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[期刊] 中国农业科学
[作者]
杜海 冉凤 刘静 文婧 马珊珊 柯蕴倬 孙丽萍 李加纳
【目的】分析拟南芥中硫代葡萄糖苷（Ｇｌｕｃｏｓｉｎｏｌａｔｃｓ，简称硫苷）生物合成相关基因在不同组织器官、不同发育时期及不同生物和非生物胁迫处理条件下的表达谱，为筛选控制硫苷合成的关键基因、解析硫苷的生物合成规律及其在植物抗逆胁迫过程中的作用奠定基础。【方法】利用ａｔ Ｇｅｎ ｅｘｐｒｅｓｓ和ｐｌｅｘｄｂ中的１０组表达谱芯片数据和２组转录组数据分析拟南芥中硫苷生物合成途径８２个结构基因和调控基因的时空表达特性及其受生物和非生物胁迫的表达模式；采用ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ｐｃｒ技术对１０个硫苷合成途径的关键结构基因和调控基因的表达谱进行验证；并利用ｓｔｒｉｎＧ ｖ１０软件分析硫苷生物合成途径相关基因．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
吴梅花 张丽 牛一丁 方天祺 哈斯阿古拉
以拟南芥基因组DNA为模板,通过PCR扩增得到逆境胁迫诱导表达基因rd29A的启动子片段,将其克隆到pUC19质粒中进行序列分析。结果表明,获得的启动子片段大小为937bp,与已报道的该启动子序列比较,其核苷酸序列同源性为99.8%。
关键词：
拟南芥 rd29A 启动子 抗逆基因
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵明辉 孙建 王嘉宇 徐海 唐亮 陈温福
【目的】研究水稻剑叶叶绿素和光合特性及相关基因对低氮胁迫的响应,为提高水稻对氮肥的吸收和利用效率奠定分子基础。【方法】利用Agilent 4×44K芯片全基因组研究低氮胁迫处理下,2个不同叶绿素含量水稻齐穗期剑叶的光合相关基因表达的变化。【结果】SN19-6和丰锦剑叶的叶绿素含量和净光合速率在低氮胁迫下均有所下降,但SN19-6 2个指标下降的幅度明显较小。低氮胁迫处理与对照处理相比,超绿水稻SN19-6剑叶共有41个光合相关基因表达发生变化(14个在转录水平上下调表达,27个在转录水平上上调表达)。丰锦剑叶有29个光合相关基因表达发生变化(15个在转录水平上下调表达,14个在转录水平上上调表...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
成伟 程光远 彭磊 徐倩 董萌 WAQAR Ahmad 许莉萍 徐景升
以甘蔗苗为材料研究了甘蔗CBF1转录激活因子ScCBF1在水杨酸(SA)、茉莉酸甲酯(Me JA)以及重金属镉(Cd Cl_2)和铜(Cu Cl_2)胁迫下的表达情况;将ScCBF1的原核表达载体p GEX-6P-1-ScCBF1转化大肠杆菌(Escherichia coli)Rosetta(DE3),检测其在NaCl、PEG8000胁迫下的生长情况.结果表明:ScCBF1在Me JA、SA、Cd Cl_2以及Cu Cl_2逆境胁迫下表达下调;在500 mmol·L-1NaCl胁迫下,含有重组质粒的细胞生
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
周姗 李思达 董恒 詹亚光 曾凡锁
血红素加氧酶（ｈｅｍｅ ｏｘｙｇｅｎａｓｅ，ｈｏ）是一种普遍存在的敏感的和高活性的血红素分解代谢过程中的限速酶。本文揭示了白桦Ｂｐ ｈｏ在非生物胁迫及信号诱导调控的表达特征，为该基因在白桦中代谢调控功能的研究奠定基础。通过前期研究获得了白桦ｈｏ基因，命名为Ｂｐ ｈｏ，应用生物信息学软件分析了白桦Ｂｐ ｈｏ基因的分子结构特征，利用重金属镉（Ｃｄ）、盐（ｎａ Ｃｌ）以及４℃低温进行非生物胁迫处理，利用硝普钠（ｓｎｐ）和水杨酸（ｓａ）进行信号诱导，分析Ｂｐ ｈｏ的表达特征。生物信息学分析表明该基因全长８５５ Ｂｐ，含有完整的开放读码框，编码２８４个氨基酸（ｇｅｎｅＢａｎｋ登录号：ｋＪ１９７３３５）。．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
