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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘玉林 李伟 董树斌 沐先运 张志翔
【目的】利用高通量测序技术分析文冠果转录组中SSR位点分布类型与特征,并设计开发EST-SSR标记,为文冠果的遗传多样性分析提供标记资源。【方法】利用MISA软件筛选文冠果51 867条unigenes中的SSR(26bp)位点,统计分析SSR位点的分布特征、发生频率和平均分布距离。利用Prime 3在线软件随机设计合成60对EST-SSR标记,用我国7个省份的16份文冠果材料对所设计的标记进行多态性筛选;用Popgene 32软件分析标记的等位基因数(NA)、观测杂合度(HO)、期望杂合度(HE)和多态
[期刊] 林业科学
[作者]
张振 张含国 莫迟 张磊
【目的】红松已开发的分子标记缺乏共显性的遗传标记,尚不能满足分子标记辅助育种的需要。利用转录组数据开发SSR标记目前仍然是较为经济高效的DNA分子标记开发策略,本研究利用高通量测序技术开发红松EST-SSR标记,掌握其在转录组序列中的分布类型及特征,为红松的SSR多样性分析及变异分析提供基础。【方法】利用SSR检索程序从红松转录组41 476条Unigenes中筛选得到1 757个SSR位点,并对SSR位点的数量、分布特征进行统计分析。设计合成101对SSR引物,采用琼脂糖电泳初步检查和聚丙烯酰胺凝胶电泳分离检测方法确定引物的多态性,并收集扩增产物,送测序验证,最终开发出16对SSR引物。合成...
关键词：
红松 转录组 EST-SSR 遗传多样性
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李珊珊 曾艳飞 何彩云 张建国
[目的]本研究通过对蒙古沙棘"向阳"品种的转录组序列进行SSR引物开发,为沙棘亲本分析、遗传多样性和遗传育种等研究提供支持。[方法]利用已测得的转录组序列进行分析和筛选,整理具有SSR位点的序列,进行引物设计,随机挑选179条引物进行验证。[结果]得到具有SSR位点的EST序列17 383条,其中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复基元分别占62.77%、21.82%和13.77%;二核苷酸重复基元类型以AT和AG为主,三核苷酸重复基元类型以AAG、ATC和ATA为主。9 291条序列设计出扩增EST-SS
关键词：
沙棘 转录组 EST-SSR 引物
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
李响 杨楠 赵凯歌 陈玉星 唐锐君 陈龙清
从蜡梅转录组数据库组装的83 257个Unigene中分析得到11 868个1~6核苷酸重复的EST-SSR候选位点。在所有序列中,10 284个序列存在EST-SSR位点,SSR的发生频率为12.35%,转录组序列中平均每5 kb长度就有1个SSR位点分布,1 370个Unigene含有2个以上的SSR位点,634个位点以复合的重复形式出现。其中2核苷酸重复和3核苷酸数量最多,分别占总数的44.81%和26.20%。重复基元类型共206种,其中最多的类型为2核苷酸重复AGCT,占总数的39.85%,其次为3核苷酸重复AAGCTT,占总数的11.54%。针对所有EST-SSR位点共过滤出7...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王且鲁 刘奕 宋红梅 汪学杰 刘超 牟希东 胡隐昌 罗建仁
利用ＭＩＳＡ软件对双须骨舌鱼（ＯＳｔｅＯｇｌＯＳＳｕＭ ｂＩｃＩｒｒｈＯＳｕＭ）性腺转录组测序获得的１８８ ４６１条ｕｎＩｇｅｎｅ进行ＳＳｒ检测，结果在１１ ９１７个ｕｎＩｇｅｎｅ中共检测到ＳＳｒ位点１２ ５７８个，其中包含２个及以上ＳＳｒ位点的ｕｎＩｇｅｎｅ有６３３个。ＳＳｒ的发生频率为６．３２％，平均分布距离为９ ９４９ ｂｐ。在筛选到的ＳＳｒ位点中，优势重复基序为二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸，其中二核苷酸重复基序数量最多，占总数的５０．５２％。重复基元类型共２１６种，其中数量最多的类型为二核苷酸重复Ａｃ／ｇｔ，占总数的２０．６６％。从所有筛选出的ＳＳｒ位点中随机选取５０个位点并运用ｐｒＩ．．．
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
李 响 杨 楠 赵凯歌 陈玉星 唐锐君 陈龙清
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙清明 马文朝 马帅鹏 赵俊生 白丽军 陈洁珍 蔡长河 向旭 欧良喜
【目的】明确荔枝EST序列中SSR的总体特点,开发荔枝EST-SSR引物,为利用EST-SSR分子标记进行荔枝种质资源遗传多样性、连锁图谱构建及亲缘关系研究奠定基础。【方法】应用SSRIT软件,按照设定标准从自行构建的一个荔枝果皮发育关键期的cDNA文库中的1 331条Unigene(惟一序列)中搜索SSR位点。利用软件Primer primer5.0设计EST-SSR引物。选用16份表型差异较大的荔枝种质资源检测引物的有效性及多态性,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)进行片段分离。【结果】荔枝的1 331条EST序列中共搜索出220个SSR位点,分布于189条EST中,出现频率是16.53%。这...
