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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
江守文 戴中华 陈良标 许强华
MicroRNA(miRNA)是真核生物中长度约为22个核苷酸的非编码小分子RNA,在基因表达调控中扮演重要角色。雌雄差异miRNA的筛选将有助于研究性腺发育的分子机制。通过分离日本文昌鱼(Branchiostoma japonicum)精巢和卵巢的小RNA,利用miRNA芯片杂交的方法,从文昌鱼的小RNA文库中筛选出36个日本文昌鱼性腺高表达的miRNA,其中11个miRNA在文昌鱼精卵巢中呈显著差异表达。6个文昌鱼特有的miRNA(bfl-miR-92b,bfl-miR-10A06,bfl-miR-281,bfl-miR-36B03,bfl-miR-29B02和bfl-miR-26A01)...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王忠军 许强华
ZP蛋白家族是一类具有相对保守的ZP结构域的蛋白质,通常在精卵结合过程中起作用。从日本文昌鱼(Branchiostoma japonicum)中发现一种编码927个氨基酸残基的ZP蛋白cDNA。利用SMART预测该ZP蛋白序列含有3个结构域:透明带结构域、跨膜结构域以及低复杂度区域。利用该ZP基因的整个开放阅读框,检测该基因在日本文昌鱼群体中的氨基酸序列多样性。研究结果发现,在9个日本文昌鱼个体中扩增获得序列长度为2 481～2 784 bp,编码826～927个氨基酸。氨基酸序列比对显示,存在55个变异位点,占总氨基酸残基数的5.93%(55/927),其中有2个个体的氨基酸序列分别存在9个...
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
孙建梅 张士璀 王勇军
文昌鱼代表由无脊椎动物进化到脊椎动物的过渡类型。关于文昌鱼体内酸性磷酸酶(ACP)的分布至今未见报道。本实验采用酶组织化学方法,首次报道ACP在文昌鱼体内的分布。结果表明,文昌鱼表皮、消化道(包括肠和肝盲囊)、生殖腺和神经系统中具有极强的ACP活性,内柱细胞顶部具有较强的ACP活性,围鳃腔上皮和鳃上皮细胞中也具有一定的ACP活性。文昌鱼体内ACP的主要功能可能与细胞内消化和免疫活动有关。
关键词：
文昌鱼 酸性磷酸酶 分布
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
王奕华 张士璀 刘振辉
采用RAPD技术对青岛文昌鱼雌、雄各 11条个体共 2 2个样本进行遗传多样性检测。从 4 0个寡聚核苷酸随机引物中筛选出 17个扩增重复性好、条带清晰、特异性强的引物 ,对每个个体基因组DNA进行了扩增。得到RAPD产物的分子量在 2 0 0～ 2 2 0 0bp之间 ,产物总计 12 7个位点 ,其中 ,多态位点 6 0个 (占 4 7 2 4 % )。计算个体间遗传相似系数平均为 0 86 5 6 ,个体间遗传距离平均为0 1344。用Shannon多样性指数量化的遗传多态度 (H0 ) ,雄性群体 (0 1912 )高于雌性群体(0 112 5 ) ,平均遗传多态度 (Hpop...
[期刊] 水产学报
[作者]
王兰梅 朱文彬 傅建军 罗明坤 董在杰
为了探究红罗非鱼越冬期体色变异的分子机制，实验构建了其2种体色（正常粉红体色和变黑体色）皮肤组织的小RNA文库，每组4个重复，组装后平均每组分别获得12 190 544和11 891 890条过滤后的读长（clean reads），获得miRNA成熟序列669个，其中337个是已知的miRNAs。鉴定出越冬期变黑体色相对于正常粉红体色鱼的差异表达的miRNAs 26个，其中上调11个，下调15个，且其中12个为已知的miRNAs，可能在红罗非鱼越冬期体色变异过程中发挥重要作用。富集分析发现了大量代谢和体色调控相关的通路。研究表明，红罗非鱼越冬期的体色变异可能是色素细胞的增值和迁移形成的，与代谢相关的调控通路在其中发挥重要作用，为解析红罗非鱼越冬期体色变异的机制奠定了基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