许园园 蔺经 李晓刚 常有宏
【目的】最近在植物中发现了一类Ca2+传感蛋白——类钙调磷酸酶B亚基蛋白CBL(calcineurin B-likeproteins),CBL及其靶蛋白CIPK(CBL-interacting protein kinase)构成CBL/CIPK信号网络系统,在植物干旱、盐渍、低温等逆境胁迫应答中起重要作用。鉴定梨基因组中CBL家族基因成员,对其基因进化、结构与表达特征进行分析,为植物CBL基因功能分析与利用提供依据。【方法】通过生物信息学手段,结合梨基因组注释信息,鉴定梨CBL家族成员序列信息;利用MEGA6.0程序进行多序列比对、分类并构建系统进化树;利用per1程序、GSDS工具以及Clu...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
全汝青 吴慧敏 时羽杰 曾为
【目的】筛选拟南芥糖基转移酶GT47基因家族，进一步了解GT47基因家族的生物信息学特征，为其功能及抗逆性研究提供参考。【方法】利用生物信息学方法在拟南芥GT47基因家族中挖掘并鉴定出39个基因，并对这些基因进行系列分析。【结果】家族蛋白为亲水性蛋白质，大部分蛋白稳定性较差，亚细胞定位预测显示，大部分基因定位于高尔基体。蛋白质结构预测表明，α-螺旋和无规则卷曲是二级结构的主要组成部分，三级结构具有相似性。基因结构和保守基序分析发现，各亚族成员间具有相似的保守基序和进化的保守性。系统发育树分析显示，该基因家族可分为6个亚家族，基因在不同物种间具有一定保守性。启动子顺式作用元件分析表明，拟南芥GT47家族基因具有多种激素响应元件及非生物胁迫响应元件。表达模式分析表明，拟南芥GT47基因家族在不同组织中广泛表达，对6 h的热胁迫表现明显的响应，尤其是AT1G63450在冷、干旱、盐及2 h热胁迫下发生了下调，但是在6 h热胁迫下发生了上调。【结论】糖基转移酶基因在不同组织中的表达具有显著差异，能响应ABA激素信号传导并参与植物调控胁迫应激过程，对植物生长发育有重要意义。
[期刊] 华北农学报
[作者]
韩晓东 郭荣起 高阳 于秀敏 苏杰 张子义 李国婧 王瑞刚
为初步探讨V-ATPase c亚基VHA-c1基因在植物生长发育及信号转导中的作用,通过农杆菌介导,将设计的ds DNA片段整合到拟南芥基因组上,筛选获得了能够特异沉默VHA-c1基因的转基因株系c1-1,并对其进行Na Cl、ABA和6%葡萄糖胁迫处理。结果表明:在Na Cl处理后,沉默株系c1-1的主根伸长量和种子萌发率都有明显的降低,且在浓度为50,100 mmol/L Na Cl胁迫处理下,转基因株系c1-1的主根伸长量被显著抑制。在特定浓度的ABA和6%葡萄糖处理后,转基因株系c1-1的主根伸长量和种子萌发率也都有一定程度的抑制。然而,在4,8μmol/L ABA处理后,野生株系的主根伸长量被显著抑制,与转基因株系c1-1的主根伸长量被抑制效果相比达到了显著水平。沉默VHA-c1基因后,降低了拟南芥对Na Cl的耐受性,影响了其生长发育,然而对ABA和葡糖糖的抑制作用却表现为很不敏感,这可能是因为H+-ATPase在盐胁迫信号通路和ABA信号通路中起着不同的调控功能。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张瑞越 徐兆师 李连城 陈明 马有志
【目的】水分胁迫和低温是制约植物生长发育的重要限制因子,研究植物感知、传递胁迫信号,并对重要的基因进行克隆对改良作物的抗性有重要意义。本试验的目的是克隆与水分胁迫相关的基因,通过基因的功能进一步了解植物的抗旱机制,并为抗逆育种提供候选基因。【方法】试验应用噬菌体原位杂交技术从小麦旱胁迫cDNA文库中克隆了一个水分胁迫诱导基因片段W89。用5′-RACE和RT-PCR方法,获得了W89基因的全长序列。【结果】W89全长cDNA为2392bp,其中,编码区长1896bp,编码631个氨基酸。Southern杂交表明,W89是一个单拷贝基因。RT-PCR结果表明,W89受干旱、低温和ABA的诱导。氨...
