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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
宋煜 李开敏 徐文腾 陈松林 王磊
为探究斑石鲷(Oplegnathus punctatus)干扰素调节因子irf7在虹彩病毒(Iridovirus)感染过程中的作用机制，本研究通过PCR扩增获得了斑石鲷irf7基因CDS区序列，对其序列特征进行分析，并在组织水平和细胞水平研究该基因在病毒感染中的表达模式。结果显示，Opirf7基因CDS区全长为1332 bp，编码443个氨基酸的多肽，具有干扰素调节因子家族的保守结构域。荧光定量PCR (qRT-PCR)结果显示，Opirf7基因在健康个体的不同组织中均有表达，在肝脏中表达量最高，在皮肤和肠等免疫组织中的表达量也较高。对斑石鲷腹腔注射虹彩病毒诱导抗病毒免疫反应，在组织水平检测Opirf7对病毒感染的响应模式。与对照组(0 h)相比，Opirf7在免疫组织中的表达水平有不同程度的升高。在细胞水平，建立poly I: C感染的斑石鲷脑细胞系模型，利用qRT-PCR检测Opirf7的表达变化。结果显示，poly I: C刺激后，脑细胞系Opirf7的表达量显著升高。结果表明，Opirf7在斑石鲷抗病毒病的免疫应答过程中发挥重要作用。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
魏智薪 辛鲁生 白昌明 李亚楠 张淑敏 李成华 王崇明
Ets蛋白是宿主MAPK信号通路下游的一类可参与调控病毒基因转录复制的重要转录因子。本研究通过基因克隆成功获得魁蚶(Scapharca broughtonii) Ets家族9条基因(分别命名为ETS-1～ETS-9),开放阅读框(ORF)大小分别为1065、1290、1569、912、1344、1404、1521、1968和1191 bp,并分别编码354、429、522、303、447、468、506、655和396个氨基酸。系统进化树分类表明,本研究所获得的基因均属Ets家族。对ETS-1和ETS-3的氨基酸序列和三维结构分析表明,其均含有高度保守的ETS结构域。在不同水温条件下,通过人工注射牡蛎疱疹病毒(OsHV-1)对魁蚶进行感染,并对病毒拷贝数和Ets的相对表达量进行定量分析。结果显示,ETS-1和ETS-3只在高温阳性组中相对表达量显著上调,与病毒拷贝数在高温条件下增长趋势呈正相关;ETS-4和ETS-8只在低温阳性组中相对表达量显著上调,但在高温阳性组中ETS-4和ETS-8的相对表达量与病毒拷贝数呈负相关;初步研究结果显示,从魁蚶Ets基因中筛选出2条Ets基因(ETS-1和ETS-3),在高温条件下(16±2)℃,其可能参与正向调控病毒Os HV-1的复制过程。本研究为进一步探索魁蚶在夏季因感染牡蛎疱疹病毒(OsHV-1)而导致的大量死亡提供了科学数据。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
徐琪 陈阳 李秀 黄正洋 张扬 李欣钰 童一宇 段修军 陈国宏
【目的】克隆鸭血清白蛋白(duck serum albumin,DSA)基因,并对其进行生物信息学分析和mRNA表达规律研究。【方法】以前期抑制性消减杂交技术筛选的白蛋白(albumin,ALB)基因为候选基因,通过构建雏鸭肝炎病毒和聚肌苷酸胞苷酸(polyinosinic polycytidylic acid,Poly(I:C))感染模型,利用RT-PCR、RACE技术和基因组步移技术分别克隆ALB基因cDNA序列和5′侧翼序列,并对其进行生物信息学分析;同时利用RT-qPCR检测ALB基因各组织时空表达量。【结果】①ALB cDNA全序列长为2 107 bp,包括47 bp的5′UTR、2...
