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[期刊] 水产学报
[作者]
李文星 郑妨 凌露露 梁英 黄文树 聂品 黄贝
为研究鱼类信号与转录激活因子3 (signal transduction and activator of transcription 3,STAT3)在抗病毒免疫应答中的作用,实验利用逆转录PCR(RT-PCR)和RACE-PCR技术从日本鳗鲡中扩增获得了STAT3及其剪切异构体(AjSTAT3-L和AjSTAT3-S)。AjSTAT3-L及AjSTAT3-S开放阅读框全长分别为2 349和1 470 bp,编码782和489个氨基酸。基因结构分析结果显示,AjSTAT3-L具有23个外显子,AjSTAT3-S缺失了第2、3、4、5、6、7及21个外显子。AjSTAT3-L类似于哺乳动物STAT3,由N端结构域(NTD,1～120位氨基酸)、卷曲螺旋结构域(CCD,140～313位氨基酸)、DNA结合结构域(DBD,325～462位氨基酸)和SH2结构域(577～672位氨基酸)构成。相较于AjSTAT3-L,AjSTAT3-S缺失了整个CCD结构域,且NTD结构域也缺失了69个氨基酸。系统进化分析结果显示,AjSTAT3-L和AjSTAT3-S位于硬骨鱼类STAT3分支的基部。脊椎动物STAT3聚为一支,并与STAT1和STAT4聚为一大支。免疫荧光结果显示,AjSTAT3-L及AjSTAT3-S均定位于细胞质。此外,过表达AjSTAT3-L和AjSTAT3-S能显著抑制Poly I∶C诱导的IFN和Mx启动子的活化。研究表明,实验所克隆鉴定的日本鳗鲡STAT3及其剪切异构体,均能负调控鱼类抗病毒免疫应答。
[期刊] 水产学报
[作者]
徐元凯 彭欣慰 林鹏 王艺磊 冯建军
为了阐明鱼类TANK结合激酶1（TBK1）在免疫应答密切相关的NF-κB、I型IFN及MAPK信号通路中的调控作用，本实验通过cDNA末端快速扩增技术（SMARTRACE）从日本鳗鲡中克隆了TBK1基因cDNA全长序列，命名为AjTBK1，利用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测了在体和离体状态下不同病原体相关分子模式（PAMPs）及嗜水气单胞菌对日本鳗鲡AjTBK1基因表达水平变化的影响，通过构建绿色荧光蛋白pEGFP-TBK1和pCMV-TBK1真核表达质粒对AjTBK1亚细胞定位以及AjTBK1过表达对NF-κB、AP-1、IFN-β启动子荧光素酶活性的激活作用进行研究。蛋白质序列分析显示，日本鳗鲡AjTBK1编码731个氨基酸，其三维丝带空间结构与人类TBK1相似，具有保守的激酶结构域（KD）、泛素样结构域（ULD）、二聚化支架结构域（SDD）以及C端结构域（CTD），在系统发育树中与其他鱼类TBK1家族聚为一支。qRT-PCR检测发现AjTBK1在多种组织中广泛表达，且在肝脏和肠中高表达。经LPS、poly I:C、嗜水气单胞菌免疫注射后，AjTBK1基因表达水平在日本鳗鲡肝脏中显著提高，而肾脏中的表达量则在LPS和poly I:C刺激后显著降低。离体实验中，经LPS、poly I:C、PGN以及不同浓度嗜水气单胞菌刺激后的日本鳗鲡肝脏细胞AjTBK1基因表达水平均有显著升高。亚细胞定位结果显示天然状态下的AjTBK1在HEK293细胞质中分布，经LPS和poly I:C刺激后呈聚集点状分布。此外，双荧光素酶活性检测发现过表达的AjTBK1可显著增强NF-κB、AP-1和IFN-β启动子荧光素酶活性。以上研究表明AjTBK1可以通过激活NF-κB、AP-1和I型IFN信号通路，在机体抗细菌和抗病毒先天免疫应答中发挥重要的调控作用。
