【目的】本试验旨在研究日粮精粗比对育肥藏羊小肠真菌多样性的影响。【方法】选择210只健康且体况相近早期断奶藏羔羊,随机分成7组,每组30只,分别对其饲喂精粗比为20∶80、30∶70、40∶60、50:50、60∶40、70∶30和80∶20的基础日粮,预饲期10 d,试验期90 d。试验结束后,每组随机选择3只试验羊屠宰,采集肠道食靡。试验采用16S rDNA基因测序测定肠道菌群,分析肠道真菌丰度和多样性指数。【结果】(1)OTU分布:在97%的物种相似度水平下,7组检测样本共得到499个OTU,其中有351个为7组共有OUT。除E组外各组之间OTU组成差异较小,相似度较高;E组肠道真菌特有OTU最高,有76个。(2)Alpha多样性:E组Shannon指数显著高于B、C组(P<0.05);B、C组Simpson指数显著高于其余各组(P<0.05);B组ACE指数显著高于其余各组(P<0.05);Chaol指数中F组显著高于其余各组(P<0.05)。(3)真菌物种分布:门水平下,子囊菌门是各处理组的优势菌门,占肠道真菌比例超过34%,且C、D和F组显著高于A、B组(P<0.05);担子菌门是次优菌门,B组显著高于其余各组(P<0.05);被孢霉菌门A、B组显著高于其余处理组(P<0.05)。科水平下,被孢霉菌科为藏羊肠道真菌中优势菌科,最高占比超过18%,且A、B组中占比较高(P<0.05);丝孢酵母菌科C、D组显著高于其余各组(P<0.05);黏毛菌科则在低精料处理组(F和G组)中分布较广(P<0.05);酵母菌科则B组显著高于其余各组(P<0.05);G组中红菇科相较其他处理组有较多分布(P<0.05)。【结论】综上所述,日粮精粗比对育肥藏羊肠道真菌菌群定植和结构构建具有显著影响。

【目的】本文旨在研究饲粮精粗比例对藏羔羊小肠细菌多样性的影响。【方法】选取210只早期断奶藏羔羊,随机分为7组,每组30只,分别给以精粗比例为80∶20、70∶30、60∶40、50∶50、40∶60、30∶70、20∶80的基础饲粮,预饲期10 d,试验期90 d。试验结束后,每组随机选择3只试验羊屠宰,采集小肠食靡样品,通过ITS高通量测序技术测定空肠细菌丰度及多样性指数。【结果】(1)Ace、Chao1指数变化趋势相似,精粗比40∶60组显著高于其余各处理组;各处理组间和组内Beta多样性没有明显差异(P>0.05)。(2)对门水平细菌分布前十菌群门类进行显著性分析,各处理组优势菌门均为变形菌门,其丰度均大于30.7%,且60∶40组远高于其余各组(P0.05);30∶70组厚壁菌门丰度显著高于其余各处理组(P<0.05);80∶20、50∶50组软壁菌门丰度显著高于其余各组(P<0.05);芽单胞菌门和绿弯菌门分布趋势相似,均为60∶40组显著高于其余各组(P<0.05),且随着精粗比变化有先升高后降低的趋势。(3)科水平下:鞘脂单胞菌科为优势菌科,且60∶40组丰度高于其余各处理组(P0.05),但80∶20、70∶30组分别有个体支原体菌科占据小肠细菌90%以上;80∶20组Pyrinomonadaceae最高(P<0.05),且有随精粗比降低而丰度下降的趋势;黄色杆菌科30∶70组显著高于其余各处理组(P<0.05);毛螺旋菌科40∶60组高于其余各组(P<0.05),芽单胞菌科和噬几丁质菌科的丰度随着精粗比的增高,且在60∶40组时达到最高值(P<0.05)。(4)小肠细菌功能基因集中于46个代谢途径,多集中于氨基酸代谢方面、碳水化合物代谢、生物膜转运等方面。【结论】探索了不同精粗比饲粮肠道微生物的组成和结构变化。在本试验条件下,随着饲粮精粗比变化,小肠微生物多样性和丰度均呈现不同程度变化,群落组成与结构也有相应的变化;当饲粮精粗比为60∶40时小肠微生物更适合定植生长。

