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[期刊] 水产学报
[作者]
王文锋 关建义 吕黎 刘方 杨洪 宁黔冀
利用RACE技术从日本沼虾肝胰腺中克隆了cytMnSOD和mtMnSOD基因cDNA全长序列。cytMnSOD基因cDNA全长1 233 bp,开放阅读框为858 bp,编码286个氨基酸,N端含有60个氨基酸残基组成的延伸区;mtMnSOD基因cDNA全长1 113 bp,开放阅读框为654 bp,编码218个氨基酸,N端含有20个氨基酸残基组成的信号肽;cytMnSOD和mtMnSOD预测蛋白分子量及等电点分别为31.33、24.05 ku和5.62、7.12。日本沼虾cytMnSOD推导的氨基酸序列与其mtMnSOD的相似性为40%,二者均含有MnSOD的特征肽段(DVWEHAYY)、4...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王有昆 刘萍 李吉涛 李健
利用本实验室构建的脊尾白虾（ＥｘｏｐａｌａＥｍｏｎ ｃａｒｉｎｉｃａｕｄａ）血细胞ｃｄｎａ文库中脊尾白虾１４－３－３巨球蛋白基因ＥＳＴ序列，采用ｃｄｎａ末端快速扩增（ｒａｃＥ）技术，克隆获得脊尾白虾１４－３－３基因ｃ ｄｎａ全长，命名为Ｅｃ１４－３－３。该基因全长２９０５ ｂｐ，包含７４４ ｂｐ的开放阅读框，编码２４７个氨基酸组成的蛋白质，分子量为２７．９５ ｋｄ，理论等电点为４．６５。同源性分析表明，脊尾白虾Ｅｃ１４－３－３氨基酸序列与斑节对虾（ｐＥｎａＥｕＳ ｍｏｎｏｄｏｎ）１４－３－３的同源性最高，达到９８％。荧光定量ｐｃｒ分析结果表明，Ｅｃ１４－３－３基因在血细胞、卵巢、肝胰腺等组织中．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
谢吉容 熊运海 程在全 黄兴奇
【目的】克隆月季花色代谢相关新基因的全长cDNA序列,并分析其表达功能。【方法】根据月季花色突变体SSH文库分析得到的差异表达EST序列设计引物,采用RACE技术进行全长cDNA克隆。【结果】克隆到1 125 bp的cDNA全长,GenBank登录号为Eu082130。这一cDNA序列编码1个包含294个氨基酸的前体蛋白,它与小金海棠MxMYB1和大豆的GmMYB176蛋白的保守区同源性分别为70%和58%,都是只有1个MYB结构;而与具有两个MYB结构域的棉花GhMYB26、拟蓝芥AtMYB305和金鱼草AmMYB340同源性很低。该蛋白的分子量为32.33 kD,等电点为9.65,分子式为...
关键词：
月季 MYB转录因子 表达调控
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王其梁 邱高峰
克隆了罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）含DM结构域的Dsx基因（MroDsx）部分序列，DM结构域包含5个保守的半胱氨酸（cysteine）和2个组氨酸（histidine）， 且与中国对虾(Fenneropenaeus chinensis )Dsx基因DM结构域具有73%的相似性。荧光定量PCR（quantitative real time PCR，qPCR）结果显示：MroDsx基因仅在性腺中特异性表达，且在精巢中的表达量显著高于卵巢；在精巢发育早期（主要是精原细胞）高表达，随着精巢的发育MroDsx基因的表达量逐渐降低。原位杂交(in situ hybridization，ISH)结果进一步显示：MroDsx转录本在精原细胞表达量高，在精母细胞以及精细胞中较弱，在成熟的精子中不表达，与荧光定量的结果一致。基于对MroDsx转录本的表达分析，暗示：MroDsx可能参与罗氏沼虾精巢的发育过程。
关键词：
罗氏沼虾 Doublesex 性腺发育
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
卢金凤 梁高峰 梁艳 黄倢
本研究采用RACE方法克隆了中国对虾Fenneropenaeus chinensis Rab 7基因(fcrab7)全长cDNA(GenBank:JF742050)。生物信息学分析显示,fcrab7的开放阅读框615bp,编码205个氨基酸,分子量23.2kD。FcRab7的氨基酸序列具有Rab蛋白家族的共同特征,与凡纳滨对虾和斑节对虾同源蛋白的同源性为100%。构建重组表达载体pBAD/gIIIA-fcrab7转化到大肠杆菌E.co-li进行诱导表达,诱导产物经SDS-PAGE检测和Westernblot验证。本研究结果为进一步研究WSSV与FcRab7的相互作用提供了基础。
