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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘冬雨 陶贤继 魏华
通过RACE-PCR首次克隆获得了普通小球藻(Chlorella vulgaris)中八氢番茄红素合成酶编码基因psy的cDNA全长序列。该序列全长1 605 bp,包括1 245 bp开放阅读框,编码415个氨基酸。氨基酸序列对比及系统发生分析表明其与其他物种的PSY蛋白具有同源性,与绿藻聚为一支,与小球藻(Chlorella variabilis)、原壳小球藻(Auxenochlorella protothecoides)和佐夫色绿藻(Chromochloris zofingiensis)的遗传距离最
[期刊] 林业科学
[作者]
郑阳霞 季静 王罡 杨婉身
A novel 1.3 kb cDNA was amplified from cDNA library of Lycium barbarum by PCR.This cDNA clone was further inserted into pGEM-T. The sequence analysis showed that the cDNA was 1 292 bp long with an open reading frame of 1 275 bp, and encoded a polypeptide of 425 animo acids. Its cDNA sequence showed ...
关键词：
宁夏枸杞 八氢番茄红素合成酶基因 克隆
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张建成 陶能国 仝铸 邓秀新
【目的】克隆、分析‘红肉脐橙’(Citrus sinensis Osbeckcv.Cara Cara)八氢番茄红素合成酶(phytoenesynthase,PSY)基因,并进行原核表达。【方法】以‘红肉脐橙’果实中分离的mRNA为模板,通过RT-PCR扩增到PSY cDNA片段,并分析其序列;利用PCR技术获得‘红肉脐橙’PSY cDNA的编码区全长,并将其克隆到原核表达载体pET28a(+),获得重组质粒pET-CitPSY转化大肠杆菌BL21(DE3)并诱导表达。【结果】‘红肉脐橙’PSY cDNA长1520bp,最大开放读码框为1308bp,可编码436个氨基酸,核酸序列及其推导的氨基酸...
关键词：
红肉脐橙 八氢番茄红素合成酶 原核表达
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张建成 杜俊杰 刘和 王鹏飞 薛晓芳 穆霄鹏 陈俊奇
【目的】克隆、分析欧李[Cerasus humilis(Bge)Sok]八氢番茄红素合成酶(phytoene synthase,PSY)基因,并利用大肠杆菌异源表达体系验证其功能。【方法】以欧李果实中分离的总RNA为模板,通过RT-PCR扩增到PSY cDNA中间片段,再利用RACE技术获得该基因cDNA全长并分析其序列;然后利用PCR技术获得欧李PSY cDNA编码区全长,将其克隆到原核表达载体pET-28a(+),获得重组质粒pET-ChPSY,转化大肠杆菌BL21(DE3)诱导表达,并利用工程菌株验证融合蛋白6×His-PSY的催化活性。【结果】欧李PSY cDNA全长1 559 bp,...
关键词：
欧李 八氢番茄红素合成酶 克隆 功能表达
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张宏江 杭伟 马浩天 王晓丹 李润植 崔红利
[目的]获得雨生红球藻中紫外抗性蛋白(Uv resistance locus 8,UVR8)的cDNA序列全长,并进行生物信息分析。[方法]以雨生红球藻为研究对象,通过同源克隆方法获得紫外抗性蛋白UVR8的cDNA序列全长,并通过生物信息手段对其理化性质、蛋白结构及系统进化进行分析。[结果]序列分析表明,HaeUVR8的编码区全长为1554 bp,共编码517个氨基酸,预测理论等电点为5.56,理论分子量为54.31 kD。通过BLASTp分析,与拟南芥中UVR8的相似性达到51%,与莱茵衣藻中UVR8的相似性达到59%。通过蛋白保守结构域分析,HaeUVR8蛋白中存在UVR8蛋白的典型结构域,包括7个叶片螺旋结构和保守的色氨酸残基。系统进化分析表明,高等植物和真核绿藻来源UVR8s有共同祖先。[结论]本研究首次获得雨生红球藻中编码UVR8的基因序列,发现其结构与高等植物UVR8相似,暗示二者可能有相似的作用机制,为雨生红球藻中UVR8的表达、功能研究奠定基础,同时为解析雨生红球藻适应紫外光的分子机制提供线索。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