【目的】本试验旨在探究板芪（板蓝根、黄芪）发酵液对断奶羔羊肠道菌群及生长性能的影响。【方法】选用枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、球形芽孢杆菌、DY芽孢杆菌、混合菌株[v（枯草芽孢杆菌）：v（地衣芽孢杆菌）=1：1]发酵板芪提取液饲喂羔羊，未发酵组饲喂板芪提取液，对照组饲喂基础日粮，试验期28 d，统计生长指标并制备肠道组织切片，对表现良好的处理组进行高通量测序分析发酵中药对肠道菌群的影响，初步探究发酵中药的作用机制。【结果】发酵Ⅰ组（枯草芽孢杆菌发酵板芪提取液）显著提高羔羊的平均日增重（P＜0.05），这可能与肠绒毛长度的增加有直接关系。肠道菌群测序结果显示，发酵Ⅰ组显著提高十二指肠菌群的丰度与多样性（P＜0.05）；发酵Ⅰ组提高放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Fimicutes）、丁酸弧菌属（Butyrivibrio)的相对丰度，同时降低变形菌门（Proteobacteria）和贪铜菌属（Cupriavidus）的相对丰度；Lefse（LDA>3）分析显示，发酵Ⅰ组显著提高放线菌门（Actinobacteria）、蓝藻菌门（Tenericutes）、小杆菌属（Mogibacterium）、L7A-E11菌属的相对丰度（P＜0.05）；未发酵组显著提高迷踪菌门（Elusimicrobia）相对丰度（P＜0.05）；不动杆菌属（Acinetobacter）则在对照组中显著富集（P＜0.05）。【结论】枯草芽孢杆菌发酵板芪提取液可以提高断奶羔羊小肠绒毛长度与菌群多样性进而提高羔羊的平均日增重，为发酵中药在断奶羔羊上的应用提供理论支持。

[目的]试验旨在研究日粮添加α-亚麻酸对育肥猪肌肉脂肪酸组成与肠道菌群的影响。[方法]选取36头120日龄杜×长×大三元猪进行分栏喂养，根据体重相近原则随机分为两个组，每组3个重复，每个重复6头，分别为对照组（Control group，CON）和添加α-亚麻酸组（Alpha-linolenic acid group，ALA）。CON组饲喂基础日粮，ALA组饲喂含0.5% α-亚麻酸的基础日粮，饲喂至162日龄时在每个重复中随机选取6头猪屠宰并采样分析。[结果]相较于CON组，ALA组猪平均终末重、日增重、日采食量及料重比均未见显著差异，但料重比降低7.7%；ALA组猪背最长肌肉色、滴水损失无显著变化。在血液生化指标中，ALA组总胆固醇和游离脂肪酸含量相较于CON组显著降低（P < 0.05）。对背最长肌脂肪酸组成分析结果显示，与CON组相比，ALA组中饱和脂肪酸（Saturated fatty acid，SFA）含量和n-6多不饱和脂肪酸（Polyunsaturated fatty acid，PUFA）/n-3 PUFA的比值显著降低（P < 0.05），C18:3n-3（ALA）、C20:5n-3（DPA）含量显著升高（P < 0.05），n-3 PUFA总含量也显著升高（P < 0.05）。与CON组相比，ALA组结肠内容物中瘤胃球菌科（Ruminococcaceae）、毛螺菌科（Lachnospiraceae）、韦荣氏菌科（Veillonellaceae）、丁酸球菌科（Butyricicoccaceae）的丰度均显著增加（P < 0.05），而氨基酸球菌科（Acidaminococcaceae）、产粪甾醇真细菌科（Eubacterium coprostanoligenes）、脱硫弧菌（Desulfovibrionaceae）、消化链球菌科（Peptostreptococcaceae）、坦纳菌科（Tannerellaceae）、梭状芽胞杆菌科（Clostridiaceae）和克里斯滕森菌科（Christensenellaceae）的丰度均显著降低（P < 0.05）。[结论]日粮添加0.5% α-亚麻酸改善了育肥猪肌肉脂肪酸组成，降低了肌肉中SFA含量，提高了n-3 PUFA含量并降低了n-6 PUFA/n-3 PUFA的比值；显著地促进了育肥猪肠道中瘤胃球菌科、毛螺菌科、韦荣氏菌科等常见的SCFA产生菌的增殖。