关键词：
中国对虾 fcrab7 克隆 原核表达
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
韦芬 何欣慰 鲍宝龙
Ras主要参与表皮生长因子家族调控细胞分裂的信号通路。采用末端快速扩增法获得了牙鲆(Paralichthys olivaceus)ras-2基因全长2 384 bp cDNA序列,该序列编码187个氨基酸,含有switchⅠ、switchⅡ、P-loop、CAAX box等Ras家族的结构特征,与川鲽(Platichthys flesus)ras-2氨基酸序列相似性最高(96.3%)。定量RT-PCR检测显示ras-2基因在牙鲆成体的心脏、肝脏、脾脏、肾脏、鳃、肠、肌肉、鳍条和皮肤组织均有不同程度的表达,其中鳍条表达量最高,肌肉的表达量最低;在牙鲆变态前和变态初相对表达量较高,随着变态进行,表...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘珊 李冰 张成锋 魏可鹏 朱健
为了解Na+-K+-ATPase α1基因的分子结构及其在建鲤盐度调控过程中起到的作用,采用同源克隆和末端快速扩增(RACE)的方法分离克隆了建鲤(Cyprinus carpio var.jian)Na+-K+-ATPase α1基因全长cDNA,得到3 397 bp的全长cDNA,包括3 081 bp的开放阅读框(ORF),232 bp的5-末端非编码区(UTR)以及219 bp的3-末端非编码区(UTR)。对推测的该基因氨基酸序列进行同源性比对和系统分析显示:建鲤与其他鱼类该基因的氨基酸序列相似度为90.22%~95.52%,与斑马鱼(Danio rerio)相似度最高(95.52%),与...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙海龙 宋娟 高志红 倪照君 章镇
【目的】从‘大嵌蒂’果梅中克隆PmKNAT2,并对其结构特征及表达模式进行分析,为研究果梅雌蕊败育的分子机理和分子育种奠定基础。【方法】在NCBI中查找与果梅相似性很高的桃KNOPE2(KNAT2的同源基因)序列(EF093491),根据桃的KNOPE2序列设计特异引物;采用改良CTAB法提取‘大嵌蒂’果梅花芽总RNA;通过RT-PCR和RACE技术获得基因cDNA序列全长;使用DNAMAN软件进行序列拼接;利用NCBI数据库中的BLASTn和BLASTp程序进行相似性分析;通过生物信息学方法分析结构特征;用DNAMAN软件分析基因的ORF和氨基酸序列;MEGA4.0软件进行系统进化树的构建;...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
何珠子 邹曙明 袁襄南 陶洋
Hox基因是脊椎动物一类重要的生长和发育调节基因,其所编码具螺旋-转角-螺旋结构的转录因子能与靶基因特定区域DNA结合,从而调节动物胚胎发育过程中体轴的形成和器官组织的生长。本研究采用cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆了团头鲂HoxB3a的全长cDNA,并对团头鲂不同时期的胚胎和成鱼的不同组织进行了RT-PCR分析,以探索HoxB3a基因的时空表达特征。序列比对分析结果显示,团头鲂HoxB3a编码的氨基酸序列与斑马鱼(Danio rerio)、大西洋鲑(Salmo salar)、红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)、青鳉(Oryzias latipes)、条纹鲈(Morone ...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
丁为群 梁宏伟 邹桂伟 王晓阳 曹磊 刘迪秋 李忠
【目的】克隆鲢胰岛素样生长因子结合蛋白1(IGFBP-1)基因,分析其编码蛋白的结构与功能,并分析低氧胁迫下该基因在鲢肝脏中的表达情况。【方法】采用cDNA末端快速扩增技术(Rapid amplification of cDNAends,RACE)扩增鲢IGFBP-1基因的全长cDNA,通过半定量RT-PCR法对鲢肌肉、心脏、脑、肾脏、肝脏、腮和脾等组织器官IGFBP-1mRNA的表达水平进行检测,利用Real-time PCR法检测急性低氧胁迫0,2,4,6,8,10和12h后鲢肝脏组织中IGFBP-1表达量的变化。【结果】鲢IGFBP-1全长cDNA为1 081bp,具有73bp的5′非编...
