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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘芳宁 闫丽辉 曹殿军 刘培欣 杨增岐
采用RT-PCR技术克隆了新城疫病毒(NDV)V4株长约4 200 bp的核苷酸序列,并进行了序列测定与分析。结果表明,该序列中包含有NDV V4株NP基因编码区、NP和P基因间隔区以及P基因的全部核苷酸序列。NDV V4株NP和P基因与其他8个NDV毒株相应部分进行同源性比较,与Quuesland V4株的同源性最高。NDV V4株NP和P基因间隔区序列与其他13株NDV毒株相应部分的比较结果表明,F48E9等强毒株较La sota等弱毒、无毒毒株和试验用V4株在这个区域多了6个碱基,这6个碱基插入的位置在La sota等弱毒、无毒毒株全基因组序列的1647-1648 nt处;参比的14株N...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
程太平 荣俊 刘超
以RT-PCR扩增新城疫病毒JZ05株的HN基因,并进行克隆和测序.采用DNAssist序列分析软件将JZ05毒株HN基因与另外18个NDV毒株HN基因序列及其氨基酸序列进行比对分析.测序结果表明,JZ05毒株的HN基因全长1716 bp,HN蛋白由571个氨基酸残基构成,具有5个潜在糖基化位点及13个半胱氨酸残基,第6个潜在糖基化位点(538-540 aa)发生缺失.与另外18个NDV毒株比对,仅NDV JZ05株发生单个氨基酸残基变更的有6处.与11个毒株(ZJ1、TJ03、Jlan-1-00、SBZ02、SCL03、JS02、GD05、SQD04、SQZ04、YG、Taiwan95)比对...
关键词：
新城疫病毒 HN基因 基因克隆 序列分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
陈礼朋 王忠田 岳旭龙 王泽仁 高文明 李双亮 张宇耕 崔保安 李新生
【目的】对新城疫病毒(NDV)HN09-69株P基因进行克隆、序列分析和表达鉴定,为研究P和V蛋白的功能,及NDV新流行毒株的免疫预防提供理论依据。【方法】以HN09-69株NDV为研究对象,根据GenBank上发布的相关P基因参考序列设计引物,进行RT-PCR扩增、克隆和序列测定分析,将P基因的核苷酸序列与相关参考株的P基因序列进行比对分析并构建进化树。将P基因克隆到原核表达载体PET28a(+)中,得到重组质粒rPET28a(+)-P,将重组表达质粒转化到BL21(DE3)中诱导表达,用SDS-PAGE电泳和Western blotting检测表达情况。【结果】扩增出了HN09-69株P基...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
郑腾 程龙飞 李志方 柯美峰 黄瑜 李文杨 施少华
采用RT-PCR方法对猪源新城疫病毒(NDV)SP13株的F基因进行了扩增与克隆,并测定出F基因的核苷酸全序列,推导出氨基酸序列.F基因全长为1662 bp,单一的开放阅读框,编码553个氨基酸的长肽,裂解位点的氨基酸序列为112G-R-Q-G-R-L117,与弱毒株在这一区域的序列(112G-R/K-Q-G/S-R-L117)相符;F蛋白有6个潜在的糖基化位点和13个Cys残基位点,其疏水构型有3个强疏水区.通过同源率、系统发育、致病性、疏水性和抗原性等比较分析的结果表明,SP13与LaSota、Clone 30株不但同源性达到99.9%,而且在致病性、疏水性和抗原性等方面也极为相似.
