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[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
阮佳佳 袁进强 杨仙玉
为研究日本蟾蜍Bufo japonicus formosus皮肤中多肽类有效成分,通过菌落聚合酶链式反应(PCR)对日本蟾蜍皮肤cDNA质粒文库进行筛选,克隆到2条claudin-4全长cDNA序列(GenBank登录号为JX481975和JX481976),并对它们进行生物信息学分析。日本蟾蜍claudin-4的2条cDNA全长分别为1 707 bp和1 697 bp,开放阅读框均为630 bp,其中虽有5个碱基不同,但编码的209个氨基酸完全相同。两者的5′端非翻译区域序列长度不同,前者为50 bp,后者为41 bp,3′端非翻译区域则分别为1 027 bp和1 026 bp。氨基酸序列同...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
宋敏国 袁进强 杨仙玉 张姝芳 诸葛慧 徐跃
为研究蟾酥、蟾衣、蟾皮中多肽类有效成分,通过菌落聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)对日本蟾蜍Bufo japonicus formosus皮肤cDNA质粒文库进行了筛选,获得胸腺素α原(prothymosin-α,ProTα)全长cD-NA序列,并对它们进行了生物信息学分析。日本蟾蜍ProTαcDNA全长为1 480 bp,包括339 bp的完整开放阅读框(open reading frame,ORF),5′端125 bp及3′端1 016 bp的非翻译区(untranslated region,UTR)。根据cDNA序列推导的日本蟾蜍ProTα由11...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
徐跃 宋敏国 杨仙玉 袁进强
以中华大蟾蜍Bufo gargarizans皮肤总核糖核酸(RNA)反转录第1链互补脱氧核糖核酸(cDNA)为模板,以聚合酶链式反应(PCR)扩增出galectin-3基因片段并通过TA克隆将其插入到pGM-T载体,通过DNA测序确定该基因片段序列,然后利用美国国家生物技术信息中心(NCBI)中ORF finder查找基因的全长开放阅读框(ORF)。筛选到9个编码galectin-3的cDNA序列,其中2个序列编码N-端截短型galectin-3(galectin-3C)。Clustal X2.0多序列比对和DnaSP4.0分析cDNA序列的多样性。结果发现:中华大蟾蜍galectin-3C区...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王辉 张秀清 胡玉红 刘敬兰 孙君社
运用SMART技术成功构建了阔褶水蛙(Hylarana latouchii)皮肤组织全长cDNA文库,用来筛选抗菌肽及其他功能性基因。经鉴定,原始文库滴度为9.7×106cfu/mL,重组率达到91%,插入片段大小在0.3~1.5 kb范围内,文库扩增后的滴度为1.9×109cfu/mL,说明所构建文库质量较高。通过该文库成功筛选出2个抗菌肽cDNA序列,此序列属于brevinin-2家族,因此命名为brevinin-2LT1和brevinin-2LT2。
关键词：
阔褶水蛙 cDNA文库 抗菌肽 文库滴度
[期刊] 水产学报
[作者]
王在照 相建海
提取鹰爪虾眼柄总RNA,以眼柄总RNA为模板,根据日本对虾的具有蜕皮抑制活性的神经肽Pej SGP Ⅳ的氨基酸设计兼并引物,进行RT PCR扩增,在适宜条件下得到一特异性片段。将这一特异性片段克隆到载体中进行测序,测得鹰爪虾的特异性cDNA片段由213个碱基对组成,推测的氨基酸序列由71个氨基酸组成。序列比较发现许多甲壳动物的CHH家族神经肽与它相似。在所有与该序列推测的氨基酸序列相似的甲壳动物CHH家族神经肽中,MIH与它的相似度最高,表明由鹰爪虾眼柄特异性cDNA片段推定的氨基酸序列可能是鹰爪虾的MIH片段,它相当于MIH成熟肽的第5至75个氨基酸。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张子军 程箫 刘洪瑜 储明星 任春环 章孝荣
