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[期刊] 中国水产科学
[作者]
常玉梅 孙博 苏宝锋 梁利群 侯玉军
本研究采用DNA条形码技术对新疆赛里木湖引进种贝加尔凹目白鲑(Coregonus migratorius)、高白鲑(Coregonus peled)和宽鼻白鲑(Coregonus nasus)进行了种质鉴定和遗传多样性分析。单倍型检测发现,3种白鲑共检测到15种单倍型,其中贝加尔凹目白鲑独享5种,宽鼻白鲑7种,高白鲑5种,后二者共享2种单倍型为高白鲑特有单倍型,表明二者存在不同程度的基因交流,高白鲑可能将其基因通过杂交渐渗到宽鼻白鲑群体内。系统发育分析显示,15种单倍型分成3组分别聚类在3个不同分支上,每个分支所属白鲑分别与其发表序列聚在一起,表明赛里木湖引进的3种白鲑仍保持着原种良好的种源特性;而贝加尔凹目白鲑的近缘种秋白鲑(Coregonus autumnalis)则单独聚为一支,与贝加尔凹目白鲑的遗传距离最大(0.027),支持将二者划分为两个独立种。遗传多样性分析显示,3种白鲑的遗传多样性适中,但由于宽鼻白鲑存在杂交的可能性,因而其遗传多样性高于贝加尔凹目白鲑和高白鲑。建议赛里木湖渔业生产部门继续在繁殖、捕鱼等生产方式上进行科学规划,引进先进的种质鉴定技术,避免人工杂交造成的种质污染;同时维持和提高白鲑属鱼类的遗传多样性,保证湖区特色渔业的可持续发展。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
柳淑芳 李献儒 杨钰 杨善军 庄志猛
为建立鲉形目内各物种的快速鉴别方法，本研究扩增了我国４７个鲉形目物种并下载了Ｇｅｎ Ｂａｎｋ上收录的鲉形目共计２３科８５属２３３种８７３条细胞色素Ｃ氧化酶Ｉ基因（ＣＯＩ）序列，分析该基因结构特性。结果表明，鲉形目Ｄｎａ条形码基因的碱基变异中，不变位点５０８个，占总位点数的８２．１％；转换位点７０个，颠换位点４１个，分别占总位点数的１１．３％和６．６％；种内遗传距离为０～０．０１９，平均遗传距离为０．００３？０．００３４；属内种间遗传距离为０．００３～０．２５８，平均值为０．０８６？０．０３８；基于２３３个物种的ＣＯＩ序列构建的系统进化树显示，２２７个物种（９７．４％）能聚为独立分支，且具有较高．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
柳淑芳 李献儒 杜腾飞 庄志猛
从ＧｅｎＢａｎｋ下载到１３目５０科７３属７７种山东近海鱼类的线粒体细胞色素ｃ氧化酶Ｉ（ｃＯ Ｉ）序列，通过分析其遗传距离及系统进化，并基于ｃＯ Ｉ序列筛选物种特异性探针来分析Ｄｎａ芯片技术在进行物种鉴定时的可行性。结果表明，在ｃＯ Ｉ基因Ｄｎａ条形码的分析中，７７种鱼类的种间遗传距离（平均０．１１７）明显大于种内遗传距离（平均０．００３４），且每个物种的不同个体在进化树上都能聚在一起，提示Ｄｎａ条形码能全部区分７７个物种；根据ｃＯ Ｉ基因设计的用于芯片的特异性探针中，７７个物种最终有６４个可以筛选出物种特异性探针，占总物种数的８３．１％，本研究旨在为山东近海鱼类物种鉴定提供了技术支持。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李献儒 柳淑芳 李达 杜腾飞 庄志猛
采用PCR特异性扩增获得中国近海鲱形目(Clupeiformes)2科6属7种的48条线粒体COI基因序列,结合从Gen Bank筛选出的4科40属83种的COI基因序列225条,对鲱形目鱼类的COI条形码基因特征、种内与种间遗传距离及其分子系统进化关系进行了分析,探索了DNA条形码技术在辅助鱼类物种鉴定和分类中的适应性。结果表明,4科41属90种273条COI基因序列的平均碱基组成为T:28.3%、C:28.3%、A:24.2%、G:19.2%,碱基组成表现出明显偏倚性。鲱形目鱼类种间的平均遗传距离为0.131,种内平均遗传距离为0.003,种间距离为种内距离的41倍;系统学分析结果显示,9...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王开杰 徐永江 柳学周 崔爱君 姜燕 王滨 方璐
