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[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
黄笛 孙明 袁存权 程堂仁 王佳 张启翔
CYC同源基因作为控制花瓣对称性形成的关键基因,在菊科头状花序中主要调控着舌状花(两侧对称)的生长发育。菊科植物中舌状花的有或无及其分子调控机制和演化过程一直备受关注。本研究从花型不同的川甘亚菊、戈壁短舌菊和神农香菊中分别同源克隆了转录因子基因CYC2d。3个序列与菊花CmCYC2d基因氨基酸序列的比对结果显示其同源性均超过90%,且均含有保守的TCP和R结构域。半定量RT-q PCR结果显示,CYC2d在地被菊品种‘毛香玉’幼嫩花序中的表达量最高,而在川甘亚菊和戈壁短舌菊中的表达量非常微弱。因此,进一步
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
赵宏波 陈发棣 郭维明 汤访评 房伟民
以菊属植物为母本,通过荧光镜检观察亚菊属、菊蒿属、木茼蒿属、匹菊属、茼蒿属、太行菊属、芙蓉菊属、紊蒿属、滨菊属等近缘属植物花粉在其柱头上的附着与萌发情况,探讨属间杂交亲和性。结果表明,亚菊属、菊蒿属、太行菊属、木茼蒿属、茼蒿属和匹菊属植物花粉可在菊属植物柱头上附着与萌发,属间有一定杂交亲和性,通过常规杂交或结合幼胚拯救方法可能获得远缘杂种;芙蓉菊属、紊蒿属、滨菊属植物与菊属植物杂交不亲和,相互间亲缘关系可能相对较远。
关键词：
菊属 春黄菊族 属间 杂交亲和性
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
周春玲 戴思兰
利用AFLP技术 ,对菊属植物 1 2个分类群进行分析 .选择EcoRI MseI这一酶切组合 ,5个E +3 M +2引物组合及 1个E +3 M +3引物组合进行选择性扩增 .共得到 2 87条条带 ,其中多态性条带占 85 .7% .利用UPGMA方法对扩增数据进行分析 ,结果表明 :所选的两个栽培品种‘滁菊’和‘亳菊’可归并为一个品种 ,该品种与毛华菊、野菊、甘菊亲缘关系相对较近 ,紫花野菊次之 ,小红菊相对最远 .各野生种间 ,野菊、甘菊和菊花脑间的亲缘关系极近 ,且同一分布区内的不用种间有比较频繁的种质渗入 .研究表明AFLP技术是进行菊属植物亲缘关系研究极为有效的工具
关键词：
AFLP分析 酶切组合 菊属植物
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
吴国盛 陈发棣 陈素梅 赵宏波 房伟民
对18份菊属植物、2份亚菊属植物及2个两属间杂种的24个形态性状和1个生物学性状进行统计,并对获得的信息数据运用数量分类学聚类方法进行聚类分析。结果表明:Dendranthema arcticum与其他菊属植物的形态相差较大,单独成一类,其他21份材料聚为一类;野菊与菊花脑、异色菊与甘菊、龙脑菊与那贺川野菊两两间形态相似;毛华菊与日本野生菊属植物有较近亲缘关系,日本野生菊属植物较我国野生菊属植物进化;亚菊属矶菊与纪伊潮菊间形态相似,且与菊属植物形态相近,表明两属间有很近亲缘关系。本研究的形态性状聚类结果与传统分类结果基本吻合,表明所涉及的性状指标可以作为菊属系统发生关系研究的有效辅助指标。
关键词：
菊属 亚菊属 形态学 聚类分析 亲缘关系
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘潮 褚洪龙 韩利红 代冬琴 陈欢欢 唐利洲
为研究植物miR399家族成员构成、分子特征及其靶基因功能,利用生物信息学方法对植物miR399家族成员数量、系统进化、二级结构、启动子特征及靶基因功能进行分析。