【目的】克隆山羊黑素皮质素受体4(Melanocortin receptor 4)基因(MC4R)的cDNA编码区和部分5′、3′非编码区序列,分析其在不同组织中的表达规律。【方法】以安徽白山羊的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉、大肠、小肠、瘤胃、子宫等组织为材料,运用同源序列克隆技术并结合RT-PCR方法,对其MC4R基因cDNA进行克隆,并对其进行了组织表达和生物信息学分析。【结果】克隆得到了山羊MC4R基因全长,包含999bp的完整CDS编码区,共编码332个氨基酸。山羊MC4R基因与绵羊同源性最高(96.9%),其次为牛(93.5%)。山羊MC4R基因在心脏、肝脏等10种组织中均有表...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张林 邹世平 艾晓辉 吴涛
为探讨中华鳖不同地理种群的POMC基因的多态性,建立区分中华鳖不同地理种群的分子遗传标记,采用RT-PCR的方法扩增得到4个不同地理种群(太湖鳖种群、沙鳖种群、台湾鳖种群和黄河鳖种群)中华鳖的POMC基因,对该基因进行克隆及序列测定,并对所测序列进行比较,分析其SNP位点,并对所得的SNP位点进行验证。结果显示:4个不同地理种群中华鳖所扩增的POMC基因的核苷酸序列均为786bp;以megalign软件比较分析4个不同地理种群中华鳖的POMC基因,发现该序列中共有15个多态性核苷酸位点,经过验证,第129位核苷酸的变异为台湾鳖种群不同于其他种群的变异,第441位核苷酸变异为太湖鳖种群不同于其他...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王文青 朱小玲
采用RT-PCR和RACE末端扩增技术,从日本沼虾(Macrobrachium nipponense)卵巢组织中获得了5种不同构型的RXR基因cDNA序列。结果显示:RXR基因中MnRXRL2含有最长的开放阅读框(open reading frame,ORF),其全长1698 bp,编码337个氨基酸。对比5个不同构型的核苷酸序列,有四个不同的剪接位点,一个发生在5′端A/B区域,产生了3种不同形式的5′端序列;一个在RXR受体结构的D区即铰链区域,使T-盒区长度也有3种形式(VQEERQR/VQVGGIEEERQR/VQVGGIE);两个发生在LBD区,其中一个是在H2-H3螺旋区域,产生了...
[期刊] 林业科学
[作者]
郭永泽 何新华 李杨瑞 罗聪
Clausena lansium, Citrus sinensis and Poncirus trifoliata belong to the different genus of Rutaceae. On the basis of LEAFY (LFY in brief) gene sequences of C. sinensis and P. trifoliata, a pair of 21 bp primers was designed and used to amplify about a 2 300 bp DNA fragment from C. lansium by PCR. Th...
关键词：
黄皮 LEAFY 克隆
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李昊 郭虎 王春生 宋红卫 朴善花 安铁洙
为探明绵羊Ｏｃｔ４基因启动子的结构特点，用ＰｃＲ方法克隆获得了绵羊Ｏｃｔ４基因启动子，并对绵羊、牛和猪Ｏｃｔ４基因的上游调控序列进行对比分析。结果显示，成功扩增获得长度为２ ９５１ ｂＰ的绵羊Ｏｃｔ４基因启动子；绵羊、牛和猪Ｏｃｔ４基因的上游调控序列均含有４个保守区域（ｃＲ１–ｃＲ４），且４个保守区域在３个物种间具有高度同源性；ｃＲ１区域富含Ｇｃ碱基对，且序列上的ＳＰ１／ＳＰ３位点与激素反应元件ＨＲＥ在３个物种中具有１００％的同源性；绵羊和牛、猪的上游调控序列富含Ｇｃ，并存在大量的ｃｃｃ（Ａ／ｔ）ｃｃｃ位点。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王丽华 李杰勤 詹秋文 樊飞飞