彭廷 文慧丽 赵亚帆 王博博 金玉蔓 孙红正 赵全志
为鉴定水稻盐和干旱胁迫下相关miRNA及其响应规律,以三叶一心水稻幼苗为材料,采用实时定量PCR的方法研究了盐(Na Cl)和干旱胁迫(PEG)0,3,6,12,24,48 h后10个miRNA及其靶基因的响应。结果表明,miRNA在盐和干旱胁迫下均存在时序性和组织特异性表达。盐胁迫处理下随处理时间的增加,miR156、miR164、miR167、miR169、miR171在根部的表达量呈上调趋势,miR159、miR160、miR319、miR398、miR1848在处理后3 h呈下调趋势,而后呈上调趋势;且在处理后3 h或6 h时所有miRNA均在地上部的表达量均最低。干旱胁迫处理后,根部miRNA随处理时间的增加基本表现为下降趋势;地上部随处理时间的延长,miR156、miR159、miR160、miR171的表达量呈先下降后维持在较低水平,而miR164、miR167、miR169、miR319、miR398、miR1848的表达量呈下调的趋势。miRNA靶基因的表达也存在明显的组织特异性和时序性,且仅少数miRNA与其靶基因的表达量呈负相关关系,证明miRNA通过调节其靶基因参与植物逆境响应及其调控网络的复杂性。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王昊 辛梅 陈碧鹃 朱琳 夏斌 张艳 孙雪梅 陈聚法 曲克明
本研究分析了2017年9月(夏季)和11月(秋季)青岛市文昌鱼(Branchidermus fasciatus)水生野生动物市级自然保护区营养盐含量的季节变化和平面分布,并对该海域进行了富营养化评价。研究结果显示,2017年溶解无机氮(DIN)平均含量夏季高于秋季,NO_(2-)N、NH_(4-)N平均含量分别是秋季的1.98倍、1.44倍,而NO_(3-)N和PO_(4-)P平均含量低于秋季,分别是秋季的88.8%和47.6%。夏季DIN总体水平优于海水一类标准值,PO_(4-)P总体水平优于海水一类标准值;秋季DIN总体水平优于海水一类标准值,PO_(4-)P总体水平劣于海水一类标准值。从水平分布来看,夏季海水的DIN浓度分布趋势大致呈核心区>实验区>缓冲区的趋势;秋季海水的DIN浓度分布呈缓冲区>实验区>核心区。夏季N/P比值略高于Redfield比值,而秋季N/P比值较低于Redfield比值,DIN相对缺乏。根据潜在性富营养化评价模式,2017年保护区海域夏季和秋季营养水平较低,均属于贫营养水平。
[期刊] 水产学报
[作者]
史西志 毕燕会 周志刚
利用抑制消减杂交法(suppression subtractive hybridization,SSH)获得了海带雌、雄配子体差异表达的cDNA片段,将雄配子体差异表达的cDNA片段克隆于pGEM-T载体并转化大肠杆菌(Escherichia coli)JM109,构建雄配子体差异表达的cDNA消减文库。自750个阳性克隆中随机挑选100个进行PCR扩增鉴定,电泳图谱表明插入片段大小在200~1000bp之间。进一步经过Southern斑点杂交筛选后,选取10个阳性克隆进行测序和序列分析,有7个片段与GenBank数据库中已知基因序列无明显同源性,初步判断为新的基因序列,3个片段与已知Fcp基...
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
王嫣 朱锦天
应用透射电子显微镜观察了文昌鱼 (BranchiostomabelcheritsingtauenseTchangetKoo)鳃骨条的结构。发现其鳃条骨条横切面的外部 ,有时可见两个相连的细胞密集区 ,细胞排列紧密 ,核质比大。除此之外的基质区 ,由平均直径 2 8 3nm的粗纤维构成。在该区域的外围 ,粗纤维与边缘平行排列成薄层。在内部 ,粗纤维交错排列。而鳃条骨条横切面内部及整个舌条骨条则是由平均直径分别为 13 8nm和 13 9nm的细纤维构成的。细纤维排列规则 ,与鳃骨条的长轴平行。且彼此间由横向的细丝状交联连接成为直角的方格结构。两种纤维在形态上与胶原纤维不同。显示文昌鱼的鳃骨条是一...
