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[期刊] 水产学报
[作者]
谢恒 魏文燕 汪开毓 刘韬 何晟毓 杨倩 刘家星
嗜麦芽寡养单胞菌是近年来引起斑点叉尾鮰暴发高致死性传染病的主要病原之一。为了对防治该病提供技术储备,本研究对嗜麦芽寡养单胞菌XH.SM.1菌株进行全基因组测序与比较基因组学分析,同时用扫描电镜观察其超微形态特征。电镜观察显示,XH.SM.1为两端钝圆的短杆状细菌,菌体平均长度(1.73±0.35)μm,平均直径(0.43±0.04)μm。全基因组测序得到XH.SM.1基因组大小为4.56 Mb,GC含量为66.60%,编码4087个基因。将基因组序列上传NCBI,得到登录号:PYBO01000001.1。通过与VFDB数据库比对,预测得到3个可信度较高的毒力基因。共线性分析结果显示XH.SM.1与10株完成图水平的嗜麦芽寡养单胞菌有较好的共线性。ARDB数据库预测和基因组岛分析,共同发现XH.SM.1基因组中含有许多耐药基因。泛基因组分析显示XH.SM.1呈现开放性(open)结果,这与嗜麦芽寡养单胞菌为环境常在的条件致病菌的表型相吻合,说明其适应环境和与外界进行遗传物质交流的能力较好。
[期刊] 水产学报
[作者]
黄小丽 汪开毓 耿毅 苏秀梅 陈德芳
采用硫酸铵盐析,DEAE Sephadex A-50凝胶层析等方法从嗜麦芽寡养单胞菌胞外产物中提纯了一种分子量为45.7ku的单一多肽蛋白酶。该酶对小鼠和斑点叉尾鮰具有明显的致死作用,其LD50分别为4.33μg.g-1体重和3.49μg.g-1体重。酶的最适温度为20℃,热稳定性差,100℃作用15min酶活完全丧失,最适pH为9.0,PMSF对酶活无影响,部分金属离子如Ca2+、Hg2+、Cu2+能使酶活性明显下降,而Co2+对酶有一定程度的激活作用,EDTA能完全抑制酶活性,表明该酶为一种金属蛋白酶。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
汪开毓 邓龙君 肖丹 耿毅 黄小丽 陈德芳
采用反相蒸发法制备嗜麦芽寡养单胞菌的脂质体疫苗,通过灌胃分别给予各组斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)脂质体疫苗(Ⅰ-Ⅲ组)、嗜麦芽寡养单胞菌灭活苗(Ⅳ组)和生理盐水(Ⅴ组),每2周给药1次,共3次。于接种疫苗后第1天、14天、28天和第49天采集静脉血,测定白细胞的杀菌活性和血清抗体IgM含量的变化,并用细菌攻毒实验检测免疫保护效应。结果显示,本实验制备的脂质体疫苗粒径约为(0.9±0.3)μm,包封率为53.23%,与嗜麦芽寡养单胞菌灭活苗相比能显著增强斑点叉尾鮰吞噬细胞的杀菌活性和血清抗体IgM水平。腹腔注射活菌攻毒后,脂质体疫苗免疫的Ⅰ-Ⅲ组的相对免疫保护率分别为34...