关键词：
荔枝 EST SSR
[期刊] 林业科学
[作者]
文亚峰 韩文军 周宏 徐刚标
【目的】为解决杉木SSR标记数量不足、已开发的位点多态性较差等问题,以杉木转录组测序数据为基础,结合多重PCR技术批量挖掘SSR,规模化开发EST-SSR位点,为杉木分子遗传学研究奠定良好基础。【方法】杉木转录组序列数据(Accession:SRX151872)从NCBI的SRA数据库下载。利用CLC和CMi B软件批量挖掘SSR位点;利用四色荧光标记通用引物多重PCR(multiplex-PCR)技术实现SSR标记的规模化开发。【结果】杉木转录组de novo assembly序列拼接共得到35 633个contigs,总长度31.5 Mb,其中最小拼接长度155 bp,最大23 794 b...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
于爱清 施永海 徐嘉波 陆根海 张海明 谢永德 刘永士
本研究利用MISA软件挖掘长江刀鲚(Coilia ectenes)肌肉和肝脏转录组中的微卫星标记,为刀鲚选育群体的种质资源评估和分子标记辅助育种奠定基础。结果显示,从71869条Unigenes中共获得33896条重复单元长度为1～6碱基的微卫星序列;刀鲚转录组中不同类型微卫星的重复基序具有不同的分布特征,其中,单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复为主要的微卫星重复类型,分别占总微卫星数目的 34.94%、49.47%和13.34%;不同微卫星重复类型的优势重复基序亦有所不同,其中,A/T为单核苷酸重复基序的优势重复基序占86.25%,AC/GT为二核苷酸重复基序的为优势重复基序占75.25%,AGG/CCT为三核苷酸重复基序的优势重复基序占28.57%;不同微卫星重复基序核苷酸的数量和重复次数亦有所不同,重复次数伴随着重复单元中核苷酸数量的增加而呈现降低的趋势;从100对四核苷酸重复的SSR引物中筛选获得了16对多态性微卫星标记,并以此为基础,对长江刀鲚选育群体(F_3)的遗传学特征进行了初步评估,结果显示,长江刀鲚选育群体F3的平均有效等位基因数(N_e)、平均观测杂合度(H_o)、平均期望杂合度(H_e)和Shannon多样性指数I分别为1.7580、0.3414、0.3977和0.6278。以上结果表明,基于刀鲚转录组数据批量开发微卫星是切实可行的,所开发的多态性微卫星标记能够应用于长江刀鲚选育群体的遗传背景评估和进一步的遗传育种研究。
关键词：
刀鲚 转录组 微卫星 分子标记
[期刊] 草业科学
[作者]
王英芳 张业猛 刘德梅 沈迎芳 王海庆
青藏扁蓿豆(Medicago archiducis-nicolai)广泛分布于青藏高原及其毗邻地区,对高海拔极端环境具有极强的适应性。本研究利用高通量转录组测序数据,对青藏扁蓿豆的EST-SSR标记进行了开发。结果发现,随机选取的477对引物中,350对可在青藏扁蓿豆中有效扩增,其中346对引物在扁蓿豆(M. ruthenica)中可实现跨物种扩增。利用其中64对独立遗传且符合哈迪–温伯格平衡的标记引物对青藏扁蓿豆和扁蓿豆野生群体的遗传多样性和群体遗传结构分析发现,两个物种存在明显的种间和种内的遗传分化,且提示种内群体间的遗传分化与地理隔离或环境选择有关。本研究所开发的EST-SSR标记为今后进一步评价青藏扁蓿豆和扁蓿豆的遗传多样性以及解释其适应极端环境的遗传机制提供了重要的研究工具。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
尹跃 安巍 赵建华 王亚军 樊云芳 曹有龙
