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[期刊] 华中农业大学学报  [作者] 张常旭  冯鹏  赵宗宝  李莹  常缨  
以NaCl胁迫星星草(Puccinellia tenuiflora)cDNA酵母文库为基础,在星星草中筛选和鉴定PutNaKR3基因,对PutNaKR3基因及其编码的氨基酸序列进行生物信息学、组织特异性表达和非生物胁迫应答表达分析。结果表明:星星草PutNaKR3基因具有组织表达特异性,在根和叶中的表达量明显高于其他组织;过表达PutNaKR3基因可增强酵母菌株在盐、碱、氧化和渗透胁迫下的生存能力,同时可提高酵母在部分金属胁迫下的适应能力。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 陈璇  曾千春  张家瑞  胡尊红  李文正  
前期研究表明普通烟草(N.tabacum cv.Xanthi)中富含甘氨酸RNA结合蛋白基因(NtRGP-3),该基因为涉及渗透胁迫相关的一个重要转录后调节基因,本研究旨在明确烟草属不同种中RGP-3基因多样性。通过PCR同源克隆方法克隆了12个烟草种中RGP-3基因,对RGP-3基因及其编码蛋白的结构、变异和系统进化等方面进行了分析。结果显示,RGP-3在烟草属不同种中相似性介于89%~100%,其中栽培烟草种(N.tabacum_K326)和野生林烟草(N.sylvestris)相似性为100%;多序列比较显示,RGP-3在不同烟草种中存在484个变异位点,其中外显子中变异占8.88%,内...
[期刊] 中国农业大学学报  [作者] 黄晶  段续伟  张文娜  孟冬  马超  郝理  李天忠  
为研究3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)在植物耐盐方面的作用机理,以杜梨(Pyrus betulaefolia Bunge)叶片为材料,通过同源克隆获得开放阅读框为1 815bp的cDNA全长序列,编码604个氨基酸的cDNA全长序列,结构预测显示该蛋白质的N端含有2个保守的跨膜结构域,C端具有催化区,包含HMG-CoA结合结构域和NADP(H)结合结构域。NCBI序列比对发现,其与苹果、沙梨HMGR的氨基酸序列同源性高达97%和93%;MEGA 5.0聚类分析发现该基因属于HMGR1亚类基因,因此,将该基因命名为PbHMGR。RTPCR分析表明,PbHMGR在杜梨韧皮部、木质部...
[期刊] 淡水渔业  [作者] 连子童  夏雪平  李忠  田海峰  蒋钦杨  胡乔木  
为解析黄鳝(Monopterus albus)性逆转机制,实验以雌、雄、间性发育黄鳝为研究对象,分析不同组织、不同发育时期性腺、甲基睾丸酮处理性腺及Zebularine处理性腺原代细胞后dynlt3基因表达模式的变化及其在性腺中的表达定位。性腺转录组测序结果显示,基因全长1 082 bp,开放阅读框354 bp,编码117个氨基酸。生物信息学分析显示,dynlt3基因编码蛋白质的二级结构包含37.96%的α-螺旋,29.20%的β-折叠,32.85%的无规则卷曲。系统进化分析结果显示,黄鳝DYNLT3氨基酸序列与硬骨鱼纲中底鳉(Fundulus heteroclitus)同源性最高。实时荧光定量PCR结果表明,dynlt3基因在黄鳝肌肉和脑具有较高表达,心脏次之,在其它各组织表达量较低。在性腺的不同发育时期,在间性后期和雄性中表达量显著性高于雌性与间性早期。甲基睾酮处理后黄鳝卵巢组织结构发生明显退化,卵母细胞退化且数量减少,结缔组织间出现空泡结构;dynlt3基因在卵巢中表达量显著性下调。原位杂交分析dynlt3基因在性腺组织中的表达定位结果显示,在不同性腺发育时期均检测到dynlt3阳性信号,间性性腺组织中dynlt3基因主要在精原细胞和初级精母细胞中表达,精巢组织中dynlt3基因可在精原细胞与初级精母细胞中,卵巢组织阳性信号较弱,主要在II时相卵母细胞细胞质中表达。Zebularine处理性腺原代细胞后,dynlt3基因表达无显著性差异。以上研究表明,dynlt3参与黄鳝性腺发育过程,并在黄鳝性逆转及性腺细胞发育过程中发挥重要作用,但是甲基化可能不参与其基因表达调控。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 韩彦莎  鲁彦君  于瑞  赵瑞  沈昕  陈少良  