[目的]本试验以舍饲育肥牦牛为研究对象，探究日粮精粗比对舍饲育肥牦牛瘤胃代谢的影响，期望为青海牦牛规模化、产业化和现代化养殖过程中日粮精粗比调控提供参考资料。[方法]对试验牛群进行分组，分别为饲喂精粗比为A（3:7）、B（5:5）、C（7:3）的全混合日粮（total mixed ration，TMR）3 组。饲喂90 d后于凌晨空腹进行屠宰。采集瘤胃液和瘤胃上皮组织后通过16S核糖体 RNA（16S ribosomal RNA，16S rRNA）高通量测序、气相色谱、RT-qPCR以及Western Blot试验方法，探究不同精粗比日粮饲喂下，舍饲育肥牦牛瘤胃细菌菌群结构、瘤胃发酵参数以及瘤胃上皮中VFA转运载体表达量的变化。[结果]试验表明，日粮精粗比显著影响瘤胃细菌菌群结构，随着精料占比升高，在门水平上，拟杆菌门（Bacteroidetes）、螺旋体门（Spirochaetes）和黏胶球形菌门（Lentisphaerae）相对丰度显著上升（P﹤0.05），厚壁菌门（Firmicutes）和软壁菌门（Tenericutes）相对丰度显著下降（P﹤0.05）；属水平上，理研菌科RC9肠道群（Rikenellaceae RC9 gut group）、克里斯腾森菌科R7群（Christensenellaceae R7 group）、Saccharofermentans、产琥珀酸菌属（Succiniclasticum）和Lachnoclostridium相对丰度显著升高（P﹤0.05），C组牦牛瘤胃球菌属（Ruminococcus）和拟杆菌属（Bacteroides）相对丰度显著低于A组（P﹤0.05），B组和C组牦牛普氏菌属（Prevotella）、假丁酸弧菌（Pseudobutyrivibrio）和密螺旋体属（Treponema）相对丰度显著高于A组（P﹤0.05）。日粮精粗比对瘤胃pH及挥发性脂肪酸（VFA）产量影响显著，精粗比上升显著下调瘤胃内容物pH(P﹤0.05)，乙酸含量、乙酸/丙酸显著降低(P﹤0.05)，丙酸、戊酸和总VFA含量显著升高(P﹤0.05)，与A、B组相比，C组丁酸和异丁酸含量显著升高(P﹤0.05)。日粮精粗比对瘤胃上皮VFA转运载体表达量影响显著。随着日粮精料占比升高，腺瘤下调蛋白（DRA）、假定阴离子转运载体1（PAT1）、单羧酸转运载体1（MCT1）和单羧酸转运载体4（MCT4）在mRNA水平和蛋白水平的相对表达量显著升高（P﹤0.05），而阴离子交换蛋白2（AE2）的含量在二者水平上则显著下降（P﹤0.05）。随着日粮精粗比例升高，牦牛的生产性能，即平均日增重，饲料转化率，屠宰率也随之提高，且具有显著差异（P﹤0.05）。~()[结论]饲喂高精料日粮可提升牦牛瘤胃中非纤维素降解菌的相对丰度，使大量能量饲料和蛋白饲料快速转化为VFA，为机体供能。激活瘤胃上皮细胞中VFA转运的载体，提高其表达量，加快VFA转运入血的速度，以提高脂肪代谢底物，最终达到快速育肥的效果。