崔红利 陈军 王林萍 胡章立 秦松
【目的】本文旨在获得雨生红球藻中蓝光受体向光素(Phototropin,PHOT)的全长序列并进行生物信息分析。【方法】采用同源克隆和RACE结合的方法获得雨生红球藻中编码HaePHOT的c DNA序列全长,并对HaePHOT进行生物信息分析。【结果】HaePHOT的开放阅读框全长为2139 bp,编码712个氨基酸,预测的等电点8.66,理论分子量78.73 k D。经BLASTP程序分析,与拟南芥来源PHOT的相似性达到58%,与莱茵衣藻来源PHOT的相似性达到68%。通过序列比对和结构域分析,PHO
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱海生 李永平 温庆放
【目的】分离和克隆草莓果实八氢番茄红素合成酶基因psy,分析其序列特征,了解其在不同组织部位的表达情况。【方法】采用RT-PCR和RACE技术从草莓果实中克隆草莓类胡萝卜素合成途径中关键基因psy,用生物信息学方法对获得的cDNA序列及推定氨基酸序列进行分析,并用半定量PCR法研究psy基因在不同组织中的表达。【结果】分离到psy基因,GenBank登录号为FJ784889。该cDNA全长1 458 bp,具有1个1 194 bp的完整开放阅读框(ORF),编码398个氨基酸。序列分析表明,psy编码的氨基酸序列与其它植物的PSY蛋白有很高的相似性。系统进化树分析显示,草莓PSY与胡萝卜和玉米...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
贾文杰 马璐琳 段青 杜文文 王祥宁 李想 崔光芬
【目的】为有效解决百合花粉污染问题，利用分子生物学技术培育雄性不育的无花粉百合，文章从基因克隆和生物信息学角度研究百合ATP合成酶家族基因ATPase3在导致百合雄性不育过程中的作用，为应用该基因进行百合无花粉分子育种提供一定的理论基础。【方法】研究以百合可育系与不育系花粉母细胞时期花药为试验材料，在百合可育系与不育系转录组测序结果中筛选出一个花粉母细胞时期显著上调表达的ATPase3基因，利用荧光定量qRT-PCR技术检测ATPase3基因在百合可育系与不育系花粉母细胞时期不同部位的相对表达量。结合RT-PCR与Race技术扩增得到百合花药ATPase3基因cDNA全长序列，并通过Prot Param，Prot Scale，NCBI Conserved Domain，SWISS-MODEL等各种在线生物信息学数据库对百合ATPase3同源性，蛋白结构、理化性质等进行生物信息学分析。【结果】百合ATPase3基因在花器官中表达量最高，其中在可育系花药中的表达量是不育系的7倍。通过克隆得到百合ATPase3基因，该基因全长为327 bp，编码109个氨基酸，含有1个典型的保守ATPase3结构域；编码蛋白相对分子量约为12.14 KD，理论等电点为7.71，为疏水性蛋白，存在跨膜结构，并预测蛋白二级和三级结构。生物信息学分析都说明该预测蛋白具有典型ATP合成酶特征。同源序列分析表明，该蛋白与拟南芥质膜ATPase3同源性最为接近，与拟南芥H[+]ATPase1，H[+]ATPase2，H[+]ATPase3，H[+]ATPase8同源性也较为接近。推测该蛋白属于百合中提供能量的质膜离子转运蛋白，它在百合不育系花药中表达量下调，提供能量不足，导致雄性不育。【结论】本研究验证了ATPase3基因与百合雄性不育相关，并成功克隆得到了ATPase3基因，对该基因进行了生物信息学分析和功能预测，为百合ATPase3基因编码的质膜离子转运蛋白功能缺失导致百合雄性不育现象的发生提供一定的理论基础。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
黄琼林 卓一南 曾湘达 何瑞 詹若挺
【目的】克隆中药青天葵黄酮化合物生物合成途径的关键调控酶—黄酮醇合成酶(flavonol synthase,FLS)基因并分析其序列特征及编码蛋白的功能。【方法】在前期青天葵转录组测序获得的FLS基因序列片段的基础上,通过cDNA末端快速扩增技术(RACE-PCR)克隆FLS基因的cDNA全长及其编码区;利用生物信息学方法对其编码蛋白进行同源性比对和功能分析。【结果】青天葵FLS基因cDNA全长1268 bp,其中包含993 bp的开放阅读框,编码331个氨基酸。编码蛋白的氨基酸序列预测显示,青天葵FLS蛋白为酸性、亲水性蛋白,分子量约为37.3 kDa;不含有信号肽、转运肽和跨膜结构域,可能定位于细胞质中;具有黄酮醇合成酶保守功能域,与铁皮石斛等同科植物FLS蛋白的同源性可达82%。【结论】成功克隆了青天葵黄酮醇合成酶基因,为后续的基因功能鉴定和生物合成调控,进而提高青天葵黄酮类药效成分积累奠定了基础。
[期刊] 林业科学
[作者]
张党权 谭晓风 陈鸿鹏 曾艳玲 蒋瑶 李魏 胡芳名