【目的】克隆胡杨木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶基因PeXTH,并研究该基因和植物抗Cd2+性之间的关系。【方法】利用RT-PCR方法从胡杨中克隆一个木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶基因PeXTH,将该基因的全长cDNA克隆到植物表达载体pGreen0029上,然后通过农杆菌介导法,将重组表达载体转入烟草,并对转基因烟草的抗Cd2+能力进行初步分析。【结果】PeXTH基因的开放阅读框(ORF)长867bp,含ATG起始密码子和TAG终止密码子,编码由288个氨基酸组成的蛋白;多重氨基酸序列比对结果显示,PeXTH蛋白含有木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTHs)的保守催化活性域DEIDFEFLG和N-糖基化位...
[期刊] 华北农学报  [作者] 李培纲  李红梅  张帅  李劲松  陈志雄  刘向东  
为了研究ADF基因对药用野生稻非生物胁迫的影响,利用药用野生稻干旱胁迫转录组数据分析的基础,通过PCR技术克隆OoADF1基因,序列分析结果表明,OoADF1的开放阅读框长度为453 bp,无内含子,编码150个氨基酸残基,具有典型的ADF结构域。qRT-PCR技术分析表明,OoADF1在四叶期的叶片、叶鞘和根,以及抽穗期的叶片、叶鞘、茎和幼穗等7个组织中均表达,四叶期根部表达量最高,抽穗期叶鞘表达量最高。干旱和高盐胁迫后,OoADF1表达量分别上调了17.9,40.0倍。将OoADF1完整的编码序列融合
[期刊] 华北农学报  [作者] 边小峰  谢一芝  郭小丁  贾赵东  马佩勇  
为了提高甘薯的抗逆能力,通过RACE的方法克隆到一个含有AP2结构域的ERF家族基因,该家族基因在植物逆境调控中起重要作用。该基因c DNA全长1 025 bp,编码区为669 bp,编码223个氨基酸,该基因在甘薯中未曾报道,将其命名为Ib ERF3。通过进化树分析发现,Ib ERF3在茄目类作物中具有一定的保守性。通过定量PCR研究发现,Ib ERF3在甘薯根、叶中都有表达,且在叶片中的表达量最高,同时研究发现,在干旱、盐胁迫处理后Ib ERF3在根和叶片中表达量都显著上升。在用植物激素ABA处理后,Ib ERF3的表达量逐渐上升并在24 h时达到最大。因此,推测Ib ERF3在甘薯抗逆途...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 王京京  童再康  黄程前  王帅  程龙军  
【目的】克隆巨桉(Eucalyptus grandis)抗逆相关基因EgrCBF3(GenBank登录号:JQ068829)的全长cDNA序列,分析EgrCBF3在低温、干旱、脱落酸(ABA)处理和高盐条件下的表达。【方法】利用RT-PCR结合RACE技术,克隆巨桉抗逆相关基因EgrCBF3全长cDNA序列;分析正常条件下,巨桉根、茎和叶中EgrCBF3的表达情况;同时采用qRT-PCR,分析不同低温(0,2,4,6,8℃)和4℃处理不同时间(2,4,8,24和48h),以及干旱、ABA和高盐等逆境条件下EgrCBF3的响应表达情况。【结果】EgrCBF3cDNA全长1 161bp,含有1个6...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)  [作者] 刘金梦  秦贝贝  黎航航  肖调义  苏建明  
