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[期刊] 水产学报
[作者]
柳广东 高天翔 刘进贤 渡边精一
Degenerate primers were designed according to the conserved sequences of NADH dehydrogenase subunit 2(ND2) gene in mitochondrial tRNA~(Met) and tRNA~(Trp) gene respectively,and the complete sequence of the ND2 gene of Eriocheir japonica was determined.The results indicated that the length of ND2 gen...
关键词：
日本绒螯蟹 ND2基因 全序列
[期刊] 水产学报
[作者]
俞菊华 李红霞 戈贤平 李建林 唐永凯
核糖体DNA通常被选作系统发育研究的分子标记,核糖体DNA中IGS部分序列的变异在一定程度上影响着生物的生长。报道了中华绒螯蟹核糖体DNA全序列的分离和序列特征。中华绒螯蟹核糖体DNA全长11660bp,包括18S(1873bp),ITS1(317bp),5.8S(163bp),ITS2(614bp),28S(4461bp)和IGS(4240bp);不同部分AT含量在40.1%～48.6%之间,低于果蝇(55.8%～80.0%),高于鲤(22.0%～43.7%)。平均100个核苷酸含简单重复序列(SSR)数由高到低依次为ITS2(0.98%),IGS(0.49%),28S(0.38%),ITS...
[期刊] 水产学报
[作者]
王成辉 李思发 刘至治 龚小玲 黄雷 宋晓 赵岩
对我国长江与移居到英国泰晤士河、美国旧金山湾的3个中华绒螯蟹群体的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅱ(CO Ⅱ)的全序列进行了测定。在693bp的序列长度中,长江群体、泰晤士河群体和旧金山湾群体分别有20、8、7个变异位点;它们的单倍型多样性指数分别为0.8433、0.8158、0.7821;核苷酸多样性指数分别为0.0048、0.0031、0.0039。AMOVA分析表明:长江群体与泰晤士河群体和旧金山湾群体已出了显著的遗传分化,而泰晤士河群体和旧金山湾群体间却未出显著的遗传分化。邻接法(NJ)构建的系统关系树和最小拓展网络分析显示,旧金山湾群体与泰晤士河群体存在一定程度的基因流,旧金山湾的中华绒螯...
[期刊] 水产学报
[作者]
田志环 焦传珍 成永旭 吴旭干
为研究Akt基因在中华绒螯蟹蜕壳前后肌肉生长过程中的功能,应用RACE技术克隆得到编码中华绒螯蟹Akt(命名为Es Akt)的全长为2 200 bp的c DNA序列,包括159 bp的5′非翻译区(5′-UTR)、496 bp的3′非翻译区(3′-UTR)和长度为1545 bp编码514个氨基酸的编码序列。蛋白质结构域分析显示Es Akt含有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶家族的3个特征性保守结构域。多序列比对和系统发育分析显示,Es Akt与中国明对虾、凡纳滨对虾的Akt序列一致性都为0.889,在系统发育树中节
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
邱凉 刘红 蔡生力
通过RT-PCR,RACE等技术克隆得到中华绒螯蟹卵黄蛋白原的cDNA序列全长,其长度为7 921bp,软件分析后知其含有一个7 689 bp的开放阅读框,其5'和3'的非翻译区分别为28 bp和204 bp;预测该序列编码一个含2 562个氨基酸残基的蛋白质,和其它已知卵黄蛋白原序列的蟹类相比,理化性质、空间构型相似,且含有2个结构域:参与脂质转运的卵黄蛋白原N端结构域(Vitellogenin_N),以及血管性血友病因子(von Willebrand factor)D型结构域(VWD)。将其开放阅读框翻译为氨基酸序列后进行数据库对比(BLASTP),与其他已知的甲壳类卵黄蛋白原序列间存在3...