关键词：
斑点叉尾鮰 嗜麦芽寡养单胞菌 脂质体疫苗
[期刊] 淡水渔业
[作者]
耿毅 汪开毓 陈德芳 黄小丽
采用硫酸铵沉淀、DEAE-Sephadex A50离子交换层析和Sephadex G100凝胶层析对嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)的溶血素进行了分离、纯化并对其生物学活性进行了研究。结果显示:嗜麦芽寡养单胞菌产生一种分子量为20.76 KD的单一多肽溶血素。该溶血素对斑点叉尾、云斑、鲫、人、小白鼠和兔等多种动物红细胞具有溶血活性;家兔肠袢试验显示其能致兔回肠积液,具有肠毒性;致Vero细胞形态改变,具有细胞毒性,对Vero细胞的TCID50为0.126μg。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张国亮 王浩 张也 许丹 吕利群
为了解嗜水气单胞菌全基因组信息的结构和功能，对嗜水气单胞菌（ＡｅｒｏｍｏｎＡｓ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌＡ）Ａｈ１０（ＣＣＴＣＣ保藏号：ＡＢ２０１４１５５）进行了全基因组测序。将提取的Ａｈ１０全基因组ｄｎＡ进行片段化、构建文库后上机测序；将基因组组装后进行注释和比较分析。结果显示：Ａｈ１０全基因组序列总长度为４．９１ ｍＢ，ＧＣ含量为６１．１％，共预测到４５７０个基因，３３５１个基因具有明确的生物学功能。共找到２５９２个基因具有直系同源族（ＣｌｕｓＴｅｒ ｏｆ ｏｒＴｈｏｌｏＧｏｕｓ Ｇｒｏｕｐｓ，ＣｏＧ）分类，１２８１个与代谢通路有关的基因，基因组岛３１个。比较基因组学研究发现：Ａｈ１０比对到ｓｎ．．．
关键词：
嗜水气单胞菌 基因组测序 基因 比较分析
[期刊] 水产学报
[作者]
刘静聪 冯立芳 吴诗媛 朱军莉 励建荣 李婷婷
为探究荧光假单胞菌的强致腐和环境适应性，本试验旨在分析两株海水鱼源荧光假单胞菌的蛋白酶活性和挥发性盐基氮（TVB-N）的形成，并采用比较基因组学方法解析致腐和适应机制。荧光假单胞菌PF07和PF08在冷藏鱼汁中蛋白酶活性强，积累较多TVB-N。经全基因组测序、组装和功能注释后，得到PF07基因组长度为6.13 Mb，GC含量61.4%。通过泛基因组分析可知，PF07与PF08核心基因共4 980个，独特基因分别有516和470个。COG和KEGG注释显示两株致腐菌基因组中参与氨基酸代谢基因占比最高，PF07独特基因参与无机离子转运代谢居多。碳水化合物活性酶CAZy注释表明，两株荧光假单胞菌基因组中糖苷转移酶与糖苷水解酶基因均占比最高，还鉴定得到大量分解碳水化合物、蛋白质、脂质多种底物的酶和相关蛋白基因，特别有碱性金属蛋白酶AprA、多胺ABC转运蛋白渗透酶PotC、精氨酸与鸟氨酸脱羧酶等多种降解蛋白酶。另外，两株致腐菌分布rpoS、rpoN、rpoD多种σ因子。两株鱼源荧光假单胞菌表现强的致腐性，研究通过比较基因组学方法解析荧光假单胞菌分布多种编码蛋白酶和腐胺形成和氨基酸代谢基因、分解糖原和脂肪的基因及环境适应调控因子。本研究从基因水平初步揭示了荧光假单胞菌强分解蛋白质等多种底物的分子基础，有助于深入探究该菌的代谢特征和致腐机制。
关键词：
荧光假单胞菌 全基因组测序 致腐 适应性
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
丁海霞 牛犇 范海燕 李燕 王琦
为深入研究蜡样芽胞杆菌９０５（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ ９０５）的促生防病机制以及为进一步优化该菌株提供遗传学信息，采用４５４焦磷酸测序技术对Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ ９０５基因组进行了测序，并使用相关软件对测序数据进行了基因组拼接、基因功能预测与注释、基因本体分析（ＧＯ）、直系同源基因簇（ｃＯＧ）聚类分析以及共线性分析。结果表明：Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ ９０５基因组草图序列大小约为５．３９ ＭＢ，Ｇｃ含量３５．０５％，由１２７个片段重叠群组成；该序列已提交ＧｅｎＢａｎｋ数据库，登录号为ｌｓＴＷ００００００００；分析发现菌株９０５的基因组与其他蜡样芽胞杆菌的基因组有显著的共线性关系；菌株９０５基因组中．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王洪程 梅楚刚 昝林森 成功 李安宁 王洪宝
牛作为反刍动物的代表,具有独特的生物学特征和重要的哺乳动物进化地位,是人类生产活动的重要工具和肉、奶等物质需求的主要来源。近10年来,牛全基因组研究取得了很多重要的进展,为解释牛的生物学特征和加快品种的分子育种进程发挥了重要作用,文章重点介绍了牛全基因组测序的相关研究成果,以及测序工作完成后的研究进展,讨论了牛全基因组测序工作的机遇、研究重点,以及今后面临的挑战。