采用RT–PCR和cDNA末端快速扩增技术克隆草鱼(Ctenopharyngodon idellus) II型小肽转运载体(PepT2)基因全长cDNA序列,对其进行生物信息学和共线性分析,并采用实时荧光定量PCR技术检测分析健康草鱼PepT2基因在不同组织中的表达情况。结果表明:草鱼PepT2基因的cDNA序列全长为2733 bp,包括开放阅读框2169 bp(编码722个氨基酸残基),5′非编码区82 bp和3′非编码区482 bp;草鱼PepT2基因结构含有20个外显子和19个内含子;预测蛋白相对分子质量为8.032×10~(4),等电点为6.01,该蛋白具有与哺乳动物同源蛋白类似的12个螺旋跨膜结构,并且在跨膜区9和10之间有1个大的外环,跨膜区氨基酸高度保守,含有6个蛋白激酶C磷酸化位点和3个N–糖基化位点;预测的PepT2蛋白三级结构包含有18个α–螺旋和21个β–折叠;氨基酸序列同源性分析结果显示,草鱼PepT2氨基酸序列与斑马鱼(Danio rerio)的同源性最高,为86.65%,与其他所比较的物种的同源性则为52.83%~68.15%;系统进化树分析表明,草鱼与斑马鱼的亲缘关系最近;与斑马鱼相比,草鱼PepT2所在的染色体保留着大多数基因,具有保守的基因块;实时荧光定量表达分析表明,草鱼PepT2在肠道中表达量最高,其次是肾脏。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)  [作者] 刘金梦  秦贝贝  黎航航  肖调义  苏建明  
采用RT–PCR和cDNA末端快速扩增技术克隆草鱼(Ctenopharyngodon idellus) II型小肽转运载体(PepT2)基因全长cDNA序列,对其进行生物信息学和共线性分析,并采用实时荧光定量PCR技术检测分析健康草鱼PepT2基因在不同组织中的表达情况。结果表明:草鱼PepT2基因的cDNA序列全长为2733 bp,包括开放阅读框2169 bp(编码722个氨基酸残基),5′非编码区82 bp和3′非编码区482 bp;草鱼PepT2基因结构含有20个外显子和19个内含子;预测蛋白相对分子质量为8.032×10~(4),等电点为6.01,该蛋白具有与哺乳动物同源蛋白类似的12个螺旋跨膜结构,并且在跨膜区9和10之间有1个大的外环,跨膜区氨基酸高度保守,含有6个蛋白激酶C磷酸化位点和3个N–糖基化位点;预测的PepT2蛋白三级结构包含有18个α–螺旋和21个β–折叠;氨基酸序列同源性分析结果显示,草鱼PepT2氨基酸序列与斑马鱼(Danio rerio)的同源性最高,为86.65%,与其他所比较的物种的同源性则为52.83%~68.15%;系统进化树分析表明,草鱼与斑马鱼的亲缘关系最近;与斑马鱼相比,草鱼PepT2所在的染色体保留着大多数基因,具有保守的基因块;实时荧光定量表达分析表明,草鱼PepT2在肠道中表达量最高,其次是肾脏。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 任晓敏   云岚   艾芊   李珍   赵乔   石凤翎  
【目的】克隆新麦草分蘖关键基因YUCCA并明确其表达特性,为该基因功能验证和育种利用奠定基础。【方法】以不同分蘖类型的新麦草分蘖节为材料,采用PCR法克隆新麦草YUCCA基因并进行同源序列比对,构建1300-c YFP-YUCCA过表达载体,利用烟草瞬时转染及蛋白质印迹法分析新麦草YUCCA蛋白的表达位置及表达情况,通过RNA-Seq数据及q RT-PCR分析验证YUCCA基因的相对表达量。【结果】成功克隆了新麦草YUCCA基因全长,大小为1 336 bp,最大阅读框为1 236 bp,并成功构建了1300-c YFP-YUCCA过表达载体。多序列比对结果显示,新麦草YUCCA主要与麦类作物的亲缘关系较近。表达特性分析发现,YUCCA基因在多分蘖型新麦草中的相对表达量远低于少分蘖型新麦草;与叶、根等组织相比,YUCCA基因在分蘖节中的相对表达量最高。烟草瞬时转化和蛋白质印迹法分析均显示,YUCCA蛋白可以正常表达,其亚细胞定位于细胞质中。【结论】YUCCA基因在调控新麦草分蘖中起下调作用,可用于后续YUCCA基因功能的研究。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)  [作者] 唐春华  杨丹  左振华  黄小西  陈韬  张东裔  
