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[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈鸣 赵超 范嗣刚 王鹏飞 闫路路 王芳 邱丽华
β-胸腺素(β-thymosin)是一类高度保守的功能多肽,在伤口愈合、血管生成、抗菌和抗病毒免疫等生理活动中起重要的调控作用。本研究从斑节对虾(Penaeus monodon)中成功克隆了一种β-thymosin cDNA序列(β-thymosin 5),其全长为1495 bp,开放阅读框(open reading frame, ORF)为615 bp,编码204个氨基酸。多重序列比对和系统进化树分析结果表明Pmβ5与对虾属的日本囊对虾(Penaeus japonicus)和凡纳滨对虾(Penaeus vannamei)的胸腺素β5聚为一支,其中与日本囊对虾的胸腺素β5同源性最高,相似性高达77%。组织分布研究显示Pmβ5mRNA在肝胰腺和淋巴等免疫相关组织中的表达量明显高于其他组织。在灭活的副溶血弧菌(Vibrio parahemolyticus)刺激下, Pmβ5基因的表达量显著升高(P
[期刊] 淡水渔业
[作者]
彭啸 温彬 陈再忠 高建忠
为了探究胸腺素基因在七彩神仙鱼(Symphysodon aquifasciatus)中的特征、进化和功能，基于转录组序列比对及生物信息学的方法对七彩神仙鱼的胸腺素进行了鉴定、基因与蛋白结构分析、系统发生分析，通过RACE技术克隆获得了七彩神仙鱼胸腺素基因全长，利用qRT-PCR技术研究其在各组织中的表达规律，通过病原感染实验，研究了七彩神仙鱼β-胸腺素基因在病原胁迫下的表达规律。结果显示，七彩神仙鱼的胸腺素基因鉴定为胸腺素β1型，命名为dfTβ。克隆结果显示，dfTβ的全长为779 bp, ORF区序列长度为303 bp,编码100个氨基酸，其5′-UTR为43 bp, 3′-UTR为433 bp,含有22个poly-A。系统发育进化分析结果显示，七彩神仙鱼β-胸腺素同尼加拉瓜湖始丽鱼β-胸腺素聚为一簇。qPCR结果显示，β-胸腺素在七彩神仙鱼各组织中均有表达，其中在肠、皮肤、鳃中表达最高，在头肾和脾中表达最低。嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)感染后，七彩神仙鱼皮肤、头肾、脾和肠中dfTβ均在短时间内显著上调，并随着时间出现先上升后下降的趋势，但各组织中上调倍数最高峰的时间不同。研究结果表明，dfTβ基因参与了七彩神仙鱼受病原刺激后的免疫应答，且表达模式不同，表明其可能在不同组织、免疫的不同阶段发挥不同的作用。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
孙文文 周发林 黄建华 邱丽华 杨其彬 江世贵
利用RACE技术获得了斑节对虾(Penaeus monodon)ANT基因(PmANT)的cDNA序列。该序列全长1 388 bp,开放阅读框(ORF)为930 bp,3'非编码区(UTR)为393 bp,5'非编码区(UTR)为65 bp。ORF可编码309个氨基酸,分子量大约为33.622 ku。与所有ANT家族成员一样,PmANT蛋白具有3个重复同源的线粒体跨膜结构域,但不含信号肽和糖基化位点。相似性、同源性及系统进化树分析显示,斑节对虾的ANT基因与凡纳滨对虾的同源性和相似性最高,并与其聚为一支。采用荧光定量的方法研究了ANT基因在雌雄个体不同组织、卵巢不同发育阶段及未成熟和成熟精巢的...
关键词：
斑节对虾 腺苷酸转移酶 克隆 组织表达
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
郑丽明 周发林 杨其彬 黄建华 邱丽华 苏天凤 杨丽诗 江世贵
采用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNAends,RACE)获得了1 672 bp的斑节对虾钙网蛋白(Penaeusmonodon calreticulin,PmCRT)基因cDNA序列。该序列包含37 bp的5'非编码区(UTR)和414 bp的3'非编码区(UTR)以及1 221 bp的开放阅读框(ORF),可编码406个氨基酸。预测的分子量约为46.8ku,理论等电点为4.13。序列比对分析表明PmCRT与中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)的相似性和同源性最高,分别为100%和98.8%。实时荧光定量PCR对组织表达...
