为开发更多的适用于禾本科Poaceae植物通用性分子标记,丰富竹类植物的遗传信息,依据禾本科单拷贝同源基因(COSⅡ)已知序列的保守区域设计了14对引物,以此引物对刚竹属Phyllostachys植物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,并对部分扩增产物进行测序。结果所有引物可以在至少1个材料中得到特异性扩增,其中7对引物在5个供试材料中均能扩增到产物,13对引物在5个样本中表现出多态性,占引物总数的92.9%。对部分扩增产物进行测序,所测序列均为特异性扩增序列。同一引物在不同样本中的扩增片段间存在单核苷酸多态性(SNP)位点,部分SNP位点会导致氨基酸序列提前终止或酶切位点变化。对有合适内切酶存...

采用磁珠富集和PCR筛选相结合的方法,得到番红砗磲的19个多态性微卫星标记。利用新开发微卫星标记对西沙群岛2个野生群体的遗传多样性进行比较分析,七连屿海域野生群体和永兴岛海域野生群体的平均观测等位基因数(Na)分别为11.105、11.895,平均有效等位基因数(Ne)分别为6.274、6.173,平均期望杂合度(He)分别为0.776、0.788,平均多态性信息含量分别为0.730、0.744,发现2个野生群体的遗传多样性都处于高度多态水平,说明其有效群体大小仍然保持在较高水平。Bonferroni校正后,在2个群体中各有4个位点偏离Hardy-Weinberg平衡。另外分析了这些引物在近缘种中的通用性情况,发现鳞砗磲中有7对微卫星引物具有通用性,6对具有多态性;无鳞砗磲中有3对微卫星引物具有通用性,1对具有多态性;诺瓦砗磲中有5对微卫星引物具有通用性,5对具有多态性;长砗磲中有9对微卫星引物具有通用性,8对具有多态性;砗蚝中有2对引物具有通用性,2对具有多态性。

利用泥蚶转录组高通量测序、拼接获得的大量EST序列开发SSR标记,在1 123条EST序列里筛查到73条含有SSR位点的EST序列,其中54个位点适合设计引物,在位点两侧设计引物并进行PCR扩增。结果显示,46对引物获得稳定扩增的位点,引物在泥蚶奉化群体的多态性检测中发现,有34对引物表现出多态性,共扩增出122个等位基因,各位点的等位基因数Na为2～7个,平均每个位点产生3.59个等位基因,观测杂合度Ho、期望杂合度He、多态信息含量PIC范围分别为0.000～0.600、0.078～0.771、0.106～0.718;Hardy-Weinberg平衡检测显示,13个位点偏离了平衡状态;用N...

为开展文蛤多态性微卫星标记及其在斧文蛤和帘文蛤中的通用性研究,实验从磁珠富集法构建的基因组文库和EST文库中开发了30个文蛤多态性微卫星标记,包括8个G-SSR和22个EST-SSR多态性位点。共获得140个等位基因,平均等位基因数为4.67;多态性信息含量、观测杂合度、期望杂合度分别为0.172～0.744、0.040～0.720、0.187～0.793;G-SSRs的平均等位基因数、平均多态性信息含量、平均观测杂合度和平均期望杂合度都较EST-SSRs高;Hardy-Weinberg平衡检测发现,24个位点偏离了平衡状态;利用BLASTx对含多态性SSR位点的EST进行功能注释,11个位点...

叶绿体基因组为母系遗传,保守性高,因此叶绿体基因组中的简单序列重复(SSR)标记可在更高分类水平上进行种质资源鉴定和群体遗传结构分析。利用TRF软件和SSR Hunter软件相结合对花椒Zanthoxylum bungeanum叶绿体基因组中的SSR位点进行筛选。结果显示:花椒叶绿体基因组中共有144个SSR位点,位点间的平均分布距离为1 100.00 bp。基于检测软件设置参数,SSR重复类型主要集中在一、三核苷酸重复,二者占SSR位点总数的91.67%。此外,随机设计合成30对SSR引物对10份花椒种质、 5份竹叶花椒Zanthoxylum armatum种质和1份日本花椒Zanthoxylum piperitum种质进行PCR扩增检测,共筛选出10对多态性引物,其中单核苷酸重复位点的多态性高于多核苷酸重复位点。本研究开发的叶绿体SSR标记可有效区分花椒、竹叶花椒和日本花椒,但在花椒种内并未检测出多态性。表明花椒叶绿体基因组的SSR标记可用于花椒属Zanthoxylum不同种间的遗传多样性分析。图2表3参19

