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[期刊] 华北农学报
[作者]
李绍翠 姜新强 丁爱琴 刘庆超 王奎玲 李伟 刘庆华
为了研究月季MYB类转录因子在月季花朵开放中的分子特征和表达特性,利用转录组测序获得的序列信息,结合RACE技术,从切花月季萨蔓莎中分离获得一个MYB类型的转录因子基因,命名为Rh MYB61(登录号KY921844)。该基因ORF区包含1 323 bp,编码441个aa,分子量为49.1 k Da,等电点为7.66,公式C2123H3280N620O688S18。系统进化树分析表明,Rh MYB61与桃树中的Pp MYB86和枇杷Ej MYB8聚为一类,属于R2R3-MYB类型转录因子,进一步的蛋白序列
[期刊] 中国农业科学
[作者]
谢吉容 熊运海 程在全 黄兴奇
【目的】克隆月季花色代谢相关新基因的全长cDNA序列,并分析其表达功能。【方法】根据月季花色突变体SSH文库分析得到的差异表达EST序列设计引物,采用RACE技术进行全长cDNA克隆。【结果】克隆到1 125 bp的cDNA全长,GenBank登录号为Eu082130。这一cDNA序列编码1个包含294个氨基酸的前体蛋白,它与小金海棠MxMYB1和大豆的GmMYB176蛋白的保守区同源性分别为70%和58%,都是只有1个MYB结构;而与具有两个MYB结构域的棉花GhMYB26、拟蓝芥AtMYB305和金鱼草AmMYB340同源性很低。该蛋白的分子量为32.33 kD,等电点为9.65,分子式为...
关键词：
月季 MYB转录因子 表达调控
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王莹 林多 杨延杰 王莉月 马静
【目的】为研究辣椒耐盐品种,提高耐盐性和抗旱性,对干制辣椒(Capsicum annuum L.)CaNAC61基因进行克隆、生物信息学和表达水平分析。【方法】采用RT-PCR的方法,从辣椒中克隆得到CaNAC61基因,并分析该基因编码蛋白的理化性质、蛋白质二级和三级结构、系统进化树。采用qRT-PCR分析CaNAC61基因在胁迫处理下的表达情况。【结果】获得干制辣椒NAC转录因子CaNAC61(Genebank登录号:XM_016719693.1)基因,该基因的开放阅读框长度为885 bp,编码294个氨基酸,蛋白质相对分子质量为33.67 kD,理论等电点为6.26。CaNAC61与不同植物中NAC家族成员同源性比对和进化树分析表明,CaNAC61属于NAC转录因子家族ATAF亚家族成员。荧光定量分析表明,CaNAC61在6种非生物胁迫处理下均有响应。其中,NaCl处理下表达上调较为显著,其次是干旱处理。【结论】本文成功克隆出CaNAC61基因,为研究辣椒NAC转录因子的功能提供参考依据。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵佳 刘荣 杨帆 李鑫 刘厚生 严倩 肖月华
【目的】花青素苷是月季花瓣呈红色或粉色的重要因素。R2R3-MYB蛋白是调控植物花青素苷合成的关键转录因子。从月季花瓣中克隆花青素苷调控相关的R2R3-MYB蛋白同源基因,并分析这些基因与月季花瓣颜色和花青素苷合成的关系,为花色基因工程改良奠定基础。【方法】根据植物花青素苷调控相关R2R3-MYB蛋白的保守序列设计简并引物,结合3'-RACE和Y-RACE方法从月季花瓣中扩增同源基因的全长编码序列。用植物第四(Sg4)和第六(Sg6)亚家族的R2R3-MYB蛋白、拟南芥次生代谢调控相关的R2R3-MYB序列和克隆基因的编码蛋白进行多序列比较和进化分析。通过比较不同颜色的月季花瓣中花青素苷含量和...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
晏慧君 张颢 蹇洪英 王其刚 邱显钦 张婷 唐开学