关键词：
鸭 ALB基因 克隆 基因表达
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
史晓丽 孟宪红 孔杰 栾生 罗坤 曹宝祥 曹家旺 陈宝龙
醛缩酶(FBA)是糖酵解和糖异生中的关键酶,参与多种生物过程。本研究采用RACE技术,克隆获得中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)FBA基因(Fc FBA)的全长c DNA序列,并对其进行生物信息学分析。结果显示,中国明对虾Fc FBA基因的c DNA全长为2496 bp,其中,ORF长1098 bp,5′UTR长79 bp,3′UTR长1319 bp。完整的阅读框编码365个氨基酸,分子量为39.8 k Da,预测的理论等电点为6.6。同源性及系统进化分析表明,Fc FBA与节
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
史晓丽 孟宪红 孔杰 栾生 罗坤 曹宝祥 曹家旺 陈宝龙
醛缩酶(FBA)是糖酵解和糖异生中的关键酶,参与多种生物过程。本研究采用RACE技术,克隆获得中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)FBA基因(Fc FBA)的全长c DNA序列,并对其进行生物信息学分析。结果显示,中国明对虾Fc FBA基因的c DNA全长为2496 bp,其中,ORF长1098 bp,5~′UTR长79 bp,3~′UTR长1319 bp。完整的阅读框编码365个氨基酸,分子量为39.8 k Da,预测的理论等电点为6.6。同源性及系统进化分析表明,Fc FBA与节肢动物的FBA聚为一类,与卤虫(Artemia franciscana)、家蚕(Bombyx mori)、沙漠蝗(Schistocerca gregaria)的相似度分别是86%、79%和78%。荧光定量PCR结果显示,Fc FBA在肌肉中的相对表达量最高,肝胰腺中最低。WSSV感染后,该基因在鳃、肝胰腺和肌肉中呈现出不同的时空表达特点。ds RNA干扰24 h以后,抑制效率达到最大。与PBS对照组相比,Fc FBA干扰组(ds RNA组)加快了对虾染病后的死亡速度。本研究表明,Fc FBA基因可能参与了中国明对虾生物胁迫的应答反应。
[期刊] 水产学报
[作者]
林强 杨淞 李宁求 方翔 付小哲 刘礼辉 郭慧芝 李万里 吴淑勤
为了研究鳜ＩＲＡＫ４生物学特性及其在抗病毒免疫应答中的作用，根据鳜转录组数据中筛选出的ＩＲＡＫ４ ｕｎＩｇｅｎｅ序列设计引物，利用ＳＭＡＲＴ－ＲＡＣｅ技术克隆得到ＣＤＳ全长为１３８９ ｂｐ的Ｃ ＤｎＡ（命名为ＳＣ ＩＲＡＫ），编码４６２个氨基酸，含有１个ｎ端死亡结构域和１个保守的中央蛋白激酶结构域。采用荧光定量ＲＴ－ｐＣＲ方法分析了ＳＣ ＩＲＡＫ４在健康鳜各组织中的表达差异及病毒感染后在脾脏中的表达变化，结果显示，健康鳜中ＳＣ ＩＲＡＫ４在肝脏中表达量最大，与其他组织差异显著，而在血液、脑和胃中表达量最低；传染性脾肾坏死病毒（ＩｎｆｅＣＴＩｏｕＳ Ｓｐｌｅｅｎ ＡｎＤ ＫＩＤｎｅｙ ｎｅＣＲｏ．．．
关键词：
鳜 Sc IRAK4 基因克隆 组织表达
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王杉 徐文腾 李明 王洁 王磊 翟介明 陈松林
虹彩病毒是造成斑石鲷(Oplegnathus punctatus)工厂化养殖中大规模死亡的主要病原,其感染力极强,感染后的斑石鲷死亡率高,严重影响了斑石鲷养殖产业发展。转化生长因子TGF-β1是一种重要的免疫调节因子,在病毒免疫应答中发挥重要作用。为研究TGF-β1在斑石鲷被虹彩病毒感染过程中发挥的作用,运用RACE和实时荧光定量qRT-PCR技术对TGF-β1进行了基因克隆,并对其进行在不同组织、不同时间点相对表达量的差异分析。结果显示,斑石鲷TGF-β1基因c DNA序列全长为3157 bp,5’非编码区长712 bp,3’非编码区长1278 bp,开放性阅读框长1167 bp,编码388个氨基酸,基因组包含6个外显子和5个内含子。同源分析发现,TGF-β1和鱼类相似度较高,与半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)的同源性最高,为76.67%。TGF-β1在斑石鲷健康组织(肝脏、脾脏、肾脏、头肾、心脏、鳃、胃、肠和皮肤)中均有表达,在头肾、肠、肝脏和皮肤组织中表达量较高,而在脾脏和肾脏组织表达量较低。