[期刊] 华北农学报
[作者]
张丽青 王爱华 张秀珊 潘丽娜 杜冬华 周静 闫书彩 孙继国
参照GenBank中NDV的核酸序列设计一对引物,利用RT-PCR扩增F基因并得到长约1.7 kb的全基因片段,并将其构建到pMD-19T载体上。核苷酸序列测定结果表明:该基因片段全长1 662 bp,编码553个氨基酸,与Gen-Bank下载的13株参考毒株F基因比较,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.2%~99.2%和96.9%~98.7%;但与LaSota、F48E9及B1等常见疫苗株的氨基酸同源性仅为88.6%~91.5%。NDV分离株F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F-I-G119,属于基因ⅦNDV。
关键词：
新城疫病 F基因 克隆 序列分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨少华 胡北侠 黄艳艳 许传田 颜世敢 张秀美
选取山东2007～2008年的5株NDV流行株,克隆融合蛋白(F)和血凝素-神经氨酸酶(HN)基因全长并测序。结果表明,5个分离株F基因长度为1662 bp,编码553个氨基酸。F蛋白裂解位点的氨基酸序列均为112R-R-Q-K-R-F117,符合强毒株F基因裂解位点的氨基酸序列特征。对F基因47～420 nt序列进行比对,发现4株鸡源毒株基因型为Ⅶd,另一鸽源毒株基因型为Ⅵ。5个分离株间F基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为88.8%～99.7%和94%～99.3%,与LaSota、Clone30、F48E9的氨基酸同源性分别为88.4%～89.5%、87.7%～88.8%、90.8%～92....
关键词：
新城疫病毒 基因型 强毒株
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
金扩世 陆承平 金宁一
根据已发表的新城疫病毒 (NDV)的核苷酸序列设计了 5对引物 ,采用RT PCR技术 ,分别扩增新城疫病毒长春株基因组中的F、HN、M、P及NP基因 ,并克隆和测定序列。与新城疫弱毒LaSota株和V4株进行同源性比较 ,并对NDV长春株、LaSota株及F48E9株F蛋白分子结构的疏水性及抗原表位分析 ,表明NDV长春株具有新城疫病毒弱毒株的特性。
关键词：
新城疫病毒长春株 结构基因 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭志华 孙毅 张效梅 张健 白云凤
根据Genbank已报道马铃薯卷叶病毒(PLRV)基因组序列,分析其基因间隔区(IS)两端的保守区,自行设计、合成一对特异性引物,以PLRV内蒙古分离物总RNA为模板,经RT-PCR扩增得到含PLRVIS的一段369 bp的cDNA,克隆于载体pBS-T中。重组质粒经PCR鉴定、酶切分析和核苷酸序列测定,并进一步与PLRV其他分离物的同源序列作比对。结果表明:克隆的PLRV内蒙古分离物的IS序列与其他全部已发表的13个全基因组中的IS核苷酸序列有很高的同源性,最高达到100%,平均为97.90%,高于这13个PLRV全基因组序列96.81%的同源性,说明IS序列不仅在PLRV的不同株系间比较保...
[期刊] 华北农学报
[作者]
符芳 姜北宇 张莉 高轩 张飚
参照NDVLa Sota株核酸序列(AF077761)设计1对引物,利用RT-PCR扩增F基因并得到了长为1 700 bp的片段,将其克隆到pGEM-T easy vector中,经酶切鉴定和测序后克隆进原核表达载体pET-32a,将重组表达质粒转化BL21(DE3),在IPTG诱导下表达约83 kd的融合蛋白,SDS-PAGE电泳和Western blotting检测证实该基因片段获得高效表达且表达产物具有免疫学活性。
关键词：
新城疫病毒 F基因 克隆 原核表达
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
栾慎顺 魏玉荣 张敏 金苗苗 沈国顺
根据GeneBank中报道的NDV融合蛋白基因(F)序列,设计了一对特异性引物,用该引物对NDVLN-SN株进行了RT-PCR扩增;将扩增得到的PCR片段纯化后与pGEM-T连接得到重组质粒pGEM-F,用于核苷酸序列测定。结果该基因ORF长1662bp,编码553个氨基酸;将LN-SN毒株与GeneBank中已报道的NDV毒株进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在83.4%~99.9%之间,推导的F蛋白氨基酸序列的同源性在88.4%~99.8%之间。
关键词：
新城疫病毒 融合蛋白基因 克隆 序列分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
乔军 夏咸柱 胡桂学 谢之景 闫芳 杨松涛 黄耕
根据GenBank中报道的CCVInsavc 1株核蛋白基因(M)序列,用特异性引物对分离的CCVV1野毒株进行了RT PCR扩增,将扩增得到的PCR片段纯化后与pGEM T连接得到重组质粒pTM,并进行了核苷酸序列测定。结果表明,该基因全长为789bp,编码263个氨基酸,其中前17个氨基酸为信号肽。与CCV标准毒株Insavc 1M基因相比,两者核苷酸的同源性为92.1%;推导的氨基酸序列同源性为90.9%,差异主要发生在该蛋白的N端前1/3区域内。在推导的M蛋白氨基酸序列中,发现了3个明显的疏水区,提示该蛋白可能是一个反复跨膜的蛋白;在N端15～17,38～40,234～236位氨基酸...