为了探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ、Ⅱ (CO Ⅰ、CO Ⅱ)和16S rRNA基因在鰤属鱼类物种鉴定和群体划分中的适用性,在黄条鰤(Seriola lalandi)、髙体鰤(Seriola dumerili)、五条鰤(Seriola quinqueradiata)等鰤属鱼类中克隆了3种基因,并进行序列比对与系统进化分析。结果显示, CO Ⅰ、CO Ⅱ和16S rRNA的基因序列均表现出明显的A+T偏倚性; 16S rRNA序列最为保守,变异率仅为5.06%; CO Ⅰ序列的平均核苷酸差异数(k)和核酸多样性指数(Pi)高于CO Ⅱ和16S rRNA, CO Ⅱ的单倍型多样性指数最高, CO Ⅰ序列分化程度更高。比较了鰤属鱼类3种基因的扩增序列,发现CO Ⅰ、CO Ⅱ和16S rRNA均能对我国分布的3种鰤属鱼类进行有效鉴别。另外, CO Ⅰ、CO Ⅱ还可作为不同地理群体黄条鰤的鉴别DNA条形码,而16S rRNA对于不同地理群体的黄条鰤辨识能力不足。在鰤属鱼类中,基于CO Ⅰ、CO Ⅱ、16S rRNA基因计算的种间遗传距离都大于种内遗传距离的10倍以上,系统进化分析显示每个物种都形成单系,表明CO Ⅰ、CO Ⅱ、16S rRNA基因不仅可作为鰤属鱼类物种鉴定和多样性保护的有效DNA条形码, CO Ⅰ、CO Ⅱ还可作为黄条鰤不同地理种群划分和国际资源判别的依据。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
郜星晨 姜伟 刘绍平
为建立长江中游常见鱼类的快速鉴别方法,文献调研了7目11科50属64种鱼类名录,GenBank共获取168条线粒体细胞色素c氧化酶I (COⅠ)序列,分析了序列特征、不同阶元Kimura-2-paramater(K2P)遗传距离及系统进化关系。结果显示,64种鱼类的种间遗传距离(平均值为0.084)明显大于种内(平均值为0.0079),NJ树上不同物种均能以较高支持度聚类成独立分支,以线粒体COⅠ序列作为DNA条形码可准确鉴定所研究鱼类;综合利用分子生物学软件筛选物种特异性探针,最终43种鱼类可筛选出112条物种特异性探针,物种识别率为67.2%。本研究验证了DNA条形码芯片技术在长江中游鱼类物种鉴定的可行性,可为该地区鱼类物种多样性保护提供技术支持。
关键词：
长江中游 DNA条形码 电子芯片
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张北平 杨文荣 张人铭 蔡林钢 吐尔逊 刘昆仑 刘萍 李红 付雅丽 郭焱
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张人铭 蔡林钢 吐尔逊 马燕武 郭焱 张北平 李精明
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨龙 李昂 李步苏 王焕 柳淑芳 庄志猛
为了验证DNA条形码在鲹科鱼类物种鉴定和系统分类中的适用性，本研究自测6属7种17条序列，同时筛选了BOLD数据库中的有效序列，共获得25属95种273条鲹科鱼类DNA条形码序列，通过BLAST比对、遗传距离和系统关系树，构建了鲹科鱼类的DNA条形码分类系统。结果表明：(1)鲹科鱼类属间、种间、属内种间和种内三级分类单元遗传距离的平均水平分别为0.186、0.169、0.090和0.008，种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的21倍，可见DNA条形码适用于鲹科鱼类分类鉴定；(2)运用DNA条形码技术可以识别出形态鉴定有误的物种，表明DNA条形码可以弥补传统形态学鉴定的局限性，可对鲹科鱼类形态学分类结果进行精准修正；(3)鲹科鱼类DNA条形码分析表明，BOLD数据库中仍存在一定的“同种异名”和“异种同名”现象，建议使用该数据库信息时应严格评估信息的准确性；(4)鲹科鱼类系统发生关系研究对物种的分类地位提出了新的见解，即拟鲳鲹(Parona signata)和镰鳍波线鲹(Lichia amia)亲缘关系较近，支持将二者均归为鲳鲹亚科。本研究丰富了鲹科鱼类DNA条形码数据，完善了鲹科DNA条形码分类系统，为鲹科鱼类物种鉴定和系统分类提供了分子证据。
