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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘志雄 于先泥
用同源克隆的方法和3′RACE技术,从日本晚樱(Prunus lannesiana)中分离得到了1个AP3同源基因PrseAP3的cDNA全长,GenBank登录号为JF710371。其cDNA全长977bp,包括1个编码235个氨基酸共708bp的开放阅读框。序列比对和分子系统发生分析表明,PrseAP3是拟南芥的AP3同源基因,其蛋白质的C末端具有2个保守基元:PI-derived模体和paleoAP3模体,属B类转录因子中paleoAP3进化系。半定量RT-PCR分析表明,PrseAP3主要在单瓣日本晚樱品种大岛的萼片、花瓣和雄蕊中表达;在重瓣品种一叶的花瓣、雄蕊和叶化心皮中表达。其表达...
[期刊] 华北农学报
[作者]
隋娟娟 李晓昕 吴健 曹兴 吴泽 何俊娜 义鸣放
为了深入研究重瓣百合花形成的分子机制,以重瓣百合比罗尼卡为试验材料,从中分离得到1个AGL6基因,其开放阅读框为744 bp,共编码247个氨基酸,蛋白质分子量为28.3 ku。亲水性平均系数为-0.748,等电点为8.23。蛋白结构分析显示,百合AGL6蛋白具有典型的MADS-box结构域、K-box区及2个AGL6基序。系统进化树分析结果显示,百合AGL6编码的蛋白属于AP1/AGL9亚家族AGL6分枝的单子叶植物类群,与同为单子叶植物的风信子亲缘关系最近,相似度达到78%,说明克隆得到的基因即为AGL6的同源基因,将其命名为LiAGL6。亚细胞定位表明,LiAGL6在洋葱表皮细胞的细胞核中表达,具备转录因子的基本特征。实时荧光定量PCR结果分析表明,LiAGL6基因在花中表达量最高,在茎、叶中几乎不表达;在整朵花中,LiAGL6在第7轮花瓣中的相对表达量最高,其次依次是第6轮和第3轮,第2轮花瓣中几乎检测不到表达。研究表明,LiAGL6基因可能在百合重瓣花形成方面发挥了调控作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
李铮 潘根 陶杰 黄思齐 唐慧娟 邓勇 赵立宁 李德芳
为探究FT基因在大麻光周期途径中调控开花的作用,从工业大麻品种庆麻1号(Q1)中使用PCR技术克隆了FT同源基因cDNA序列,命名为CsHd3a。利用生物信息方法对该基因序列特征进行了分析,并使用实时荧光定量(qRT-PCR)技术研究其组织特异性表达模式。选取了晚花品种云麻7号(Y7)与早花品种Q1使用qRT-PCR技术进行了长、短日照下的表达谱分析,并分别克隆了2个品种的CsHd3a基因,对其氨基酸序列进行了差异分析。结果表明,CsHd3a基因CDS全长为543 bp,编码180个氨基酸,包含PEBP家族蛋白结构域。系统进化分析表明,CsHd3a蛋白与棉花的GhFT1蛋白亲缘关系最近。组织特异性分析表明,大麻CsHd3a基因在叶片中高表达,在根和茎中几乎不表达。qRT-PCR分析结果表明,Q1在短日照(SD)处理下表现出节律性变化,且在8:00达到最高,而在长日照(LD)处理下几乎不表达。SD条件下,早花品种Q1 CsHd3a基因表达量显著高于晚熟品种Y7。此外,CsHd3a氨基酸序列在Q1和Y7存在5处氨基酸差异,其差异是否因其保守结构域PEBP功能的变化还有待进一步研究。综上,获得了CsHd3a基因的CDS序列,初步探究了早、晚花品种Q1和Y7 CsHd3a基因的时空表达模式,为探究大麻开花光周期途径的机理奠定了研究基础。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
柳爱玲 沈欣杰 刘芸 袁华招 张晓明 李天红
为了解黄酮醇合酶在甜樱桃类黄酮生物合成途径中的作用,根据其他物种已知的FLScDNA保守序列设计简并引物,采用RT-PCR和RACE的技术,从甜樱桃(Prunus avium.L)嫩叶中扩增获得FLScDNA全长,命名为PaFLS(GenBank登录号:JQ289290)。该基因cDNA全长为1 077bp,开放阅读框为1 014bp,编码337个氨基酸,分子质量为38ku,等电点pI为5.58。生物信息学分析表明PaFLS属于依赖2-酮戊二酸的双加氧酶家族(2OG-FeII_Oxy),该基因所编码的氨基酸序列与苹果、梨和草莓的同源性分别为99%、97%和77%。将该基因重组到表达载体pGEX...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
邱宏业 朱建华 丁峰 潘介春 秦献泉 徐宁 李鸿莉 李冬波 彭宏祥 侯延杰 张树伟