As a high-grade edible oil tree native in China,tea-oil tree(Camellia oleifera)has the oil-yielded rate of about 55% from its kernel.The recent researches suggested that tea-oil would be one of the best vegetable oils,and even be better than olive oil with its abundant unsaturated fatty acids includ...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
许娟 石云平 韦绍龙 苏祖祥 林茜 桂杰 胡一凤 李小泉
【目的】克隆白及GDP-甘露糖焦磷酸化酶(GDP-mannose pyrophosphorylase)基因(Bs GMP)cDNA全长序列,分析该基因生物学信息,为该基因功能的进一步鉴定提供依据。【方法】基于同源序列克隆GMP基因中间片段,并采用RACE技术扩增GMP基因cDNA全长,用DNAMAN、Tmpred及Softberry等软件进行编码多肽序列、理化性质及亚细胞定位等分析。【结果】从白及叶片中克隆到的GMP基因全长1523 bp,其中包含1086 bp的开放阅读框(ORF),编码361个氨基酸,理论蛋白分子量为39.35 k Da,理论等电点为6.03。进一步分析发现该基因具有跨膜结构,亚细胞定位分析发现该基因主要分布于细胞质和线粒体。蛋白三级结构预测显示,Bs GMP蛋白有11个α螺旋,33个β折叠,46个β转角;该蛋白第1~24个氨基酸含有醛酮还原酶的保守结构域,第256~335个氨基酸含有Lbeta H家族保守区。BLAST多重序列分析表明,Bs GMP氨基酸序列与铁皮石斛、蝴蝶兰的亲缘性最高,分别达到95%和92%。【结论】成功克隆到白及GDP-甘露糖焦磷酸化酶基因(Bs GMP),并进行相关生物信息学分析,为该基因的进一步功能研究奠定了基础。
关键词：
白及 GMP 基因克隆 序列分析
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
韦朝领 江昌俊 陶汉之 宛晓春
根据GenBank中已登录的植物紫黄素脱环氧化酶 (VDE)基因序列 ,以其高度保守的氨基酸序列设计一对简并引物 ,采用RT PCR与 3′/ 5′RACE相结合的方法 ,从茶树 (Camelliasinensi)中克隆出VDE的全长cDNA ,长度为 16 32bp。分析表明 ,该序列的 5′端和 3′端的非编码序列长度分别为 6 1bp和 14 0bp ,开放阅读框为 14 2 2bp ,编码 4 73个氨基酸 ,其转运肽长度为 132个氨基酸。成熟蛋白的氨基酸序列与拟南芥、莴苣、菠菜及烟草的同源性分别为 83 5 % ,82 7% ,82 1%和 83 6 % ,且有 3个特殊的结构...
[期刊] 华北农学报
[作者]
李文爽 刘渊 常文锁 刘梦星 李喜焕
利用电子克隆技术获得大豆中的苹果酸脱氢酶基因cDNA序列,并对基因及其编码蛋白进行生物信息学分析和预测,为进一步克隆该基因、解决植物磷高效基因数量缺乏等问题提供依据。结果表明,大豆中的苹果酸脱氢酶基因(GmMDH1)cDNA序列长度为1 574 bp,开放阅读框1 230 bp,编码409个氨基酸残基;编码蛋白含有NAD bindingsite,Dimerization interface,Substrate binding site,MDH_glyoxysomal_mitochondrial结合位点和保守域,属于LDH_MDH_like Superfamily家族;亚细胞定位分析显示,编码蛋...
关键词：
磷高效基因 大豆 苹果酸脱氢酶 电子克隆
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
彭沙沙 童再康 黄华宏 周厚君 时剑 林二培
纤维素合成酶类似蛋白(CSL)作为一种重要的膜蛋白与纤维素合成酶具有相类似的蛋白结构,都含有D,D,D,QXXRW保守区。利用其他物种中的CesA基因的保守序列设计简并引物,采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)结合cDNA末端快速扩增技术(RACE)成功地从杉木Cunninghamia lanceolata中扩增出一个含有完整阅读框架的cDNA序列,长度为4 150 bp,开放阅读框架为3 396 bp,编码1 132个氨基酸并含有保守的D,D,D,QXXRW天冬氨酸残基序列。应用美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库对获得的基因进行序列分析比对,发现它属于CslD基因家族,命名为C...
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