关键词：
中华绒螯蟹 卵黄蛋白原 cDNA 克隆
[期刊] 水产学报
[作者]
高天翔 张秀梅 渡边精一
参考果蝇和蚤状的线粒体DNA 12SrRNA序列进行了中华绒螯蟹与日本绒螯蟹的线粒体DNA12SrRNA基因片段的引物设计、PCR扩增及序列测定。两种的碱基序列长度相同 ,为 45 7bp ,其A、T、G、C含量相似 ,分别为 15 9bp (34.79% )、177bp (38.73 % )、5 1bp (11.16 % )、70bp (15 .32 % )和15 9bp(34.79% )、178bp(38.95 % )、5 0bp(10 .94% )、70bp(15 .32 % )。中华绒螯蟹与日本绒螯蟹间有 5处碱基序列差异 ,在 98bp、15 1bp、317bp和 417bp碱基处...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高天翔 吉崎悟朗 渡边精一
首次进行了中华绒螯蟹（ Ｅｒｉｏｃｈｅｉｒ ｓｉｎｅｎｓｉｓ）线粒体 ＤＮＡ １２ＳｒＲＮＡ的序列分析。参考果蝇、蚤状溞序列对中华绒螯蟹线粒体ＤＮＡ １２ＳｒＲＮＡ基因片段做了引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定，结果得到 ４５７ ｂｐ的碱基序列，其Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为 １５９ｂｐ（３４．７９％）、１７７ｂｐ（３８．７３％）、５１ｂｐ（１１．１６％）、７０ｂｐ（ １５． ３２％），与果蝇、蚤状溞的相同基因片段的序列含量基本相似。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
温立斌 何孔旺 杨汉春
【目的】确定猪体内存在与猪圆环病毒2型核苷酸序列高度同源的因子。【方法】首先利用PCR方法对来自临床表现为猪断奶后多系统衰竭综合征的猪血清所抽提的DNA进行扩增,根据获得的序列再设计引物进行反向PCR,拼接得到类猪圆环病毒2型因子P1的全基因组序列,最后根据P1全基因组序列设计引物扩增其全基因组加以验证。【结果】首次完成了类猪圆环病毒2型因子P1的全基因组序列测定。测序结果表明P1因子为环状DNA基因组,全长648个核苷酸,包括3个开放阅读框。除5′端16个核苷酸外,P1因子与国内猪圆环病毒2型BF毒株的核苷酸同源率为98.42%。系统进化分析表明P1与猪圆环病毒有很近的亲缘关系。【结论】猪体...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
葛家春 许志强 李晓晖 李跃华 柏如发 朱清顺 潘建林
研究了长江、辽河、瓯江水系野生中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)及其莱茵河水系F1共4个群体71个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因序列,比对长度包括628个位点,其中变异位点112个,简约信息位点36个。基因序列G+C(%)含量较低,表现出较为明显的碱基组成偏倚性。71个个体共含17种单倍型,单倍型H13出现次数最多,为莱茵河水系F1、长江以及瓯江群体共享;单倍型H15、H16和H17为瓯江群体特有。样本总体遗传多样性指数较高,其单倍型多样性指数(H)为0.862,核苷酸多样性指数(π)为0.016 9。各水系野生群体遗传多样性分析表明,长江群体单倍型多样性指数最...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴丽婷 阮小蕾 沈文锦 谭小勇 翟国会 李华平
【目的】证明中国湛江地区菠萝上是否存在菠萝杆状DNA病毒(Pineapple bacilliform comosus virus,PBCoV),并获得PBCoV的基因组全序列,分析该病毒与其它Badnavirus病毒分离物间的分子差异。【方法】设计特异引物,通过反向PCR及分段克隆两种方法扩增PBCoV,克隆后测序获得PBCoV基因组全序列,利用不同生物学软件进行序列分析。【结果】PBCoV基因组为环状结构,全长7543bp;含有3个典型的ORFs,推测其编码蛋白的分子量分别为20.4、14.0和217.6kD。其基因组与GenBank登录的PBCoV ORF3部分核苷酸序列同源性87%-97...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
蒋宗良 张明 林勇 朱佳杰 黎明星 罗永巨 甘西
采用LA-PCR(long amplification polymerase chain reaction)扩增方法获得奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)线粒体基因组全序列。分析表明,序列全长16 632 bp,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个长度为931 bp的主非编码区。A、T、G、C碱基的组成分别为27.89%、25.50%、15.62%、30.99%。基因排列与罗非鱼属的其他物种一致。13个蛋白质基因除COX1用TGT做起始密码子外,其他均以ATG为起始,终止密码子除COX2、Cyt b、ND4为不完整的T,其余基因均以典型的TAA...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
高芳銮 常飞 沈建国 谢联辉 詹家绥