【目的】克隆四季蜜龙眼叶片开花基因FLOWERING LOCUS T(FT)表达并进行生物信息学分析,为探讨生长调节剂调控四季蜜龙眼夏季成花机理打下基础。【方法】以经多效唑(PP_(333))和乙烯利处理的四季蜜龙眼成熟叶片为试验材料,采用同源克隆技术克隆其FT基因的cDNA全长序列,预测该基因及其编码蛋白的理化性质,并通过实时荧光定量PCR分析四季蜜龙眼成花过程不同时期的FT表达情况。【结果】克隆获得2个四季蜜龙眼FT同源基因cDNA全长序列,分别命名为DlFT1和DlFT2,序列长度分别为755和629 bp,开放阅读框(ORF)均为525 bp,各编码174个氨基酸,二者所编码的蛋白存在24个氨基酸残基差异。四季蜜龙眼叶片中的DlFT1和DlFT2基因在四季蜜龙眼夏季成花过程中可能发挥关键作用,且DlFT2基因的表达量显著上升(P<0.05),DlFT2与成花关系更紧密。【结论】2个四季蜜龙眼FT同源基因DlFT1和DlFT2均属于PEBP基因家族的FT-Like蛋白亚家族,在PP_(333)和乙烯利诱导四季蜜龙眼成花转变过程中发挥关键作用,且DlFT2起着主导作用。
[期刊] 林业科学
[作者]
金群英 林二培 彭华正 桑庆亮 华锡奇
竹笋的形成和生长发育过程涉及侧枝形态发生,探讨侧枝发育有关基因在竹笋发育过程中的作用,对于阐明竹笋发育基因调控机制有重要意义。利用禾本科TB1同源基因在序列上的保守性,在基因上游的非编码区设计简并引物,通过RT-PCR技术,从早竹笋中克隆到一个1296bp的cDNA序列,该序列包含1个编码349个氨基酸的阅读框,在氨基酸水平上与玉米TB1相似性达64.7%,定名为PpTB1。序列分析比对表明,PpTB1基因的编码产物含有保守的SP区、TCP区和R区,属于基因家族的1个成员。进化分析进一步表明,竹子TB1相似基因是玉米TB1基因的同源基因,且竹子TB1同源基因的分歧时间介于水稻和现有其他TB1同...
关键词:
早竹 竹笋发育 TB1同源基因
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
石玉波 张荻 申晓辉 王玲 卓丽环
根据前期百子莲转录组测序分析的结果,获得了1个与光周期调控开花途径关键基因CONSTANS(CO)同源性较高的核心片段。采用cDNA末端快速扩增(RACE)方法得到了百子莲CO基因cDNA全长序列,命名为ApCOL,GenBank登录号为KF683287。序列分析表明,百子莲ApCOL基因cDNA全长1 648 bp,5'非编码区(5'UTR)和3'非编码区(3'UTR)分别为126和355 bp,开放阅读框(ORF,127~1 293 bp)1 167 bp,编码388个氨基酸。ApCOL具有CO蛋白典型的结构域:氨基末端有2个B-box结构域,羧基末端有1个CCT保守结构域。氨基酸同源性比...
关键词:
百子莲 ApCOL 克隆 基因表达
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
吕素慧 郗琳 聂静 温超 袁存权 马男 赵梁军
以切花菊‘神马’(Chrysanthemum morifolium‘Jinba’)为材料,利用raCe技术与同源克隆方法获得菊花CmPin1基因全长,通过qrt-PCr技术比较CmPin1在不同组织器官的表达,同时对CmPin1响应外施naa和去顶进行研究。结果表明:1)CmPin1基因orf全长1 761bP,编码586个氨基酸,跨膜域位于蛋白n端与C端;通过蛋白序列比对分析,菊花CmPin1蛋白与百日草ZvPin1蛋白相似性最高;亚细胞定位结果显示CmPin1位于细胞膜;2)对CmPin1表达分析表明,该基因在菊花茎部与芽部具有相对较高的表达量,同时,在离体茎段中的CmPin1受到生长素诱...
[期刊] 华北农学报
[作者]
方彦 杨刚 孙万仓 曾秀存 武军艳 刘自刚 杨宁宁
为研究芸芥自交亲和机理,采用mRNA差异显示反转录PCR(DDRT-PCR)分析技术,从芸芥自交亲和系开花前柱头中获得1条差异片段。测序及DNA序列的生物信息学分析表明,该差异片段与拟南芥DNAJ蛋白同源基因AT J3有较高同源性,暂命名为esATJ3基因。该序列含有一个长度为297 bP的完整开放阅读框,编码98个氨基酸残基,含有一个DNAJ-C保守结构域,属于植物DNAJ超家族。esATJ3基因编码的蛋白无信号肽,是一个亲水性蛋白,该蛋白主要由不规则卷曲和α螺旋组成。实时荧光定量PCR分析表明,esATJ3基因在芸芥sC系开花前柱头中表达量较高,初步推测该基因可能参与芸芥亲和性调控。
[期刊] 水产学报
[作者]
唐良华 苏敏 吕博彦 詹冰津 池丽影 祝玲 周琼
为了从分子水平上研究鱼类生殖细胞发育的机制,首次从重要的经济养殖鱼类——黑脊倒刺鲃中克隆了斑马鱼vasa的同源基因ScVHG。该cDNA长1962bp,编码654个氨基酸,氨基酸序列中含有DEAD蛋白家族特有的9个保守结构域。经比对发现,其编码的蛋白序列与斑马鱼VASA蛋白等具有高度的同源性,与斑马鱼、罗非鱼、虹鳟、银鲫、黄鳝、金鱼、金枪鱼、草鱼的VASA蛋白相似度分别为77%,77%,79%,90%,74%,89%,79%和86%。RT-PCR结果显示:在成鱼不同的组织中,ScVHG仅在精巢和卵巢中表达。RNA原位杂交结果进一步表明:在精子发生中,ScVHG只在精原细胞中表达,而在后期的精母...