分析黑果枸杞Lycium ruthenicum转录组中简单重复序列(SSR)位点信息,开发SSR分子标记。采用MISA软件在黑果枸杞转录组中共检测到73 896个SSR位点,分布于56 170条单基因簇(unigenes)中,出现频率为26.36%,平均分布距离为3.55 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的74.33%, 13.30%和11.81%;共发现84种重复基序,重复次数为5～33次,其中出现频率最高的基序为A/T, AG/CT, AT/AT, C/G和AAC/GTT。针对SSR位点设计了12 674对引物,随机挑选128对引物进行多态性验证,其中74对(57.8%)得到清晰的扩增产物;用其中的28对高多态性引物对24份枸杞种质进行扩增,共检测到等位基因256个,平均为9.1个。平均主效等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息量分别为0.432, 0.439, 0.712和0.678。以上结果表明:基于黑果枸杞转录组测序得到的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,获得的大批量SSR标记可为枸杞遗传多样性分析和遗传图谱构建提供可靠的标记选择。
[期刊] 华北农学报
[作者]
包文风 王吉明 尚建立 马双武
为了给西瓜遗传基础研究提供新的共显性分子标记,对公共数据中的8 619条西瓜EST序列进行处理和分析,获得202个EST-SSR,分布在191条EST序列中,出现频率为2.31%,分布密度为1/19.1 kb。其优势重复基序为二核苷酸和三核苷酸(68.8%),在二核苷酸基序中以AG/TG类型为最多(46%);在三核苷酸基序中,以AAG类型为最多(43%)。基序重复次数以4次(17.8%)、7次(15.3%)和11次(14.9%)为最多。长度主要分布在20~30 bp(76%)。利用上述EST-SSR序列设计获得24对引物在西瓜白化致死近等基因系中进行验证,结果获得了16对有效的扩增引物,占总设...
关键词：
西瓜 EST EST-SSR 引物
[期刊] 林业科学
[作者]
王艳敏 魏志刚 杨传平
对NCBI(美国国立生物技术信息中心)中2548条欧洲白桦ESTs的序列进行分析,结果表明:其中260条ESTs中含有306个SSRs,为全部ESTs序列的10.2%,SSR频率为12.01%。其中,二核苷酸重复比例为81.37%,三核苷酸重复比例为16.67%,四核苷酸重复比例为1.96%。不同软件设计引物的效率不同,Primer3设计出176对SSR引物,在白桦中扩增成功的引物比例为59.09%,而具有多态性的引物比例仅为25.96%;SSR Primer设计出100对引物,在白桦中扩增成功的引物比例为37%,而具有多态性的引物比例为48.65%。
关键词：
欧洲白桦 白桦 EST SSR 标记
[期刊] 海洋渔业
[作者]
刘奕 陈伟兴 周丹 陈晓婷 王美玉 王桂兴 刘海金
本研究对公共数据库中的15 268条牙鲆EST序列进行处理和分析。在917条EST序列中查找到SSR,出现频率为12.6%,分布密度为1/5.7 kb。优势重复基序为二核苷酸和三核苷酸重复,占63.5%和24.3%,并且分别以(AC)n重复(63.9%)和(AGC)n重复(15%)最多。基序重复次数以6次为最多,占24.0%。运用所得到的EST-SSR序列设计484对引物,经牙鲆群体验证,共获得了357对有效引物,占总引物数73.8%。研究结果为牙鲆及亲缘关系较近物种的EST-SSR标记的开发提供基础,同时也为后续遗传研究提供有效的分子标记。
关键词：
牙鲆 表达序列标签 EST-SSR 引物
[期刊] 林业科学
[作者]
张新叶 宋丛文 张亚东 杨彦伶 黄敏仁
利用来自美洲黑杨及欧美杨的20023条EST序列,进行EST-SSR标记开发研究。首先对这些EST序列进行序列拼接,然后在非重复序列中发现由二核苷酸至五核苷酸组成的SSR重复序列。共在10816个非重复序列中发现1604个序列含有SSR,占总非重复序列的14.8%。在发现的1918个SSR重复序列中,二核苷酸重复是最丰富的重复类型,占总类型的62.3%。设计合成48对SSR引物,利用6个不同的杨树品种对其进行验证。结果约90%的引物获得扩增产物,58%的引物在6个不同杨树品种中产生多态性分离。另外,还对重复序列的数量及重复类型进行了讨论。
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