关键词：
文昌鱼 鳃骨条 基质纤维 超微结构
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
曾明 何书航 李文海 冯军 赵媛媛 郑彩霞
【目的】异形叶性是植物为适应环境在同一植株上产生多种形态成熟叶片的现象。胡杨是典型的木本异形叶植物,前人研究发现,胡杨异形叶片间展现出不同的生理特性及环境适应性。本研究拟通过对胡杨异形叶差异表达miRNA及其靶基因功能的分析,揭示胡杨叶片形态及其生理变化的分子调控机制。【方法】以成年胡杨披针形叶和锯齿卵圆形叶为实验材料,通过高通量测序对其miRNA的表达模式及差异表达miRNA的靶基因功能进行比较研究。【结果】共获得6个高质量的sRNA文库,各文库有效序列占原始序列的56%～81%。通过比对,共鉴定517个已知miRNA和127个新预测miRNA,主要长度分布区间为20～22 nt,其中的389个miRNA匹配至54个已知的miRNA家族。两种形态叶片共同检出的miRNA有369个,与披针形叶片相比,锯齿卵圆形叶中7个miRNA上调表达,15个下调表达。通过靶基因预测及功能分析,发现差异表达miRNA参与调控胡杨异形叶的抗逆相关途径,如对盐胁迫的响应,磷酸肌醇代谢,角质、软木脂和蜡的生物合成,碱基切除修复和RNA降解等代谢途径。利用实时荧光定量PCR验证了5个差异表达miRNA的表达趋势与高通量测序结果一致,通过PCR检测发现差异表达miRNA与其靶基因存在一定的负调控关系。【结论】胡杨异形叶中miRNA表达模式存在差异。其中,调控植物生长发育的保守的miR167、miR166及调控植物抗逆性的miR172在锯齿卵圆形叶中表达量上调,参与植物逆境响应的保守的miR169、miR396在锯齿卵圆形叶中下调表达,推测差异表达miRNA引起了异形叶间形态的差异,同时使锯齿卵圆形叶对不利环境具有较强的耐受性。这与我们前期有关胡杨异形叶形态与生理特性的研究结果相一致。
[期刊] 水产学报
[作者]
周启苓 马骞 王刘永 毛非凡 杨二军 陈刚
【背景】miRNA作为一类非编码小RNA分子，在脊椎动物骨代谢的分子调控网络中占有重要地位。【目的】本研究旨在探究钙调节因子对硬骨鱼类骨组织miRNA表达水平的影响。【方法】采用鲑降钙素(salmon calcitonin， sCT)对虹鳟幼鱼进行腹腔注射，并在注射24 h后采集鳞组织，利用高通量测序技术和生物信息学方法对其中的miRNA表达谱进行分析。【结果】注射组及对照组样品miRNA测序分别获得14 051 631和15 816 147条高质量miRNA序列(18～26 nt)，并分别从中鉴定出568和592种成熟miRNA。注射sCT后的虹鳟鳞组织中共筛选出24个差异表达miRNA(differentially expressed miRNAs， DEMs)(9个表达上调，15个表达下调)。随后，从中随机选取8个miRNA进行实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR， qRT-PCR)检测，其检测结果与高通量测序结果一致。GO注释和富集分析结果显示，DEMs的预测靶基因主要被注释在金属离子结合、钙离子结合、G蛋白偶联受体信号通路、Wnt信号通路和经典Wnt信号通路等功能上，靶基因主要在NF-kappaB输入细胞核的负调节、IL-1β分泌的负调节和TGF-β结合等功能上显著富集。KEGG富集分析结果显示，DEMs的靶基因显著富集在Toll样受体和雌激素等信号通路中。【结论】基于上述分析结果，本研究筛选出omy-miR-29a-5p、omy-miR-30d-5p、omy-mir-125b-2-p3、omy-miR-138、omy-miR-199b-5p和omy-miR-200b等多个可能参与虹鳟骨代谢调控过程的miRNA。【意义】筛选出的差异miRNA可为硬骨鱼类骨代谢调控机制研究提供素材。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈露露 王会 王吉坤 王嘉博 柴志欣 陈智华 钟金城
【目的】miRNA作为一类非编码RNA,广泛参与机体多种生命活动,研究旨在挖掘miRNA在藏黄牛和宣汉黄牛心脏组织中的差异miRNA,为进一步研究藏黄牛低氧适应的分子机制提供基础数据。【方法】随机选取健康的藏黄牛和宣汉黄牛各3头,迅速采集其心脏组织,使用Trizol法提取RNA,琼脂糖凝胶电泳切胶选取18—30nt的片段,连接3’端和5’端,反转录后进行扩增,凝胶电泳切胶纯化后建立藏黄牛和黄牛各3个文库,利用Illumina HiSeq4000测序平台进行高通量测序;将测序得到的序列进行过滤,比对GenBank和Rfam数据库,筛选出藏黄牛和宣汉黄牛的差异miRNA,进行功能注释及信号通路富集分析;随机选择8个miRNAs,利用实时荧光定量PCR检测其在心脏组织的表达量,以验证测序数据的准确性。