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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
崔思佳 王水南 丁中 彭德良 黄文坤
采用正交设计对旱稻孢囊线虫ＩＳＳＲ–ＰＣＲ反应体系的４因素（Ｔａｑ酶、模板ＤＮａ、Ｄ ＮＴＰＳ、引物）在４个用量水平上进行优化试验。结果表明，旱稻孢囊线虫ＩＳＳＲ–ＰＣＲ最佳的反应体系为：在２５μＬ反应体系中，含Ｔａｑ ＤＮａ聚合酶（５ Ｕ／μＬ）０．３μＬ﹑模板ＤＮａ １μＬ﹑Ｄ ＮＴＰＳ（２．５ ｍｍｏＬ／Ｌ）２μＬ﹑引物（１０μｍｏＬ／Ｌ）１μＬ﹑１０×ＰＣＲ ＢＵｆｆｅＲ（２０ ｍｍｏＬ／Ｌ ｍｇ２＋ＰＬＵＳ）２．５μＬ。引物ＵＢＣ８８７最适退火温度为４８℃。优化的旱稻孢囊线虫ＩＳＳＲ–ＰＣＲ的反应体系和程序有较好的重复性和稳定性。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王水南 彭德良 黄文坤 丁中
根据旱稻孢囊线虫(Heterodera elachista)和常见孢囊线虫的ITS序列比对分析,设计1对旱稻孢囊线虫特异性引物He–F/He–R,特异性片段长度为281 bp。运用该特异性引物及建立的DNA提取方法和PCR体系,可特异性检测旱稻孢囊线虫单条2龄幼虫,可以从混合有1条旱稻孢囊线虫的0.1 g水稻根组织中特异性检测出目的DNA片段。特异性引物He–F/He–R与通用引物D2A/D3B结合,运用一步双重PCR检测方法可快速鉴定单孢囊,也可从初始分离的田间土壤总线虫样品中直接检测出旱稻孢囊线虫。
关键词：
旱稻孢囊线虫 PCR检测 特异性引物
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
黄宇 荣俊冬 李凤涛 陈礼光 李洪光 何天友 郑郁善
以九节茶叶片提取的基因组DNA为材料,对影响ISSR-PCR扩增效果的一些因素,诸如dNTPs浓度、TaqDNA聚合酶用量、引物用量、模板DNA用量、退火温度以及循环次数等指标进行筛选和优化.结果表明:20μL ISSR反应体系含10×PCR Buffer、0.4 mmol.L-1dNTPs、2 UTaqDNA聚合酶、0.6μmol.μL-1引物、5 ng模板DNA;PCR扩增程序为:94℃预变性2 min,94℃变性30 s,44.8℃退火30 s,72℃延伸1 min,35个循环,最后于72℃延伸7 min,置4℃保存.应用该ISSR体系对10份九节茶种质进行了扩增,证实了该体系的适用性和...
关键词：
九节茶 ISSR 反应体系 优化
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
冯夏莲 何承忠 张志毅 安新民 杨凯 张有慧
为应用ISSR技术开展毛白杨遗传变异分析、辅助育种、品种鉴定、系统进化等研究,以(GTG)6为引物,通过单因子实验分别研究了退火温度、引物浓度d、NTP浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶用量对毛白杨ISSR-PCR反应的影响,建立并优化了适宜于毛白杨ISSR分析的扩增体系:20μL PCR反应体系,1×Taq DNA酶缓冲液(10 mmol/L Tris--HCl,50 mmol/L KCl,0.1%Trion X-100,pH 9.0),1.5 mmol/L MgCl2,1.0 U Taq酶,10 ng模板DNA,0.2μmol/L引物,0.2 mmol/L dNTP.引物(GTG)6...