关键词：
鲹科 DNA条形码 分类鉴定 系统关系
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张望 陈秀开 彭勇 李正高
采集了23种鳅科鱼类89尾个体的线粒体COI基因5端序列,分析了碱基组成以及不同鳅科鱼类之间的种间遗传距离和种内遗传距离。结果显示,鳅科鱼类的种间遗传距离显著大于种内遗传距离,表明以COI作为鳅科鱼类DNA条形码进行品种鉴定具有一定的可行性。在建立鳅科鱼类DNA条形码的基础上,设计了主要物种泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)和大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)特异性引物,结果显示,该引物具有较高的特异性和灵敏度,能够实现对泥鳅、大鳞副泥鳅及其混合样品的物种鉴定。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
徐春燕 沈长春 蔡建堤 刘勇 马超 庄之栋 葛辉
为研究DNA条形码技术在遭遇瓶颈的仔稚鱼种类鉴定中的适用性,2015年7月17―20日采集福建近海仔稚鱼样品,并挑选80尾进行DNA条形码分析。获得仔稚鱼的CO I基因序列73条,鉴定仔稚鱼26种,隶属于7目22科25属,另有5个物种仅鉴定到属,2个物种仅鉴定到科。种内平均遗传距离为0.0023,属内种间遗传距离为0.1797,约为种内遗传距离的78倍,说明利用CO I基因可以进行有效的仔稚鱼物种鉴定。科内属间、目内科间的遗传距离分别为0.1937、0.2420,遗传距离随着分类阶元的提高而增大。在系统进
[期刊] 中国水产科学
[作者]
律迎春 左涛 唐庆娟 段高飞 王春霞 李晋 徐洁 薛长湖
为研究线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(Mitochondrial cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因作为DNA条形码鉴定海参品种的可行性,本实验采集了7种海参(Holothuroidea)43个个体并获得其线粒体COⅠ基因序列,利用DNAstar、DNAMAN和MEGA 4.1软件分析计算了7种海参的碱基组成以及不同海参之间的种间遗传距离和种内遗传距离,利用邻接法和最大简约法分别构建了分子系统树。结果表明,海参的种间遗传距离显著大于种内遗传距离,不同海参在系统树中分别形成各自独立的分支,表明以COⅠ作为海参DNA条形码进行品种鉴定具有一定的可行性。在建立海参...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈咸吉 聂现辉 艾文胜 孟勇 肖扬波 周楚人 彭逸斯 汪启明 彭国平
利用3种叶绿体DNA条形码序列ndhF、psbA–trnH、rps16对竹亚科植物17个属的98个竹种进行DNA条形码聚类分析,并对已知的43个耐盐竹种进行聚类分析。结果显示:3种DNA条形码序列对竹子具有良好的通用性,平均通用性在96%以上;psbA–trnH未能对瓜多竹外的竹亚科植物种属进行聚类,能对部分耐盐竹种进行聚类;ndhF、rps16条形码序列能对部分种属进行聚类,对牡竹属、箣竹属、苦竹属中包含的耐盐竹种聚类效果较好。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈咸吉 聂现辉 艾文胜 孟勇 肖扬波 周楚人 彭逸斯 汪启明 彭国平
利用3种叶绿体DNA条形码序列ndhF、psbA–trnH、rps16对竹亚科植物17个属的98个竹种进行DNA条形码聚类分析,并对已知的43个耐盐竹种进行聚类分析。结果显示:3种DNA条形码序列对竹子具有良好的通用性,平均通用性在96%以上;psbA–trnH未能对瓜多竹外的竹亚科植物种属进行聚类,能对部分耐盐竹种进行聚类;ndhF、rps16条形码序列能对部分种属进行聚类,对牡竹属、箣竹属、苦竹属中包含的耐盐竹种聚类效果较好。
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