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[期刊] 水产学报
[作者]
王攀攀 谢姝敏 于世豪 陈昊 邢超凡 高焕 阎斌伦
为了进一步分析日本囊对虾两种表型差异类型的系统发育关系，实验系统比较了两种类型线粒体全基因组的基因结构、遗传距离和密码子偏好性等特征。结果显示，两种类型线粒体基因组的基因重叠区、基因间隔和密码子等方面均存在差异。两种类型的线粒体蛋白编码基因核苷酸序列的相似度为91.10%～95.00%，氨基酸序列的相似度为96.15%～100%。两种类型的A+T富集区的同源性只有82.60%，分歧度为15.40%，呈现高度遗传分化。日本囊对虾两种类型蛋白编码基因的核苷酸序列分歧度大于明对虾属和叉肢螯虾属，但氨基酸序列的分歧度小于后者。研究发现，基于cytb基因的种间遗传距离大于种内遗传距离的10倍；基于cox1基因的种间遗传距离分别是类型Ⅰ和类型Ⅱ的种内遗传距离的14.6倍和5.2倍。两种类型的nd1、nd4和nd5基因的Ka/Ks值大于1，表明受到正向选择。基于20种隶属9属的对虾线粒体基因组蛋白编码序列构建系统发育树，结果显示能有效地区分各属对虾，其中日本囊对虾的两种类型首先聚类，再与宽沟对虾聚类。以上结果表明日本囊对虾的两种表型差异类型基本达到物种水平，有必要进一步评估更多的性状差异，以提高两种囊对虾的特异性养殖技术。
[期刊] 水产学报
[作者]
宋晓红 毛勇 董宏标 张曼 边力 王军
高温耐受值(CTMax)为评估日本囊对虾稚虾高温耐受性的重要指标,本实验探讨了不同暂养温度(24、28和32℃)和升温速率[(1±0.2)℃/h和(1±0.2)℃/min]对CTMax值的影响,同时利用CTMax和环境响应系数ARR比较了两种形态变异类型日本囊对虾稚虾的高温耐受性差异,并从二者的地理分布、耗氧率、窒息点和温度系数Q10生理代谢指标对其高温耐受机理进行了分析。实验结果如下:(1)不同的暂养温度和升温速率对两种形态变异类型日本囊对虾稚虾的CTMax值均有显著影响(P<0.05);(2)在相同升温速率下,32℃组形态变异类型Ⅱ稚虾的CTMax值高于形态变异类型Ⅰ(P<0.05),各实...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
赵莹莹 郑先虎 匡友谊 马立鸣 何川 朱晓琛 董婧 魏华 孙效文
为比较不同金鱼品种线粒体基因组的差异,通过PCR对虎头、红头白蛋、红白文、高头红文、墨龙睛、黑水泡眼和红朝天龙共7种金鱼线粒体基因组进行扩增,利用Clustal Omega和Contig Express等软件进行序列的比对和拼接,并利用MEGA 7.0和DNA SP 5.0等软件分析不同品种金鱼的线粒体基因组的基本特征、基因排列以及基因组序列的差异情况。结果表明:7种金鱼线粒体基因组全序列长度均为16580bp,基因排列顺序完全相同,排列紧凑,均含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区);ND6和8个tRNA基因在L链上编码,其他基因均在H链上编码。金鱼线粒体基因组和13个编码蛋白的基因的碱基组成具有AT偏好性,A+T含量分为57.7%和58.1%;预测了金鱼22个tRNA的二级结构,大部分tRNA基因都形成典型的三叶草结构,仅tRNA~(Ser)(AGN)缺少DHU臂。在D-loop区中的识别出1个终止序列区(TAS)、3个中央保守区(CSB-F、CSB-E和CSB-D)和3个保守序列区(CSB-1、CSB-2和CSB-3)。对线粒体基因组的全序列比对结果显示,仅存在4个变异位点,且均为非简约信息位点,其中D-loop区变异位点1个,ND2基因2个,ND5基因1个。7种金鱼的线粒体基因组缺乏简约性信息位点,因此线粒体基因组或基因在金鱼系统发育提供的遗传信息将十分有限。
关键词：
金鱼 线粒体基因组 变异位点
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
申欣 王海青 王敏晓 刘斌
利用长PCR扩增获得太平洋磷虾的线粒体DNA,结合鸟枪法和引物步移法测定太平洋磷虾的线粒体基因组。结果表明,太平洋磷虾线粒体基因组全长为16898bp,在最大非编码区中存在一个串联重复区域(4.7×154bp)。在15个主编码基因中,变异位点数最多的是nad5基因(319～321个),其次为nad4基因(284～285个)和cox1基因(232～233个)。因此,nad5基因和nad4基因可以作为候选的分子标记,用于分析磷虾类不同的物种和群体之间的生物多样性。对比泛甲壳动物的原始排列,太平洋磷虾和南极磷虾线粒体基因组共享3个转运RNA基因(tRNALeu(CUN)、tRNALeu(UUR)和t...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
朱雷宇 朱志煌 方民杰 朱陇强 林琪
综合分析对虾科(Penaeidae)21个物种线粒体基因组的全序列，发现其线粒体基因组的长度为15 893～16 071 bp, A+T含量为64.59%～70.61%。K_a/K_s分析表明，对虾科物种线粒体13个蛋白质编码基因(protein-coding genes, PCGs)中，atp8基因的K_a/K_s最高，表明在对虾科中atp8基因受到了较弱的选择压力；在差异位点的分析中，发现nd5和rrnL基因的差异位点比例较高，是理想的分子标记，可用于分析对虾不同群体之间的遗传多样性；在密码子的使用中，被编码的氨基酸均体现相似的偏好性。同时，采用ML(Maximum likelihood)和BI(Bayesian inference)方法构建系统发育树，结果显示，这两种方法构建的系统发育树拓扑结构完全一致，且同属物种也都归为一类或者单独归为一支。本研究为快速鉴定对虾科生物提供了可靠的分子标记，为分析对虾科物种遗传多样性提供理论依据。
