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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张伟 李玲玲 宋玲珍 胡新德 张亚妹 段明慧 颜润川 陈树林 赵善廷
【目的】探索生物信息学方法在Reelin剪切蛋白查找中的应用,并筛选大脑皮质中可能对Reelin有剪切作用的蛋白。【方法】以ADAMTS-4蛋白为基准,利用生物信息学方法,以功能域查找相似功能蛋白,并结合同源性比对方法从中筛选出剪切Reelin的候选蛋白,并对候选蛋白的理化性质、亚细胞定位、功能域、二级结构和组织定位进行分析。【结果】ADAMTS-2、ADAMTS-3、ADAMTS-10、ADAMTS-16与ADAMTS-4有相似的理化性质,且均属于分泌蛋白,在大脑皮质中可能有分布。ADAMTS-2、ADAMTS-3、ADAMTS-10、ADAMTS-16包含ADAMTS-4的功能域,且功能域...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
赵永贞 陈秀荔 杨春玲 彭敏 何苹萍 陈晓汉
采用RT-PCR技术克隆了凡纳滨对虾肌钙蛋白Ⅰ基因全长编码序列,对其核苷酸序列和编码的氨基酸序列进行了生物信息学分析,并在对虾肌钙蛋白Ⅰ基因的编码区查找了单核苷酸多态性位点。结果显示:本研究克隆获得了凡纳滨对虾肌钙蛋白Ⅰ基因的4个可变剪切体,其编码的蛋白质均具有Troponin超家族结构域特征,同源性比对发现该蛋白的氨基酸序列在节肢动物中高度保守。系统进化分析发现凡纳滨对虾Tn-Ⅰ3和Tn-Ⅰ4与中国对虾和小龙虾的Tn-Ⅰ遗传距离较近,而Tn-Ⅰ1和Tn-Ⅰ2单独聚为一支,且与其他物种Tn-Ⅰ遗传距离较远;通过测序比较不同个体凡纳滨对虾Tn-Ⅰ基因序列发现在Tn-Ⅰ的4种不同剪切体编码区共同序...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
卢桂松 王复龙 朱易 万可慧 彭增起
【目的】通过对花纹肉剪切力值与胶原蛋白吡啶交联含量的对比研究,发掘脂肪沉积改善牛肉嫩度的内在原因。【方法】以秦川公牛花纹肉为试验材料,研究相同年龄不同花纹等级、相同花纹等级不同年龄的牛肉样品剪切力值、胶原蛋白热溶解性以及吡啶交联含量的变化规律。【结果】对花纹等级相同(B级)的西冷来说,随着年龄的增长,羟赖氨酰吡啶嗡(HP)交联逐渐增加,赖氨酰吡啶嗡(LP)交联先增加后减少,胶原蛋白热溶解性下降,牛肉剪切力值增加;对相同年龄的西冷来说(4对永久齿),随着花纹等级的提高,HP交联含量逐渐减少,胶原蛋白热溶解性升高,牛肉剪切力值下降。【结论】脂肪沉积过程中,胶原蛋白中HP交联受抑,胶原蛋白未能形成丰...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
张勇 孙璀 邓科 朱宇旌 崔岩 陶亮 邵彩梅
为了研究饲粮蛋白水平对猪骨骼肌中CaN,NFAT和CaM蛋白表达量及肌肉剪切力的影响,探讨各个蛋白表达与剪切力之间的关系。试验选用90头约50kg的杜洛克×长白×大白三元杂交猪(公母各半,公猪去势),随机分为3个处理组,每个处理组3个重复,每个重复10头,分别饲喂蛋白质水平为12%、16%和20%的饲粮,各饲粮能量及氨基酸模式保持一致,饲养58d后屠宰取样,用蛋白质免疫印迹法测定猪背最长肌中CaN、NFAT和CaM的蛋白相对表达量。结果表明:饲粮中不同蛋白质水平对猪骨骼肌中CaN蛋白相对表达量影响极显著(p0.05),但随着饲粮中蛋...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
张勇 朱宇旌 邓科 孙璀 陶亮 崔岩 季文彦 邵彩梅
研究饲粮不同蛋白水平对猪骨骼肌中NF-κB、IκBα和p94蛋白表达量的影响,并探讨其与剪切力的相关性。试验选用90头约50kg的杜洛克×长白×大白三元杂交猪(公母各半,公猪去势),随机分为3个处理组,每个处理组3个重复,每个重复10头,分别饲喂蛋白质水平为12%、16%和20%的饲粮,各饲粮能量及氨基酸模式相同,饲养58d后屠宰取样,用蛋白质免疫印迹法测定猪背最长肌中NF-κB、IκBα和p94在骨骼肌中的蛋白含量。结果表明:饲粮蛋白水平对猪骨骼肌中NF-κB蛋白含量影响不显著(p>0.05),但对IκBα和p94蛋白含量和肌肉剪切力影响显著(p<0.05),且随着饲粮蛋白水平升高,肌肉Iκ...