【目的】无核是鲜食葡萄的重要农艺性状,无核基因分子标记的准确性将影响无核葡萄早期选择的效果。本研究对前人开发的5个葡萄无核基因分子标记在183份葡萄材料中进行通用性鉴定,旨在明确各个分子标记的适用范围,为利用分子标记辅助无核葡萄育种提供参考依据。【方法】以96个葡萄品种(其中无核63个,有核33个)及‘红地球’ב黎明无核’87个F1单株(其中无核61株,有核26株)的叶片DNA为模板,利用已报道的5个葡萄无核基因分子标记(SCF27-2000、GSLP1-569、VMC7f2、p3_VvAGL11和5U_VviAGL11)的引物进行PCR扩增,采用1.5%琼脂糖凝胶电泳、毛细管电泳和8%聚丙烯酰胺凝胶电泳技术检测PCR产物,分析各个样品的无核特异条带,鉴定5个分子标记的准确率。【结果】SCAR标记GSLP1-569对96个葡萄品种的检测准确率为40.6%,无核检测率为63.6%。SCAR标记SCF27-2000对96个葡萄品种及87个F1杂交单株的检测准确率分别为71.9%和76.54%,无核检测率分别为70.5%和78.5%。SSR标记VMC7f2在96个葡萄品种中鉴定出8个等位基因,经卡方检验,189-bp等位基因与葡萄无核性状显著关联,其检测准确率为85.4%,无核检测率为85.5%。SSR标记p3_VvAGL11在96个葡萄品种中鉴定出7个等位基因,经卡方检验,187-bp等位基因与葡萄无核性状显著关联,其检测准确率为89.6%,无核检测率为90.7%,在F1杂交单株中其鉴定准确率为87.65%,无核检测率为91.1%,假阳性率为6.17%,假阴性率为6.17%。SSR标记5U_VviAGL11在96个葡萄品种中鉴定出17个等位基因,经卡方检验,306-bp等位基因与葡萄无核性状显著关联,其鉴定准确率为88.5%,无核检测率为90.6%,在F1杂交单株中检测准确率为88.89%,无核检测率为92.7%,假阳性率为4.94%,假阴性率为6.17%。【结论】SSR标记p3_VvAGL11和5U_VviAGL11在葡萄种质及遗传群体中无核分型的准确性及无核检测的效率较高,适用范围较广,在无核基因分子标记辅助选择中可以考虑优先使用。

概述了遗传标记的发展 ,比较了各种遗传标记的特点 ,并重点介绍了近年来发展起来的分子标记及其检测技术。

利用9对引物对46个品种或品系的DNA进行扩增,共得到39条多态性谱带,以相似系数和遗传距离矩阵,采用类平均法进行聚类分析,46份材料在相似系数0.33时,被分为两大类,I类为海岛棉,II类为陆地棉。II类组中陆地棉在相似系数0.568时,被分为2个亚组。亚组1为海陆杂交低代材料,具有陆地棉和海岛棉综合特征较多,从DNA扩增的谱带看,多是海陆杂合带,并有较多海岛棉带型。亚组2除品系冀031823和冀04425为纯陆地棉外,具有海岛棉优质基因的陆地棉渐渗系被分成不同的小组。扩增结果表明渐渗系主要遗传背景为陆地棉,个别性状来源于海岛棉。由于渐渗位点和基因不同,从而造成一定的差异,被聚类到不同小组。...

用6 072对斑马鱼(Danio rerio)微卫星引物对黑龙江鲤(Cyprinus carpio haematopterusTemminck et Schlegel)、荷包红鲤(Cyprinus carpiovar.wuyuanensis)和柏氏鲤(Cyprinus pellegriniTchang)进行种间遗传差异分析,共发现563个斑马鱼微卫星标记在鲤鱼种间表现出多态性。从中随机抽选25个标记,对斑马鱼和3种鲤鱼的遗传多样性进行分析,使用Phylip3.63软件按照Nei氏标准遗传距离计算种间遗传距离,再用MEGA3.0软件绘制NJ系统发生树,并进行1 000次bootstrap检验系统...

生物大分子标记物是指生物体内的一些对外界环境变化敏感并能产生一些可检测变化的大分子物质,这些大分子物质能够反映环境变化对生物体的影响。随着社会对环境保护的日益重视和分子生物学技术的发展,将生物大分子标记物的检测应用到环境监测中已经成为一种趋势。生物大分子标记物检测由于其测定指标全面、准确、系统且具有特异性等优点,近十几年来作为污染物暴露和毒性效应的早期预警工具已被广泛应用于环境评价中。本文对一些主要的生物大分子标记物及其检测技术在环境监测中的应用状况及应用前景进行综述,旨在为生物大分子标记技术在环境检测实际操作中的应用提供参考依据。

通过在多态位点两侧的保守编码序列上设计引物,可以开发出在不同物种间通用的基于PCR的分子标记,称为扩增共有序列遗传标记(ACGM)。【目的】探讨利用已公布的水稻籼、粳两亚种的基因组序列开发禾本科ACGM的可行性。【方法】根据水稻两亚种间的内含子长度多态性,开发了38对ACGM引物。用这些引物对玉米、粟、大麦、小麦、竹子、旱稗草和大米草6个属共12个不同材料进行PCR实验。【结果】几乎所有引物都可在至少1种材料中扩增出特异条带,而1/3以上的引物可以在全部供试材料中获得特异扩增产物。在每一种供试材料中,平均大约有2/3的引物可以成功扩增出目的条带。这些引物在各属内不同种、亚种或品种(系)之间的多...