[期刊] 水产学报
[作者]
凌露露 梁英 黄文树 聂品 黄贝
为探究鱼类TRAF3在鱼类抗病毒免疫应答中的功能及作用机制，实验利用逆转录PCR克隆获得了日本鳗鲡TRAF3转录本（AjTRAF3），利用生物信息学软件分析了AjTRAF3的结构特征，利用qPCR、双荧光素酶报告系统以及免疫共沉淀等方法对其表达规律、功能及作用机理进行了初步分析。AjTRAF3的开放阅读框长度为1 707 bp，编码568个氨基酸。序列结构分析结果显示，AjTRAF3由N端的环结构域、两个锌指结构域以及一个螺旋结构域和C端高度保守的TRAF-C（MATH）结构域组成。qPCR结果显示，AjTRAF3在日本鳗鲡各组织中均有表达，脑组织中表达量最高，其次为头肾，心脏中的表达量最低。Poly I:C刺激6 h后，日本鳗鲡脾脏组织中AjTRAF3上调倍数最高，为对照组的15.83倍。迟缓爱德华菌感染24 h后，日本鳗鲡脾脏组织中AjTRAF3上调倍数最高，为对照组的31.47倍。此外，本研究构建了AjTRAF3真核表达质粒，发现过表达AjTRAF3能显著上调炎症及抗病毒相关基因的表达，可显著增强AjIFN2、AjIFN4和NF-κB启动子荧光素酶活性。并能显著上调由AjRIG-IN、AjMAVS、AjIRF3诱导的AjIFN2、AjIFN4和NF-κB启动子活性。免疫荧光结果显示，AjTRAF3主要定位于细胞质中，且与AjMAVS存在共定位。免疫共沉淀结果显示，AjTRAF3通过MATH结构域与AjMAVS相互结合，缺失该结构域后，其与AjMAVS的相互作用消失，推测AjTRAF3可通过介导RIG-I/MAVS信号转导途径调控鱼类的抗病毒免疫应答。本研究结果为进一步揭示鱼类TRAF3的生物学功能奠定了基础。
[期刊] 水产学报
[作者]
姚志刚 冯建军 王艺磊 郭松林 林鹏 张子平 张在鹏
髓样分化因子(myeloid differentiation factor 88,My D88)是TLR(toll-like receptor)信号通路的关键接头蛋白,在先天性免疫中发挥重要作用。实验首次克隆了欧洲鳗鲡My D88基因c DNA全长序列,命名为Aa My D88,其全长为1 539 bp,开放阅读框为846 bp,编码282个氨基酸。该蛋白三维丝带空间结构图与人类的My D88十分相似,具有My D88家族典型的死亡结构域和TIR(toll-like/IL-1 receptor)结构域,其中TIR结构域中含有3个序列高度保守的box1、box2和box3。同源性分析显示,欧洲鳗...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘路平 刘高峰 蒋程 侯喜林
[目的]本文旨在研究不结球白菜基因BcNAC036的亚细胞定位及高温胁迫下的表达分析，并探索其功能及调控机制。[方法]以不结球白菜‘苏州青’为试验材料，提取叶片总RNA并且反转录成cDNA，同源克隆BcNAC036的全长基因序列，运用在线软件工具对其进行生物信息学分析。采用同源重组的方法构建过表达载体pCAMBIA1302-BcNAC036-GFP，农杆菌介导法将构建的过表达载体注射入本氏烟草叶片背面，通过激光共聚焦显微镜观察其亚细胞表达部位。采用RT-qPCR技术检测高温处理下不结球白菜耐高温品种‘苏州青’和热敏感品种‘矮脚黄’以及转基因拟南芥体内BcNAC036基因的表达量。对转基因拟南芥进行高温处理并统计其成活率。[结果]同源克隆的方法获得BcNAC036基因，其开放阅读框（ORF）为840 bp，编码279个氨基酸，相对分子质量为32 154.83，等电点是8.96。