关键词：
毛白杨 ISSR PCR 条件优化
[期刊] 林业科学研究
[作者]
廖声熙 崔凯 张鹏 王海英 崔永忠 袁首乾
利用正交试验对Taq酶浓度、引物浓度、dNTPs浓度、Mg2+浓度和模板DNA浓度5个因素进行优化,从而建立了一套适宜构树的ISSR-PCR反应体系。在20μL的反应体系中,各反应物的最适宜含量为:0.07 U.μL-1TaqDNA聚合酶、0.35μmol.L-1ISSR引物、0.3 mmol.L-1dNTPs,2.0 mmol.L-1Mg2+、1.2 ng.μL-1模板DNA。PCR扩增程序为:94℃预变性5 min,94℃变性30 s,46℃退火45 s,72℃延伸2 min,40个循环。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
武冲 仲崇禄 张勇 姜清彬 陈羽 陈珍
模板DNA、引物、三磷酸碱基脱氧核苷酸(dNTPs),镁离子(Mg2+)浓度、Taq DNA聚合酶的用量以及退火温度是影响简单序列重复区间扩增-聚合酶链式反应(ISSR-PCR)的主要因素。以麻楝Chukrasia tabularis叶片基因组DNA为试验材料,系统地测试这6个因素对麻楝ISSR-PCR反应结果的影响。结果表明:最优的反应体系为20μL反应体系中含30 ng模板DNA,1.00μmol.L-1随机引物,0.15 mmol.L-1dNTPs,2.50 mmol.L-1Mg2+,2.50×16.67nkat Taq DNA聚合酶。最佳退火温度为56℃,ISSR-PCR反应程序为94...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
田艳伶 李志辉 杨模华 张斌
本研究以钩栗叶片为实验材料,采用单因素和L16(45)正交实验探讨了DNA模板用量、Mg2+浓度、引物用量、Taq DNA聚合酶、d NTP用量以及不同退火温度对钩栗ISSR-PCR扩增的影响,建立了钩栗ISSR-PCR反应体系。研究结果显示,优化后的最佳反应体系为,20μL反应总体系中,含30 ng模板DNA,3 mmol/L Mg2+,0.4 mmol/L d NTPs,0.75 U Taq DNA聚合酶,0.3μmol/L引物;对钩栗DNA样品材料进行ISSR-PCR扩增体系的检测结果显示,该优化体系扩增的产物条带清晰,稳定性高,本研究为钩栗种质ISSR分子标记遗传结构分析提供技术基础。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
吴雪琴 徐刚标 梁艳 王家庆
利用正交设计实验对影响观光木ISSR-PCR扩增的主要因素(模板DNA、引物、dNTPs、Mg2+的浓度,TaqDNA聚合酶的用量以及退火温度)进行优化,建立观光木ISSR-PCR反应的最佳体系。结果表明:最佳反应体系(20μL)为:模板DNA50 ng,引物0.4μmol/L,dNTPs 0.25 mmol/L,MgCl22.5 mmol/L,Taq DNA聚合酶1.25 U。扩增反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,55℃退火30 s,72℃延伸90 s,35个循环;72℃延伸7 min;4℃保存。该反应体系的建立,为观光木遗传多样性分析提供了客观可靠的方法。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
姜荣波 姜景民 刘军 陈益泰 栾启福 岳华峰
为建立稳定的红楠ISSR-PCR最佳反应体系,在探索红楠基因组DNA提取的基础上,利用单因子试验和正交试验设计对反应体系进行优化。首先采用单因子试验对Mg2+、引物、模板DNA、dNTPs的不同浓度水平进行优化,找出ISSR-PCR反应各因素的最佳浓度;同时为进一步增加结果的可靠性,采用正交试验设计方法[L9(34)]对Mg2+、引物、模板DNA、dNTPs 4个因素3个浓度水平进行优化和筛选。综合两种试验方法结果,最终获得了红楠ISSR-PCR最佳反应体系:反应体系为20μL,Taq酶0.05 U.μL-1,Mg2+2.0 mmol·L-1,模板DNA 1 ng·L-1,dNTPs 0.3 ...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
李国帅 曹福祥 彭继庆 胥文 胡双喜 彭滟钞