为进一步研究TGF-β1在病毒感染过程中相对表达量的变化,对健康斑石鲷注射虹彩病毒进行刺激,随后比较了TGF-β1在脾脏、肝脏、肾脏、头肾4个不同组织、不同时间点的相对表达量的差异,在头肾、脾脏和肝脏中,病毒刺激后TGF-β1的表达量均出现升高,但在脾脏和肝脏中,峰值出现在刺激后第4天,而在头肾中峰值出现在感染后的第10天。在肾脏中,病毒刺激后的TGF-β1的表达呈现下降趋势,0 d表达量最高,4、7 d依次降低,7 d降至最低,10 d有所恢复。以上研究表明,TGF-β1可能响应了虹彩病毒对机体的刺激,可能在对病毒免疫应答中发挥作用。而病毒感染后不同组织中TGF-β1相对表达量的差异,则值得进一步研究。
关键词：
斑石鲷 虹彩病毒 TGF-β1
[期刊] 水产学报
[作者]
姜正正 罗君志 申萍 王志 庞连慧 潘启华 刘红 陈天圣
为了探究干扰素调节因子2 (interferon regulatory factor,IRF2)如何通过调控干扰素(IFN)表达影响鱼类的免疫,实验从青鳉中克隆了irf2 (Olirf2),发现该基因在青鳉各个组织中均有表达;将构建的真核表达载体pTol2/CMV-IRF2/IE1-pr转染到胖头鱥肌肉细胞系(FHM)后,发现瞬时过表达Olirf2能够显著促进鲤春病毒血症病毒(spring viremia of carp virus,SVCV)的复制,并抑制抗病毒相关基因mx1、ifn和irf3的表达。进一步通过双荧光素报告系统发现,Olirf2能够显著抑制NF-κB和ISRE的活性,说明Olirf2可能通过抑制细胞的天然免疫应答进而促进病毒的增殖。然而持续过表达Olirf2则增强了细胞的抗病毒能力,同时促进干扰素相关基因mx1、ifn和irf3的表达。因此,Olirf2基于表达的持续时间不同而具有抗病毒或者促病毒的双面效果。实验通过研究Olirf2在抗病毒信号通路中发挥的作用,为通过基因编辑或者转基因手段来构建抗病毒的鱼类提供了理论基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李涛 陈中元 张奇亚
在新近报道大鲵蛙病毒(Andriasda vidianus ranaviurs,ADRV)基因组的基础上,我们对ADRV 6R进行了克隆、原核表达及其产物的分离,这是一个经生物信息分析表明与病毒感染相关的功能基因。先经PCR扩增长到711 bp的ADRV6R,构建含扩增片段的克隆质粒p MD18-T-6R。再构建原核表达质粒p ET-32a-6R,进行测序,并与水生动物蛙病毒相关基因同源序列进行比对,该扩增片段与预期一致,其编码分子量约为27 k D、含236个氨基酸的蛋白,与水产动物病毒US22蛋白家族(US22 family protein)成员有很高的同源性。然后对p ET-32a-6R...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王启龙 李敏 路飏 黄爱平 曾令兵 王文琪 陈松林 沙珍霞
采用实时定量RT-PCR方法研究斑点叉尾在不同病原(链球菌、嗜水气单胞菌、迟钝爱德华菌、斑点叉尾病毒)感染后TICAM基因在mRNA水平的组织和时空表达特征。感染嗜水气单胞菌可引起TICAM基因在肝脏和脾脏中的上调表达,在注射后24h和12h后上调最大分别为2.3倍和1.9倍;而在头肾和后肠中的表达则下调到感染后48h的0.15倍和24h的0.53倍;感染链球菌后则导致在肝脏、脾脏、后肠和头肾中TICAM基因表达的强烈上调,最大上调幅度为感染后7d肝脏中表达提高了23倍,其次,在脾脏和头肾中基因表达最大可上调到感染前的10倍左右;在感染迟钝爱德华菌后,TICAM基因在肝脏、脾脏、后肠和头肾中表...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘万建 史成银 宋展 耿伟光 李赟 黄倢
本研究克隆了半滑舌鳎干扰素调节因子7(CsIRF-7)cDNA的全长序列,并对该基因进行了结构特征分析,同时还完成了该基因在半滑舌鳎各组织中表达水平的定量分析。结果表明,CsIRF-7基因cDNA全长为1957bp,其中包含48bp的5′-UTR、1302bp的ORF和607bp的3′-UTR。CsIRF-7 cDNA编码一个由433个氨基酸残基组成的多肽。氨基酸序列比对结果表明,CsIRF-7多肽与脊椎动物IRF-7相似,存在高度保守的3个结构域:DNA结合域(DNA binding domain,DBD)、干扰素相关区(IRF associated domain,IAD)和丝氨酸富含区(S...