共获得244个成熟miR399成员,仅分布在被子植物中,不同物种中pre-miR399和miR399的数量分布差异较大;大多数pre-miR399仅剪切为单个成熟miR399,数量最多的pre-miR399长度为64 nt,93.85%的成熟miR399序列长度为21 nt;pre-miR399序列分析显示,3′端保守性高于5′端,且大部分成熟miR399序列来源于3′端,保守序列为UGCCAAAGGAGA*UUGCCC*G;进化分析显示,miR399序列一致性较高,但不同种属间聚类关系较复杂;植物pre-miR399主要分为3种类型:①产生1条成熟miR399,且位于pre-miR399的3′端;②产生2条成熟miR399,分别位于pre-miR399的3′端和5′端;③产生1条成熟miR399,且位于pre-miR399的5′端;pre-miR399启动子区含有大量激素和胁迫响应元件;水稻miR399家族靶基因本体分析显示,细胞组分分类中的细胞和细胞部分类别占比均为59.1%,分子功能分类中的催化活性和结合类型占比分别为40.9%和45.5%,miR399调控了多个磷响应和磷转运靶基因,这些基因主要参与了植物磷代谢、应激响应、基因表达调控等多项进程。研究表明,miR399在植物进化过程中高度保守,能够响应多种不同信号,其参与了植物的多种生命过程,尤其在植物磷饥饿胁迫和磷转运中发挥重要作用。
关键词：
miR399 进化 靶基因 磷胁迫
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
於丙军 刘振 卫培培
植物盐害的阴离子毒害主要由Cl-造成,盐逆境下植物体内Cl-吸收、运输及其调控的分子机制已成为植物耐盐性研究不可忽视的重要方面,但有关Cl-毒害问题相对Na+毒害和适应的研究在过去较少受到关注。Cl-通道(chloride channels,CLCs)是一类广泛分布于原核和真核生物细胞膜(主要是内膜系统),以介导Cl-为代表的阴离子运输的重要转运蛋白家族。本文对目前已报道的包括拟南芥、大豆、水稻等多种植物的CLC同源基因及其编码蛋白进行了系统的生物信息学分析,并对植物CLC同源基因参与耐氯(盐)功能解析方
[期刊] 林业科学研究
[作者]
范正琪 卢孟柱 李纪元 田敏 李辛雷 吴开云 陈东亮 范妙华
根据麻疯树pepc基因和植物表达载体的酶切位点特征,分别将pepc基因全长序列3 000 bp正向插入pCAM-BIA2300,构建了正义表达载体pCAMBIA-Jcpepc,基因片段597 bp反向插入pBI121构建了反义表达载体pBI-Jcpepc。通过农杆菌介导,采用叶盘法转化烟草,通过对转基因植株的PCR和PCR-Southern检测,表明pepc基因已经正向、反向插入烟草基因组中。测定了转基因烟草的PEPCase酶活性,并通过脂肪酸的测定,转正义pepc基因烟草叶片的脂肪酸含量平均比对照降低44.3%,转反义pepc基因植株脂肪酸含量平均比对照增加26.3%。
[期刊] 林业科学
[作者]
牟少华 彭镇华 孙启祥 高志民 李雪平
利用AFLP技术,选择EcoRⅠ/MseⅠ这一酶切组合,应用9对(EcoRⅠ+3)/(MseⅠ+3)引物组合进行选择性扩增,检测16种箬竹和5个形态相似的外源竹种的基因组DNA多态性。在21个样品基因组中共获得1367条清晰的谱带,其中共有条带115条,特异性带273条,特异性缺失条带72条。在16个箬竹样品基因组中共获得1193条清晰的谱带,其中共有条带190条,特异性带177条,特异性缺失条带98条。这些特异性带或特异性缺失条带可作为识别不同竹种的分子标记。聚类结果表明:所有的箬竹属植物聚成一类,其他5种外源植物聚成一类。此外,AFLP分析提供的分子证据,支持耿氏分类系统(1996),将天...
关键词：
箬竹属 AFLP 多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
邹智 谢贵水 莫业勇 安锋 杨礼富
3-羟基-3-甲基戊二酸单酰辅酶A合酶(HMGS)是甲羟戊酸(MVA)代谢途径中的关键酶,催化乙酰-Co A和乙酰乙酰-Co A缩合形成戊二酸单酰辅酶A(HMG-Co A)。研究基于蓖麻、麻疯树、木薯和橡胶树已释放的基因组和EST数据,对这4种大戟科植物的HMGS基因进行了系统鉴定,并在此基础上分析了其基因结构与进化关系。结果表明,蓖麻、麻疯树、木薯和橡胶树分别含有1、1、2和2个HMGS基因,所有基因均包含11个内含子。同源分析表明,HMGS广泛存在于各种古细菌、真细菌和真核生物中,显示出较早的起源。在大多基因组已测序的绿色植物中,HMGS主要以单拷贝的形式存在,其中包括团藻、拟南芥、蓖麻和...