关键词：
小麦 水分胁迫 低温 基因克隆
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
赵宇 蒋明义 张阿英 林凡
利用定量和半定量PCR方法检测了玉米野生型及ABA缺失突变体vp5的ZmrbohA/B/C/D基因在水分胁迫下的表达情况。结果发现,水分胁迫能诱导玉米野生型ZmrbohA/B/C/D基因表达,并且表达在水分胁迫处理60 min、150 min时分别达到2个高峰,渗透势为-0.7 MPa的水分胁迫诱导效果尤其显著;同样处理下vp5的ZmrbohA/B/C/D基因表达没有明显变化。表明:ABA参与了水分胁迫诱导ZmrbohA/B/C/D基因表达的过程。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
朱占伟 彭彦 赵燕 胡清云 张学文
为了解拟南芥和荠菜形态差异与其生长素极性分布的关系,采用荧光定量PCR,以–actin为内参基因,对拟南芥和荠菜的根、茎、叶、花等组织中与生长素极性运输相关的PIN1、PIN3、PIN7基因的表达进行定量分析。结果表明:拟南芥各组织中PIN1的表达量都高于荠菜各组织中PIN1的表达量,拟南芥的茎和花中PIN1的表达量分别比荠菜茎和花中PIN1表达量高3倍和10倍;拟南芥各组织中PIN7的表达量也高于荠菜各组织的PIN7表达量,其叶片中PIN7的表达量比荠菜叶片中PIN7的表达量高10倍以上;荠菜各组织中PIN3的表达都高于拟南芥相应组织中PIN3的表达量,在茎、叶中的表达分别高3倍和10倍以上...
关键词：
拟南芥 荠菜 PIN基因 定量分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
徐萍 刘瑞香 曾卫军 李国婧 王瑞刚 王水平
利用RT-PCR技术检测VHA-c基因对高盐、水和ABA胁迫的响应,结果表明所有的VHA-c基因都参与了V-ATPase的抗盐胁迫反应;在响应水胁迫的反应中VHA-c2、VHA-c4和VHA-c5基因的表达量增加;在ABA胁迫反应中VHA-c1,VHA-c2,VHA-c3和VHA-c4基因的表达水平均提高,但是VHA-c1和VHA-c3基因只在早期的ABA胁迫中增加其表达量。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
王书伟 周明兵
【目的】对毛竹Phyllostachys edulis ICE基因家族进行鉴定及分析，找出响应毛竹抗寒关键家族成员，研究毛竹ICE基因的生物学功能、响应低温胁迫的分子机制及遗传转化，为提高毛竹抗寒性奠定理论基础。【方法】利用生物信息学方法分析毛竹ICE基因家族成员，并对4、0、-2℃低温处理0(对照)、0.5、1.0、24.0、48.0 h的毛竹生理指标和ICE基因的表达模式进行分析。【结果】共鉴定了4个毛竹ICE基因。保守结构域和多重序列比对分析表明：PeICE基因结构高度相似。系统发育关系及启动子顺式作用元件分析显示：PeICE基因与水稻Oryza sativa亲缘关系更近，同时存在大量与非生物胁迫相关的顺式作用元件。活性氧自由基(ROS)染色发现随着处理时间增长，ROS染色逐渐加深，但是其0℃处理24.0 h、-2℃处理1.0 h后染色逐渐减弱。脯氨酸(Pro)质量摩尔浓度、超氧化物歧化酶(SOD)活性显示：4和0℃条件下，Pro质量摩尔浓度和SOD活性整体增加，但-2℃时低于对照。过氧化物酶(POD)活性显示：在3个低温处理下均增加。ICE基因表达模式分析发现：4、0℃处理时PeICE表达量整体增加，且都以PeICE3增量最明显；而-2℃处理下PeICE整体表达量水平低于对照。【结论】随着温度降低和处理时间增强，毛竹受到的损伤不断增强，其内酶活系统以及ICE基因积极响应低温胁迫，其中，PeICE3对低温胁迫最为敏感，但在-2℃时，ICE基因表达量并未增加，推测该基因家族响应了寒冷胁迫而非冷冻胁迫。图7表1参42
[期刊] 西南农业学报
[作者]
曾伟伟 李一凡 朱渊铭 林宇清 陈丝雨 邹双全