利用高通量测序的方法,从熊本牡蛎基因组中开发了20对具有多态性的微卫星标记,通过微卫星标记位点比较了野生群体和养殖群体的遗传多样性。野生群体中,所有位点共扩增出330个等位基因,等位基因数(N_a)范围为6～39,平均等位基因数为16.500 0;有效等位基因数(N_e)范围为1.352 9～33.361 7,平均值9.517 2;观测杂合度(H_o)范围为0.200 0～1.000 0,平均值0.671 5;期望杂合度(H_e)范围为0.265 6～0.987 7,平均值0.832 1;ShannonWeiner指数(Ⅰ)范围为0.648 3～3.585 8,平均值2.276 9;多态信息含量(PIC)范围为0.254 5～0.969 2,平均值0.803 5,共有16个位点符合Hardy-Weinberg平衡。养殖群体中,N_a平均值为10.250 0,N_e平均值为5.843 4,H_o平均值为0.639 1,H_e平均值为0.763 6,I平均值为1.791 4,PIC平均值为0.720 7。结果显示,熊本牡蛎养殖群体的遗传多样性低于野生群体,但仍然维持在高度多态水平。研究表明,在熊本牡蛎人工繁育过程中,使用大数量的亲本进行繁育,可有效防止选育群体的遗传多样性降低,但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。另外,分析了这些引物在近缘种葡萄牙牡蛎、长牡蛎、香港牡蛎、有明牡蛎、僧帽牡蛎、咬齿牡蛎以及舌骨牡蛎中的通用性情况,发现XB1-6、XB1-39和XB1-45 3个位点在8个物种中均能扩增出目的条带,XB1-41仅能在熊本牡蛎中扩增出目的条带。

【目的】家蚕(Bombyx moriL.)品种和纯度的鉴别,普遍依靠幼虫斑纹或茧形等形态鉴别方法,该方法易受环境影响,结果时效性和准确性差。【方法】筛选RAPD随机引物,稳定扩增出亲本品种的DNA特异性片段,转换成SCAR标记。【结果】利用微量DNA抽提法,从家蚕主要品种苏5、苏6及其F1孵化前日卵快速提取单粒卵基因组DNA,筛选出RAPD随机引物S42,稳定扩增出苏5和苏6两个亲本品种的DNA特异性片段R5和R6,克隆和测序确认其大小分别为255bp和343bp。Blastn分析显示,R5的nt7～192与家蚕的一个非长末端逆转录转座子(AB002270.1)的nt183～368片段碱基序列...

为了有效利用外引小麦种质资源和评价小麦抗旱性相关分子标记的有效性,以48份小麦外引种质为材料,测定干旱条件下种子的相对发芽率,并利用4个小麦抗旱性相关分子标记进行抗旱基因(1-feh-w3、Dreb-B1、NRX-B1和FerA1)的分布检测。结果表明,外引种质材料的平均相对发芽率为70.0%,变异范围为34.9%～94.5%,中等及以上抗旱性等级种质材料占85.4%。外引小麦种质中4个抗旱性相关基因存在8种单倍型,Dreb-B1、FerA1基因各自的2种单倍型间平均相对发芽率差异均达到显著水平,而1-feh-w3基因的Westonia type单倍型与Kauz type单倍型,NRX-B1基因的TaNRX-B1a单倍型与TaNRX-B1b单倍型间平均相对发芽率无显著差异;TaDreb-B1a、TaFer-A1(H)单倍型与平均相对发芽率均呈显著正相关,1-feh-w3、NRX-B1基因与平均相对发芽率相关性不显著。平均相对发芽率以单倍型组合Westonia type/TaDreb-B1a/TaFer-A1(H)/TaNRX-B1a最高,达到77.35%。验证了抗旱性基因Dreb-B1分子标记的有效性,而1-feh-w3基因2种单倍型对抗旱性选择无效。

【目的】了解不同抗病基因在育种亲本材料上的分布,为选育抗病品种提供参考。【方法】利用与抗稻瘟病基因ppi2、pikm和pita紧密连锁的分子标记检测分析新育成的杂交水稻亲本材料32份,同时进行田间抗性鉴定。【结果】含有pi2、pikm和pita的有2份材料;含有pi2和pita的有12份材料;含有pikm和pita的有2份材料;含有pita的有1份材料。田间鉴定抗稻瘟病的有34份材料。【结论】新育三系不育系德5A和恢复系泸恢37可作为抗病品种选育的骨干亲本应用。