[目的]研究表皮生长因子(EGF)对肉鸡肠道菌群的影响。[方法]将72只1日龄AA肉鸡随机分成对照组(CK)、K组、E组和EK组,每组3个重复,每个重复6只鸡。CK组肉鸡饲喂基础饲粮,K组肉鸡饲喂添加250mg/kg盐酸金霉素的饲料,E组肉鸡饲喂添加500 mg/kg EGF的饲料,EK组肉鸡饲喂添加500 mg/kg EGF和250mg/kg盐酸金霉素的饲料。饲喂期21 d。21日龄时采集肉鸡盲肠内容物样本,采用16S rDNA基因分析方法对肉鸡盲肠中的细菌群落进行评价,利用QIIME等测序分析软件对肉鸡盲肠中的菌群进行分类。[结果]1)菌种组成结果表明,无论是OTUs总数还是独有的OTUs数量,E组的菌种数量较CK组、K组高,而与EK组的数量接近。2)优势菌群分布结果表明,在门水平上,厚壁菌门在E组中含量最高,而K组与CK组中变形菌门水平相当;在种水平上,与CK组相比,E组肉鸡肠道中乳酸菌数量显著升高。3) Alpha多样性分析表明,E组中观察到的菌种数、菌种多样性指数和菌种丰富度指数高于CK组和K组,但无显著性差异(P>0.05)。4)功能预测结果表明,CK组肠道微生物在遗传信息处理方面的功能较丰富,EK组在有机体系统、代谢作用和细胞工程方面的功能较丰富,E组各类功能较为均衡,而K组除未分类功能外,主要以环境信息处理功能较为丰富。[结论]喂饲500 mg/kg的EGF有助于提高肉鸡肠道内菌群多样性,并能改善肠道菌群结构,提高以乳酸菌为代表的厚壁菌门菌群丰度,降低以大肠杆菌为代表的变形菌门菌群含量。

利用渭北果园行间种植的优质牧草,研究不同配比混合干草对奶山羊公羔瘤胃及肠道细菌微生物区系的影响,为渭北旱塬"果–草–畜"生态种养循环模式提供理论基础。选择24只2月龄体重相近且健康的萨能奶山羊公羔,随机分成4组,每组3个重复,每个重复2只羊。以当地传统饲喂方式为对照组(CK),主要为农作物秸秆[玉米(Zea mays)秸秆和小麦(Triticum aestivum)秸秆]、紫花苜蓿(Medicago sativa)和少量田间杂草;3个处理组,分别由两种干草按1:1的比例混合组成,即紫花苜蓿+燕麦(Avena sativa)混合干草(Ⅰ组)、紫花苜蓿+多年生黑麦草(Lolium perenne)(Ⅱ组)、毛苕子(Vicia villosa)+多年生黑麦草(Ⅲ组),饲喂85 d后进行取样测定。利用16S rDNA技术对瘤胃和盲肠细菌组成进行测定分析。结果显示:1)与CK组相比,Ⅱ组可以显著提高羔羊肠道菌群Alpha多样性(P 0.05)。2)在肠道细菌相对丰度中,3个处理组厚壁菌门相对丰度显著高于CK组(P <0.05)。综上,饲喂不同果园混合干草可以提高羔羊胃肠道细菌群落多样性,增加胃肠道中有益细菌的丰度,减少致病菌的丰度,促进羔羊健康,其中以紫花苜蓿+多年生黑麦草混合干草效果最佳。

为分析等蛋能比下不同精粗比饲粮对湖羊肉品质、血液指标和肠道发育的影响,本研究将40只体重相近、体况良好且健康的湖羊羔羊随机分为4组,每组10只(公母各半),各试验组羊分别饲喂精粗比为70∶30 (试验Ⅰ组)、60∶40 (试验Ⅱ组)、50∶50 (试验Ⅲ组)和40∶60 (试验Ⅳ组)的全混合饲粮,试验期为70 d。结果表明,1)正试期14 d时,试验Ⅳ组羊血清尿素氮(urea nitrogen, BUN)含量显著高于试验Ⅰ组(P <0.05)。综上所述,在等蛋能比下,提高饲粮精粗比能够提高湖羊肉品质,但精粗比过高不利肠道的发育,从本研究结果来看,精粗比为60∶40全混合饲粮的效果最佳。