【目的】探究NAC基因在香樟(Cinnamomum camphora)生长发育及其在盐胁迫下发挥的重要作用，为进一步阐明香樟在盐胁迫下的响应机理奠定基础。【方法】对香樟全基因组NAC基因进行鉴定和生物信息学分析，探究香樟非生物胁迫的响应模式。通过对香樟NAC家族成员进行鉴定，并从理化性质、系统进化分析、保守基序、基因结构、染色体定位、物种间共线性、顺式作用元件预测和表达模式等方面进行系统分析。【结果】共鉴定出103个香樟NAC基因，氨基酸数量介于137～1136个，等电点在4.54～10.00，相对分子质量在15 644.40～129 859.29 u，平均疏水性全部为负值，均为亲水蛋白，亚细胞定位预测定位在细胞核和细胞质中；通过与拟南芥(Arabidopsis thaliana)NAC基因序列构建系统发育进化树发现，香樟NAC基因被划分为16个亚家族，其中NAM亚家族成员最多，有17个香樟NAC基因，还有25个香樟NAC基因未参与分组；保守基序和基因结构分析发现，香樟NAC基因包含有2～8个内含子和10个motif，其中motif3在香樟基因遗传进化中趋于稳定，motif9和motif10多数分布在NAM亚家族中；染色体定位和复制事件分析发现，103个NAC基因分布在12条染色体中，基因分布最多的是Chr02号染色体（13个CcNAC基因），最少的是Chr10和Chr11（各2个基因），片段复制为香樟NAC家族的主要扩增方式；多物种共线分析发现，香樟与牛樟(Cinnamomum kanehirae)NAC基因形成162对共线基因，多于其它物种，说明香樟NAC基因与牛樟之间的同源进化关系比其他物种更密切；香樟NAC基因启动子中含有多个非生物胁迫、生长发育和激素类响应元件；qRT-PCR结果表明，在叶中，CcNAC058和CcNAC092基因的表达水平在低盐胁迫下达到最大。在根中，CcNAC007、CcNAC033、CcNAC058和CcNAC092基因的表达随着盐浓度的增加而增加。【结论】NAC基因家族在香樟的生长发育进程中可能参与盐胁迫响应过程，在盐胁迫下CcNAC092、CcNAC058基因在叶片、根部均具有明显的响应，推测CcNAC058、CcNAC092是促使香樟在盐胁迫下能产生自我防御行为的关键基因。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘聪 张洋 夏德安 陈雪冰 魏志刚
[目的]对木本模式植物毛果杨PLD基因家族的进化中的选择压力、启动子中顺式作用元件、组织表达特性以及盐胁迫下表达模式进行分析,为挖掘PtrPLD在非生物胁迫中作用提供参考。[方法]利用拟南芥PLD基因家族蛋白序列比对得到毛果杨基因组同源基因,再经过保守结构域鉴定后确定PtrPLD基因;利用软件ClustalW和MEGA对PtrPLD和AtPLD基因的氨基酸序列进行比对和系统进化分析;利用MEME、PlantmPLoc、 ExPasy等软件工具分析PtrPLD基因及编码蛋白的特征;利用Tbtools软件分析同源基因的Ka/Ks值;利用Plantcare在线工具分析PtrPLD启动子中顺式作用元件;利用Phytozome转录组数据库以及qRT-PCR分析PtrPLD组织表达特性;利用qRT-PCR分析各组织中PtrPLD对盐胁迫响应情况。[结果]PtrPLD家族的16个基因可分为C2-PLD和PX/PH-PLD 2个亚家族,分别包含13个和3个基因;有7对旁系同源基因且它们之间的Ka/Ks均远小于1;PtrPLD家族基因启动子区含有大量非生物胁迫和激素响应元件,其中,PtrPLDδ4启动子共含有9种、20个元件;PtrPLD家族编码的蛋白均含有Motif 1～4,且同一进化分支上的基因编码蛋白序列高度保守。PtrPLD基因家族表达特性分析表明,PtrPLD家族基因在根、茎和叶中具有表达特异性,并且多数成员主要在根部表达;NaCl胁迫下,PtrPLD家族基因在根、茎和叶中表达量在0～72 h内均表现为先上升后下降再上升的变化趋势。[结论]PtrPLD家族基因在毛果杨响应盐胁迫过程中有着重要作用,本项研究对于今后PtrPLD家族基因生物学功能的鉴定与非生物逆境胁迫响应基因资源的挖掘具有推动作用。
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