关键词:
黑脊倒刺鲃 vasa 原位杂交 生殖细胞
[期刊] 林业科学研究
[作者]
孙迎坤 李纪元 殷恒福 范正琪 周兴文
为研究A功能基因在山茶花重瓣形成过程中所发挥的功能,利用同源克隆和RACE扩增方法,从重瓣山茶花品种‘金盘荔枝’发育早期的花芽中获得了山茶花AP基因全长cDNA,命名为CjAPL1,GenBank登录号JX657332。该基因全长1 149 bp,其中,开放阅读框(ORF)长度为741 bp,5’非编码区长度206 bp,3’非编码区长度202 bp。经氨基酸序列分析表明:CjAPL1基因编码一条含有246个氨基酸的蛋白质,与猕猴桃、八仙花等植物的Ap1蛋白同源性均在75%以上。Rea-time PCR结果显示,CjAPL1基因在‘金盘荔枝’不同发育时期花芽中的表达量为:花芽发育早III期>花...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王岩 许玉超 黄和喜 刘世拓 侯喜林 胡春梅*
摘要:[目的]APETALA3(AP3)转录因子是特异性作用于花瓣和雄蕊的 MIKCc-型植物 MADS 转录因子。通过分离和检测不结球白菜雄蕊变异系的 BcAP3 基因,探究不结球白菜稳定雄性不育系的机制。[方法]利用同源克隆基因的方法,以不结球白菜突变系和保持系的早期花蕾总 RNA 为研究对象,分离出 2 个 AP3同源基因 BcAP3-1 和 BcAP3-2,然后利用生物信息学方法对这 2 个基因的核苷酸和蛋白质氨基酸序列结构和组成进行信息学分析。采用半定量 PCR 技术,对不结球白菜中 2 个 AP3 家族基因在不同发育时期及不同组织部位的表达进行了研究。[结果]BcAP3-1 基因的...
关键词:
不结球白菜 雄蕊瓣化 AP3 基因 表达
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
黄和喜 王岩 许玉超 徐玮玮 刘世拓 侯喜林 胡春梅
[目的]APETALA3(AP3)转录因子是特异性作用于花瓣和雄蕊的MIKCc-型植物MADS转录因子。通过分离和检测不结球白菜雄蕊变异系的Bc AP3基因,探究不结球白菜稳定雄性不育系的机制。[方法]利用同源克隆基因的方法,以不结球白菜突变系和保持系的早期花蕾总RNA为研究对象,克隆出2个AP3同源基因Bc AP3-1和Bc AP3-2,然后利用生物信息学方法对这2个基因的核苷酸和蛋白氨基酸序列结构和组成进行信息学分析。采用半定量PCR技术,对不结球白菜中2个AP3家族基因在不同发育时期及不同组织部位的表达进行了研究。[结果]Bc AP3-1基因的c DNA全长为698 bp,编码231个氨...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张鹏 江明锋 马晓瑞 方毅 王永
基于物种同源性,应用PCR和RT-PCR技术,克隆得到藏山羊瓣胃溶菌酶基因cDNA编码序列,并命名为TGOLyz,应用生物信息学软件对TGOLyz基因核苷酸序列及预测的蛋白序列进行了分析,并预测该蛋白的三级结构;应用qRT-PCR技术检测了TGOLyz在5个组织中的定量表达。结果表明,藏山羊瓣胃溶菌酶基因TGOLyz cDNA编码区长444 bp(Accession No.KC558501),编码147个氨基酸,分子量为16.29 kDa,等电点为6.08。同源性对比显示,TGOLyz与牛胃1(Cow stomach 1)的同源性最高,达95.24%,与牦牛胃(Yak stomach)的同源性...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
荣子龙 侯喜林 史公军 肖栋 郝慧楠
采用RT-PCR、5'RACE和3'RACE方法,克隆得到了不结球白菜NJ074晚抽薹基因(BcFLC1)的cDNA全长序列。对BcFLC1基因所编码氨基酸序列的理化性质进行分析推测得到:该基因cDNA全长909bp,包含576bp的开放阅读框,编码191个氨基酸。不结球白菜BcFLC1蛋白功能域预测分析结果表明:该基因为MADS盒基因,其编码蛋白的1~60氨基酸属于MADS盒基因蛋白。荧光定量PCR分析表明:BcFLC1基因在不同生长发育阶段叶片中的表达情况不同,抽薹前高于抽薹后叶片中的表达量。BcFLC1基因在不同部位表达也存在差异,表达量从高到低依次为:叶、茎、花蕾、花和根。
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