【目的】克隆月季丁香酚合成酶基因RhEGS1的全长cDNA序列,分析其序列及表达特征,并对该基因编码的蛋白进行原核表达分析,为深入探讨丁香酚合成酶的生化特性奠定基础。【方法】根据已发表的其它植物EGS基因序列的保守结构域设计简并引物,结合RACE技术,获得RhEGS1的全长cDNA序列,并进行生物信息学分析;利用半定量RT-PCR对不同组织及不同花发育时期RhEGS1进行表达分析。采用Gateway克隆技术,构建原核表达载体,并进行原核蛋白表达。【结果】月季RhEGS1的cDNA全长为1 207 bp,包含一个927 bp的ORF,编码309个氨基酸。同源序列比对发现RhEGS1与仙女扇的Cb...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张岁芳 朱丹 马倩 侯丽霞 尹鹏飞 刘新
为了解ＶＶＭＳＡ基因的功能，以抗性葡萄品种ＶｉｄＡｌ ＢｌＡｎｃ组培苗为试材，克隆得到ＶＶＭＳＡ基因，对其序列进行了生物信息学分析，并利用实时定量ＰｃＲ分析了其组织表达特性和多种非生物胁迫和信号应答表达特性。结果表明，ＶＶＭＳＡ基因片段大小为４５０ ＢＰ，编码１４９个氨基酸序列。生物信息学分析结果显示，ＶＶＭＳＡ蛋白分子量约为１６．７０３ ｋ ｄＡ，等电点为５．６８，不稳定系数为４１．７１，推测为不稳定蛋白。ＶＶＭＳＡ含有６５个氨基酸组成的ＡＢＡ／ＷｄＳ保守结构域。在进化上属于单独一个分支，它和已报道过的番茄ｌｅ ＡＳＲ１分别属于同一个祖先进化出的２个分支。实时荧光定量ＰｃＲ分析显示，ＶＶＭＳ．．．
关键词：
葡萄 VvMSA 基因克隆 表达分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
许晴 林森 徐亚欧 朱江江 王永 林亚秋
旨在获得藏鸡GEM基因序列,阐明其组织表达和时序表达谱,同时分析基因表达与肌内脂肪(Intramuscular fat,IMF)沉积的关系,为进一步研究藏鸡肉质和脂肪沉积奠定基础。选取1,81,119,154,210日龄健康藏鸡为试验材料,屠宰后分别采集心、肝、脾、肺、肾、胸肌、腿肌和皮下脂肪组织,提取组织总RNA,利用RT-PCR技术克隆藏鸡GEM基因序列,利用实时荧光定量PCR技术检测该基因在藏鸡不同组织以及不同发育时期胸肌和腿肌的表达情况。结果表明,克隆获得藏鸡GEM基因序列940 bp(Gen Bank登录号:KY747399),其中,CDS为894 bp,5’UTR 24 bp和3’UTR22 bp,编码297个氨基酸,与原鸡、绿头鸭、人和小鼠GEM氨基酸序列相似性较高(83.50%~98.32%);组织表达结果显示,GEM在藏鸡肺组织中的表达水平最高,极显著高于其他组织(P<0.05)。结果表明,GEM基因可能在藏鸡脂质代谢中起重要调控作用。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
栾嘉豫 安琳君 任丽 李慧玉
【目的】通过克隆白桦BpTCP2基因,分析其序列特征,并检测该基因在不同组织部位、激素处理及非生物胁迫下的基因表达特性,为揭示BpTCP2在植物生长发育及逆境应答中的作用提供理论依据。【方法】通过PCR技术克隆BpTCP2基因的全长,并对得到的cDNA序列进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR技术分析该基因的组织表达特性,以及在外源植物激素(ABA、IAA、BR、JA、SA)处理和非生物胁迫(CdCl_2、NaCl、NaHCO_3、PEG)下的响应模式。【结果】成功克隆了BpTCP2基因的cDNA序列;生物信息学分析发现BpTCP2含有高度保守的bHLH结构域,属于PCF亚类。qRT-PCR结果显示,BpTCP2基因在木质部、幼嫩的叶片和茎节中表达量较高;在CdCl_2、NaCl、NaHCO_3处理下,该基因持续上调表达;且5种外源激素均能诱导该基因表达。【结论】BpTCP2基因参与白桦木质部的形成,影响叶片及初期茎节的发育,并能在各激素、重金属、盐、碱的诱导下表达。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
任晓敏 云岚 艾芊 李珍 赵乔 石凤翎