[期刊] 水产学报
[作者]
邓康裕 史晓丽 张莹雪 孟宪红 孔杰 罗坤 栾生
采用ＲＡＣＥ技术克隆获得中国明对虾ＣＡｓｐＡｓＥ２基因ＣＤＮＡ序列全长，并对该序列进行分析。结果显示，中国明对虾ＣＡｓｐＡｓＥ２基因全长为１５１７ ｂｐ，开放阅读框长９２４ ｂｐ，５＇非编码区长７８ ｂｐ，３＇非编码区长５１５ ｂｐ，命名为ＦＣＣＡｓｐ２。推测该基因编码３０７个氨基酸，预测分子量为３４．２１ ｋｕ，理论等电点为７．６２。同源性和系统进化分析发现，ＦＣＣＡｓｐ２基因与凡纳滨对虾ＣＡｓｐＡｓＥ２和斑节对虾ＣＡｓｐＡｓＥ的相似性分别为８８％和８０％，与其他节肢动物ＣＡｓｐＡｓＥ家族基因聚为一类。荧光定量ＲＴ－ｐＣＲ结果显示，ＦＣＣＡｓｐ２基因在肝胰腺中的相对表达量最高，在肌肉中表达量．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
祝孟茹 问露洁 占铭 公洁 席昌俊 闻海波 沈怀舜
为了解自噬相关基因Atg2在克氏原螯虾(Procambarus clarkia)先天免疫中的作用，本研究克隆了克氏原螯虾Atg2 (PcAtg2)基因全长序列。生物信息学分析显示，PcAtg2蛋白编码序列全长为9966 bp，推测其编码2189个氨基酸。组织定量表达分布显示，PcAtg2在克氏原螯虾的各个组织中均有表达，其中在肝胰腺中表达最高，在眼柄中表达最低。在白斑综合征病毒(WSSV)感染实验中，PcAtg2基因表达量在不同组织中均呈现显著上调趋势。RNA干扰(RNAi)实验显示，PcAtg2基因沉默后，WSSV在克氏原螯虾体内的增殖明显被抑制，同时自噬相关基因的表达量上调。透射电镜分析结果显示，在WSSV感染后，PcAtg2基因沉默组中克氏原螯虾肝胰腺组织中的自噬小体多于对照组。本研究结果可为了解克氏原螯虾应对WSSV胁迫下的调控机制提供理论参考。
[期刊] 华北农学报
[作者]
许冬梅 刘婷婷 刘依铭 刘玉芬 刘鹏 赵文阁
为了探究LEPR基因在两栖类的生物学功能，利用嗜水气单胞菌感染东北林蛙建立炎症模型，分析LEPR基因在细菌感染后的表达情况。首先利用RT-PCR技术克隆LEPR基因并进行生物信息学分析，再构建Ah感染的东北林蛙炎症模型；通过苏木精-伊红染色法(HE染色)观察感染后组织病理变化，并利用qRT-PCR技术分析生理状态和感染状态LEPR基因的组织表达规律差异，最后结合免疫组织化学染色对肾脏、皮肤和肌肉等组织中LEPR蛋白表达变化进行检测。结果显示，获得东北林蛙LEPR基因序列长度为3 604 bp,其开放读码框为3 405 bp,共编码1 134个氨基酸；亚细胞定位显示，LEPR蛋白质为具有一次跨膜结构域的膜蛋白；同源性分析证实东北林蛙与两栖类同源性在52.6%以上，表明LEPR的保守程度较低；基于qRT-PCR结果显示，LEPR mRNA在健康东北林蛙心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、皮肤、肌肉和胃等8种组织中均有表达，在皮肤组织中的相对表达量显著高于其他组织；Ah感染后LEPR基因在不同组织中显著上调，但应答时间和水平有所差异；免疫组织化学结果表明，肾脏、皮肤和肌肉LEPR蛋白表达量变化趋势与qRT-PCR结果基本一致。皮肤组织中LEPR基因应答强烈，也说明其可能参与感染过程，为进一步扩展两栖类LEPR基因的免疫学功能研究奠定了基础。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
姚佳俊 李忠 梁宏伟 罗相忠 王丹 邹桂伟
为了解c型溶菌酶基因与长丰鲫(Chang Feng Carassius auratus)的抗菌效应关系,本研究利用同源克隆方法获得长丰鲫c型溶菌酶基因cDNA全长序列。结果显示:c型溶菌酶基因全长698 bp,包括5'端非翻译区60 bp,3'端非翻译区200 bp,开放阅读框438 bp,编码145个氨基酸。长丰鲫c型溶菌酶基因在肾脏组织中表达量最大,在脾脏、肠道、心脏和脑中大量表达,在肝脏和鳃中表达量相对较低,在皮肤和肌肉中几乎不表达。长丰鲫在感染迟钝爱德华氏菌、嗜水气单胞菌和金黄色葡萄球菌后,在肝脏
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