将６０头试验猪随机分为２组，每组３个重复，每个重复１０头猪；对照组和试验组分别饲喂基础日粮和添加０．２％复方陈皮粉的日粮，共计６０ ｄ；饲喂过程中定期采集新鲜粪便，采用变性梯度凝胶电泳（ｄＧＧＥ）和末端限制性内切酶片段长度多态性（Ｔ－ＲＦＬＰ）指纹图谱技术研究饲喂复方陈皮粉对猪胃肠道菌群多样性的影响．结果表明，试验期间试验组的猪基本不腹泻，对照组有部分猪经常腹泻．分别对两组粪便样品的胃肠道微生物进行１６Ｓ ＲｄＮＡ Ｖ３区扩增，再通过ｄＧＧＥ技术进行条带分离，ｄＧＧＥ图谱显示，猪胃肠道菌群物种丰富，两组样品之间存在明显的条带差异．对两组粪便样品胃肠道微生物１６Ｓ ＲｄＮＡ全长进行扩增，用ＭＳＰ．．．

采用16S r DNA分子生物学分析方法,分别对试验组(喂食含Cry1Ab蛋白培养基上饲养的果蝇)和对照组(喂食普通培养基上饲养的果蝇)的拟环纹豹雌、雄蛛肠道细菌进行分析。发现,拟环纹豹蛛肠道细菌丰富,雌蛛肠道细菌丰富度大于雄蛛肠道细菌丰富度;优势菌属分别是短杆菌属(Brevibacterium)、短波单胞菌属(Brevundimonas)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、丛毛单胞菌属(Comamonas)、德沃斯氏菌属(Devosia)、希瓦氏菌属(Shewanella)、Leucobacter、杆菌属(Brachybacterium)、梭菌属(Clostridium);Bt蛋白对拟环纹豹蛛肠道细菌多样性有一定的影响,对放线菌属(Actinomycetes)的影响最小,对乳杆菌属(Lactobacillus)和梭菌属(Clostridium)的影响较大。

为了研究饥饿及恢复摄食对花鲈肠道壁及内容物微生物菌群的影响，实验运用末端限制性片段长度多态性（Ｔ－ＲＦＬＰ）技术分析了花鲈经２周饥饿，恢复喂食１周和恢复喂食２周后肠道壁及其内容物菌群特征及多样性的变化。结果显示：饥饿会导致花鲈肠道壁细菌群落发生明显变化，引起差异的主要细菌为Ｔ－ＲＦｓ ４９６、４３７、４５０、１５５ ｂＰ等所代表菌；经２周饥饿，肠壁Ｔ－ＲＦ ４９６ ｂＰ大肠杆菌（ＥｓｃｈＥＲｉｃｈｉａ）相对丰度从实验开始的４３．１１％±３．９５％（ｃ０肠壁组）下降为２１．２５％±９．９７％（ｓ２Ｒ０肠壁组），细菌多样性指数ｈ′、Ｅ′和１／Ｄ均增大；恢复喂食２周后，肠道壁菌群结构逐渐恢复，Ｔ－Ｒ．．．

为考察脾虚泄泻大鼠肠道菌群的结构特征和多样性,将24只健康大鼠随机分为对照组和模型组,模型组采用饮食失节加苦寒泻下法进行人工复制脾虚泄泻模型,对照组正常饲喂;试验结束时,采集大鼠肠道内容物,提取微生物总DNA,采用通用引物对细菌16Sr DNA基因的高可变V3–V4区进行PCR扩增,运用Hiseq2500平台进行高通量测序,并对测序序列进行生物信息学分析。结果表明:α多样性指数表明脾虚泄泻大鼠与正常大鼠之间肠道微生物的多样性存在差异,但差异均无统计学意义;在门水平上,2组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,模型组较对照组厚壁菌门、放线菌门、变形菌门及螺旋体门的平均相对丰度均增加,而拟杆菌门的平均相对丰度显著降低(P<0.05);在属水平上,2组的核心菌群均为产粪甾醇真细菌属,模型组较对照组产粪甾醇真细菌属、Jeotgalicoccus的平均相对丰度升高,其中Jeotgalicoccus的显著升高(P<0.05);PICRUSt基因功能预测表明,大鼠肠道微生物以代谢功能为主,主要包括糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢及辅酶和维生素代谢等,2组间各类代谢功能存在差异,但差异均无统计学意义。可见,脾虚泻泄能引起大鼠肠道内菌群的多样性变化,并显著降低肠道内拟杆菌门的平均相对丰度。