氨基酸序列比对以及同源进化树分析结果显示，BcNAC036蛋白与芜菁、甘蓝型油菜NAC036蛋白同源关系较近。亚细胞定位结果显示，BcNAC036的亚细胞定位表达在细胞核。RT-qPCR表明，BcNAC036在耐高温和热敏感品种中表达差异较大且表达量均呈明显下降趋势。转基因拟南芥较野生型相比，其成活率显著较低。[结论]BcNAC036蛋白在细胞核表达，BcNAC036基因与不结球白菜耐高温性呈负相关。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
连子童 夏雪平 李忠 田海峰 蒋钦杨 胡乔木
为解析黄鳝(Monopterus albus)性逆转机制，实验以雌、雄、间性发育黄鳝为研究对象，分析不同组织、不同发育时期性腺、甲基睾丸酮处理性腺及Zebularine处理性腺原代细胞后dynlt3基因表达模式的变化及其在性腺中的表达定位。性腺转录组测序结果显示，基因全长1 082 bp,开放阅读框354 bp,编码117个氨基酸。生物信息学分析显示，dynlt3基因编码蛋白质的二级结构包含37.96%的α-螺旋，29.20%的β-折叠，32.85%的无规则卷曲。系统进化分析结果显示，黄鳝DYNLT3氨基酸序列与硬骨鱼纲中底鳉(Fundulus heteroclitus)同源性最高。实时荧光定量PCR结果表明，dynlt3基因在黄鳝肌肉和脑具有较高表达，心脏次之，在其它各组织表达量较低。在性腺的不同发育时期，在间性后期和雄性中表达量显著性高于雌性与间性早期。甲基睾酮处理后黄鳝卵巢组织结构发生明显退化，卵母细胞退化且数量减少，结缔组织间出现空泡结构；dynlt3基因在卵巢中表达量显著性下调。原位杂交分析dynlt3基因在性腺组织中的表达定位结果显示，在不同性腺发育时期均检测到dynlt3阳性信号，间性性腺组织中dynlt3基因主要在精原细胞和初级精母细胞中表达，精巢组织中dynlt3基因可在精原细胞与初级精母细胞中，卵巢组织阳性信号较弱，主要在II时相卵母细胞细胞质中表达。Zebularine处理性腺原代细胞后，dynlt3基因表达无显著性差异。以上研究表明，dynlt3参与黄鳝性腺发育过程，并在黄鳝性逆转及性腺细胞发育过程中发挥重要作用，但是甲基化可能不参与其基因表达调控。
[期刊] 水产学报
[作者]
林树根 吴德峰 王寿昆
应用过氧化物酶标记的链霉亲和素(streptavidin-peroxidase简称S-P法)免疫组织化学技术,用抗5-羟色胺、生长抑素、胃泌素、β-内啡肽、胰高血糖素抗体对日本鳗鲡的胃肠胰内分泌细胞进行研究。结果表明:日本鳗鲡胃肠道各段均存在5-HT和Som免疫活性内分泌细胞。Gas细胞分布于胃体部、幽门部和前肠、中肠;胃贲门部和后肠未检出Gas细胞。β-内啡肽、Glu细胞在胃肠道各段均未检出。在胰腺中均鉴别出Glu细胞和Som细胞。
[期刊] 草业科学
[作者]
姜红岩 张蕊 滕珂 檀鹏辉 刘凌云 尹淑霞
NAC(NAM, ATAF1/2, CUC2)是植物所特有的最大的转录因子家族之一,在调控植物生长发育、响应非生物胁迫等方面发挥着重要作用。本研究利用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends, RACE)从日本结缕草(Zoysia japonica)中克隆获得了ZjNAC2基因(GenBank登录号为MH580281),其编码区序列长1 110 bp,编码369个氨基酸。保守结构域分析显示,ZjNAC2编码蛋白在N端有一个典型的NAM结构域,表明ZjNAC2属于NAC转录因子家族。