关键词：
斑节对虾 钙网蛋白 克隆 组织表达
[期刊] 水产学报
[作者]
唐蕾 傅明骏 赵超 邱丽华 刘文生 江世贵
为了研究含硒谷胱甘肽过氧化物酶（ｓｅｌｅｎｉｕｍ－ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｇｌｕｔａｔｈｉｏｎｅ ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ，ｓｅｇｐｘ）在斑节对虾应激反应和卵巢发育中的作用，实验以斑节对虾肝胰腺转录组数据中筛选获得的ｓｅ－ｇｐｘ基因（ｐｍ ｓｅ－ｇｐｘ）片段为基础，利用ｒａＣｅ技术获得ｐｍ ｓｅ－ｇｐｘ基因的Ｃ ｄｎａ全长，并对其进行了生物信息学分析；利用荧光定量ｐＣｒ技术研究了ｐｍ ｓｅ－ｇｐｘ在斑节对虾不同组织、卵巢发育各期、肝胰腺组织在ｐｈ９、硫酸铜（Ｃｕ～（２＋））应激下的相对表达量和变化趋势。结果显示，ｐｍ ｓｅ－ｇｐｘ基因Ｃ ｄｎａ全长为９５９ ｂｐ，５＇非编码区（ｕｔｒ）长１０ｂｐ，开放．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵超 傅明骏 江世贵 周发林 杨其彬 朱彩艳 邱丽华
为了解细胞周期蛋白E(cyclin E)基因在斑节对虾(Penaeus monodon)发育过程中的作用,构建和测序了斑节对虾全组织cDNA文库,获得了斑节对虾细胞周期蛋白(Pmcyclin)E的部分表达序列。通过RACE技术克隆得到1条全长1 706 bp的cDNA序列。Pmcyclin E开放阅读框(ORF)为1 263 bp,编码420个氨基酸。生物信息学分析表明,该氨基酸序列含有周期蛋白家族特有的CYCLIN保守区并含有N-糖基化位点及磷酸化位点。经BLAST同源性分析表明,该基因编码蛋白与红火蚁(Solenopsis invicta)、切叶蜂(Megachile rotundata)...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
谢波波 郭松 傅明骏 赵超 杨其彬 焦宗垚 邱丽华
细胞周期蛋白Ｇ２（ｃｙｃｌｉｎ Ｇ２）是细胞周期中的重要调控因子。该研究初步探讨斑节对虾（Ｐｅｎａｅｕｓ ｍｏｎｏｄｏｎ）细胞周期蛋白Ｇ２（Ｐｍｃｙｃｌｉｎ Ｇ２）在卵巢发育中的作用，利用Ｒａｃｅ技术克隆获得４０７５ｂＰ Ｐｍｃｙｃｌｉｎ Ｇ２ ｃ ｄｎａ全长，其开放阅读框（ｏＲＦ）１１６１ｂＰ，编码３８６个氨基酸。利用荧光定量ＰｃＲ技术研究了Ｐｍｃｙｃｌｉｎ Ｇ２组织表达模式，结果显示，Ｐｍｃｙｃｌｉｎ Ｇ２在斑节对虾的心脏、血淋巴、肝胰腺、卵巢等组织中均有表达，其中肌肉中表达量最高；卵巢发育不同阶段Ｐｍｃｙｃｌｉｎ Ｇ２的表达分析则表明，Ｐｍｃｙｃｌｉｎ Ｇ２在ｉｉｉ期表达量最高；注射５－．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王成扬 赵超 傅明骏 邱丽华
为研究增殖细胞核抗原（ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｎｇ ｃｅｌｌ ｎｕｃｌｅａｒ ａｎｔｉｇｅｎ，ｐｃｎａ）在斑节对虾（ｐｅｎａｅｕｓ ｍｏｎｏｄｏｎ）卵巢发育中的功能，利用ｒａｃｅ技术克隆得到了斑节对虾ｐｃｎａ基因（ｐｍｐｃｎａ）的ｃｄｎａ全长序列。该序列全长９７８ ｂｐ，包括１３５ ｂｐ的５′非编码区（５′ｕｔｒ）、６０ ｂｐ的３′ｕｔｒ和编码２６０个氨基酸的７８３ ｂｐ的开放阅读框（ｏｒｆ）。同源性分析结果表明，ｐｍｐｃｎａ与其他物种具有很高的蛋白同源性。组织表达模式分析表明，ｐｍｐｃｎａ在所监测的各组织中为组成性表达，其中在卵巢和脑中表达量较高；卵巢发育不同阶段基因的表达分析则表明ｐｍｐｃｎ．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘先军 杨丽诗 黄建华 周发林 杨其彬 江世贵
