10μL)为:Mg2+1.0 mmol,d NTP 0.20 mmol,引物0.25μmol,Taq DNA聚合酶0.75 U,模板DNA 60ng。利用优化SSR-PCR扩增体系,从12对引物中筛选出5对多态性高、重复性好的引物。这为进一步开展观光木种群遗传多样性研究奠定了前期实验基础。
关键词：
观光木 SSR 体系优化 引物筛选
[期刊] 华北农学报
[作者]
胡小利 马庆 包海柱 范瑞 孙希利 马蓉
为建立食用向日葵分子标记反应体系,以食用向日葵四叶期叶片为DNA模板提取材料,采用单因素试验和正交试验设计,对SSR-PCR反应体系中的6因素(10×PCR Buffer、Mg2+、d NTPs、引物、Taq DNA聚合酶和DNA模板)在5水平上进行正交优化试验,并比较了不同浓度Mg2+、Taq DNA聚合酶、模板DNA对扩增效果的影响,结果表明,各因素水平变化对反应体系的影响为Mg2+>Taq DNA聚合酶(引物)>DNA模板>10×PCR Buffer>d NTPs。最终建立食用向日葵SSR-PCR最佳反应体系为:在总体系为20μL的SSR-PCR反应体系中包括10×PCR Buffer ...
关键词：
食用向日葵 SSR-PCR 体系优化
[期刊] 华北农学报
[作者]
苏辉 李志刚 宋书宏
以大豆(Glycine maxL.)为材料,研究了PCR反应体系的主要成分对大豆SSR扩增结果的影响,并确定影响SSR扩增结果的各因素的最佳用量。以CTAB法提取的大豆叶片DNA为模板,应用L16(44)正交设计对影响大豆SSR-PCR的主要参数进行优化,建立适合大豆SSR-PCR反应的最佳体系。结果表明:各因素不同水平浓度对PCR反应结果均有显著影响。大豆SSR-PCR优化反应体系为:2.0μL10×PCRBuffer,30 ng模板DNA,150μmol/LdNTP,0.4μmol/LSSR引物,1.5 UTaqDNA聚合酶,2.0 mmol/L Mg2+,加ddH2O至终体积20.0μL...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
湛欣 鲁好君 赵帅 陈晓阳 邓小梅
［目的］本研究旨在建立红椿ＳＳＲ－ＰＣＲ最佳反应体系，并筛选适于红椿ＳＳＲ分析的高多态性引物。［方法］通过Ｌ１６（４５）正交试验设计，确立红椿ＳＳＲ－ＰＣＲ最佳反应体系；利用优化后的体系对来自楝科植物的１３５对ＳＳＲ引物，在６个不同的红椿居群中进行扩增，筛出能有效扩增的引物并进一步筛选出适于红椿的高多态性引物。［结果］（１）１０μＬ基于荧光ｄ ＵＴＰ的ＳＳＲ－ＰＣＲ体系中包含：１０×ｂＵｆｆｅＲ １．０μＬ，Ｔａｑ酶（５ Ｕ·μＬ－１）０．１μＬ，Ｍｇ ＣＬ２（２５ＭＭｏＬ·Ｌ－１）０．８μＬ，ｄ ＮＴＰ（２００ ＭＭｏＬ·Ｌ－１）０．０２５μＬ，荧光ｄ ＵＴＰ（１ ＮＭｏＬ·μＬ－１）０．０．．．
关键词：
SSR 红椿 体系优化 引物筛选
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张慧 唐开学 邱显钦 蹇洪英 王其刚 张颢
以古老月季品种‘玉玲珑’为试材,利用CTAB法对月季进行总DNA提取,对其PCR扩增条件中的主要因素进行了多梯度的优化,总反应体系为25μL,其中引物浓度为0.4μmol/L、Mg2+浓度为2.0 mmol/L、dNTP为0.2 mmol/L、Taq酶用量为1.0 U、DNA模板用量为70 ng。利用该优化体系对部分月季品种和野生种进行PCR扩增和电泳检测,扩增条带清晰,结果稳定,测序结果理想,表明该体系适用于月季的ITS序列分析。
关键词：
ITS 月季 优化
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
段永红 渠云芳 王长彪 毕红园 王玉庆 孙毅 杨武德
为有效利用SSR-PCR技术对药用植物苦参进行遗传多样性分析,采用正交设计L16(45)对影响苦参SSRPCR体系的5个因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP、引物)在4个水平上进行优化,PCR结果用DPS数据处理软件分析,筛选出各因素的最佳水平,建立适宜苦参SSR-PCR的反应体系和扩增程序,并选用内蒙古苦参对该体系进行稳定性验证。结果表明:在10μL的苦参SSR-PCR体系中,模板DNA的用量为20.0ng,Taq DNA聚合酶的用量为0.2~0.6U,Mg2+的浓度为2.5mmol/L,dNTPs浓度为0.1mmol/L,引物的浓度为0.6μmol/L。扩增程序为:94℃预变性3...
关键词：
苦参 SSR 优化 正交设计
[期刊] 华北农学报
[作者]
史红丽 韩明玉 赵彩平
建立适宜桃基因组DNA的SRAP-PCR扩增体系,为桃基因图谱的构建和分子标记打下基础。以桃基因组DNA为模板,通过正交试验设计,从dNTPs、Mg2+、Taq酶、引物、模板5种因素4个水平对桃SRAP-PCR反应体系进行优化,所建立的体系为25μL:dNTPs为0.12 mmol/L,Mg2+为4 mmol/L,Taq酶2 U,引物为0.3 mmol/L,模板DNA50ng。PCR反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性l min,35℃复性l min,72℃延伸l min,5个循环;94℃变性l min,50℃复性l min,72℃延伸l min,35个循环,72℃延伸10 min。
关键词：
桃 SRAP 优化 正交试验
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
柳晓磊 汤华 李东栋 王茜 周蓉 林艳青
为摸索适宜椰子的SSR反应体系,分析了PCR反应体系中的Mg2+浓度、引物浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶浓度、模板浓度以及退火温度对扩增结果的影响,建立了适合椰子的SSR反应体系。研究结果表明:在20μL反应体系中,Mg2+、引物和dNTP的最适浓度分别为2.5 mmol/L、0.3μmol/L、0.2 mmol/L;TaqDNA聚合酶的最佳使用量为1 U,模板DNA应加入50 ng,引物最佳退火温度比Tm值较小者低2~3℃。在参数优化的基础上,应用标记分析该反应体系对24个海南不同地区高种椰子样品进行SSR分析,不同样品间DNA谱带多态性丰富,本研究建立的分析体系将为今后椰子资源的S...
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