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[期刊] 淡水渔业
[作者]
金武 闻海波 杜兴伟 马学艳 顾若波 徐跑
利用传统ＰＣＲ和ＡＢＩ ３７３０测序技术对暗纹东方鲀（ＴＡｋＩｆｕｇｕ ｏＢｓＣｕＲｕｓ）ＡｍｈＲ２基因外显子９进行了ｓＮＰ７２７１检测和测序分析，并对该ｓＮＰ位点与暗纹东方鲀性别相关性进行了研究。结果显示，在ｓＮＰ７２７１位点发生了ｇ／Ｃ碱基突变，产生了Ｃｇ、ＣＣ两种基因型。ｓＮＰ７２７１和暗纹东方鲀性别存在显著相关性（Ｐ＜０．０１）。基因型为Ｃｇ的个体生理性别为雄性，基因型ＣＣ的个体生理性别为雌性。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
方荣 梁旭方 杨宇晖 杜嵇华 曹亮 叶卫 符云
本研究旨在探寻胃蛋白酶(pepsinogen,PEP)基因的等位基因及其基因型在不同食性驯化表型鳜(Siniperca chuatsi)群体中的分布情况。通过2周食性驯化,挑选出最易驯化和最不易驯化的2组,提取各组鳜鳍条组织DNA,采用PCR产物直接测序法(direct sequencing,DS)、限制性片段长度多态性技术(restriction fragment length poly-morphism,RFLP)和创造限制酶切位点PCR法(created restriction site PCR,CRS-PCR)对鳜胃蛋白酶基因5、6、7、8内含子和6、7、8外显子进行SNPs遗传多态性...
关键词：
鳜 胃蛋白酶 SNP 食性驯化
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘梅 朱怡轩 王孝义 陈强 董新星 严达伟 李明丽
【目的】探讨PID1基因多态性对宣和猪肉质性状的影响。【方法】以119头宣和猪为本试验的试验材料，对PID1基因外显子3采取PCR产物直接测序的方法对其进行SNP位点检测，选择最小二乘模型对各突变位点基因型及单倍型组合进行肉质性状方面的差异分析。【结果】在宣和猪PID1基因外显子3区域共检测出4个SNP位点，分别为253643 bp处的T→C(T253643C)、253675 bp处的G→C(G253675C)、253734 bp处的A→G(A253734G)和253827 bp处的G→A(G253827A)。4个SNP位点均检测出3种基因型，分别以等位基因T、G、G、A及基因型TT、GC、AG、AA的频率最高。4个SNP位点共有9种单倍型和24种单倍型组合，其中单倍型CGGA和单倍型组合CGGA/TCAA的频率最高。各位点杂合度在0.4490～0.4997，都属于中度多态且都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P >0.05)，遗传多样性比较丰富。G253675C位点与大理石纹评分存在显著关联，其中GC基因型可显著提高大理石纹评分(P
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
宋付标 昝林森 王洪程 王洪宝 田万强 王虹 钟昕
【目的】对秦川牛Chemerin基因第2和第6外显子进行SNPs检测,并研究其与秦川牛肉质性状的相关性。【方法】采用DNA直接测序技术并结合PCR-SSCP方法,对324头2~3岁秦川牛Chemerin基因第2和第6外显子进行多态性分析,用最小二乘法拟合线性模型对Chemerin基因不同基因型与秦川牛肉质性状(宰前活质量、胴体质量、背膘厚、大理石花纹评分、系水力、眼肌面积和嫩度)进行关联分析。【结果】秦川牛Chemerin基因第2外显子868 bp处发生了A→G突变,第6外显子2 948 bp处发生了C→G突变;用PCR-SSCP方法检测得到AA、AG、GG、EE和EF 5种基因型,其基因型频...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴泽辉 储明星 李学伟 方丽 叶素成 刘忠慧 陈国宏
目的寻找与产羔数相关的遗传标记,为山羊高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。方法以控制Belclare绵羊和Cambridge绵羊高繁殖力的生长分化因子9(growthdifferentiationfactor9,GDF9)基因为候选基因,根据绵羊GDF9基因序列设计4对引物,采用PCR-SSCP技术检测GDF9基因外显子2在高繁殖力山羊品种(济宁青山羊)以及低繁殖力山羊品种(波尔山羊、文登奶山羊、辽宁绒山羊、北京本地山羊)中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。结果山羊与绵羊的GDF9基因外显子2核苷酸序列同源性为99%(955/965)。引物1和引物4存在多态性。对于引...
