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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
管奥 毋玉婷 陈宇 孙扬 祁鹏志 郭宝英
本研究基于高通量测序获得的曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)转录组数据,采用MISA(MIcro SAtellite)软件对其简单序列重复(Simple sequence repeat,SSR)位点进行了高通量发掘。组装并去冗余后,得到127575个Unigene,序列拼接的总长度为103104058 bp。对Unigene序列进行SSR分析,共得到62124个SSR(完整型SSR 36813个),分布在50626条Unigene序列当中,SSR出现频率为48.70%,平均16.6 kb出现1个SSR。微卫星序列主要以二碱基重复类型为主(31227,50.27%),其次为三碱基重复(16230,26.13%)。共发现122种碱基重复基元,在所有重复基元中(AT/AT)n占的比例最高为23.33%,其次为(AAAG/CTTT)n(17.42%)。曼氏无针乌贼SSR(完整型)的平均长度为25.87 bp,微卫星主要为重复长度大于20 bp的长序列,长度大于20 bp的微卫星序列占总数的51%。本研究发现,曼氏无针乌贼微卫星出现的频率和其长度呈极显著负相关(P<0.01),相关系数为–0.594。该研究结果为开发高度多态性微卫星引物进行曼氏无针乌贼亲缘关系鉴定、种群遗传多样性和增殖放流效果评估等研究奠定了基础。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张金勇 何暮春 项子龙 柳淑芳 庄志猛
以金乌贼(Sepia esculenta)转录组测序获得的177,951条Unigene为对象，采用Micro Satellite (MISA)软件检测及分析其中的简单重复序列(Simple sequence repeat, SSR)位点信息。结果显示，在金乌贼转录组中共检测出161,327个SSR位点，分布在64,933条Unigene中，SSR位点发生频率为36.49%，出现频率为90.66%。其中，最主要的重复类型为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸，分别占SSR总数的46.00%、39.93%和9.48%。SSR所包含的重复基元中，A/T是单核苷酸的优势重复基元，AT/AT和AC/GT是二核苷酸的优势重复基元类型。有66,004个重复基元长度≥20 bp，占SSR总数的40.91%，且其中含有低级重复基元(二、三核苷酸重复)SSR位点数量占优。以上结果表明，金乌贼转录组中SSR位点出现频率较高且类型丰富、多态性潜能较高，研究结果可为更好地开发金乌贼SSR分子标记、种质资源保护利用、遗传多样性评价和分子标记辅助育种等提供参考。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
魏琦琦 林青 贾宝光 吴炼 李承想 张琳
运用Illumina测序平台的RNA-seq技术对中秋酥脆枣的花、果实和枣吊进行了转录组测序,并对测序获得的Unigene进行微卫星特征分析。经序列组装和拼接,共获得34 587个Unigene,运用Misa软件分析发现12 624个微卫星。在所得转录组序列的单碱基至五碱基微卫星中,以单碱基微卫星最多(6 314个,50.02%),并以A/T(6 217个,98.46%)为主要重复单元;二碱基微卫星(3 335个,26.42%)次之,其中以AG/CT(2532个,75.92%)类型最多;再次是三碱基微卫星(2 871个,22.74%);最后是四碱基和五碱基微卫星,二者仅占所有微卫星信息的0.8...
关键词：
枣 转录组测序 RNA测序 微卫星特征
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
安俊 郑彩霞 姚阳 陈彬丽
为利用微卫星分子标记技术进一步研究油松胚珠发育分子调控机制以及微卫星对油松胚珠发育的影响，本文以前期高通量测序结果为基础，用ＭＩＳＡ软件对所获得的转录组数据进行ＳＳＲ位点的发掘和分析，为后续研究提供重要信息资源和数据保障。得到的１ ４１２个ＳＳＲ位点存在于１ ２７４条序列中，平均每２．１５ ｋｂ出现一个ＳＳＲ。油松胚珠转录组微卫星中存在８７种重复基元，其中（Ａ／Ｔ）ｎ比例最高，约占４５．８９％；出现频率较高的重复类型是单核苷酸（４６．８８％）和三核苷酸（３４．９９％）重复。所得微卫星多为长度
关键词：
油松 胚珠 转录组 微卫星
[期刊] 中国水产科学
[作者]
叶素兰 吴常文 傅正伟 余治平
采用透射电镜的方法研究曼氏无针乌贼(Sepiella maindroni)成熟精子的形态及结构特征。结果表明,曼氏无针乌贼的成熟精子由头部和尾部组成,尾部可明显地分为中段、主段和末段3部分。头部由顶体和细胞核构成,顶体呈倒"U"形,位于核的顶端,其内电子密度均匀。细胞核呈稍弯的长柱状纺锤形,为高电子密度的均质结构。尾部中段可见,是由无数个线粒体组成的线粒体距(mitochondrial spur)围绕尾部鞭毛。鞭毛由"9+2"结构的轴丝及外围9束粗纤维组成,形成"9+9+2"结构。尾部主段线粒体距消失,粗颗粒物质包绕轴丝。精子末段呈细长鞭状,由轴丝和质膜组成,随后包围轴丝的9束粗纤维直径变细直...