C1q结合蛋白(C1qBP)是补体系统中的一种重要成分,它能与游离的补体分子C1q的胶原样区相互作用并启动多种细胞反应,包括增强吞噬作用、促进吞噬细胞对微生物的杀伤、诱导趋化作用,从而增强生物体的免疫性。本实验从构建的斑节对虾(Penaeus monodon)卵巢组织cDNA文库中筛选并克隆了PmC1qBP基因。为研究PmC1qBP在斑节对虾中的生物学功能,采用半定量和荧光定量的方法研究比较了PmC1qBP基因在雌雄个体不同组织及卵巢不同发育阶段的差异表达情况。结果表明:雌雄个体的PmC1qBP基因在性腺、胃、血细胞、肠中表达量存在极显著差异(P<0.01)。同时,PmC1qBP在无节幼体和蚤...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
史晓丽 孟宪红 孔杰 栾生 罗坤 曹宝祥 曹家旺 陈宝龙
醛缩酶(FBA)是糖酵解和糖异生中的关键酶,参与多种生物过程。本研究采用RACE技术,克隆获得中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)FBA基因(Fc FBA)的全长c DNA序列,并对其进行生物信息学分析。结果显示,中国明对虾Fc FBA基因的c DNA全长为2496 bp,其中,ORF长1098 bp,5~′UTR长79 bp,3~′UTR长1319 bp。完整的阅读框编码365个氨基酸,分子量为39.8 k Da,预测的理论等电点为6.6。同源性及系统进化分析表明,Fc FBA与节肢动物的FBA聚为一类,与卤虫(Artemia franciscana)、家蚕(Bombyx mori)、沙漠蝗(Schistocerca gregaria)的相似度分别是86%、79%和78%。荧光定量PCR结果显示,Fc FBA在肌肉中的相对表达量最高,肝胰腺中最低。WSSV感染后,该基因在鳃、肝胰腺和肌肉中呈现出不同的时空表达特点。ds RNA干扰24 h以后,抑制效率达到最大。与PBS对照组相比,Fc FBA干扰组(ds RNA组)加快了对虾染病后的死亡速度。本研究表明,Fc FBA基因可能参与了中国明对虾生物胁迫的应答反应。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
史晓丽 孟宪红 孔杰 栾生 罗坤 曹宝祥 曹家旺 陈宝龙
醛缩酶(FBA)是糖酵解和糖异生中的关键酶,参与多种生物过程。本研究采用RACE技术,克隆获得中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)FBA基因(Fc FBA)的全长c DNA序列,并对其进行生物信息学分析。结果显示,中国明对虾Fc FBA基因的c DNA全长为2496 bp,其中,ORF长1098 bp,5′UTR长79 bp,3′UTR长1319 bp。完整的阅读框编码365个氨基酸,分子量为39.8 k Da,预测的理论等电点为6.6。同源性及系统进化分析表明,Fc FBA与节
[期刊] 水产学报
[作者]
丰培金 王文东 李伟 何江帅 张俊辉 杨振国 卢强
应用荧光DDRT-PCR从鲤外周血白细胞克隆了鲤胸腺素β(thymosinβ,Tβ)基因cDNA全序列。序列分析表明,TβcDNA全长528bp,其完整的读码框架位于40～178bp,编码46个氨基酸,5'非编码区长39bp,3'非编码区长为348bp,且具有Poly(A)加尾信号(AATAAA),将该基因序列递呈GenBank,注册序列号为AY457946。氨基酸序列同源性分析显示,鲤Tβ氨基酸序列与鲤Tβa、斑马鱼Tβa及斑马鱼Tβ-2同源性均为84%。在系统发生树上,鲤Tβ与鲤、斑马鱼、白斑狗鱼和鲑Tβa及斑马鱼Tβ2聚类。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
马宁 曾地刚