[期刊] 水产学报
[作者]
钟立人 吕民主 张合文 陈荷凤
鱼精蛋白对细菌呼吸系统能产生微弱的抑制作用 ,但这并不是其抑菌活性的主要途径 ;鱼精蛋白主要是以分子中多聚精氨酸或多聚精氨酸与其它少数几个氨基酸以某一种结构或形式和细菌细胞壁结合 ,破坏细胞壁的形成 ,从而达到其抑菌效果
关键词：
鱼精蛋白 多聚精氨酸序列 抑菌机理
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
王政 杨国宇 潘玉善 郏自明
用二次回归通用旋转设计、响应面分析法,研究三因素五水平下胰蛋白酶水解酪蛋白的反应,得到了一定条件下酪蛋白在酶作用下水解程度的变化规律。根据回归方程利用统计优选法寻优,确定了最优水解条件:温度为58℃,pH值为7.4,酶底比为0.7%。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵传志 苏磊 李爱芹 夏晗 李长生 王兴军
克隆大豆油体蛋白特异启动子及油体蛋白基因的全长序列,利用连接PCR的方法,通过一个肠肽酶位点将人成骨蛋白成熟肽编码序列连接到油体蛋白基因3’端并克隆到表达载体pCAMB IA1302中,构建"油体蛋白-肠肽酶-人成骨蛋白"植物表达载体。通过酶切、PCR和测序鉴定,证明表达载体构建成功,将其命名为pCAM-oleo-Bmp7。通过蛋白分析软件DNAstar、S ignalP3.0和ProtComp v8.0等软件对重组蛋白的理化性质、二级结构、信号肽和细胞定位进行了分析和预测,证明融合蛋白很好的保留了原来两个蛋白的二级结构和理化性质。
[期刊] 林业科学
[作者]
岳红妮 吴云锋 史英姿
Paulownia witches'-broom disease which was caused by the paulownia witches'-broom phytoplasma(PaWB) is one of the severest diseases in paulownia production.Antigenic membrane protein(Amp) gene was cloned from Paulownia plants infected with Paulownia witches'-broom phytoplasma in Shaanxi Province.The...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
詹湉湉 樊倩 张杰 许丽惠 王全溪 高玉云 王长康
采用分子克隆技术克隆了黄羽肉鸡胰蛋白酶原（ＴＲＹ）基因，并运用多种生物信息学软件对ＴＲＹ蛋白质结构和功能进行了分析和预测，研究ＴＲＹ在禽类消化过程中的作用．结果表明：黄羽肉鸡ＴＲＹ基因的开放阅读框全长７４７ ｂｐ，由２４８个氨基酸残基组成，其中包含１５个氨基酸的信号肽（ＭＫＦＬＶＬＶＡＦＬＧＶＡＶＡ）和１０个氨基酸的激活肽（ＦｐＩＳＤＥＤＤＤＫ）；该蛋白分子质量为２６．１ Ｋｕ，含有信号肽，不含有糖基化位点，有１１个磷酸化位点；此外，该蛋白属于疏水性蛋白，但不存在跨膜区．氨基酸序列比对的结果表明：黄羽肉鸡ＴＲＹ具有丝氨酸蛋白酶的保守结构特征，如含有催化三联体氨基酸（组氨酸－６４、天冬氨酸－１１．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈继圣 郑士琴 郑武 周洁 鲁国东 王宗华
目的分泌蛋白多为病原微生物与植物受体蛋白起作用的激发子和其它致病因子,深入研究分泌蛋白将有助于明确植物与病原微生物互作的分子机制。利用稻瘟菌基因组学研究成果,结合计算机技术和生物信息学的方法,分析其分泌蛋白组学,将有助于全面掌握其致病因子的结构与功能。方法利用SignalP对稻瘟菌基因库中所有ORF的N-端信号肽存在与否进行预测,再依次通过Protcomp、TMHMM、big-PIPredictor和TargetP预测程序进行验证,寻找出所有可编码信号肽的基因。结果对11108个稻瘟菌的ORF进行分析,最终预测出共有1235个ORF可编码分泌蛋白。结论经验证此预测方法之可靠性较高,这为深入研究...