以高粱品系早亨加利为材料,通过RT–PCR扩增,克隆高粱Sb CAD4基因。测序结果表明,克隆的Sb CAD4基因与NCBI基因库中高粱IS11861品系只在编码序列第548位有1个碱基的差异,而二者的氨基酸序列完全一致。进化树分析结果表明,Sb CAD4与拟南介、水稻、玉米的木质素合成CAD基因位于同/L1个群中。比对分析结果表明,Sb CAD4与木质素合成基因具有相同的结构域。将构建正确的重组质粒(p MAL–Sb CAD4)转化入大肠杆菌菌种BL21中进行诱导表达的结果表明,IPTG的最佳诱导浓度为0.5 mmol/L。经Amylose Resin亲和层析柱纯化后,Sb CAD4融合蛋白...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
刘攀峰 乌云塔娜 杜兰英 吴敏 黄海燕 杜红岩
2-甲基-D-赤藓糖醇-2,4-环焦磷酸合酶(MDS)基因曾被认为是调控植物2-甲基-D-赤藓糖醇4-磷酸(MEP)途径的一个关键节点。为解析杜仲MDS基因序列信息和预测基因功能,以叶片cDNA为模板,采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)及cDNA末端快速扩增(RACE)技术分离出杜仲MDS基因的cDNA克隆,并通过一系列生物信息学方法进行序列分析。结果表明:EuMDS基因cDNA全长976 bp,5′端非编码区长119 bp,3′端非编码区长146bp,编码236个氨基酸。推导EuMDS氨基酸序列中包含转运肽序列(A1~A56)以及多个植物MDS蛋白保守的功能位点(A84,A87,A8...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
于建兴 陈宏权 邱华玲 殷宗俊
为揭示鹅脂蛋白脂酶(LPL)脂质和肝素结合区域的特性,对鹅LPL基因外显子4~6进行了克隆和序列分析。以皖西白鹅血清总DNA为模板,设计引物对鹅LPL基因的第4~6外显子区域进行扩增和测序,分析鹅与其他物种之间该区域的DNA序列同源性、密码子非随机应用以及相应氨基酸残基区域的亲水性。结果表明,鹅LPL基因外显子4~6的片段大小分别为112、234和243 bp,其序列与鸡LPL基因相应序列的同源性达到91.9%,与人、羊、牛、猪等哺乳动物的同源性为74%~77%;鹅与鸡密码子非随机应用的相似系数为0.839,与猪和鼠的相似系数为0.580~0.650;LPL中由外显子4~6编码的氨基酸残基有4...
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨龙 张冬杰 汪晓鸿 王文涛 刘琪 刘娣
在猪的RBP4基因的第1外显子和第3外显子处设计引物,成功扩增了该基因的第1内含子和第2内含子,与人和鼠的同源性分别为80%和78%,说明扩增正确。采用PCR-RFLP法对大白猪、杜洛克、长白猪、民猪和杂种猪的RBP4基因进行多态性检测。结果表明:该基因经限制性内切酶MspⅠ酶切后获得3种带型:AA,BB和AB型;除大白猪与民猪、长白猪与杂种猪外,其余各猪种间RBP4基因的基因型频率分布均差异极显著(P<0.01);该基因在长白、大白和杂种猪的MspⅠ位点处于群体不平衡状态,在杜洛克和民猪处于群体平衡状态;基因多态信息含量(PIC)计算,大白、长白、杜洛克、民猪和杂种猪均表现为中度多态性(0....
关键词：
猪 RBP4基因 克隆 PCR-RFLP
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘田莉 孟庆玲 乔军 陈诚 马玉 胡政香 才学鹏 陈创夫
【目的】克隆细粒棘球蚴（Ｅｇ）内质网膜蛋白４（ＲＥｔｉｃｕｌｏｎ－４，Ｒｔｎ４）抗原基因，对其序列进行生物信息学分析。【方法】采集感染Ｅｇ的绵羊肝脏和肺脏，提取Ｅｇ头节总ＲｎＡ为模板，对Ｒｔｎ４基因进行Ｒｔ－ＰｃＲ扩增，将ＰｃＲ产物克隆到ＰＭＤ１９－ｔ载体后测序，对其核苷酸序列及氨基酸序列进行生物信息学分析。【结果】Ｅｇ Ｒｔｎ４ｃＤｎＡ全长６５４ｂＰ，编码２１７个氨基酸，蛋白质分子质量为２５．３ｋｕ，等电点为８．８３。编码氨基酸序列中含有１个ｎ端酰基化位点、２个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和４个蛋白激酶ｃ磷酸化位点。经生物信息学软件预测，Ｒｔｎ４蛋白的抗原表位区主要集中在第１－４７位、第７１－１４．．．
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