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[期刊] 中国农业科学
[作者]
栾兆杰 曹远银 李天亚 陈思 陈秀梅 朱桂清 李伟华
【目的】分析中国重要辅助鉴别寄主明尼2761经小麦秆锈菌诱导后的基因表达谱,寻找与其抗病基因表达相关的片段。【方法】运用cDNA-AFLP技术研究明尼2761和感病对照Thatcher分别接种小麦秆锈菌后的基因表达差异,对与明尼2761抗病相关的特异表达片段进行分析。【结果】140对AFLP引物组合能够检测到约7 000多条差异表达转录衍生片段(TDF),平均每一对引物可以获得50条条带,其中有86对引物能够在明尼2761和Thatcher之间扩增出差异条带。对可能与抗病相关的35条特异TDF进行克隆测序,经BLASTx比对,30条TDF在数据库中能够找到同源序列,其中24条TDF功能已知,6...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄河 王顺利 戴思兰
【目的】筛选菊花中抗白锈病相关基因,研究菊花抗白锈病的分子机理。【方法】以菊花中对白锈病完全免疫的品种‘紫荷’为供试材料,对其叶片喷施106个白锈病冬孢子/mL蒸馏水,处理时间梯度为0 h、3 h、6 h、12 h、24 h、48 h、72 h、96 h,使用cDNA-AFLP技术分析这一接种过程中的差异表达基因,并采用RT-PCR方法对表达结果进行验证。利用RACE技术克隆其中重要蛋白基因的cDNA全长,采用MEGA 4.0程序进行序列分析。【结果】利用76对引物组合,共筛选出了约4 950条差异表达的cDNA片段,对其中80个表达差异显著的片段进行测序,最终得到51个差异片段的核苷酸序列。...
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈永胜 李国瑞 黄凤兰 王文跃
为筛选调控蓖麻株高、叶型及产量相关的优良基因,培育出节间较短、茎体粗壮而长度适中、高产的蓖麻矮化良种。采用cDNA-AFLP技术分析始花期矮秆蓖麻茎秆的cDNA表达差异片段,共回收128条差异片段,114条可在Balatx数据库中查询,39条序列被Blast2GO中的GO注释。这些基因几乎涵盖了与矮化相关的各类基因,涉及细胞生长、分化、信号转导、转录调控、物质与能量代谢及运输等,可能在蓖麻矮化机制中起重要或决定性作用,为揭示蓖麻矮化的分子机制找到新的突破口。
关键词：
蓖麻 矮杆 cDNA-AFLP 差异基因
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王文霞 褚栋 高士刚 闫红飞 缑丽倩 杨文香 刘大群
【目的】分析经叶锈菌诱导小麦抗叶锈近等基因系TcLr38的基因表达情况,寻找与抗病基因表达相关的片段。【方法】应用cDNA-AFLP技术从mRNA表达水平研究TcLr38和感病对照Thatcher与小麦叶锈菌05-22-65(THTS)互作时基因表达的差异。【结果】76对引物组合检测到约3800条条带,平均每一对选择性引物可以获得50条条带,其中28对能够在小麦近等基因系TcLr38和感病对照Thatcher之间扩增出特异性条带。多态性条带划分为8种类型,其中3种类型可能与抗病基因相关。最终得到95条小麦抗叶锈近等基因系TcLr38的特异性表达的转录衍生片段(TDF),其中19条差异TDFs只...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴旭 严美姣 刘丽平 傅星源 连森阳 李昂
【目的】寻找与番鸭就巢性状相关的表达基因,了解其就巢调控的分子机理。【方法】采用cDNA-AFLP(cDNA-amplified fragment length polymorphism)技术分析遗传背景相近的RF系白羽番鸭就巢个体和非就巢个体脑垂体基因表达差异。【结果】筛选到与就巢行为相关差异表达片段82条,选取其中15条进行测序。将测序结果在GenBank数据库进行BLAST比较和分析,发现8个片段(53.3%)与已知基因具有较高同源性,涉及与繁殖性能紧密相关的下丘脑-垂体-性腺轴(hypothalamic-pituitary-gonadal,HPG)上的功能基因,如GnRH基因、FSH基...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