[期刊] 水产学报
[作者]
王瑶 杨志刚 郭子好 姚琴琴 曾奇韬 杨筱珍 成永旭
根据陆地蟹RXR基因保守区序列设计上下游引物,采用逆转录聚合酶链反应(RTPCR)以及cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆中华绒螯蟹RXR基因并进行各组织间的表达分析。序列分析表明,中华绒螯蟹RXR cDNA全长1 517 bp,编码433个氨基酸。经BLASTn和BLASTx分析表明,中华绒螯蟹RXR基因的氨基酸序列与陆地蟹RXR基因的氨基酸序列相似性最高,为96%。系统进化树分析显示,中华绒螯蟹RXR的氨基酸序列与陆地蟹RXR聚为一支。荧光定量PCR结果显示,RXR在所有检测的组织中均有表达,且在中华绒螯蟹Y器官中表达量最高,肝胰腺、鳃和肌肉中少量表达,心脏、胃、肠、胸神经节和脑神经节...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
唐春华 杨丹 左振华 黄小西 陈韬 张东裔
利用草鱼C-反应蛋白(CRP)的EST序列(CK233056)设计引物,采用快速扩增cDNA末端(SMART-RACE)的方法克隆CRP基因的5′末端,获得1个约520bp的cDNA片段.将该片段与EST拼接,得到CRP基因全长cDNA,长度为889bp,含有1个672bp的开放阅读框,两侧分别有74bp和143bp的5′和3′非翻译区域(open reading frame,ORF),CRP基因编码224个氨基酸残基,N端含有15个氨基酸残基的信号肽.利用RT-PCR半定量法对健康及被嗜水产气单胞菌人工感染的草鱼的心脏、脑、前肠、肾脏、肝胰脏、肌肉、脾等组织CRP的mRNA表达水平进行检测,...
[期刊] 水产学报
[作者]
王瑶 杨志刚 沈城 姚琴琴 曾奇韬 刘启彬 成永旭
为了研究蜕皮激素受体(EcR)在中华绒螯蟹蜕皮和性腺发育过程中的作用,本实验采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)以及cDNA末端快速扩增(RACE)技术,克隆了中华绒螯蟹EcR基因全长cDNA序列。运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法,分析该基因在不同组织、蜕皮过程及卵巢发育阶段的表达特征,并研究了甲基法尼酯(MF)对卵巢中EcR的调控作用。结果显示,中华绒螯蟹EcR cDNA全长2 156 bp,编码422个氨基酸,其序列与招潮蟹相似性最高,为89%。荧光定量PCR结果显示,EcR在Y器官中表达量最高;在卵巢和肌肉中少量表达;在肝胰腺、鳃、心脏、胃、肠、胸神经节和脑神经节中微量表达...
[期刊] 水产学报
[作者]
郑诚 薛程 赵倩倩 孙盛明
为了研究类固醇激素合成急性调节蛋白 (StAR)在日本沼虾应答低氧胁迫过程中所发挥的作用，实验应用cDNA末端快速扩增 (RACE) PCR技术克隆了日本沼虾StAR全长cDNA序列，并利用在线软件对其序列特征进行生物信息学分析，采用半定量RT-PCR方法分析StAR在日本沼虾不同组织的分布情况，采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)与Western blot技术对其在不同低氧胁迫阶段中的表达规律进行检测，观察低氧胁迫下精巢组织中StAR蛋白免疫组化定位。结果显示，日本沼虾StAR其cDNA全长3 361 bp (NCBI登录号：MW263908)，包括5′-UTR 323 bp，3′-UTR 2 129 bp，开放阅读框909 bp，编码302个氨基酸。氨基酸序列比对及系统进化分析结果显示，日本沼虾StAR基因与三疣梭子蟹等甲壳动物StAR聚类一支，具有最近的亲缘关系。半定量RT-PCR检测结果显示，StAR在日本沼虾不同组织中均有表达，其表达量在肝胰腺和心脏组织中最低，在精巢组织中表达处于较高水平。使用qRT-PCR技术检测日本沼虾精巢中StAR在低氧胁迫下时空表达情况，结果表明，与对照组相比，低氧处理组精巢中StAR基因表达量在1～48 h均显著上调，而在低氧处理组96 h显著降低。此外，本实验对StAR进行了原核表达及抗血清制备，采用Western blot检测StAR蛋白表达丰度基本与基因表达模式相似，免疫组化结果显示，StAR 蛋白在精细胞与间质细胞中均有表达。综上所述，长期低氧胁迫显著降低了StAR基因的转录表达水平，并且该基因可能在类固醇合成路径及精子发生过程中均发挥重要作用。本研究结果为进一步解析日本沼虾类固醇激素合成分子机制奠定基础。
关键词：
日本沼虾 StAR 克隆 低氧 表达分析
[期刊] 水产学报
[作者]
孙盛明 傅洪拓 戈贤平 朱健 乔慧 金舒博 张文宜
为研究冷休克蛋白Y-box基因在青虾应答环境胁迫过程中所起的调控作用,实验应用RACE PCR技术首次克隆了青虾的冷休克蛋白Y-box基因全长c DNA序列,并利用在线软件对其序列特征进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR技术对其在青虾不同组织及环境胁迫过程中的表达变化特征进行分析。青虾冷休克蛋白Y-box基因c DNA全长1501 bp,包括84 bp的5′末端非翻译区(UTR),876 bp的开放阅读框(ORF),541 bp的3′UTR,开放阅读框编码291个氨基酸。氨基酸相似度比对显示,青虾冷
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青虾 冷休克蛋白 低温 低氧 原核表达
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