[期刊] 水产学报
[作者]
杨鸢劼 俞菊华 陈辉 方苹 郭闯
在对养殖暗纹东方病害调查中,从呈典型症状病鱼腹腔和肠道粘液中分离到2株(J-1和H-3)菌株,经生化特性和血清型鉴定为非01群霍乱弧菌(Non-01Vibrio cholerae)。注射、创伤和浸泡3种方式进行人工感染试验表现出较强的致病性,出现症状与自然发病鱼相同。为进一步确认分离菌株的分类地位,使用P1、P2引物,以非01群霍乱弧菌N92001菌株和01群霍乱弧菌N16961菌株为对照,对分离菌株进行PCR扩增,得到451bp的DNA片段。根据现有霍乱弧菌肠毒素ctxA基因序列设计引物P3,P4,以N16961菌株为阳性对照,PCR扩增结果均得到大小为400bp的DNA片段。在对H-3菌株...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
高莹莹 刘新富 胡鹏 刘滨 郭正龙
为初步探究暗纹东方鲀sox9基因在性腺发育和性别分化过程中的作用,通过设计兼并引物、RACE及荧光定量PCR技术,成功克隆出暗纹东方鲀sox9基因的cDNA全长序列,并分析其相应的生物信息学特征及其在雌雄个体的组织表达水平。结果表明:sox9a基因cDNA全长为1 248 bp(NCBI登录号:MH218818),包括684 bp的ORF,编码227个氨基酸,297 bp的5′UTR和267 bp的3′UTR。sox9b基因全长为1 941 bp(NCBI登录号:MH218819),包括1 470 bp的ORF,编码489个氨基酸,306 bp的5′UTR和165 bp的3′UTR。同源性和系统发育分析结果表明暗纹东方鲀sox9基因与红鳍东方鲀同源性最高,亲缘关系最近。氨基酸多重序列比对结果显示两个Sox9氨基酸序列的HMG box结构域在哺乳动物和鱼类中均高度保守。荧光定量PCR分析显示两个sox9基因普遍存在于雌鱼和雄鱼的各个组织中,且均在雌鱼下丘脑中表达量最高,在精巢中有少量表达,卵巢中几乎不表达。总体来说,除少数组织外,两个sox9基因在雌鱼组织中的表达量普遍高于雄鱼。本研究为了解暗纹东方鲀sox9的遗传特性及相关的生理功能,探索性别分化与性腺发育的分子调控机制提供理论依据。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张雯雯 喻伟峰 张宇飞 许伟鹤 张鑫宇 王涛 尹绍武 张凯
【目的】明确暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)5-羟色胺受体4(5-hydroxytryptamine receptor 4,HTR4)的分子结构、表达特征和功能,并探究HTR4基因SNP位点与暗纹东方鲀生长的相关性。【方法】采用分段克隆方法,分别扩增HTR4基因的3'RACE、5'RACE以及中间保守区域,将其拼接后获得暗纹东方鲀HTR4基因c DNA全长序列,对其进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR技术,分析HTR4基因在暗纹东方鲀脑、肾脏、肝脏、脾脏、心脏、卵巢、中肠、鳃、皮肤和肌肉等10种组织中的分布,以及其在卵巢5个不同发育时期(Ⅰ～Ⅴ期)的脑、肾脏、肝脏、脾脏、心脏、中肠、鳃和肌肉等8种组织中的表达模式;利用Sanger测序法,筛查HTR4编码区生长性状相关的SNP位点。【结果】暗纹东方鲀HTR4 c DNA全长2 302 bp,开放阅读框长度为1 170 bp,共编码389个氨基酸,包含5个外显子;氨基酸序列比对及系统进化树分析结果显示,暗纹东方鲀与红鳍东方鲀HTR4的一致性最高(99.53%),亲缘关系最近;三维结构预测显示,HTR4蛋白在鱼类中较为保守。