同时通过染色体步移的方法获得其启动子序列1 574 bp,通过作用元件分析发现该启动子上有ABA、非生物胁迫等多个不同的响应元件。亚细胞定位结果显示,ZjNAC2定位于细胞核。荧光定量分析表明,ZjNAC2在根中的表达量最高,并且在衰老叶片中表达量显著高于幼嫩叶片;此外ZjNAC2的表达受200μmol·L(–1) ET、10μmol·L(–1)MeJA、10μmol·L(–1) ABA和20%PEG4000的抑制,但受300 mmol·L(–1) NaCl处理的诱导。本研究表明ZjNAC2转录因子可能参与多种信号转导途径,这为进一步深入研究ZjNAC2的功能奠定了基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
张演义 王化坤 宋长年 孙欣 王西成
利用生物信息学方法,以拟南芥TIR1和F-box cDNA序列为模板,对柑橘EST数据库进行同源检索,筛选出柑橘TIR1和F-box基因的cDNA序列,并以枳花cDNA为模板,根据以上cDNA序列设计5'末端和3'末端扩增的特异引物,利用5'RACE和3'RACE技术,分别获得该基因的5'和3'末端,序列拼接后获得枳的TIR1和F-box cDNA全长。分别命名Pt-TIR1和Pt-F-box,大小分别是2 048,1 695 bp,在GenBank的登录号分别是FJ502240和FJ502241,其分别编码569和468个氨基酸全长。生物信息学分析表明,Pt-TIR1和Pt-F-box的cD...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘振兴 柯浩 曹艳林 张健騑 林敏 孟轩
采用RACE技术,克隆了日本鳗鲡(Anguilla japonica)谷胱甘肽过氧化物酶1和4(GPx1、GPx4)基因的完整编码序列(Complete coding sequence,CDS)。GPx1基因全长993bp,5′非编码区(UTR)29bp,CDS573bp,3′UTR372bp,PolyA19bp;第803-898位碱基(位于3′UTR)形成1个硒半胱氨酸插入序列(Selenocysteine insertion sequence,SECIS),协助144-146位密码子TGA编码Sec。GPX4基因全长1048bp,5′UTR115bp,CDS561bp,3′UTR346bp...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
冯建军 郭松林 林 鹏
通过RTGPCR技术克隆欧洲鳗鲡(Anguillaanguilla)Ig轻链基因c DNA全长序列,命名为Aa Ig L,其全长为1016bp,开放阅读框为714bp,编码238个氨基酸.将该基因片段与p ETGhis载体连接构建原核表达载体,在大肠杆菌BL21中诱导表达,其表达产物经SDSGPAGE和Westernblotting分析,结果表明新增的27ku蛋白条带与预期值相符,且与兔抗欧洲鳗鲡Ig M血清发生特异性显色反应,证实了Aa Ig L基因能够在大肠杆菌中以包涵体形式高效表达;实时荧光定量PCR检测结果发现:Aa Ig L在欧洲鳗鲡各组织中均有表达,其中脾脏的表达量最高,肾脏和心脏...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
李英英 陈曦 杨金先 陈强 宋铁英 葛均青