【目的】克隆新麦草分蘖关键基因YUCCA并明确其表达特性,为该基因功能验证和育种利用奠定基础。【方法】以不同分蘖类型的新麦草分蘖节为材料,采用PCR法克隆新麦草YUCCA基因并进行同源序列比对,构建1300-c YFP-YUCCA过表达载体,利用烟草瞬时转染及蛋白质印迹法分析新麦草YUCCA蛋白的表达位置及表达情况,通过RNA-Seq数据及q RT-PCR分析验证YUCCA基因的相对表达量。【结果】成功克隆了新麦草YUCCA基因全长,大小为1 336 bp,最大阅读框为1 236 bp,并成功构建了1300-c YFP-YUCCA过表达载体。多序列比对结果显示,新麦草YUCCA主要与麦类作物的亲缘关系较近。表达特性分析发现,YUCCA基因在多分蘖型新麦草中的相对表达量远低于少分蘖型新麦草;与叶、根等组织相比,YUCCA基因在分蘖节中的相对表达量最高。烟草瞬时转化和蛋白质印迹法分析均显示,YUCCA蛋白可以正常表达,其亚细胞定位于细胞质中。【结论】YUCCA基因在调控新麦草分蘖中起下调作用,可用于后续YUCCA基因功能的研究。
[期刊] 华北农学报
[作者]
邬建飞 刘宇 李恒 荆天 卢建远 字向东
旨在探究DNA损伤诱导转录本3(DDIT3)基因序列特征及其在母牦牛组织表达特性。以母牦牛为研究对象,利用RT-PCR技术克隆牦牛DDIT3基因,利用生物信息学软件分析DDIT3蛋白的结构和功能,并利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测DDIT3基因在牦牛不同组织及不同生理阶段的生殖器官和卵母细胞中的表达特征。结果显示:牦牛DDIT3基因CDS区全长507 bp,共编码168个氨基酸;核苷酸序列比对发现,牦牛与野牛同源性最高,为99.71%,与其他物种的同源性均在88%以上,说明DDIT3基因在进化过程中表现出高度保守性;牦牛DDIT3基因在卵巢中的表达量极显著高于心脏、肝脏、肾脏、脾脏、肺、子宫和输卵管(P<0.01);在卵巢中,妊娠期DDIT3基因的表达水平显著高于卵泡期、黄体期和胎儿期(P<0.05),黄体期的表达量显著高于胎牛期(P<0.05);在子宫中,妊娠期DDIT3基因的表达水平显著高于卵泡期和胎牛期(P<0.05);DDIT3在各时期输卵管中表达水平差异不显著;MⅡ期卵母细胞中DDIT3基因的表达水平显著高于GV期和MⅠ期(P<0.05),MⅡ颗粒细胞DDIT3基因的表达量也显著高于GV期和MⅠ期(P<0.05),GV期、MⅠ期的卵母细胞和颗粒细胞DDIT3表达量差异不显著。综上,牦牛DDIT3基因可能在维持母牦牛卵巢机能与妊娠以及卵泡发育与成熟过程中发挥重要的调控作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王可欣 郭昭阳 殷宇航 陈胜忠 宋希云 赵美爱
谷胱甘肽硫转移酶基因(GST)可以参与植物应对非生物胁迫的过程。为了解ZmGST在玉米中响应盐和干旱胁迫的能力，以玉米自交系CA66为材料，通过RT-PCR克隆获得ZmGST基因并对该基因进行了生物信息学分析，通过实时荧光定量分析该基因在玉米不同组织以及在模拟干旱和盐胁迫下的相对表达量，构建原核表达载体后进行干旱和盐处理。结果表明，ZmGST基因CDS序列全长为384 bp,编码127个氨基酸，生物信息学分析结果表明，该基因属于Tau家族，为亲水不稳定蛋白，不存在跨膜结构，存在12个磷酸化修饰位点，未发现有信号肽，为非分泌型蛋白，亚细胞定位预测ZmGST位于细胞核和细胞质。同源序列结果表明，ZmGST与高粱的亲缘关系最近，与ZmGSTU14基因相似度最高。启动子分析结果发现，含有TC-rich repeats等元件，参与防御和应激反应。实时荧光定量结果显示，ZmGST基因在玉米根中的表达量最高，并受盐胁迫诱导上调表达，在处理24 h后达到最高。在原核水平的盐和干旱胁迫结果显示，重组质粒pET28a-ZmGST的大肠杆菌菌体在不同盐浓度的培养基中均能正常生长，模拟干旱被抑制。推测ZmGST基因在玉米响应盐胁迫方面有重要作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