康红卫 史卫东 罗海玲 周建辉 踞茜茜 张力 农贵雄
【目的】探讨菜心抗虫性的分子机制,为抗虫品种选育和抗虫基因挖掘提供理论支持和中间材料。【方法】选用抗小菜蛾品种65和感小菜蛾品种69菜心为亲本构建F2作图群体,利用cDNA-AFLP标记构建转录图谱、分析差异基因表达,筛选和克隆抗虫相关转录衍生片段。【结果】14对引物组合共扩增出330条扩增带,其中238条为多态性带,多态性条带比例为56.00%~100.00%,平均为73.86%,平均每对引物扩增24条带,多态性条带17个。构建的cDNA-AFLP转录图谱由5个连锁群组成,193个标记未能定位在连锁群上,42个位点定位在5个连锁群上,总长度为575.869 c M,平均图距为115.1738 c M。每个连锁群上的标记数为2~23个,平均为8个。5个连锁群的LOD值变化范围为9.923~12.71,平均为13.207。A1连锁群上的分子标记分布不均匀,出现成簇分布现象和出现了5个较大的断裂。共有18个偏分离位点,偏分离比例为42.86%。在330个位点中,异常分离位点103个,占总位点数的34.24%。对克隆测序成功的10个转录衍生片段分析表明,1个TDF5-1-1与防御相关基因GW775571.1具有高度的序列同源性,8个TDF与大白菜花蕾败育相关基因GR308173.1高度同源,1个与功能未知基因EX106546.1高度的序列同源。【结论】cDNA-AFLP标记能可初步从转录组水平上揭示抗虫菜心群体的连锁遗传规律及抗虫分子机制,其抗性相关基因可进一步用于小菜蛾抗性育种。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李大志 陈霄 邓子牛 杨宇红 熊兴耀 谢丙炎
应用cDNA-AFLP技术研究番茄根部组织应答BABA(β-Aminobutyric Acid,β-氨基丁酸)诱导后基因转录谱,得到与植物获得性抗性相关的差异表达片段29条,克隆测序后获得10个上调基因片断.经过生物信息学分析和功能预测,其同源基因都是植物体在抗病、抗逆反应中的表达序列标签.根据功能可将其分为5类:第1类是防御反应基因,为病程相关蛋白基因P69家族成员,具有蛋白水解酶功能;第2类是转运蛋白基因,负责细胞内外离子、水和小分子物质的跨膜运输;第3类是信号传导蛋白,是Ca2+信号传导途径上重要的功能蛋白;第4类是分子伴侣蛋白BIF1,协助蛋白质的复性;第5类属功能未知基因.研究表明:...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
郭秀林 张正斌 李景娟 李广敏
cDNA-AFLP技术是以mRNA反转录的cDNA为模板进行AFLP分析,在保留AFLP多态性丰富、稳定性高、无需了解序列信息等优点的同时,集中显示了基因组表达序列的多态性差异,可对生物体转录组进行全面、系统的分析,并已成功地用于基因差异显示、表达基因遗传连锁作图和基因克隆等方面。文章综述了cDNA-AFLP在植物抗逆性相关基因表达特性分析及基因分离方面的应用。
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
黄有军 周丽 陈芳芳 周秦 黄坚钦 黄敏仁 王明庥
为缩短山核桃Carya cathayensis童期,促进成花,探讨木本植物成花机制,以山核桃为材料,采取成花决定前、成花决定期和成花决定后共3个时段的雌花芽,利用互补脱氧核酸扩增片段长度多态性(cDNA-AFLP)技术克隆成花相关的特异基因片段(TDFs)。试验共获得278个TDFs,经测序和序列同源性分析,其中65个TDFs为未知基因序列,213个TDFs具有同源序列,其功能涉及激素合成、酶合成、细胞信号转导、叶绿体合成和光诱导等。
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵继荣 雒淑珍 张增艳 刘红霞
cDNA-AFLP是一种新的mRNA指纹图谱技术,具有重现性高、准确、可靠的特点,可对生物体转录组进行全面分析,广泛应用于基因表达特性研究、植物遗传标记分析和分离植物基因等方面。近年来随着该技术的不断发展和应用,在研究中取得了很多成果。本研究就cDNA-AFLP技术的原理和特点,在植物基因表达研究中的应用现状和发展前景进行了综述。