关键词：
牛 全基因组 测序
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张艳珍 付龙威 隋智海 王咏星 刘云国
致病性虫草菌Cordyceps confragosa CHL02菌株是从患病河鲈(Perca fluviavilis)鱼体分离鉴定的一株昆虫致病菌，其无性阶段蜡蚧轮枝菌(Lecanicillium lecanii)广泛用于农业中昆虫防治。本研究基于IlluminaPE150测序平台进行CHL02菌株的全基因组测序，对测序数据进行组装和组分分析，进行基因预测与功能注释，预测次级代谢产物合成基因簇，并进行病原宿主互作以及比较基因组分析。测序结果显示，CHL02基因组大小为36.17 Mb，GC含量为53.09%；预测包含8093个编码基因、1618个转座因子(TEs)、4572个串联重复序列及114个tRNA；共注释7724个基因，其中，1985个基因获得KOG注释，GO聚类分析中，2687个基因参与代谢过程，预测到22个次级代谢产物合成基因簇，1162个基因参与病原宿主互作机制中。基因聚类分析和系统发育树均显示，CHL02菌株与参考菌株昆虫源C. confragosa RCEF 1005具有较高的同源性。本研究首次报道了河鲈源致病性虫草菌C. confragosa CHL02菌株的全基因组序列并分析其基因组的基本特征，与参考菌株进行比较基因组分析，为后续深入开展该病菌侵染河鲈的作用机制等相关研究奠定了理论基础。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
唐华山 彭福祥 王艳洁 沈红霞 伊黛舒 李保云 彭惠茹 刘志勇 解超杰 孙其信
斯卑尔脱小麦材料Altgold含有小麦抗叶锈病基因LrAlt。该基因被定位于小麦2A染色体短臂末端。本研究基于小麦与短柄草和水稻基因组良好的共线性关系,对小麦抗叶锈病基因LrAlt进行比较基因组学分析,发现该基因所在基因组区域对应于短柄草第5染色体和水稻第4染色体的直系同源基因组区域,据此开发出与LrAlt连锁的EST-STS标记BE498683、BE471132.1、BG605273和CD454629,并构建了LrAlt的遗传连锁图谱,这4个EST-STS标记与Xbarc212共分离,位于LrAlt近着丝粒侧,距离LrAlt 1.9cM。同时,通过筛选Graingenes 2.0公布的位于L...
[期刊] 华北农学报
[作者]
卢峰 吕香玲
高粱是世界上最主要的禾谷类作物之一,是日趋重要的生物燃料作物。同时,它也是一种最有害的杂草的先祖,是许多具有复杂基因组的热带草的植物学模型,开展其基因组学研究具有重要意义。目前已经构建了高粱种内和种间的遗传图谱,完成了高粱全基因组的测序,这为探索高粱基因和功能的对位提供了保障。笔者对高粱基因组遗传图谱、物理图谱及基因组特征、序列分析、QTL定位及关联遗传学等几方面的研究进展进行了整理和总结,为开展相关研究工作及想了解相关信息的广大学者提供了参考信息和研究方向的建议。
[期刊] 水产学报
[作者]
王艺 刘文珍 傅松哲 吴葵 夏与晴 华昕彤 刘鹰 欧阳敏
为确定南昌地区某渔场草鱼出血性败血症的病原体及病原特征,从患病草鱼的肝脏病灶中分离出一株致病菌A1310。对分离菌进行了形态特征、理化特性等表型生物学检验、人工感染实验及对抗菌药物的敏感性实验,并对其进行了全基因组测序、基于多序列位点分型(multilocus sequence typing,MLST)的系统进化分析及毒力基因分析。结果显示,生理生化鉴定证明该菌为嗜水气单胞菌,当浓度达1.0×10~6 CFU/mL时,对草鱼有致病性;对供试20种抗菌药物中的青霉素等7种耐药,对卡那霉素等5种敏感;A1310株基因组框架序列共包含96个与毒力和防御相关基因,其中多药耐药性外排泵基因占大多数,约为22%;与美国斑点叉尾鮰分离株(S15-242、S15-458、S15-591、S15-700)聚类为同一进化分支;比较基因组分析发现,A1310具有一个删减版的Ⅵ型分泌系统(typeⅥsecretion system,T6SS),基因数量为标准Ⅵ型分泌系统的80%,缺少vgr G和vca0109基因的部分片段。综上所述,来源于草鱼的嗜水气单胞菌菌株A1310,与美国斑点叉尾鮰分离株具有亲缘关系,含有多个已报道的嗜水气单胞菌的毒力基因。本研究不仅丰富了嗜水气单胞菌的生物学性状内容,也为嗜水气单胞菌的有效检验、防治和深入研究提供一定的参考,对草鱼的疾病防控具有一定意义。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
芦运超 邱军强 胡鲲