为了研究欧洲鳗鲡（Anguilla anguilla）RIG-I基因的特性，本实验通过设计引物，扩增其序列，克隆至pCE2-TA/Blunt-Zero载体，测序验证后对所获得欧洲鳗鲡RIG-I基因序列进行生物信息学分析及原核表达。结果表明，欧洲鳗鲡RIG-I基因ORF序列有2 823 bp碱基，编码940个氨基酸，与日本鳗鲡（A. japonica）的序列同源性为96.71%；RIG-I蛋白属酸性亲水性蛋白，不存在跨膜结构，无信号肽，较不稳定，主要分布于细胞质中，有6个保守功能区；SDS-PAGE和western blot结果显示，实现了RIG-I基因在大肠杆菌中的高效表达，为后期制备RIG-I多克隆抗体，进一步探索RIG-I介导的天然免疫在鳗鲡抵御鳗鲡疱疹病毒（Anguillid herpesvirus， AngHV）侵染过程中的作用机制提供研究基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张文婷 向晋松 李海龙 张宁 董忠典 高峰涛 陈松林
Ｔｏｌｌ样受体５（Ｔｏｌｌ－ｌｉｋｅ ｒｅｃｅｐＴｏｒ ５，Ｔｌｒ５）是Ｔｌｒｓ家族成员之一，可分为跨膜型Ｔｌｒ５Ｍ和鱼类特有的可溶型Ｔｌｒ５ｓ，它们可以识别致病菌表面的鞭毛蛋白并协同作用激活免疫反应。为了研究半滑舌鳎受到病原感染后Ｔｌｒ５ｓ参与免疫反应的作用，本研究使用ｒＡｃｅ技术获得了半滑舌鳎（ｃｙｎｏｇｌｏｓｓｕｓ ｓｅＭｉｌＡｅｖｉｓ）Ｔｌｒ５ｓ全长ｃ ＤｎＡ序列。Ｔｌｒ５ｓ ｃ ＤｎＡ有３种剪切型：ｃｓ．Ｔｌｒ５ｓ ｘ１，ｃｓ．Ｔｌｒ５ｓ ｘ２和ｃｓ．Ｔｌｒ５ｓ ｘ３。这３种剪切型的相同区域为３０８ ｂｐ ５′非编码区（５′ｕＴｒ）和１７０１ ｂｐ开放阅读框（ｏｒＦ），不同的３′ｕＴ．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
屠煦童 张仕杰 陈小云 李宁宁 辛璐 薛晓晖 章镇 渠慎春
【目的】从地方矮化品种‘南通小方柿’(Diospyros kaki Linn.cv.Nantongxiaofangshi)中分离赤霉素合成关键酶基因GA2ox,并进行亚细胞定位及表达分析,为进一步探索其矮生性状形成机理及选育新型矮生品种奠定基础。【方法】以‘南通小方柿’幼嫩叶片为材料,通过改良的CTAB法提取总RNA,利用简并引物克隆GA2ox家族中2个基因的片段,采用3′和5′RACE方法得到基因的全长c DNA序列,分别命名为Dk GA2ox1和Dk GA2ox2。通过生物信息学方法分析结构特征,利用GFP进行亚细胞定位,实时荧光定量RT-PCR技术研究其在发芽期、展叶期、枯顶期、开花期、...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
汤纬玮 王庆竹 李慧平 文晓鹏
在前期利用SSH筛选到抗旱相关基因HuABAR的Unigene序列的基础上,进行了HuABAR的全长cDNA克隆、生物信息学分析及亚细胞定位。结果表明:HuABAR基因cDNA全长为1 239bp,5′-UTR为264bp,3′-UTR为414bp,完整开放阅读框(ORF)共561bp,编码187个氨基酸;生物信息学分析显示,HuABAR基因编码蛋白具有典型的SRPBCC结构域,并与PYR1/PYLs(pyrabactin resistance 1/PYR1like)家族具有较高的相似性;HuABAR在干旱、高温(42℃)和低温(4℃)等逆境胁迫下显著上调表达,并在干旱胁迫5d、高温3d时表达量最高,低温处理5d内,表达量持续上升;通过PEG介导法瞬时转化拟南芥原生质体进行亚细胞定位分析,发现该基因定位于细胞质,与已报道的其他PYR1/PYLs家族基因一致。因此,HuABAR基因可能在火龙果干旱胁迫应答中发挥重要作用。
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