荧光定量PCR结果表明,HTR4基因在暗纹东方鲀10个不同组织中均有表达,其中在脑组织表达量最高,其次是中肠,肌肉组织表达量最低;HTR4基因在卵巢5个不同发育时期的8个不同组织中均有表达,其中在卵巢发育的Ⅳ时期表达量最高。SNP位点筛查结果表明,暗纹东方鲀HTR4基因第4外显子1 202 bp处存在1个同义突变SNP位点(c.1202 C>G),关联分析表明该位点与暗纹东方鲀肥满度性状显著相关(P<0.05),其中CC基因型个体肥满度较高。【结论】HTR4基因在暗纹东方鲀生长发育中发挥了重要作用,可作为优良候选基因,在一定程度上可为暗纹东方鲀生长性状新品种的选育提供分子标记。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘小献 白俊杰 徐磊 于凌云 樊佳佳 韩林强
根据草鱼EST数据库中的rho型谷胱甘肽硫转移酶基因cDNA序列设计引物,扩增预计存在的SNP位点。采用PCR产物测序法和PCR-RFLP法,在珠江水系草鱼养殖群体中筛选到2个SNP位点,分别位于外显子1和外显子2上,为C-T突变,且属于同义突变,统计了多态位点在群体中的分布:C+129T位点CC型占0.69%,TC型占8.75%,TT型占80.56%;C+192T位点CC型占25.4%,TC型占48.6%,TT型占26.1%。利用一般线性模型将SNPs与草鱼6个生长性状进行关联分析,结果表明,C+129T位点TT型个体6个生长性状均值比TC型高(P>0.05);C+192T位点TT型个体体质...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
于海静 梁旭方 方荣 彭敏燕 朱滔
采用PCR产物直接测序法(DS)对鳜(Siniperca chuatsi)胰蛋白酶基因(TRY)进行单核苷酸多态性(SNPs)分析,发现外显子3上的G169A多态性。对312个样品进行分析,共发现三种基因型GG、GA、AA,其基因型频率分别为0.26、0.54、0.20,两个等位基因G和A的基因频率分别为0.53和0.47。用创造限制性酶切位点法PCR(CRS-PCR)、单管双向等位基因专一性扩增(SB-ASA)和单链构象多态性分析(PCR-SSCP)对该SNP位点进行验证。结果表明,CRS-PCR法不能对该SNP位点分型,PCR-SSCP和SB-ASA法可以且准确度分别为100%和96.67...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
马思思 喻伟峰 张凯 张雯雯 唐晓东 刘雨曦 尹绍武 王涛
为探究暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)TGF-β1基因与其生长性状的关联及作用，本研究采用RACE技术克隆了暗纹东方鲀TGF-β1基因，分析了其基因结构与表达特征，并通过直接PCR扩增法对TGF-β1基因进行多片段比对，在此基础上筛选出与生长性状相关的SNP位点。研究发现TGF-β1基因cDNA全长共2217 bp，包含5’UTR 51 bp，3’UTR 1014 bp，ORF 1152 bp，编码383个氨基酸。氨基酸序列比对分析表明暗纹东方鲀TGF-β1基因与红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)同源性最高(92.82%)。进化树分析表明暗纹东方鲀TGF-β1基因编码氨基酸序列与红鳍东方鲀聚为一支，与鲈形目鱼类亲缘关系最近(68.46%～73.33%)。qRT-PCR检测显示TGF-β1基因在暗纹东方鲀8种不同组织(心脏、肝脏、脑、脾脏、肾脏、肌肉、中肠和鳃)都有表达，其中肾脏表达量最高，心脏和脾脏表达量次之。通过SNP位点不同基因型与个体生长性状的相关性分析，发现TGF-β1上的SNP g. 3908 C＞A位点与暗纹东方鲀多项生长性状有关，其中CC型是优势基因型，且CC型个体体宽、肥满度较高。研究结果证实了TGF-β1基因与暗纹东方鲀生长性状有一定的相关性，有望为暗纹东方鲀分子标记辅助育种提供基础资料。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