为建立一个具有良好稳定性和可重复性的野生小果油茶ISSR-PCR反应体系,以提取的野生小果油茶总DNA为供试材料,利用单因素试验,正交试验设计L16(45)和方差分析对DNA模板的量,引物浓度,dNTPs浓度,Mg2+浓度,Taq DNA聚合酶的量5个影响ISSR-PCR反应体系的因素进行优化研究。确定野生小果油茶ISSRPCR最优反应体系为:在20μL的反应体系中,DNA模板为30 ng,引物浓度为0.7μmol/L,dNTPs浓度为0.25mmol/L,Mg2+浓度为2.0 mmol/L,Taq DNA聚合酶的量为1.75 U。方差分析结果表明,5个因素对体系的影响均未达到显著水平,其中引...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
朱品红 李志辉 杨模华
为建立适宜于赤皮青冈ISSR分析的扩增体系,以赤皮青冈叶片基因组DNA为材料,采用单因素和正交设计相结合的方法系统地测试模板DNA、Mg2+、引物、磷酸碱基脱氧核苷(dNTPs)浓度,Taq DNA聚合酶用量和退火温度这6个因素对ISSR-PCR反应结果的影响。综合分析表明:优化后的最佳反应体系为20μL反应总体系中,含20 ng模板DNA,2.5 mmoL/L Mg2+,0.2 mmoL/L dNTPs,1.0 U Taq DNA聚合酶,0.2μmoL/L引物;UBC 808号作引物最佳退火温度为59.3℃。这一优化体系的建立为进一步开展赤皮青冈遗传多样性的ISSR分析奠定了基础。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵孟良 韩睿 李莉
利用正交试验设计的方法,从Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度和Taq酶浓度4因素对菊芋ISSR-PCR反应体系进行优化分析,并在此基础上对模板DNA浓度及退火温度进行梯度检测。结果表明:菊芋20μl最佳反应体系包括10×PCR buffer,200μmol/L dNTP,0.5μmol/L引物,1.5 mmol/L Mg2+,1.0 U Taq DNA聚合酶和50 ng模板DNA。这一优化系统的建立,将为菊芋种质资源鉴定及遗传多样性的研究奠定基础。
关键词：
菊芋 ISSR-PCR 优化
[期刊] 西南农业学报
[作者]
吴春妍 杨冠松 张爱丽 申仕康 王跃华
采用正交和单因素试验设计方法,对影响甜菜树ISSR-PCR反应体系的d NTPs、Taq DNA聚合酶、引物、模板DNA及退火温度5个因素进行优化试验,建立了稳定的、可重复的甜菜树ISSR-PCR扩增反应体系。在20μl的反应体系中,d NTPs浓度为0.4mmol/L,Taq DNA聚合酶用量为1.0 U,引物浓度为0.2μmol/L,模板DNA浓度为45 ng。扩增程序:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,52℃退火1 min,72℃延伸2 min,40个循环,最后72℃延伸8 min。这一优化体系的建立为深入展开甜菜树种质资源的遗传多样性研究奠定基础。
[期刊] 林业科学
[作者]
郭凌飞 邹明宏 曾辉 杜丽清 陆超忠
An one factor test was used to optimize ISSR-PCR amplification system on macadamia in four levels of five factors(Taq DNA polymerase,template DNA,dNTPs,primer and Mg 2+,respectively) in this study.The results showed that the 25 μL reaction system consisted of 1×PCR buffer,1 U Taq DNA polymerase,20 n...
关键词：
澳洲坚果 ISSR 体系优化
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
周明芹 阮锐 陈龙清
为了建立和优化亮叶蜡梅(Chi monanthus nitens Oliv.)的ISSR反应体系,对模板DNA的浓度、引物浓度、Mg2+浓度等影响因子进行了筛选。结果表明:在25μL的反应体系中,含有40 ng模板DNA、1 UTaq酶、0.2 mmol/L dNTP、0.3μmol/L引物、1.5 mmol/L Mg2+、2.5μL 10×buffer的扩增效果最好。利用该优化的反应体系,筛选出了12条稳定性强、清晰度高、多态性高的ISSR引物,并对筛选出的12条引物在不同退火温度(51~56℃)下的扩增效果进行了比较,从而确定了每个引物的最佳退火温度。
关键词：
亮叶蜡梅 PCR条件 ISSR反应体系
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