关键词：
曼氏无针乌贼 精子 超微结构
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
乔雨 石凤翎 张雨桐 钱亚斯 闫伟 伊风艳
[目的]对蒙农红豆草花瓣转录组微卫星SSR特征进行分析,为开发新的分子标记及探明各类性状的遗传机制研究奠定基础。[方法]以蒙农红豆草突变群体中浅色花瓣和紫红色花瓣(对照)为试验材料,通过Illumina HiSeq~(TM) 2000对其进行高通量测序和组装,利用MISA软件对其所有Unigene进行SSR搜索,并对SSR分布及其序列特征进行分析。[结果]在蒙农红豆草转录组数据中共获得53 009条Unigene,其中6 202条Unigene上分布了8 175个SSR位点,每5.86 kb就有1个SSR位点;重复基元数量以三核苷酸为主(49.13%),二核苷酸次之(22.07%);在284种重复基元中以AG/CT类型最高(16.16%),其次为AAG/CTT(14.30%);三核苷酸基元重复次数种类最多(11种),二核苷酸次之(10种)。随着基元重复次数的增加,核苷酸数量减少。蒙农红豆草SSR长度为12～441 bp,主要集中在12～24 bp,其中具有高度多态性潜能的SSR(长度≥20 bp)有3 130条(38.29%)。[结论]蒙农红豆草SSR位点出现频率高、基元类型丰富、分布密度大、多态性潜能高,在红豆草基因定位和分子标记辅助育种等方面具有较大的应用价值。
关键词：
蒙农红豆草 花瓣转录组 微卫星SSR
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
冯延芝 李芳东 魏琦琦 莫文娟 王璐 黄地歌 傅建敏
对杜仲（Ｅｕｃｏｍｍｉａ ｕｌｍｏｉｄＥｓ）国审良种‘华仲６号’和‘华仲１０号’花后７０和１６０ｄ的种仁共４个样本进行转录组测序，对测序数据进行组装和功能注释分类，并对转录组获得的单基因簇（ｕｎｉｇＥｎＥ）进行微卫星特征分析。利用新一代高通量测序技术ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉｓＥｑ～（Ｔｍ）２０００对杜仲样品进行转录组测序，采用软件ＴｒｉｎｉＴｙ进行组装；利用ＢｌａｓＴ软件将ｕｎｉｇＥｎＥ序列分别与ｎｒ、ｇｏ、ｃｏｇ和ＫＥｇｇ等数据库比对分析；利用ｍｉｓａ软件对转录组的９６ ４６９条ｕｎｉｇＥｎＥｓ进行ｓｓｒ搜索。结果表明：转录组测序分析，共得到７２ ７９１ ３９９个高质量的序列读取片段（ｃｌＥａ．．．
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李太强 刘雄芳 万友名 李正红 李钰莹 刘秀贤 马宏
[目的]全面了解滇东南特有濒危植物长梗杜鹃转录组SSR位点的分布及序列特征,为长梗杜鹃的保护和合理开发利用提供遗传学资料,为同属植物及近缘种SSR标记的开发及遗传研究提供便利。[方法]利用Illumina Hiseq 4000高通量测序平台对长梗杜鹃叶片进行转录组测序,再通过MISA软件对测序所得Unigenes进行SSR位点的发掘和分析。[结果]发现含SSR的序列17 354条,共得到23 192个SSR,出现频率为31.30%,平均每3 kb出现1个SSR。二碱基和三碱基重复为长梗杜鹃SSR主要重复单
关键词：
长梗杜鹃 转录组 微卫星特征 潜在多态性
[期刊] 水产学报
[作者]
梁君 王伟定 徐汉祥 周永东 徐开达
建立一种高效的标志方法,为更加准确地评价曼氏无针乌贼增殖放流的效果提供技术保障。以曼氏无针乌贼为试验对象,利用茜素络合物(ALC)浸泡曼氏无针乌贼幼体,对其内壳进行标志。设置5个浓度梯度组和2个时间段,测量并观察曼氏无针乌贼胴背长、体质量及存活率。将试验组与对照组各50尾饲养于直径2.5 m的圆形水泥池内,分别在染色后5、12、19、26 d进行随机取样并对标志曼氏无针乌贼进行高温处理5 min,解剖出内壳观察标志色保留状况。最佳染色剂浓度和浸染时间分别为90 mg/L和24 h;曼氏无针乌贼胴背长和体质量呈极显著正相关(P0....