利用草鱼C-反应蛋白(CRP)的EST序列(CK233056)设计引物,采用快速扩增cDNA末端(SMART-RACE)的方法克隆CRP基因的5′末端,获得1个约520bp的cDNA片段.将该片段与EST拼接,得到CRP基因全长cDNA,长度为889bp,含有1个672bp的开放阅读框,两侧分别有74bp和143bp的5′和3′非翻译区域(open reading frame,ORF),CRP基因编码224个氨基酸残基,N端含有15个氨基酸残基的信号肽.利用RT-PCR半定量法对健康及被嗜水产气单胞菌人工感染的草鱼的心脏、脑、前肠、肾脏、肝胰脏、肌肉、脾等组织CRP的mRNA表达水平进行检测,...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 马璐琳  王祥宁  贾文杰  段青  崔光芬  杜文文  王继华  
根据已发表的川乌头F3'5'H基因序列,通过RT-PCR方法从黄草乌(AConiTum vilmoRiniAnum)花朵中克隆到了1个类黄酮3',5'羟基化酶(F3’5’H)基因的C DnA序列,该序列长1563 bP,包含1个编码506个氨基酸的完整开放阅读框,命名为Av-F3'5'H(Gen bAnk登录号:JQ806761)。序列比对分析显示Av-F3'5'H蛋白与其它物种的F3'5'H蛋白序列有很高的序列相似性,包含有已确定的CYP基序、i螺旋区和血红素结合区等保守基序等。以川乌头18sRnA基因(FJ748878)为内参,通过RT-PCR对Av-F3'5'H基因的时空表达模式进行了分...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 韩博  王卫栋  杨培志  张攀  呼天明  
【目的】克隆紫花苜蓿(Medicago sativa L.)抗逆新基因MsDUF,并对其进行序列特征分析,了解该基因在逆境胁迫下的表达模式。【方法】利用RACE法获得紫花苜蓿MsDUF全长的cDNA序列,对该序列进行生物信息学分析;用基因枪法进行MsDUF的亚细胞定位分析;采用实时荧光定量PCR研究该基因在高含量NaCl和PEG-6000的胁迫下,以及ABA和GA3诱导下的表达模式。【结果】测序结果显示,该基因cDNA全长714 bp,包含一个633 bp的完整开放阅读框,编码210个氨基酸,命名为MsDUF,GenBank登录号为JX183734。氨基酸BLASTP分析表明,MsDUF氨基酸...
[期刊] 华北农学报  [作者] 王光勇  刘迪秋  李旻  饶健  孙兵召  丁元明  
依据火把梨(Pyrus pyrifolia Nakai)14-3-3蛋白的EST序列设计基因特异引物,采用快速扩增cDNA末端技术(Rapid amplification of cDNA ends,RACE),从云南火把梨中克隆一个新的14-3-3基因(Pp14-3-3)的全长cDNA序列。Pp14-3-3全长cDNA为1 107 bp,具有84 bp 5'非编码区(Untranslated Regions,UTR)、786 bp开放读码框(Openreading frame,ORF),以及237 bp 3'UTR,编码含261个氨基酸的蛋白质。Pp14-3-3与其他物种14-3-3蛋白在中间...
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