关键词：
对虾科 线粒体基因组 结构特征 系统发育
[期刊] 水产学报
[作者]
栾生 孔杰 王清印 高焕 王伟继 张庆文
为了分析日本囊对虾基因组中小微星序列的分布特征并开发小卫星标记,构建了日本囊对虾随机基因组文库,对其中片段长度为400-1 000bp的3 395个克隆测序,共获得总长度为1 606 711bp的DNA序列。在序列拼接后的2 815个克隆中,筛选到487个小卫星序列,其序列总长度占测序序列总长度的3.97%。小卫星序列中,以12bp重复单位的序列数量最多(8.62%),总体趋势表现为重复单位越长,相应的重复序列数目越少(R=-0.826,P<0.01)。小卫星重复单位拷贝数分布范围以8bp重复单位最广(3.1-47.6),其次是10bp(2.5-44),再次是12bp(2.2-28)。平均拷贝...
[期刊] 水产学报
[作者]
王琼 李健 何玉英
中国明对虾是我国最重要的养殖虾类之一。性成熟后的中国明对虾在生长和体色上表现出性别二态性。为了探查基因组上潜在的性别分化相关区域，对中国明对虾进行了全基因组重测序研究。分别使用中国明对虾基因组和其近缘物种凡纳滨对虾的基因组作为参考基因组，计算了雌雄中国明对虾之间的遗传分化指数F_(st)，以筛查基因组上的性别分化相关区域。当使用中国明对虾参考基因组时，有大约89%的中国明对虾测序读段全部或部分比对到中国明对虾参考基因，覆盖度大约为84%。基因组上F_(st)出现较多杂乱的峰，其中LG5的F_(ST)值整体呈升高的趋势，另外LG13，LG17及LG35均有F_(ST)指数相对较高的区域。而当使用凡纳滨对虾参考基因组时，有大约60%的中国明对虾测序读段全部或部分比对到凡纳滨对虾参考基因，覆盖度大约为52%。Scaffold 2550和Scaffold 3683上分别有2个最显著的峰。将雌雄中国明对虾转录组测序数据与凡纳滨对虾的参考基因组比对后，获得了中国明对虾的粗略表达谱，挖掘出了丰富的差异表达基因。分析了前述2个Scaffold上的基因表达情况。在Scaffold 2550上，有2个肌肉中的差异表达基因，有3个性腺中的差异表达基因；在Scaffold 3683上，有4个性腺中的差异表达基因，全部都是雄性高表达，且都位于F_(ST)峰值区域，其中两个基因编码外周型苯二氮卓受体相关蛋白1（peripheral-type benzodiazepine receptor-associated protein 1），参与类固醇激素生物合成，推测这两个雄性高表达基因参与了雄虾的性别特异性生理机制，与雄性生殖功能相关，在性别分化过程中发挥一定作用。本研究初步筛选到了与中国明对虾性别分化相关的区域和基因，为中国明对虾性别二态性的进一步研究提供了依据。
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
张凤英 马凌波 施兆鸿 夏连军 马春艳
利用通用引物成功扩增了黄鳍鲷和黑鲷的线粒体细胞色素氧化酶I亚基(COI)基因序列。通过序列测定,得到581 bp的基因片段,碱基A、T、G、C平均含量分别为25.8%、32.6%、18.0%和23.6%,序列中的A+T含量明显高于G+C含量,与其他鱼类的COI基因片段研究结果相一致。通过序列分析发现黄鳍鲷和黑鲷两序列共存在14处碱基变异,其中在第19~139 bp之间检测到13个变异位点,是变异频率较高的区段,可以考虑作为鲷属或者种群鉴别的分子标记。与黄鲷、真鲷、三长棘真鲷等鱼类比较,无插入和缺失位点,转换明显高于颠换。序列差异比较结果显示,真鲷与黄鳍鲷的序列差异在这5种鱼类中最大,达到了18...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
闫永斌 程起群
为了明确鲳属鱼类的线粒体全基因组序列结构、寻找有效的种间鉴别分子标记，并剖析其系统发育信息，以期为鲳属鱼类的分类学、进化遗传学和种质鉴定提供参考依据，测定了鲳属5种鱼类（中国鲳Pampus chinensis、灰鲳P. cinereus、银鲳P. argenteus、珍鲳P. minor、翎鲳P. punctatissimus）的线粒体全基因组序列，并结合NCBI数据库中已有的鲳属鱼类线粒体全基因组序列进行分析。结果显示：1）鲳属线粒体基因组全序列长度在16551bp到18062bp之间，其基因组结构与大多数硬骨鱼类一致；比较特别的是，银鲳和镰鲳具有两个tRNA~(Met)结构，珍鲳出现ND1基因重排以及两个重复的D-loop结构。2）银鲳与镰鲳的D-loop区出现重复CSB3结构，灰鲳与翎鲳D-loop区出现重复TAS结构。3）ND2基因条形码及其微型条形码均可将鲳属鱼类区分开，可作为有效的鲳属鉴别分子标记。4）东海区的银鲳与镰鲳应为同一物种，灰鲳可能为翎鲳的同物异名。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
徐纯柱 张洪海 马建章