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘振勇 苏跃中 谢友佺 周瑞发
将曼氏无针乌贼受精卵卵膜剥离,在显微镜或解剖镜下观察胚胎发育的全过程,结合室内人工育苗的孵化技术进行探讨。曼氏无针乌贼卵为粘性卵,呈黑色,类型属端黄卵,卵膜属三级卵膜,卵裂类型为不全卵裂,囊胚呈盘状,发生类型为直接发生型。在水温为23.8～26.2℃、盐度29.3时,最快14d孵出幼体,最慢23天孵出幼体,孵出幼体高峰期为18～21d,高峰期的孵出量占总孵出量的79.4%,孵化率为83.1%。胚胎发育速度与温度高低(20～30℃)成正比,盐度低于22对孵化率有严重影响。
关键词：
曼氏无针乌贼 胚胎发育 观察
[期刊] 水产学报
[作者]
吴天 梁君 周永东 胡扬杰 徐开达 张亚洲 李雪珽
为了探究曼氏无针乌贼在生态系统中的生态位，实验根据2020—2021 年中街山列岛海域春季 (4月) 和秋季 (10月) 共4个航次的渔业资源调查数据，运用生态位宽度、生态位重叠及联结系数 (AC) 等方法，分析了中街山列岛海域曼氏无针乌贼与主要游泳动物的生态位与种间关系。结果显示，春季主要游泳动物共21 种，秋季共14 种，不同季节曼氏无针乌贼的生态位宽度差异较大，春季曼氏无针乌贼属于广生态位，秋季属于中生态位。春季曼氏无针乌贼与主要游泳动物的生态位重叠程度较低，O_(ik)≥0.5 的种对仅占总数的14.29%；秋季曼氏无针乌贼与主要游泳动物的生态位重叠程度较高，O_(ik)≥0.5 的种对占总数的50%。AC分析显示，曼氏无针乌贼与主要游泳动物种间联结呈正联结 (AC≥0) 的种对所占比重较大，其中，春季21 个种对中，19.05%的种对具有显著正联结；秋季14 个种对中，35.71%的种对具有显著正联结。研究表明，不同生活史阶段曼氏无针乌贼的资源利用能力、环境适应能力和主要游泳动物种间联结度均有所不同。本研究基于生态位视角进一步探究曼氏无针乌贼资源衰退机制，可为曼氏无针乌贼栖息地保护和修复提供生态学基础理论依据。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
沙龙 吴文惠 吴慧斌 侯媛媛 许剑锋
研究了天然产物——曼氏无针乌贼内脏脂溶性提取物(the extract from visceral organs of Sepiella maindroni,ESM)的抗炎功效,以探索其作为天然安全无副作用的抗炎营养增补剂的可能。采用二氧化碳超临界萃取法,提取中国产曼氏无针乌贼内脏脂溶性提取物。构建二甲苯诱导小鼠耳廓肿胀、角叉菜胶诱导大鼠足肿胀、大鼠棉球肉芽肿这3种炎症模型,将不同剂量组验证模型鼠的疗效与空白对照组、阳性对照组相比较,观察ESM对不同炎症模型的抗炎作用。从上述3项抗炎模型的实验结果发现,当ESM剂量为100 mg/kg时,具有较强的急性及慢性抗炎功效。发现和确认了乌贼内脏脂溶性...