战新梅 管世铭 张玉喜
SPL(SQUAMOSA promoter-binding protein-like)转录因子在植物多个生理过程中发挥重要的生理功能,为了研究其在牡丹花芽休眠进程中的作用机理,采用RACE方法,从牡丹花芽中克隆得到了一个SPL基因。该基因全长cDNA 1 057 bp,完整开放阅读框为549 bp,编码182个氨基酸,Blast分析表明,编码的氨基酸序列中具有SBP-box基因家族所特有的SBP-box保守结构域。与拟南芥已知SPLs蛋白构建进化树结果表明,牡丹SPL蛋白与At SPL3聚为一支,该基因被
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈华涛 陈新 顾和平 陈满峰 张红梅 袁星星 崔晓艳
为探明大豆中HKT蛋白基因的耐盐作用机理,从耐盐大豆材料中克隆到GmHKT6;2基因完整的cDNA序列,GmHKT6;2基因的开放阅读框(ORF)全长1 644 bp,编码547个氨基酸。序列比对与进化树分析表明:GmHKT6;2是大豆中的一个新HKT蛋白基因;GmHKT6;2基因在大豆的根、茎及叶中均能表达,150 mmol/L NaCl处理后,该基因在大豆根、茎及叶中的表达被强烈诱导并高效表达。结构域分析结果表明:大豆GmHKT6;2基因拥有10个可能的跨膜结构域(TMD)和阳离子转运蛋白保守结构域,推测其是通过调节相关阳离子的转运来调控大豆的耐盐性。
关键词：
大豆 耐盐性 基因克隆 表达分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
许华杰 卢莉莉 汤寓涵 赵大球 孟家松 陶俊
为研究芍药PlSPL1(SPL)基因的性质和功能，进一步阐明PlSPL1基因在不同物种中的共性与特征差异，探明PlSPL1在芍药茎秆挺直程度中的作用。以芍药红峰茎秆为材料，采用RACE技术获得了芍药PlSPL1基因全长序列，利用生物信息学软件分析预测PlSPL1的结构、理化性质和亲缘关系，随后利用qRT-PCR技术分析PlSPL1在芍药茎秆不同发育时期的表达量，并通过激光共聚焦扫描显微技术进行了蛋白质亚细胞定位分析。结果表明：PlSPL1基因开放阅读框为3 000 bp,编码999个氨基酸。蛋白分子式为C_(4869)H_(7682)N_(1406)O_(1497)S_(43),分子量为111.25 ku,理论等电点为6.26,编码亲水性不稳定酸性蛋白，磷酸化修饰以丝氨酸为主，无信号肽，有跨膜结构，二级结构主要由无规则卷曲组成。系统进化树分析发现，PlSPL1蛋白与牡丹的亲缘关系最近，其次和葡萄有较近的亲缘关系；蛋白序列比对分析发现，PlSPL1蛋白具有SPL转录因子家族特有的SBP保守结构域。相对表达量分析发现，PlSPL1随着茎秆发育逐渐呈现下降趋势，表明PlSPL1负向调控芍药茎秆发育，推测其可能在茎秆挺直程度方面起重要作用；亚细胞定位显示，PlSPL1蛋白定位在细胞核中。上述结果表明，PlSPL1参与芍药茎秆发育过程。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
孙婷 刘伟 徐鹏 孙效文
通过鲤(Cyprinus carpio)基因组序列与斑马鱼(Danio rerio)CYR61基因编码区全序列的比对得到了CYR61 A、CYR61 B和CYR61 C共3条序列。分别克隆、测序得到其开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)分别是1 158 bp、1 053 bp、1 107 bp,CYR61 A和CYR61 C得到完整编码区,都是由5个外显子和4个内含子构成,分别编码385、368个氨基酸,其理论等电点值分别是7.83、8.54,分子量(Mw值)分别为42.55 ku、40.83 ku。鲤3个CYR61基因具有高度同源性,并且均含IB、vWC、TSP1、CT...
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