真核细胞翻译起始因子5A(eIF5A)是真核生物细胞内的蛋白质翻译起始因子。近年来的研究发现eIF5A在动植物细胞衰老死亡、环境胁迫应答和免疫应答等过程中起着重要的调控作用。通过对凡纳滨对虾cDNA文库进行测序,首次获得了包含eIF5A完整的氨基酸序列的cDNA。该cDNA包含474 bp的开放阅读框,编码157个氨基酸,预测分子量约为17.257 ku,理论等电点为5.06。凡纳滨对虾eIF5A和其他物种对比结果显示,该基因的氨基酸序列和其他物种有较高的同源性。实时定量RT-PCR结果显示,eIF5A基因在凡纳滨对虾不同组织中的mRNA表达没有明显的差异。对WSSV、TSV和IHHNV感染的...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
刘洪涛 杨明秋 汪坤 何玉贵
为了解H~+/肌醇转运蛋白(H~+/myoinositol transporter,HMIT)基因在肌醇跨膜转运中发挥的作用，克隆了凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)的HMIT基因，命名为Lv-HMIT,并分析了Lv-HMIT的结构和表达特征。Lv-HMIT的开放阅读框为1 650 bp,编码549个氨基酸。物理性质显示，它是一种不稳定的亲水性蛋白质，二级结构与三级结构预测都显示其主要由α螺旋和无规则卷曲为主；跨膜结构分析显示，Lv-HMIT存在11个跨膜螺旋结构；亚细胞定位显示，它分布于质膜、内质网和线粒体。多重比对发现，Lv-HMIT的跨膜结构和糖基化位点都比较保守。系统进化显示，Lv-HMIT与雪蟹(Chionoecetes opilio)的HMIT先聚为一支，再与其他节肢动物聚类。实时荧光定量PCR结果显示，Lv-HMIT mRNA在肝胰腺中表达量最高，其次是鳃，在心、胃、眼柄、肠、肌肉和血细胞等组织中有少量表达。Lv-HMIT mRNA从无节幼体期检测到表达，在变态至蚤状幼体、糠虾幼体和仔虾各阶段时都呈现上调表达，说明它可能与幼体变态发育过程有关。十足目虹彩病毒(decapod iridescent virus 1, DIV1)感染24 h后，Lv-HMIT mRNA在肝胰腺中表达显著下调，而鳃中表达量显著上调，显示它参与了对虾对病毒的免疫响应过程。研究结果可为深入了解凡纳滨对虾HMIT的结构功能及在对虾幼体发育、病毒免疫的调控机制提供基础数据。
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈文涛 潘根 唐慧娟 常丽 李德芳 赵立宁 陈安国 李建军
为挖掘红麻雄性不育核基因,解释红麻花蕾败育的分子机理,通过分析转录组数据,利用同源克隆的方法从红麻花药中克隆出拟南芥MALE STERILITY1(MS1)的同源不育基因,并命名为HcMS1基因。利用生物信息学方法对HcMS1蛋白进行结构、理化性质及亲缘关系等分析,并通过qRT-PCR分析HcMS1基因在红麻不育系、保持系不同时期的表达水平;构建过表达载体,利用叶盘法转化本氏烟草并对转基因烟草进行表型观察。HcMS1基因序列开放阅读框(ORF)为1 950 bp,编码649个氨基酸。生物信息学分析显示,HcMS1蛋白为亲水蛋白,定位在细胞核上且含有典型PHD-finger结构域,没有信号肽和跨膜区结构,与陆地棉MS1蛋白亲缘关系最近,其次为木槿MS1蛋白。qRT-PCR结果表明,HcMS1基因的表达量在保持系和不育系中均呈现先上升、后下降的趋势,且在红麻花蕾的四分体至单核期表达量最高,这与拟南芥中MS1基因表达模式一致;另外在保持系中基因的表达水平显著高于不育系,推测红麻败育与HcMS1基因的低量表达相关。通过遗传转化试验发现,HcMS1转基因烟草株型较矮,花萼大小不一,花筒长度缩短,并出现自交不结实的现象,说明红麻HcMS1基因的异源表达有影响本氏烟草正常育性的功能。从红麻花药中成功克隆出核不育相关基因HcMS1,并对其进行功能分析,为后续红麻雄性不育育种工作提供了一定的理论依据与基础。
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