【目的】研究眼斑芫菁幼虫肠道共生菌的多样性，并鉴定其相关功能，以探寻眼斑芫菁肠道共生菌在其生长发育中的作用。【方法】分别以人工饲料、蝗卵为食物饲喂眼斑芫菁幼虫，饲养至不同龄期的眼斑芫菁为材料，按相应龄期收集试验所需幼虫，提取眼斑芫菁幼虫肠道细菌基因组DNA，通过16S rDNA全长扩增子测序，分析其肠道细菌的多样性和相对丰度，并探究其肠道共生菌发挥的潜在功能。【结果】获得最终有效序列81 759条，聚类共获得230个OTUs，注释到17个门，27个纲，41个目，71个科，109个属。变形菌门（Proteobacteria）为3个组中的最优势门，各分组样品的优势菌属不相同，劳尔氏菌属为3个组的共同优势菌属。α多样性分析发现，蝗卵饲养的眼斑芫菁二龄幼虫（L.H2）肠道菌群多样性和丰度较四龄幼虫（L.H4）高，且均高于转接入人工饲料饲养的四龄幼虫（L.S4）；α与β多样性分析结果均显示眼斑芫菁肠道内共生菌多样性各组内差异大，组间有一定差异，但不同组之间差异不显著（P＞0.05）。功能分析结果发现，L.S4在氨基酸代谢、核苷酸代谢、环境适应、免疫系统等方面明显高于L.H4和L.H2，且L.S4的氨基酸代谢比L.H4显著增强（P=0.035）。【结论】明确了眼斑芫菁幼虫肠道菌多样性和群落结构受食物影响，其肠道细菌在代谢功能上能协助宿主适应相应的食物。研究眼斑芫菁幼虫肠道细菌多样性与食物之间的关系，为研究眼斑芫菁肠道微生物变化奠定了基础。

为考察脾虚泄泻大鼠肠道菌群的结构特征和多样性,将24只健康大鼠随机分为对照组和模型组,模型组采用饮食失节加苦寒泻下法进行人工复制脾虚泄泻模型,对照组正常饲喂;试验结束时,采集大鼠肠道内容物,提取微生物总DNA,采用通用引物对细菌16Sr DNA基因的高可变V3–V4区进行PCR扩增,运用Hiseq2500平台进行高通量测序,并对测序序列进行生物信息学分析。结果表明:α多样性指数表明脾虚泄泻大鼠与正常大鼠之间肠道微生物的多样性存在差异,但差异均无统计学意义;在门水平上,2组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,模型组较对照组厚壁菌门、放线菌门、变形菌门及螺旋体门的平均相对丰度均增加,而拟杆菌门的平均相对丰度显著降低(P<0.05);在属水平上,2组的核心菌群均为产粪甾醇真细菌属,模型组较对照组产粪甾醇真细菌属、Jeotgalicoccus的平均相对丰度升高,其中Jeotgalicoccus的显著升高(P<0.05);PICRUSt基因功能预测表明,大鼠肠道微生物以代谢功能为主,主要包括糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢及辅酶和维生素代谢等,2组间各类代谢功能存在差异,但差异均无统计学意义。可见,脾虚泻泄能引起大鼠肠道内菌群的多样性变化,并显著降低肠道内拟杆菌门的平均相对丰度。

采用稀释滴种的细菌定量方法,研究了日粮中添加不同比例的羊草对成年产蛋五龙鹅肠道的4个部位(十二指肠、空肠、回肠、盲肠)内容物中正常菌群的数量变化,并初步探明鹅肠道微生物区系.结果显示:双歧杆菌数量最高(8.12±0.8),其次是梭菌和乳酸杆菌(分别为7.98±0.4,7.33±0.4).盲肠内细菌数高于其他肠段(P<0.01).各肠段内细菌总数高纤维组高于低纤维组(P<0.01),公鹅高于母鹅(P<0.05).双歧杆菌、乳酸杆菌和梭菌的数量极显著地高于其他菌类(P<0.01),为成年产蛋鹅肠道中的优势菌群.