关键词：
大戟科植物 全基因组 HMGS基因家族
[期刊] 西南农业学报
[作者]
薛巨坤 王博 王莲萍 杨春雨 国会艳 郝爱平
【目的】研究miR319靶基因的功能和相关生理作用机制。【方法】利用生物信息学的方法对miR319基因家族成员成熟序列进行分析及靶基因预测。【结果】miR319在不同植物中拷贝数差异较大,大部分miR319基因分散在不同染色体上,少部分分散在同一条染色体上;miR319序列在不同物种间具有高度的保守性,保守区位置分布差异较大。进化分析表明miR319基因家族的成员呈现4大分支,水稻osa-miR319a-3p和苹果mdm-miR319c有特殊的进化机制。靶基因预测表明miR319靶基因功能包括转录因子、翻译活化剂、还原酶、蛋白酶等。【结论】miR319靶基因在植物体内可能形成复杂的调控网络对植物生长发育和植物抗逆过程起着重要的调控作用,这为今后进一步研究miR319靶基因的功能和相关生理作用机制提供了重要的理论依据。
[期刊] 林业科学
[作者]
刘青 汪玉凤 赵韩生 陈颖 高志民
同源异型盒基因在决定植物的形态建成中发挥着重要作用。采用RT-PCR和RACE技术,从麻竹中分离到1个同源异型盒基因,其cDNA全长1 452 bp,编码1个330个氨基酸的蛋白,包含1个KNOX1区、1个KNOX2区、1个ELK区和1个Homeobox区,属于KNOX蛋白,该基因命名为DlKNOX1(GenBank No.KF709955)。组织表达特异性分析表明,DlKNOX1在节中的表达量最高,茎和鞘中次之,而在叶片中最低。将DlKNOX1置于35S启动子控制下,构建到载体pPZP的多克隆位点并转化拟南芥。RT-PCR分析表明,DlKNOX1已在转基因植株中表达。转基因植株表型变化明显,...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
程影 黄锐之 钟新民 侯喜林 吴学龙 王五宏 李必元 刘智宏
采用PCR克隆技术,根据已报道的拟南芥的AtHSP22基因全长及其他物种同源序列设计特异引物,在十字花科植物大白菜、普通白菜、芥菜型油菜、甘蓝型油菜、花椰菜、芥菜、荠菜、萝卜3个属10个物种中成功克隆得到耐热相关基因HSP22的同源序列10条。序列比对分析表明:这些同源序列的相似性达89.3%以上,所推导的氨基酸序列相似性达92.1%以上。由进化树可直观地看出,芸薹属与荠属亲缘关系最近,首先聚为一类;其次与萝卜属、拟南芥属聚为一类。由氨基酸序列预测的高级结构存在明显差异,且无规则卷曲最多,α-螺旋均在30%以上,因而属于α结构蛋白。
[期刊] 华北农学报
[作者]
梅瑜 李向荣 蔡时可 顾艳 王继华
为了深入了解甘葛藤转录组的整体水平及黄酮类生物合成通路基因。利用高通量测序PacBio Sequel平台,以甘葛藤根、茎、叶的混合样品为材料,使用单分子长读数测序技术(SMRT)对甘葛藤进行全长转录组测序及分析。平台共获得10 994 967个高质量reads和384 072条全长非嵌合序列(FLNC),测序数据经质控后获得90 856个转录本;获得的所有转录本经NR、SwissProt、KOG、KEGG、GO数据库进行注释和功能分类,结果有85 239个单基因被注释,NR注释数量最多为84 675个,占93.2%;KEGG注释的基因最少,22 330个基因被注释到132条途径,代谢途径分布的基因较多(9 368,41.95%)。预测到3 507个转录因子,bHLH转录因子家族的基因最多。14 127个基因被分配到17个R基因类别,主要为RLP类。检测到33 660个SSR序列,多为AG/CT类型。分析黄酮类生物合成途径,发现与黄酮类合成相关的基因110个,其中,26个编码HCT,3个编码CHS,7个编码CHI。PacBio测序平台能获得更长的转录本,SMRT技术能够深入挖掘甘葛藤转录数据,比第二代测序技术能够获得更高的转录本注释率。在高通量全长转录组水平对甘葛藤进行了研究,为甘葛藤的分子生物学研究提供了较可靠、全面的转录组数据,为进一步开发甘葛藤的分子标记和挖掘优良基因提供了科学依据。
关键词：
甘葛藤 药食同源 全长转录组 育种
[期刊] 华北农学报
[作者]
李孟军 史占良 郭进考 何明琦 王彦霞
以拟南芥酰基载体蛋白为查询序列,检索18个植物物种的基因组数据库,获得138个酰基载体蛋白基因和12个基因片段。植物酰基载体蛋白由1个基因家族编码,成员2～16个。植物酰基载体蛋白磷酸泛酰巯基乙胺结合位点(Ser)周围的氨基酸序列高度保守,该位点包含在保守的DSL基序中。植物酰基载体蛋白基因结构类型分为5种,其中类型III酰基载体蛋白基因所占比例最大。绝大多数植物酰基载体蛋白基因家族成员单独或2～4个成员分布在一条染色体上。在138个植物酰基载体蛋白基因中,19个具有不同剪接体。植物酰基载体蛋白基因家族成员可能起源于一个共同的祖先基因。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
戴思兰 钟杨 张晓艳
该文运用数量分类学方法对中国菊属植物２８个分类单位进行了系统进化与亲缘关系研究。Ｑ型聚类结果表明：毛华菊（Ｄ，ｖｅｓｔｉｔｕｍ）与菊花亲缘关系最近，野菊（Ｄ．ｉｎｄｉｃｕｍ）次之，紫花野菊（Ｄ，ｚａｗａｄｓｋｉｉ）较远，Ｒ型聚类分析结果表明菊属植物用于形态分类学研究的多数性状具有相对独立性。在此基础上，作者讨论了中国栽培菊花起源的若干问题。
关键词：
菊属,聚类分析,亲缘关系,起源,系统进化
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