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨金兴 朱瑞良
2011年从山东不同地区的发病鸡体内分离到4株新城疫病毒,分别命名为SD1～SD4。4株毒株经病毒蚀斑克隆纯化后动物回归试验可产生典型的NDV病变;为了解其遗传起源和分子特性对其融合蛋白(Fusion,F)进行序列和分子特性的分析。研究结果发现,生物学毒力测定显示4株毒株均为强毒。F蛋白多肽裂解位点的序列为112RRQKRF117,符合NDV强毒氨基酸基序。F基因分型显示,SD01、SD02、SD03和SD04与另外一株鸡源SG01以及广东鹅分离株等属于基因Ⅶ型。同源性比较显示:SD1-SD4与同期分离株的同源性明显高于其他的传统毒株,且与国内分离株的同源性高于国外的分离株。
关键词：
新城疫病毒 F基因 分子特性
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
傅光华 黄瑜 程龙飞 施少华 刘友生 彭春香 陈红梅 万春和 林芳 林建生
测定了7株不同来源不同毒力新城疫病毒的V基因,并对它们的差异性和遗传进化关系进行了比对分析.结果显示:7株病毒V基因之间的核苷酸同源性为81.7%-99.7%,推导氨基酸残基的同源性为75.8%-99.6%;遗传进化分析显示,7株病毒分别处在3个不同的进化分支上,毒力相似的毒株聚类在同一进化分支上,而这与基于F基因的基因分型一致.由结果可推测,新城疫病毒V基因可能与F基因具有相似的遗传变异率,V基因也适合作为病毒基因分型分析的候选靶基因.
关键词：
V基因 遗传变异 新城疫病毒
[期刊] 中国农业科学
[作者]
翟军军 窦永喜 张海瑞 毛立 蒙学莲 骆学农 才学鹏
【目的】对小反刍兽疫病毒P基因进行克隆,并对其结构和功能的关系进行分析,为研究小反刍兽疫病毒P蛋白的功能及其在病毒增殖过程中的作用奠定基础。【方法】利用RT-PCR的方法对小反刍兽疫P基因全长进行克隆,通过生物学软件对其核苷酸序列和氨基酸序列进行了比对,利用I-TASSER进行三级结构预测,然后分析其结构和功能之间的关系。【结果】P基因和MV、CDV、RPV、DMV和PDV的P基因的相似性分别为62.9%、63.3%、64.4%、65.1%和60.4%,氨基酸的相似性分别为45.9%、46.2%、50.6%、50.3%和47.0%。三级结构表明该蛋白由3个结构域构成,中间是由多个α-螺旋构成的...
[期刊] 华北农学报
[作者]
石生林 刘彦群 潘敏慧 鲁成
为丰富柞蚕核型多角体病毒分子生物学基础,通过PCR扩增克隆了ApNPVp11基因并进行了序列的生物信息学分析。ApNPVp11基因编码102个氨基酸,预测分子量11.2 kDa;氨基酸序列N端1~33位是信号肽序列,中部50~72位是跨膜区。PSI-BLAST搜索表明有20种核型多角体病毒编码蛋白与ApNPV P11蛋白有显著性匹配;比对分析发现P11蛋白氨基酸序列中部相对保守,两端变异较大。进化分析表明ApNPV属于NPV类群I且与EppoNPV、AgMNPV、CfDefNPV亲缘关系较近。
关键词：
杆状病毒 p11基因 序列分析
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