关键词：
曼氏无针乌贼 抗炎模型 炎症抑制率
[期刊] 水产学报
[作者]
杨凡 刘明智 蒋日进 印瑞 李鹏飞 梁君 徐开达 周永东 徐汉祥
曼氏无针乌贼曾是我国沿海重要经济种类。由于不合理的开发方式导致其资源枯竭，通过增殖放流等保护措施，曼氏无针乌贼资源有所恢复。为了解曼氏无针乌贼资源变动后摄食情况，本研究于2021年10月在中街山列岛海域采集样本278尾，利用胃含物分析其摄食习性。胃含物分析结果显示，曼氏无针乌贼主要摄食鱼类、虾类、蟹类等7个饵料类群，其中虾类占比最大（IRI=45.04%），其次是鱼类（IRI=26.74%）和蟹类（IRI=24.37%）；为了能更好地反映曼氏无针乌贼长期食性特征，进一步利用碳、氮稳定同位素分析其摄食情况，结果显示：δ~(13)C值范围为-18.21‰～-15.85‰，平均值为-17.01‰±0.68‰；δ~(15)N值范围为8.19‰～12.28‰，平均值为10.18‰±1.01‰。Pearson分析显示曼氏无针乌贼的δ~(13)C值与胴长无显著相关性，δ~(15)N值与胴长呈显著正相关。根据δ~(15)N值计算中街山列岛海域曼氏无针乌贼的平均营养级为3.34±0.31。研究表明，通过稳定同位素可得饵料生物类群对曼氏无针乌贼的食源贡献率，从大到小依次为浮游动物、头足类、甲壳类、鱼类、贝类。曼氏无针乌贼食性随胴长而变化，大个体倾向于摄食更高营养级饵料生物，如鱼类和头足类。本研究阐述了中街山列岛海域曼氏无针乌贼的摄食生态特征，可为该物种的资源恢复以及该海域食物网结构特征提供基础资料。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
毋玉婷 郭宝英 祁鹏志 吕振明 吴常文 史会来 平洪领
Phb2是抗增殖蛋白(Prohibitin)的一个亚型。本研究利用RACE技术首次获得了曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)Phb2基因的全长序列,该序列全长为1283 bp,其中5′非编码区(5′-UTR)150 bp,3′非编码区(3′-UTR)236 bp,开放阅读框(ORF)897 bp,预测编码298个氨基酸。序列分析表明,曼氏无针乌贼Phb2基因编码的蛋白无信号肽,第2042位氨基酸为跨膜结构,包含1个PHB家族的结构域。采用荧光定量PCR技术检测其在曼氏无针乌贼不同生长时期(幼
[期刊] 水产学报
[作者]
黄纬杰 郭向召 张子豪 董强 熊雪梅 高泽霞
为分析草鱼全基因组微卫星特征并开发高多态性微卫星标记亲子鉴定平台，实验利用已发布的草鱼全基因组序列，开发高度多态、准确度高、重复单元在4～6碱基范围的微卫星标记。结果显示，在草鱼900.51 Mb基因组序列中共筛选到微卫星序列677 363个，总长度12 835 407 bp，占全基因组长度的 1.425 4%，平均跨度为1 329.43bp。其中单碱基重复序列出现最多，占比52.85%；二碱基重复序列其次，占比31.44%；再次是四碱基重复，占比8.05%，三碱基重复序列占比6.47%，五碱基重复序列占比1.12%；六碱基重复出现最少，仅占比0.07%。1～6碱基重复类型中优势重复单位分别是A/T、AC/GT、AAT/ATT、AGAT/ATCT、AATAT/ATATT、AACCCT/AGGGTT。随机挑选重复序列为4～6个碱基的110个位点设计引物，在草鱼繁殖亲本群体中扩增，筛选出15对多态性引物，经CERVUS 3.0软件分析15个位点平均期望杂合度0.802～0.959，模拟分析结果鉴定准确率为100%，置信度为95%。通过对20个家系子代192个个体进行亲本来源鉴定，所有子代均成功匹配到正确父母本，鉴定准确率达到100%。本研究分析了草鱼全基因组微卫星特征，并利用多态性微卫星位点进行草鱼亲子鉴定，为草鱼微卫星的功能和应用研究以及草鱼的育种工作奠定基础。
关键词：
草鱼 全基因组 微卫星 亲子鉴定
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