关键词：
cDNA-AFLP mRNA 基因表达
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张成桂 甘莉
cDNA -AFLP结合了RFLP和RT- PCR的优点,在无需了解序列信息的同时,集中显示基因组表达序列的多态性差异,灵敏性高,重复性好。但实验室开展常规的cDNA- AFLP研究需要昂贵的设备和大量的投入。本试验改用小面积变性聚丙烯胺凝胶电泳检测扩增产物,银染显带法来完成cDNA- AFLP的全套技术体系,使cDNA -AFLP分析方法更为简便、经济并减少污染。
关键词：
cDNA-AFLP 甘蓝型油菜 分析方法
[期刊] 中国农业科学
[作者]
惠麦侠 王晗 张鲁刚 何玉科
【目的】寻找与白菜叶缘裂刻发育相关的表达基因,了解叶缘裂刻调控的分子机理。【方法】应用cDNA-AFLP技术从mRNA表达水平研究白菜叶全缘和裂刻近等基因系间基因表达的差异。【结果】共获得57条差异片段,合并归属于55条非重复序列,其中在叶全缘株系中增强或特异表达的有25条,叶裂刻株系中增强或特异表达的有30条。54条差异片段可以在NCBI数据库中找到同源序列(包括EST)、其中42条为已知基因,1条没有找到同源序列。按照其参与的生物学途径归类,已知基因片段参与了代谢、转录、细胞囊泡运输、蛋白质合成和降解、蛋白质储藏与运输、信号传导、光合系统、基因转座等相关过程。用AFLP转化的SCAR标记在...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
任洪艳 孙霞 郑成淑 王文莉 孙宪芝 束怀瑞
【目的】分析不同光周期诱导下菊花茎尖差异表达的基因,筛选菊花开花相关基因。【方法】将菊花品种‘神马’分别进行长日照(16h/8h,昼/夜)和短日照(8h/16h,昼/夜)处理后,利用cDNA-AFLP技术筛选菊花茎尖差异表达的转录衍生片段(Transcript-derived fragment,TDFs),并对其进行验证、克隆、测序和生物信息学分析。【结果】64对引物组合检测到2 917个cDNA片段,获得差异表达的TDF共835个,其中584个为上调表达,251个为下调表达。对克隆测序成功的50个差异表达TDF进行分析,结果表明,36个TDF可以在NCBI数据库中找到同源序列。其中31个TD...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
俎峰 罗延青 赵凯琴 马芳 董云松 符明联 陈苇 王敬乔 李根泽 李劲峰
在云南本地芥菜型油菜文山大脚黄(母本)与甘蓝型油菜品种花油5号(父本)杂交F1小孢子培养获得的DH群体中分离出双主茎材料,其田间表现具有良好的抗旱性。利用cDNA-AFLP技术分析七叶期甘蓝型油菜双主茎材料在干旱和对照条件下基因差异表达情况。共筛选了512对引物组合,获得56个干旱诱导上调表达的差异片段。对36个大于100 bp的片段克隆测序、同源比对、结果归并为30个非重复的TDFs,对已知功能的18个TDFs功能预测表明这些片段参与了细胞形态建成与降解、代谢、能量、细胞周期、蛋白质合成、蛋白质修饰、蛋白质结合、运输途径等相关过程。本试验获得的差异表达基因对于了解油菜苗期抗旱性形成的调控机制...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
秘彩莉 张学勇 温小杰 刘旭
【目的】利用cDNA-AFLP技术对耐盐性受主效基因控制的小麦品系98-160盐胁迫前后基因表达的变化进行分析。【方法】对112个克隆的cDNA差异表达片段进行了Blast-x分析。【结果】约有65.2%的片段与已知基因有较高的同源性,从中筛选出18个与小麦耐盐性密切相关的片段,主要包括转录因子、与离子转运有关的蛋白、信号传导相关蛋白、胁迫相关蛋白以及与蛋白-蛋白相互作用有关的蛋白。以94号片段为基础,通过电子延伸和RT-PCR,克隆了小麦液泡膜ATPaseC亚基(TaVHA-C)的全长cDNA,Northern结果表明,在胁迫的早期(0～2h)TaVHA-C基因的表达基本不变,随着胁迫时间的...
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