【结果】藏黄牛和宣汉黄牛心脏组织的高质量读值的序列分别为17 463 446条和13 662 812条,干净读值为16 552 296条和12 055 304条,且在藏黄牛和宣汉黄牛中高质量核酸序列长度富集最多的均是21nt,分别为37.5%和32.1%;且共筛选出219个差异miRNAs,其中48个显著上调,171个显著下调;GO功能注释得到差异miRNA靶基因分子功能中显著富集的条目有22条,如,GO:0005488(结合)、GO:0005515(蛋白质结合)和GO:0043167(离子结合);细胞组分中显著富集的条目有20条,如,GO:0005623(细胞)、GO:0044464(细胞组分)和GO:0005622(细胞内);生物过程中显著富集的条目有13条,如,GO:0035556(细胞内信号转导)、GO:0032774(RNA生物合成过程)和GO:0006351(转录,DNA模板化),KEGG信号通路分析得到差异表达miRNAs靶基因显著富集到胰岛素信号通路(139个靶基因)、mTOR信号通路(38个靶基因)和HIF-1信号通路(92个靶基因)等232个信号通路中,其中有12个靶基因共同作用于这3个信号通路,说明miRNAs可能通过这3个信号通路,共同参与藏黄牛低氧适应性的调控;随机选取8个miRNAs进行荧光定量验证,其表达趋势与测序结果表达趋势基本一致,表明高通量测序数据可信度较高。【结论】得到了miRNA在藏黄牛与宣汉黄牛心脏组织中的表达谱,为揭示藏黄牛低氧适应性的调控机制研究奠定了基础。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
霍晓薇 徐千惠 王延伟
【目的】鉴定杨树受低氮胁迫后miRNA的靶基因,分析靶基因在氮胁迫后的差异表达并探讨其功能,为揭示杨树低氮胁迫下miRNA的调控功能提供参考,并为树木低氮营养高效利用育种提供重要的候选基因。【方法】根据miRNA的保守性及与靶基因的严谨互补配对关系,以杨树miRNA为探针利用靶基因预测软件psRNATarget,通过与毛白杨转录组的基因序列进行比对鉴定靶基因,进一步开展毛白杨受低氮胁迫后靶基因的差异表达分析及功能注释。【结果】获得了131个miRNA家族的242个miRNA成员对应的3 024个靶基因,分别参与了植物激素信号转导、次生代谢产物的生物合成、氨基酸合成代谢、碳代谢和RNA运输等通路。57个靶基因在低氮胁迫处理后发生显著变化,其中受到诱导(29个)和抑制(28个)的基因数目相当。14个低氮胁迫响应的miRNA,其对应的11个靶基因也发生了显著的差异表达变化,其中miRNA和靶基因表达量发生相反变化的有8个miRNA。本研究发现参与植物激素信号转导的靶基因(2个)及参与代谢途径的靶基因(6个)发生了差异表达。miR162的靶基因编码ABC转运蛋白,miR393运用于靶基因KAT2调节Na+和K+动态平衡,miR399的靶基因PIF3编码光敏色素互作因子PIFs蛋白,这些miRNA及靶基因可能在杨树响应低氮胁迫中发挥重要作用。【结论】本文鉴定到了毛白杨中一批低氮胁迫响应miRNA的靶基因,可调控杨树对氮逆境胁迫信号的反应。这些miRNA及靶基因为进一步揭示miRNA及靶基因在低氮胁迫下的调控功能提供了研究线索,为树木氮营养的高效利用改良提供了重要候选基因。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
梁重钧 李麟坤 胡振华 张薇 许慧慧 王利兵
[目的 ]探究调控文冠果种子神经酸合成关键基因。[方法 ]本研究根据参考基因组联合转录组分析文冠果3-酮酯酰-CoA合酶（3-ketoacyl-CoA synthase,KCS）基因家族在不同发育时期种子中的表达模式；通过RT-PCR扩增文冠果XsKCS7基因并进行生物信息学分析；XsKCS7基因异源转化酿酒酵母鉴定基因功能。[结果 ]文冠果XsKCS7基因在不同发育时期种子中的表达量远高于其他KCS基因；克隆XsKCS7基因，生物信息学分析显示，XsKCS7基因的开放阅读框为1 512 bp，编码503个氨基酸，含有典型的KCS家族保守基序“GMGCSA”、“FGNTSSSS”以及“GSGFKCNSAVW”，与橡胶树KCS的亲缘性关系最近，为67.62%; XsKCS7异源转化酿酒酵母鉴定其具有调控芥酸和神经酸合成的功能。[结论 ]XsKCS7基因确为调控文冠果种子芥酸和神经酸合成的关键基因。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
温海深 刘淼 祁保霞 何峰 李吉方 史丹 马瑞芹 胡建 母伟杰 张远青
在水温分别为20(常温对照组)、25、30℃条件下,采用RT-PCR方法,研究性腺成熟期雄性黄颡鱼组织中P450芳香化酶(P450aromA和P450aromB)的mRNA表达水平,同时测定性腺成熟系数(GSI)、肝重指数(HSI)、肥满度(CF)和血浆睾酮(T),雌二醇(E2)含量。结果表明,P450aromA在性腺发育成熟期雄性黄颡鱼心脏、肝、脾、胃、肾脏、精巢、鳃、脑、头肾、肠管组织中均无表达,P450aromB只在脑和肠中有表达,在脑中表达量高于肠,表达量随着水温升高而显著下降;各组实验鱼血浆T和E2含量与芳香化酶基因表达量存在相关关系。该实验结果表明,P450aromA可能与精子发生...
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