【目的】马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)是马铃薯病毒科(Potyviridae)马铃薯Y病毒属(Potyvirus)代表成员,是马铃薯和烟草生产中分布最为广泛并造成严重经济损失的病毒之一。研究旨在揭示PVY榆林分离物ShX14的全基因组特征,并准确判断其株系分子类型。【方法】根据已经报道的PVY不同基因保守区设计11对简并引物,采用片段重叠法从感染PVY的马铃薯病叶中扩增、克隆获得榆林分离物ShX14的全长序列,并对其序列特征、重组位点、系统发育关系等进行分析。同时,应用系统发育与性状关联分析(phylogeny-trait association analysis)评估P...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
李妍 舒金平 华克达 张亚波 应玥 张威
【目的】对薄壳山核桃Carya illinoensis害虫暗影饰皮夜蛾Garella ruficirra线粒体基因组进行测序和分析，并在基因组水平上探讨其在夜蛾科Noctuidae中的分类地位，为探索夜蛾科昆虫的系统发育关系以及演化进程提供参考。【方法】利用二代测序技术从头组装获取暗影饰皮夜蛾的线粒体基因组，并对线粒体基因组结构特点和碱基组成进行分析；同时，采用最大似然法和贝叶斯法联合构建了夜蛾科5个属、12个种的线粒体基因组系统发育树，分析暗影饰皮夜蛾在夜蛾科中的系统发育地位。【结果】暗影饰皮夜蛾线粒体基因组全长共为15 294 bp，其中包括13个蛋白质编码基因、22个转运RNA基因、2个核糖体RNA基因以及鳞翅目Lepidoptera昆虫典型的腺嘌呤(A)+胸腺嘧啶(T)，即A+T富含区，该区域的A+T含量为80.53%，具有明显的AT偏向性。暗影饰皮夜蛾的基因排列顺序为trnM-trnI-trnQ，与包括夜蛾科昆虫在内的大多数鳞翅目昆虫基因排列次序相符。13个蛋白质编码基因的起始密码子全部为ATN。22个t RNA基因中除trnS1的DHU臂缺失，其余均为典型的三叶草结构。对线粒体基因组研究发现：夜蛾科5个属之间，Garella与皮夜蛾属Nycteola亲缘关系最近，与饰夜蛾属Pseudoips亲缘关系最远。【结论】暗影饰皮夜蛾的线粒体基因组中出现了基因重排的现象，系统发育关系支持暗影饰皮夜蛾和Garella musculana聚为1个分支。图4表4参47
[期刊] 西南农业学报
[作者]
朱晨 唐伟 阴筱 董玲霞 孙厚俊
【目的】解析我国美人蕉黄条病毒（Canna yellow streak virus， CaYSV）的全基因组序列及遗传进化地位，为指导病害防控提供科学指导。【方法】通过反转录-聚合酶链式反应（Reverse transcription-polymerase chain reaction， RT-PCR）技术和快速扩增cDNA末端（Rapid amplification of cDNA ends，RACE）技术从江苏扬州和湖南长沙采集到的美人蕉病样中，扩增获得CaYSV全基因组序列，并利用MegAlign、Mega11和RDP5软件对全基因组序列分别进行核苷酸一致率分析、系统进化分析和重组分析。【结果】除poly(A)外，扬州分离物和长沙分离物全基因序列均为9501 nt，开放阅读框(Open reading fragment， ORF)均为9123 nt，编码3040个氨基酸组成的多聚蛋白。序列分析表明，CaYSV扬州分离物和长沙分离物与已报道的CaYSV分离物全基因组核苷酸序列一致率分别为93.9%～99.4%和94.0%～99.5%。根据外壳蛋白(Coat protein， CP)氨基酸序列构建系统进化树，CaYSV可以分为A和B2个大组，其中A组又分为3个亚组。重组分析表明，CaYSV扬州和长沙分离物中均存在1个重组事件。【结论】CaYSV存在于我国江苏扬州和湖南长沙的美人蕉上。根据CaYSV的CP蛋白氨基酸构建系统进化树，扬州分离物和长沙分离物聚类到A1亚组，与泰国分离物K2、PHC478及俄罗斯分离物KS等亲缘关系较近。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘慧芳 张莉娟 李宁求 梁红茹 林强 刘礼辉 牛银杰 付小哲
【目的】对加州鲈弹状病毒弱毒三水株(MSRV-SS-7)及其母源株(MSRV-SS)进行全基因组克隆和测序分析。【方法】采用分段扩增方法对MSRV-SS-7及MSRV-SS基因组核心序列进行PCR扩增,第1轮根据鳜鱼弹状病毒(SCRV)基因序列(NC_008514.1)设计10对引物进行扩增并测序;在第1轮扩增产物测序、拼接基础上,设计8对引物进行第2轮扩增,拼接后获得基因组核心序列。同时用cDNA末端快速扩增法(RACE)获得3′和5′末端序列。采用Vector NTI 8.0对基因组核心序列和末端序列进行拼接,获得基因组全序列,使用Clone Manager 8.0对MSRV-SS-7和MSRV-SS进行序列比对分析;同时使用DNAMAN将基因组G基因序列转换为氨基酸序列,并通过MEGA 5.0与其他鱼类弹状病毒的G蛋白氨基酸序列进行进化树分析。【结果】MSRV-SS-7及其母源株MSRV-SS基因组全长均为11 548 bp,包含N、P、M、G、L等5个结构基因,基因组结构为3′Leader-N-P-M-G-L-Trailer 5′;MSRV-SS-7与MSRV-SS全基因组中共有10处核苷酸不同。G蛋白进化分析表明,MSRV-SS-7及母源株MSRV-SS与SCRV亲缘关系最近,且与鲈鱼弹状病毒属(Perhabdovirus)聚为一支。【结论】克隆分析了MSRV-SS-7的全基因组序列,可以用于后续活疫苗的开发。
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