为了揭示嗜水气单胞菌的耐药潜力，运用微量肉汤稀释法和比较基因组学方法对其进行了分析。结果显示：恩诺沙星、硫酸新霉素、氟苯尼考、盐酸多西环素对3株菌株有抑制作用，而磺胺间甲氧嘧啶对3株菌株均无抑制作用。菌株的耐药表型未与耐药基因一一对应，某些菌株虽然未注释到耐药基因，也可以表现出相关耐药表型；自测的3株菌株基因组大小差异较大，亲缘关系非近缘，但耐药基因数量基本一致；经ANI（平均核苷酸一致性）计算后，基因组比较分析发现嗜水气单胞菌基因组具有较强的可变性，即使是近缘菌株，其基因组间仍有较大差异；系统发育分析显示，不同宿主来源的菌株在进化树上呈现分散分布，近缘菌株分布在不同国家和地区；所有菌株在CARD（综合抗生素耐药性数据库）中共注释到21种耐药基因，其中7种耐药基因为所有菌株共享。造成这一现象的原因，很可能是由于嗜水气单胞菌基因组较强的可变性以及其宿主分布的广泛性，菌株间进行频繁的基因交流，促进了耐药基因在整个物种的快速扩散，所以即使菌株间基因组变化较大，但耐药基因在菌株间的变化较小。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
周丽颖 钟立强 张世勇 陈校辉 刘洪岩 王明华
本研究对斑点叉尾鮰 (Ictalurus punctatus)的发酵饲料进行了合理饲喂，并确定了其对斑点叉尾鮰生长、肠道菌群和代谢组学的影响。实验设置3组：持续投喂组(A)，间隔投喂组即向膨化饲料中按周间隔添加发酵饲料(B)，对照组仅投喂膨化饲料(C)。实验共持续6个月。实验结束后，对斑点叉尾鮰进行称重，并用16S rRNA扩增子测序技术和基于液相色谱的代谢组学技术分别检测斑点叉尾鮰肠道菌群组成以及代谢组学。结果显示，间隔投喂组斑点叉尾鮰终末体重(FBW)显著高于对照组和持续投喂组(P0.05)。厚壁杆菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteriota)、蓝藻门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteriota)、绿弯菌门(Chloroflexi)和异常球菌门(Deinococcota)是优势细菌门。优势肠道菌属包括未命名的叶绿体科中的一个属(norank＿f＿norank＿o＿Chloroplast)、分枝杆菌属(Mycobacterium)、鲸杆菌属(Cetobacterium)、罗姆布茨菌属(Romboutsia)、微小杆菌属(Exiguobacterium)和狭义梭菌属(Clostridium＿sensu＿stricto＿1)。代谢组学分析表明，持续投喂组主要通过N-乙酰-D-半乳糖胺显著上调影响肠道菌群半乳糖和磷酸转移酶系统代谢通路(P<0.05)，进而影响鱼体对碳水化合物的消化吸收。而间隔投喂组差异代谢产物L-丝氨酸和L-苯丙氨酸显著上调(P<0.05)，影响斑点叉尾鮰肠道菌群硫代谢、氨基酸代谢等，继而影响斑点叉尾鮰能量吸收、抗炎症、免疫等能力。本研究为斑点叉尾鮰发酵饲料投喂方式的探索和健康绿色养殖提供了理论依据。
关键词：
斑点叉尾鮰 发酵饲料 肠道菌群 代谢组学
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
伍茜 杨威 赵位 程建国 罗燕 王印 杨泽晓 姚学萍
[目的]对分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌(PA)进行鉴定,并分析其致病和耐药机制,为林麝PA感染化脓性疾病的防控奠定基础。[方法]将病原菌分离纯化后,依次进行生化试验、16S rRNA序列分析、药敏试验和小鼠致病性试验,并通过全基因组测序,对分离菌株进行群体进化和物种分型分析以及基因功能注释。[结果]分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌经鉴定与PA相符,命名为FMDP001。药敏试验显示其对阿莫西林、头孢曲松、氨曲南、多粘菌素B和林可霉素耐药;对小鼠半数致死量为9.4×10~5 CFU/mL。全基因组序列分析显示该菌基因组大小为6 955 100 bp,序列类型为ST1249,与B136-33株同源性最高,且两菌株基因组平均核苷酸一致性(ANI)值达98.93%;全基因组中共有357个序列编码FMDP001与致病性相关的基因,根据功能分为黏附、铁摄取、胞外毒性蛋白和调控系统;84个序列编码耐药基因,其中多药耐药外排泵为主要成分。[结论]从林麝化脓肺脏中分离到1株致病性较强的PA,并获得ST1249型林麝源PA的全基因组序列,序列显示该菌携带大量药物外排泵及生物膜形成相关基因,决定其具有多重耐药特性,哌拉西林等可作为该类型PA感染的临床用药。
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