关键词：
稻瘟菌 分泌蛋白 信号肽 预测程序
[期刊] 西南农业学报
[作者]
夏雄飞 张凯强 任文来 韩长志
【目的】通过对小麦3种不同营养型病原真菌的候选GPCR蛋白进行找寻及性质对比分析，为进一步找寻新型农药作用靶标奠定理论基础。【方法】选择全基因组序列已经公布的小麦3种营养型病原真菌，基于GPCR蛋白所具有的7重跨膜结构典型特征，利用3种蛋白跨膜在线预测程序（TOPCONS、TMHMM、Philius）对上述病原真菌的候选GPCR蛋白开展找寻，以及候选GPCR蛋白序列长度、理论等电点、不稳定系数、最强亲（疏）水性残基等特征和遗传关系进行对比分析。【结果】小麦白粉病菌、叶枯病菌、叶斑病菌中分别含有候选GPCR蛋白11、32、69个，蛋白序列平均长度为396 aa。蛋白的理论等电点平均值在8.78左右、不稳定系数在40左右，亲水性在-2.70左右，疏水性在3.20左右，而最强亲（疏）水性氨基酸残基分布不一致。上述112个候选GPCR蛋白的遗传关系聚类为三大类，分别具有71、36、5个蛋白。【结论】小麦不同营养型病原真菌的候选GPCR蛋白数量以活体型真菌数量最少、死体型真菌数量最多，半活体型真菌介于两者之间。不同候选GPCR蛋白在理论等电点、不稳定系数等理化性质及遗传关系等方面具有一定同质性特征，然而最强亲（疏）水性氨基酸残基相对具有较大差异。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李秋玲 李建斌 张争锋 王洪梅 高运东 侯明海 仲跻峰
【目的】通过对中国荷斯坦牛MC1R基因的核苷酸序列分析和蛋白结构预测,探讨中国荷斯坦牛红白花毛色形成的分子机制。【方法】采用PCR-RFLP技术对MC1R基因进行分型,利用生物信息学方法对其蛋白结构特征进行模拟分析。【结果】检测出与毛色表型相关的三种基因型,EE基因型在中国荷斯坦黑白花牛中占优势,ee基因型在中国荷斯坦红白花牛中占优势。蛋白预测结果显示,ee基因型个体的缺失突变使蛋白质翻译提前终止,引发二级结构改变,导致中国荷斯坦牛红白花个体的出现。【结论】E等位基因主要与黑色毛色形成有关,e等位基因主要与红色毛色形成有关。
关键词：
牛 红毛 MC1R 蛋白结构
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
曹谨玲 陈剑杰 吴婷婷
利用生物信息学的方法对DMRT1基因推导的氨基酸序列进行结构特征和功能域预测分析,探讨了DMRT1的信号肽、亲/疏水性、跨膜拓扑结构、卷曲螺旋结构、基序、功能域及高级结构。结果表明:DMRT1基因推导蛋白不含螺旋卷曲区域,没有信号肽,是一个非跨膜的亲水性稳定蛋白,该蛋白以游离形式存在于细胞质内,不会发生跨膜运动。DMRT1基因推导蛋白包含两个相同的保守的功能结构域,分别行使性别调控,使DNA形成二聚体和结合回纹结构的功能。DMRT1基因推导蛋白含有多个磷酸化位点,推测它可能在细胞信号传导中发挥作用,且其生物活性可能接受信号途径中多种信号的调控。DMRT1的高级结构中含有两个α-螺旋区域。以上结...
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