利用PCR方法和直接测序技术获得的紫貂线粒体基因组全长为16523bp,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码基因控制区(D-Loop区),碱基组成为A32.0%、C27.6%、G14.7%、T25.8%;在编码蛋白质基因的密码子第3位点处具有AC高偏向性(72.6%),并且频繁利用不完全终止密码子T或TA(7个)。将紫貂线粒体基因组序列提交到GenBank,并获得检索号为FJ429093。结合GenBank中已公布的鼬科其他6种动物的线粒体基因组全序列及貂属6种D-Loop区部分序列,分别以虎和狗獾为外类群,应用最大简约法构建鼬科和貂属物种的系统进化树。结...
关键词：
紫貂 线粒体基因组 进化
[期刊] 水产学报
[作者]
魏峦峦 沈和定 张雨 方磊 张坤霞 陈诚
采用LA-PCR技术对瘤背石磺线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,瘤背石磺线粒体基因组序列全长13 957 bp,由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和19个长度为2～138 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和8个tRNA基因从L链编码,其余基因均从H链编码。蛋白质基因的起始密码子,除ND2为TTG以外,均为典型的起始密码子ATN。COⅢ和Cytb基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均使用典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer缺少DHU臂,tRNASer和tRNAThr的反密码子环上有9个碱基,而不是通常的7个碱基。最长的非...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
申欣 田美 孟学平 程汉良
综合分析了软骨鱼10个物种的线粒体基因组全序列,全面揭示软骨鱼线粒体基因组的基本特征、蛋白质编码基因和差异位点等。软骨鱼10个物种线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因,而且其基因排列完全相同。真鲨目和鳐形目线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的Ka/Ks比值都远远低于1(0.019 1~0.156 4),显示出较强的纯化(负)选择。基于线粒体基因组构建的系统发育树结果显示,软骨鱼纲分为两支:全头亚纲和板鳃亚纲。在板鳃亚纲内部,鳐形目和鲼形目聚为一支;真鲨目、鼠鲨目、须鲨目、虎鲨目和角鲨目聚为一支,其亲缘关系为:{[(真鲨目+鼠鲨目)+须鲨目)]+虎鲨目}+角鲨目。软骨鱼线粒体基因组差异位点...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
朱雷宇 朱志煌 朱陇强 林琪
综合分析了龙虾科(Palinuridae)13个物种线粒体基因组的全序列,发现其线粒体基因组的长度为15470～16105 bp, A+T含量为62.63%～67.11%。Ka/Ks分析表明,龙虾科中的10个龙虾属(Panulirus)物种线粒体13个蛋白质编码基因(protein-codinggenes,PCGs)的Ka/Ks<
关键词：
龙虾科 线粒体基因组 结构特征 系统发育
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赫崇波 高祥刚 王效敏 刘卫东 周遵春 木云雷 葛陇利
利用圆斑星鲽(Verasper variegatus Temminck et Schlegel)和相关鱼类的部分线粒体基因序列,设计出6对扩增引物,通过PCR扩增产物直接测序和引物行走(Primer walking)法测定圆斑星鲽线粒体基因组全序列,并对其进行结构与进化分析。圆斑星鲽线粒体基因组序列长17273 bp,其基因序列及构成都与其他硬骨鱼基本相同,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和2个非编码区(控制区和WANCY区)。在22个tRNA基因中,tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(第2...
关键词：
圆斑星鲽 线粒体基因组 控制区 系统进化
[期刊] 中国水产科学
[作者]
蒋宗良 张明 林勇 朱佳杰 黎明星 罗永巨 甘西
采用LA-PCR(long amplification polymerase chain reaction)扩增方法获得奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)线粒体基因组全序列。分析表明,序列全长16 632 bp,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个长度为931 bp的主非编码区。A、T、G、C碱基的组成分别为27.89%、25.50%、15.62%、30.99%。基因排列与罗非鱼属的其他物种一致。13个蛋白质基因除COX1用TGT做起始密码子外,其他均以ATG为起始,终止密码子除COX2、Cyt b、ND4为不完整的T,其余基因均以典型的TAA...
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