丁燕玲 王鹏飞 杨朝云 张岩峰 周小南 史远刚 康晓龙
【目的】探究IGF2第2外显子多态位点与秦川牛、西门塔尔牛、安格斯牛及新疆褐牛4种品种牛群体的多态性及与生长性状的相关性，为肉牛遗传改良提供依据。【方法】以秦川牛等4个肉牛品种共91头为研究对象，利用PCR-RFLPs技术分析IGF2基因第2外显子多态性，并将IGF2的基因型与生长性状进行相关分析。【结果】IGF2基因第2外显子多态性在不同牛品种中均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05），且均属于中度多态（0.25
[期刊] 水产学报
[作者]
赵艳飞 马爱军 何伟国 马得友 毛美霖 王新安 刘大勇 郭正龙
为了研究暗纹东方鲀卵子可发育能力与其生化指标的关系,用生化分析方法对暗纹东方鲀未受精卵子基本成分、磷酸酶活力、苹果酸脱氢酶(MDH)活力、唾液酸(SA)、氨基酸含量进行分析,同时用GC-MS方法对脂肪酸组成及相对含量进行检测,并对各物质变化规律与其孵化率的相关性进行分析。结果显示,酸性磷酸酶活力(ACP)、SA含量与孵化率显著相关,碱性磷酸酶(AKP)与孵化率显著负相关;C14:0与孵化率显著相关,并呈现递减趋势;ARA、DHA与孵化率均显著相关,并呈现先递增后递减的变化趋势;n-3脂肪酸、DHA与EPA之比、EPA与ARA之比均与孵化率存在显著相关。结果表明,磷酸酶、SA、脂肪酸等物质变化规...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王卓 昝林森
【目的】分析秦川牛心脏脂肪酸结合蛋白基因(H-FABP)第1外显子的遗传变异与部分肉用性能指标的相关性。【方法】随机选择相同饲养条件下的146头18~20月龄秦川牛阉牛,采用PCR-SSCP结合测序技术,对秦川牛H-FABP基因第1外显子的遗传变异进行检测;运用SPSS统计程序中的GLM模型,分析其与部分肉用性能指标的关系。【结果】秦川牛H-FABP基因第1外显子130 bp处具有PCR-SSCP可检测到的SNP位点:Y=T→C。对该SNP位点具有不同基因型的个体进行分型并与88头秦川牛的肉用性状指标进行GLM分析,表明AB型个体的后腿围、背膘厚、大理石花纹等性状极显著高于AA型个体(P<0....
[期刊] 中国水产科学
[作者]
邵爱华 朱江 陈葵 史全良
以暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)肝脏的线粒体DNA为模板,按照红鳍东方豚(Takifugu rubripes)线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定线粒体细胞色素b(Cyt b)及其侧翼tRNA基因的全序列,结果显示,克隆的暗纹东方Cyt b基因(1 137 bp)及其5′端上游的tRNAGlu基因和3′端下游的tRNAThr基因序列共1 327 bp。用DNA分析软件对暗纹东方与GenBank中10个目13种鱼类的Cyt b序列进行比较分析,显示暗纹东方与这些鱼类的Cyt b基因具有较高的同源性,与同属红鳍东方的同源性最高,为96.1%;与同目不同科的...
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